청구인이 농지대토에 대한 감면요건 중 새로 취득하는 농지의 면적요건을 충족하지 못한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부 등

쟁점①에 대하여 살피건대, 여러 필지의 농지를 양도한 경우 농지대토에 대한 감면요건을 필지별로 적용하는 것인 점, 청구인이 취득한 대토농지의 면적은 종전농지 전체 면적의 3분의 2 이상에 해당하지 아니한 점, 처분청은 대토농지의 면적이 종전농지 중 일부 필지는 면적의 3분의 2 이상에 해당한다고 보아 일부 필지의 양도소득에 대한 세액감면은 적용한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2014.2.27., 2014.7.29. 전라남도 해남군 OOO(이하 “OOO”라 한다) OOO전 7,138㎡를 취득하고 2017.12.7. 같은 리 OOO전 1,108㎡(OOO토지와 합하여 “종전농지”라 한다)를 취득하여 경작하다가, 2024.2.16. 종전농지를 OOO원에 양도한 후, 2024.3.15. 전라남도 해남군 OOO전 1,137㎡, 같은 리 OOO전 456㎡, 같은 리 OOO대 545㎡, 같은 리 OOO전 235㎡(이하 “대토농지”라 한다)를 취득하였다.청구인은 2024.4.24. 종전농지의 양도에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제70조의 농지대토에 대한 양도소득세 감면(감면세액 : OOO원)을 적용하고 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.나. 광주지방국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2025.2.12.부터 2025.2.27.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하여, 청구인이 농지대토에 대한 감면요건 중 대토농지의 면적요건을 불충족하였고, 청구인이 양도가액에서 제외한 임목가액을 종전농지의 양도가액에 포함하여야 한다는 내용의 감사결과를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2025.7.4. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.16. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인은 종전농지를 양도할 때 산출세액이 농지대토에 대한 세액감면 한도인 OOO원을 넘게 되어 감면세액 한도 OOO원에 해당하는 면적만을 산출하여 이 건 대토농지를 취득하였다.처분청은 조특법 집행기준 70-67-9에 따르면 여러 필지의 농지를 양도한 때에는 필지별로 대토 요건을 판단하는 것이기 때문에 양도하는 필지 전체 면적의 3분의 2 이상을 농지로 취득하여야 한다는 의견이나, 위 기준에서도 필지별로 대응한다는 내용 외에 양도하는 필지 전체 면적의 3분의 2 이상을 농지로 취득하여야 한다는 명문규정이 없어 이는 처분청이 과도하게 확장해석한 것으로 판단된다.양도하는 농지의 필지별로 대응하여 감면을 배제한다면 면적이 작은 여러 필지를 양도하고 전체 양도 농지 면적보다 넓은 1필지의 농지를 취득할 경우 양도하는 농지 중 1필지만 감면이 되고 다른 필지들은 감면이 되지 않는 부당한 결과를 초래하게 된다.따라서 청구인이 당초 신고한 내용대로 농지대토에 대한 양도소득세 감면 OOO원을 적용하여야 한다.(2) 수목이 식재되지 않은 토지를 취득한 후 새로 조림한 임야를 토지와 함께 양도하는 경우 토지의 가액과 임목의 가액을 구분하여(구분되지 않는 경우 기준시가로 안분) 양도소득과 사업소득으로 과세하여야 한다.청구인이 종전농지를 취득한 후 묘목을 구입하여 식재하는 과정에서 중장비를 투입하고 인건비도 발생되었으며, 수년에 걸친 관리를 통해 임목의 가치가 형성되었는바, 종전농지의 양도가액에 임목가격을 포함하는 것은 불합리하다.청구인은 당초 종전농지의 가액과 임목가격을 분리하여 각각 매도하려 하였으나 매수인이 대출금액을 높이기 위해 매매계약서를 따로 구분하지 않고 가액을 합산하여 기재하였으며, 이에 청구인은 계약서상 임목가격을 부기하고 그 명세를 첨부하였는바, 당초 종전농지와 임목의 가격을 분리하여 계약하였다면 이러한 문제가 발생하지도 아니하였을 것이다.임목은 장기간에 걸쳐 투자가 이루어지고 아직 수익이 발생하지 않는 상태인데 이를 토지의 가액에 합산하는 것은 타당하지 않으므로 임목의 가격을 종전농지의 양도가액에서 제외하여야 하고, 만약 포함한다면 단순경비율에 의해 필요경비를 인정하여야 한다.나. 처분청 의견(1) 조특법 제70조에서 농지소재지에 거주하고 있는 거주자가 직접 경작한 농지를 경작상 필요에 의하여 대토함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분에 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있는데,조특법 시행령 제67조에서 대토를 위하여 새로 취득하는 농지의 면적은 양도하는 농지 면적의 3분의 2 이상이어야 한다고 대토농지의 면적요건을 명확하게 규정하고 있고, 농지대토에 대한 감면 여부(대토기간, 면적, 가액 등)는 필지별로 적용하는 것으로 1필지의 토지를 관념상 또는 임의로 구분하여 농지로 사용되는 일부면적에 대하여만 적용할 수는 없다(재산세과-051, 2009.8.27.).그럼에도 청구인은 감면금액 한도 OOO원에 해당하는 면적부분만을 임의로 계산하여 대토농지를 취득하였다고 주장하므로 관련 법령 내용에 비추어 청구주장을 받아들일 수 없다.또한 청구인은 양도소득세 신고시 종전농지 중 1필지인 OOO에서도 일부 면적(5,346㎡)에 대하여 농지대토에 대한 세액감면을 신청(OOO원)하였는데, 청구인이 새로 취득한 대토농지의 면적은 2,373㎡에 불과한 것으로 나타나, 청구인의 신고내용에 비추어 보아도 대토농지의 면적요건(5,346㎡ × 2/3 = 3,564㎡)을 충족하지 못한다.(2) 청구인은 육림업으로 사업자등록을 한 이력이 없고 임업소득에 대하여 사업소득을 신고한 사실도 없으며, 종전농지 매매계약서상 부동산의 표시에는 종전농지의 지번과 지목 및 면적만이 기재되어 있고 수목가격은 매매가액에 포함되어 있다고 표시되어 있는 등 청구인은 수목가격과 토지의 가액을 별도로 구분함이 없이 매매계약서를 작성하였다.종전농지 매수인은 매매대금 OOO원 전액을 토지의 취득가액으로 하여 부동산 등기사항전부증명서에 등재하였으며, 국토교통부에 신고한 부동산실거래가 신고자료에도 토지만 거래한 것으로 기재하였다.또한 감사청은 청구인에게 임목의 가액을 OOO원으로 산정한 근거를 제시해 달라고 요청하였으나, 청구인은 인터넷 검색을 통해 가격을 산정하였다고 구두로 회신하여, 청구인과 매수인이 임목의 수량과 가격이 실제와 부합하는지를 확인하였는지도 의문이고, 적법한 가치평가를 거치지도 아니한 것으로 보인다.따라서 청구인이 양도소득세를 신고할 때 종전농지 매매계약서상 매매대금 OOO원에서 수목가격 OOO원을 제외한 OOO원을 양도가액으로 신고한 내용을 부인하고, 전체 매매대금을 종전농지의 양도가액으로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점① 청구인이 농지대토에 대한 감면요건 중 새로 취득하는 농지의 면적요건을 충족하지 못한 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부② 종전농지의 양도가액에서 임목의 가액을 제외하여 양도소득세를 부과하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령(1) 조세특례제한법제70조(농지대토에 대한 양도소득세 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액(2) 조세특례제한법 시행령제67조(농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등) ① 법 제70조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 “농지소재지”라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2 제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이