쟁점사업장의 창업중소기업 감면을 배제한 처분의 당부 등

청구인은 쟁점법인과 동일한 업종(제조업)으로 사업을 영위하였고, 세금계산서 발급IP 및 랜카드번호가 쟁점법인과 동일한 것으로 확인되는 바, 쟁점법인의 인적·물적 기반을 사용한 것으로 보이고, 쟁점법인의 거래처가 쟁점법인과의 거래를 줄이고 쟁점사업장과의 거래를 늘린 것으로 확인되는바, 쟁점사업장은 쟁점법인의 사업을 승계한 것으로 창업중소기업 세액감면 대상에 해당하지 않음 1.처분개요가. 청구인은 2021.7.1. 사업자등록을 한 후 경기도 화성시 OOO에서 “D”(이하 “쟁점종전사업장”이라 한다)라는 상호로 ‘제조업/철구조물 및 기계 가공업’을 영위하다 2022.10.13. 사업장을 경기도 화성시 OOO로 이전하고 상호를 “E”(이하 “쟁점변경사업장”이라 하고, 쟁점종전사업장과 합하여 “쟁점사업장”이라 한다)로 변경한 후, 2025.12.31. 쟁점사업장을 폐업하였다.청구인은 쟁점사업장에서 발생한 소득에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제8조에 따른 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용하여 2021년～2023년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.7.8.부터 2025.8.16.까지 청구인에 대한 개인통합조사(조사대상기간 : 2021년～2023년)을 실시하여, 청구인은 부친 a이 50%의 지분을 보유한 와이엘티 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 소재지와 동일한 장소에서 쟁점사업장을 개업하면서 쟁점법인이 사용한 자산을 인수하고 거래처도 승계받았으므로 쟁점사업장의 창업은 원시적인 사업의 창출로 볼 수 없다고 보아 관련 과세자료를 통보하였고, 이에 처분청은 2025.10.13. 청구인에게 2021년～2023년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2021년 귀속분 OOO원, 2022년 귀속분 OOO원, 2023년 귀속분 OOO원)을 경정·고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2026.1.9. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 이 건과 관련된 사실관계는 다음과 같다.(가) 청구인은 2021.7.1. 철구조물, 기계가공업을 영위하기 위하여 경기도 화성시 OOO에서 쟁점사업장에 대한 사업을 개시한 후, 2022.10.13. 경기도 화성시 OOO로 쟁점사업장의 소재지를 이전하면서, 상호도 변경하였다.(나) 청구인은 쟁점사업장을 영위하기 전, 2016년 2월 G대학교 기계공학과를 졸업하고, 2016년 11월부터 2019년 12월까지 부친 a이 운영하는 H에서 근무하였고, 이후 2020년 1월 철구조물, 기계가공업을 주업종으로 하는 쟁점법인으로 이직하여 설계, 업체관리, 생산관리 등의 업무를 수행하였으나, 청구인의 설계 및 업체 대응 능력을 높게 평가한 거래처의 제안과 급여에 대한 불만족 등을 이유로 2021년 7월 쟁점법인에서 퇴사하였다.청구인은 퇴사 이후 쟁점법인과 쟁점법인의 사업장 일부(외부 컨테이너)를 임차하는 임대차계약을 체결하고, 쟁점사업장에 대한 사업자등록을 하였는데, 초기에는 자금여력이 부족하여 기계장치 등이 없이 발주받은 주문에 대한 설계에 집중하고, 제조는 쟁점법인 등 외주업체에 의뢰하였다.(다) 쟁점사업장은 조특법 제6조 제3항 제2호에 따른 제조업으로 창업한 중소기업으로 청구인은 쟁점사업장의 사업을 개시한 2021.7.1. 기준 만 27세로서 조특법 시행령 제5조 제1항 제1호에 따른 청년이었고, 쟁점사업장이 ‘조세특례제한법 집행기준 2-0-1’에 따른 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 위치하여, 청구인은 조특법 제6조 제1항에 따른 창업중소기업 감면 요건을 모두 충족하였다고 판단하여 2021년부터 2023년까지 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용하였다.(2) 쟁점사업장은 청구인이 원시적인 사업창출의 효과가 있는 새로운 사업을 최초로 개시한 사업장으로, 조특법 제6조 제10항에 따른 창업에 해당한다.(가) ‘창업’의 개념에 관한 규정이 조특법에 없어, 「중소기업창업 지원법」에 따라 그 의미를 해석하면, 「중소기업창업 지원법」 제2조 제2호는 ‘창업’을 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 중소기업을 새로 설립하는 것’으로 정의하는 한편, 같은 법 시행령 제2조 제1항은 같은 항의 각 호에 창업에 해당하지 않는 사유를 나열하는 네거티브(Negative) 방식으로 창업의 의미를 설명하고 있는데, 쟁점사업장은 「중소기업창업 지원법 시행령」 제2조 제1항 각 호의 어디에도 해당하지 아니하므로, 쟁점사업장은 「중소기업창업 지원법」상 ‘창업’의 요건을 충족한다.(나) 사실관계에서 본 바와 같이 청구인은 쟁점법인을 퇴사한 후, 쟁점법인과의 임대차계약을 통해 별도의 사업장을 확보한 후, 자신의 설계 역량을 바탕으로 발주처로부터 철구조물 등을 직접 수주하고, 외주 제작하는 방식으로 사업을 영위하였는데, 설계 업무는 제한된 예산 내에서 발주처의 요구사항에 부합하는 구조를 설계하고 내구성을 확보할 소재를 선정하는 것이 핵심으로, 청구인은 관련 전공과 종전 근무지에서의 근무경험을 통해 독자적인 경쟁력을 축적하였으며, 이를 기반으로 원천적인 새로운 사업을 개시하게 된 것이다.(다) 처분청은 청구인에게 아래 ＜표1＞과 같이 조특법 제6조 제10항 각 호의 창업으로 보지 않는 사유가 없음에도, 설계 후 제조를 외주에 맡기는 사업형태가 원시적인 사업창출의 효과가 없다고 전제하여 이 건 처분을 하였는데, 이는 제조업에서 ‘설계’ 공정이 갖는 고용창출 및 매출발생 등의 경제적 부가가치를 무시한 잘못된 전제에 따른 처분이고, 초기 자본이 부족한 창업자가 선택할 수밖에 없는 사업방식의 특수성과 경제적 합리성을 고려하지 않은 처분으로, 청구인은 쟁점사업장의 사업을 개시하는 과정에서 쟁점법인으로부터 사업용자산을 매입하거나, 근로자를 승계하는 등 쟁점법인의 사업을 승계하였다고 볼 만한 어떠한 사실관계가 없음에도 무리하게 과세한 처분이다.＜표1＞ 조특법 제6조 제10항 각 호의 창업으로 보지 않는 경우 해당 여부 구분 각 호의 내용 해당 여부 제1호의1 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계 부 제1호의2 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우 부 제2호 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우 부 제3호 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우 부 제4호 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 부 (라) 한편, 처분청은 청구인에게 이 건 처분의 근거로 국세청 해석례 등을 제시하였으나, 해당 해석례 등은 다음과 같이 이 건과 사실관계를 전혀 달리하여 이 건에 원용하는 것은 부적절하다.1) 이 건과 국세청 유권해석(사전-2021-법령해석법인-OOO)과 차이는 다음과 같다.가) 국세청 유권해석의 요지는 감면대상인 A법인과 다른 내국법인인 B법인의 대표자가 동일한 경우로, A법인이 사업개시일부터 B법인의 사업장에서 사업을 영위하면서 B법인의 인력 중 일부를 영입하고, B법인의 납품거래처도 승계를 받았으며, ‘B법인’의 생산시설을 임차하여 사용하고 있어 ‘새로운 사업을 최초로 개시하는 것’으로 보기 곤란하여 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 부인한 것이다.나) 이 건의 사실관계와 국세청 해석례의 차이점을 보면, 청구인은 쟁점법인의 대표이사 b(쟁점법인 지분 50% 보유)과 특수관계인이 아니고, 청구인과 쟁점법인은 각각 별개의 인격을 가졌는바