청구법인이 쟁점조항(「조세특례제한법」 제104조의19) 제항에 따른 사후관리 요건(주택건설을 위해 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 주택건설 사업계획의 승인을 받을 것)을 충족하지 못한 것으로 보아 감면받은 종합부동산세(농어촌특별세 포함)를 추징한 처분의 당부

쟁점조항 제3항에 따라 위탁법인이 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 쟁점사업의 사업계획 승인을 받지 못하였다는 이유로 청구법인에게 기감면받은 종합부동산세와 농어촌특별세 및 그 이자상당액을 추징한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨. 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2006.11.1. 설립되어 신탁업을 영위하고 있고, A 주식회사(이하 “위탁법인”이라 한다)는 2005.4.19. 설립되어 인수합병 서비스업 및 부동산 개발·공급업을 영위하고 있다.나.위탁법인은 2019.3.29. 청구법인과 사이에, 청구법인이 위탁법인의 ‘「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 공급촉진지구 내 공공지원민간임대주택 공급사업’(이하 “쟁점사업”이라 한다)에 관한 부동산신탁계약[이하 “쟁점신탁(계약)”이라 한다]을 체결한 다음, 2019.4.4. 경기도 OOO[면적이 113,289㎡인 공장용지이고, 2017년 2월 국토교통부로부터 ‘공공지원민간임대주택 시범사업(구 뉴스테이) 개발 부지’로 선정되었으며, 이하 “쟁점토지”라 한다]를 취득하였으며, 같은 날 청구법인이 쟁점신탁을 원인으로 쟁점토지의 소유권을 이전받았다.다. 청구법인은 2020.10.3. 종합부동산 합산배제 신고시 쟁점토지를 「조세특례제한법」 제104조의19(이하 “쟁점조항”이라 한다)에 따라 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지에 해당한다고 보아 종합부동산세 과세표준 합산배제대상으로 신고하였다.라. 처분청은 쟁점조항 제3항에 따라 위탁법인이 쟁점토지 취득일로부터 5년 이내에 쟁점사업의 사업계획 승인을 받지 못하였다는 이유로 감면받은 종합부동산세액 등을 추징 대상으로 보아 2025.5.12. 청구법인에게 2020년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 경정·고지하였다.마.청구법인은 이에 불복하여 2025.8.7. 이의신청을 거쳐 2025.10.23. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장청구법인(위탁법인)이 쟁점토지를 취득한 날부터 5년 이내에 주택건설을 위한 사업계획의 승인을 받지 못하였다 하더라도, 위탁법인에게 그 승인을 받지 못한 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있으므로 감면받은 종합부동산세(농어촌특별세 포함)를 추징할 수 없다.(1)쟁점조항 제3항에서 추징 예외사유를 규정하고 있지 않다 하더라도 위탁법인에게 사후관리 위반의 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 감면받은 종합부동산세를 추징할 수 없다.쟁점조항 제3항의 취지는 “주택건설사업의 특성상 대규모 토지를 사전에 확보해야 하고 사업계획승인에 3∼5년이 소요되는데, 그 기간 동안 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 대하여 종합부동산세의 부과시 그 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면해 주되, 그 취득일로부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간이라 볼 수 있는 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당 가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리하지 않도록 하기 위함”이다(대구고등법원 2018.5.18. 선고 2017구23384 판결, 같은 뜻임).한편 쟁점조항 제3항에 따른 추징은 쟁점조항 제1항에 따른 혜택, 즉 종합부동산세의 합산배제를 받은 자가 그 혜택을 부여한 취지인 ‘주택건설사업의 수행’을 게을리한 것에 대하여 부과하는 것으로(본래의 종합부동산세 부과처분과는 요건을 달리하는 별개의 처분), 사후관리의 측면에서 합산배제의 취지와 다른 용도로 사용하여서는 아니됨에도 불구하고 이를 위반하여 다른 용도로 사용하였다는 행정법상의 의무위반에 대한 제재의 성격을 가진다 할 것이다(대법원 2001.3.9. 선고 99두11677 판결, 대법원 2003.9.26. 선고 2002두516 판결 등, 같은 뜻임).그런데 행정법규 위반에 대하여 가하는 제재는 행정목적의 달성을 위하여 행정법규 위반이라는 객관적 사실에 착안하여 가하는 제재이므로 위반자의 고의·과실이 있어야만 하는 것은 아니나, 그렇다고 하여 위반자의 의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우까지 부과할 수 있는 것은 아님(대법원 2014.10.15. 선고 2003두5005 판결 등, 같은 뜻임)을 감안하면, 추징 규정에 ‘정당한 사유’라는 명문 규정이 없더라도 납세의무자에게 의무 위반에 대한 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 인정되는 경우에는 제재적 추징이 허용될 수 없고(대법원 1994.9.13. 선고 94누4411 판결, 대법원 1995.9.15. 선고 95누6854 판결, 대법원 2000.10.6. 선고 98두922 판결 등, 같은 뜻임), 이러한 법리는 조세법 영역에서도 적용된다 할 것이다. 따라서 쟁점조항 제3항에서 사후관리요건의 위반시 기감면세액의 추징만을 규정하고 있고 이에 관한 예외규정이 없다 하더라도, 납세자에게 그 사후관리 위반의 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있는 경우 면제된 종합부동산세를 추징할 수는 없다.이러한 법리는 쟁점조항 제3항에 따른 추징 사례에 관한 법원의 판례에서도 확인되었다. 즉 ‘부산고등법원 2018.5.18. 선고 2017구 23384 판결’을 보면, 주택건설사업자인 원고가 토지 취득 후 사업계획 승인을 받지 못하였으나 불가피한 외부적인 사유(집단에너지 공급사업자가 경영난 등으로 그 의무를 다하지 못해 ‘공급배관 용량 부족에 따른 집단에너지의 공급을 할 수 없었다’는 것)로 원고의 사업계획 승인이 거부되어서 쟁점조항 제3항의 사후관리 요건(5년 이내에 사업계획승인을 받지 것)을 충족하지 못하였는데, 법원은 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아 종합부동산세의 추징처분이 위법하다고 판시하였다(위 판결은 ‘대법원도 2018.10.12. 선고 2018두47929 심리불속행 판결로 확정되었다). 특히 위 판례에서 법원은 ‘정당한 사유’의 판단은 법령에 의한 금지·제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 쟁점조항의 입법취지를 충분히 고려하도록 하고 있으며, 구체적인 ‘정당한 사유’의 판단은 납세자의 토지 취득 목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 고려하여야 한다.한편 2025.12.23. 법률 제21223호로 「조세특례제한법」이 일부개정될 때, 쟁점조항 제3항에 단서가 신설되어서, 천재지변이나 법령에 따른 제한 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우에는 취득일로부터 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못하더라도 종합부동산세 등을 추징하지 않도록 하는 예외가 신설되었고, 이는 납세자의 귀책 없는 사유로 주택건설사업이 지연된 경우에는 기감면세액을 추징하지 않는 것이 조세 정의에 부합하다는 입법적 결단이 반영된 것이라 할 것이다. 비록 위 개정규정이 2026.1.1.부터 시행되었다 하더라도, 그 개정의 취지가 기존 법령의 해석상 불명확했던 부분을 보완하여 '억울한 과세'를 방지하는데 있음을 감안하면, 위 시행시기 이전의 사례인 이 건에도 위 개정규정을 적용할 수 있다 할 것이다.따라서 위탁법인이 쟁점토지의 취득 후 쟁점조항 제3항에 따른 사후관리요건(또는 의무)의 준수, 즉 그 취득일부터 5년 이내에 쟁점사업에 관한 사업계획의 승인을 받기 위해 진지한 노력을 다하였음에도 불구하고 위탁법인에게 위 사후관리 위반의 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유로 인해 그 의무를 위반할 수밖에 없었던 정당한 사정이 있는지 여부를 살펴야 할 것이므로, 단순히 위 사후관리요건을 위반하였다는 이유만으로 위탁법인이 기감면받은 종합부동산세를 추징할 수는 없다 할 것이다.(2)위탁법인에게 감면사후관리 위반(쟁점사업의 사업계획 승인 지연)의 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있다.(가)쟁점사업의 사업계획 승인 지연은 위탁법인이 통제할 수 없는 외부적인 사유에 기인한다.1)쟁