대토보상에 대한 양도소득세 과세이연을 받은 납세자가 토지로 보상받기 전 사망한 경우

1. 사실관계 ○ ’21. 11. 19 . 甲, 경기주택공사에 토지 양도(수용) * 조특법§77의2에 따른 대토보상 요건을 충족하였음을 전제 ○ ’25. 8. 10 . 甲이 토지로 보상받기 전 사망 2. 질의요지 ○ 「 조세특례제한법 」 제77조의2에 따라 대토보상에 대한 양도소득세 과세이연을 받은 납세자가 토지로 보상받기 전 사망한 경우 - 「 조세특례제한법 시행령 」 제73조제5항에 따라 양도소득세를 신고납부하여야 하는지 및 해당 양도소득세 신고납부 시 과세기간 3. 관련법령 □ 조세특례제한법 제2조 【정의】 ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 7. “과세이연(課稅移延)”이란 공장의 이전 등을 위하여 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등 (이하 이 호에서 “종전사업용 고정자산등”이라 한다) 을 양도하고 그 양도가액(讓渡價額)으로 다른 사업용고정자산 등 (이하 이 호에서 “신사업용고정자산등”이라 한다) 을 대체 취득한 경우 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 (讓渡差益) 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 (신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 “과세이연금액”이라 한다) 에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도할 때 신사업용 고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보고 양도소득세를 과세하는 것을 말한다. □ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가 세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. □ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조 전단에서 “대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다. 5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날 7. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날. 다만, 소유권에 관한 소송으로 보상금이 공탁된 경우에는 소유권 관련 소송 판결 확정일로 한다. □ 조세특례제한법 (2021.12.28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것) 제77조의2 【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일 (사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일) 부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도 대금을 같은 법 제63조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상 (이하 이 조에서 “대토보상” 이라 한다) 받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도 소득세의 과세를 이연받을 수 있다. ② 제1항은 해당 공익사업의 시행자가 대통령령으로 정하는 방법으로 대토보상 명세를 국세청에 통보하는 경우에만 적용한다. ③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 1. 대 토보상받기로 한 보상금을 현금으로 받는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우 2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자하는 경우 등 대토보상으로 취득하는 토지에 관한 소유권이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 아니하는 경우 □ 조세특례제한법 시행령 (2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것) 제73조 【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 거주자가 법 제77조의2제1항에 따라 토지등을 사업시행자에게 양도하고 토지등의 양도대금의 전부 또는 일부를 해당 공익사업의 시행 으로 조성한 토지 (이하 이 조에서 “대토”라 한다) 로 보상받은 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 양도소득세 과세특례를 적용한다. 1. 세액의 감면을 신청하는 경우: 거주자가 해당 토지등을 사업시행자 에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액에 대한 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면한다. 해당 토지등의 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도차익에서 같은 조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 뺀 금액 × 대토보상 상당액 총 보상액 2. 과세이연을 신청하는 경우: 거주자가 해당 토지등을 사업시행자 에게 양도하여 발생하는 양도차익 중 다음 계산식에 따라 계산한 금액 (이하 "과세이연금액”이라 한다) 에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 해당 대토를 양도할 때에 대토의 취득가액에서 과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다. 이 경우 대토를 양도할 때는 「소득세법」제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 계산할 때 보유기간은 대토의 취득 시 부터 양도 시까지로 본다. 해당 토지등의 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도차익에서 같은 조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 뺀 금액 × 대토보상 상당액 총 보상액 ② 법 제77조의2제2항에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 법 제77조 의2 제1항에 따라 대토보상을 받은 자(이하 “대토보상자”라 한다)에 대한 보상명세를 다음 달 말일까지 대토보상자의 납세지 관할 세무서장 에게 통보하는 것을 말한다. ③ 사업시행자는 대토보상자에게 대토보상을 현금보상으로 전환한 때에는 그 전환내역을 다음 달 말일까지 제2항의 세무서장에게 통보하여야 한다. ④ 법 제77조의2제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제1항제1호에 따른 양도소득세 감면세액 전액 [제1항제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 총보상액에 대한 세액(거주자가 해당 토지등을 사업시행자에게 양도하여 발생하는 양도소득금액에 법 제77조에 따른 세액감면율을 적용한 세액)에서 거주자가 현금보상 또는 채권보상 등을 통하여 이미 납부한 세액을 뺀 금액으로 하며, 이하 이 조에서 “과세이연금액 상당 세액”이라 한다] 에 제63조제9항을 준용하여 계산한 이자상당액을 가산하여 해당 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부하여야 한다. 1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제3항에 따른 전매금지를 위반함에 따라 대토보상이 현금보상으로 전환된 경우 2. 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 해당 대토를 양도하는 경우. 다만, 대토를 취득한 후 3년 이내에 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우에는 그러하지 아니하다. ⑤ 법 제77조의2제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자 (제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다) 는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상 (제4호의 경우 법 제77조제1항에 따른 3년 만기보유특약이 체결된 때의 채권보상을 말하되, 현물 출자를 통해 받은 주식을 「부동산투자회사법」제26조의3 제4항제1호의 요건을 갖추지 않은 상태에서 처분할 경우 만기보유특약을 체결하지 않은 때의 채권보상으로 한다) 의 양도소득세 감면세액의 차액 (제1항제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액) 을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 (제3호에 따른 증여의 경우에는 3개월, 같은 호에 따른 상속의 경우에는 6개월) 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다. 1. 해당 대토에 관한 소유권 이전등기의 등기원인이 대토보상으로 기재되지 않은 경우 (제4호를 적용받는 경우는 제외한다) 2. 제4항제1호 외의 사유로 현금보상으로 전환된 경우 3. 해당 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어지는 경우 4. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리를 「부동산투자회사법」에 따른 부동산투자회사에 현물출자 하는 경우 □ 조세특례제한법 시행령 ( 2024.2.29. 대통령령 제34263호로 개정된 것) 제73조 【대토보상에 대한 양도소득세 과세특례】 ⑤ 법 제77조의2제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연을 받은 거주자 (제3호의 상속의 경우에는 해당 거주자의 상속인을 말한다) 는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 대토보상과 현금보상 (제4호의 경우 법 제77조제1항에 따른 3년 만기보유특약이 체결된 때의 채권보상을 말하되, 현물 출자를 통해 받은 주식을 「부동산투자회사법」제26조의3 제4항제1호의 요건을 갖추지 않은 상태에서 처분할 경우 만기보유특약을 체결하지 않은 때의 채권보상으로 한다) 의 양도소득세 감면세액의 차 액 (제1항제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액 상당 세액) 을 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 (제3호에 따른 증여의 경우에는 3개월, 같은 호에 따른 상속의 경우에는 6개월) 이내에 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다. 3. 해당 대토에 대한 소유권 이전등기를 완료한 후 3년 이내에 그 대토의 증여 또는 상속이 이루 어지는 경우 ○부칙 <제34263호, 2024.2.29.> 제22조(대토보상에 대한 양도소득세 납부에 관한 경과조치) 이 영 시행 전에 대토를 증여하거나 그 상속이 이루어진 경우의 양도소득세 납부에 관하여는 제73조제5항 제3호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. □ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제63조 【현금보상 등】 ① 손실보상은 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 현금으로 지급하여야 한다. 다만, 토지소유자가 원하는 경우로서 사업시행자가 해당 공익사업의 합리적인 토지이용계획과 사업계획 등을 고려하여 토지로 보상이 가능한 경우에는 토지소유자가 받을 보상금 중 본문에 따른 현금 또는 제7항 및 제8항에 따른 채권으로 보상받는 금액을 제외한 부분에 대하여 다음 각 호에서 정하는 기준과 절차에 따라 그 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상할 수 있다. 1. 토지로 보상받을 수 있는 자: 토지의 보유기간 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자로서 「건축법」제57조제1항에 따른 대지의 분할 제한 면적 이상의 토지를 사업시행자에게 양도한 자(공익사업을 위한 관계 법령에 따른 고시 등이 있은 날 당시 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기관에 종사하는 자 및 종사하였던 날부터 10년이 경과하지 아니한 자는 제외한다)가 된다. 이 경우 대상자가 경합(競合)할 때에는 제7항제2호에 따른 부재부동산(不在不動産) 소유자가 아닌 자 중 해당 공익사업지구 내 거주하는 자로서 토지 보유기간이 오래된 자 순으로 토지로 보상하며, 그 밖의 우선순위 및 대상자 결정방법 등은 사업시행자가 정하여 공고한다. 가. 국토교통부 나. 사업시행자 다. 제21조제2항에 따라 협의하거나 의견을 들어야 하는 공익사업의 허가ㆍ인가ㆍ승인 등을 하는 기관 라. 공익사업을 위한 관계 법령에 따른 고시 등이 있기 전에 관계 법령에 따라 실시한 협의, 의견청취 등의 대상인 중앙행정기관, 지방자치단체, 「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업 2. 보상하는 토지가격의 산정 기준금액: 다른 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 일반 분양가격으로 한다. 3. 보상기준 등의 공고: 제15조에 따라 보상계획을 공고할 때에 토지로 보상하는 기준을 포함하여 공고하거나 토지로 보상하는 기준을 따로 일간신문에 공고할 것이라는 내용을 포함하여 공고한다. ② 제1항 단서에 따라 토지소유자에게 토지로 보상하는 면적은 사업시행자가 그 공익사업의 토지이용계획과 사업계획 등을 고려하여 정한다. 이 경우 그 보상면적은 주택용지는 990제곱미터, 상업용지는 1천100제곱미터를 초과할 수 없다. ③ 제1항 단서에 따라 토지로 보상받기로 결정된 권리(제4항에 따라 현금으로 보상받을 권리를 포함한다)는 그 보상계약의 체결일부터 소유권이전등기를 마칠 때까지 전매(매매, 증여, 그 밖에 권리의 변동을 수반하는 모든 행위를 포함하되, 상속 및 「부동산투자회사법」에 따른 개발전문 부동산투자회사에 현물출자를 하는 경우는 제외한다)할 수 없으며, 이를 위반하거나 해당 공익사업과 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 사업시행자는 토지로 보상하기로 한 보상금을 현금으로 보상하여야 한다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항제1호가목에 따른 이자율의 2분의 1로 한다 1. 제93조, 제96조 및 제97조제2호의 어느 하나에 해당하는 위반행위를 한 경우 2. 「농지법」제57조부터 제60조까지, 제60조의2 및 제61조의 어느 하나에 해당하는 위반행위를 한 경우 3. 「산지관리법」제53조, 제54조제1호ㆍ제2호ㆍ제3호의2ㆍ제4호부터 제8호까지 및 제55조제1호ㆍ제2호ㆍ제4호부터 제10호까지의 어느 하나에 해당하는 위반행위를 한 경우 4. 「공공주택 특별법」제57조제1항 및 제58조제1항제1호의 어느 하나에 해당하는 위반행위를 한 경우 5. 「한국토지주택공사법」제28조의 위반행위를 한 경우 ④ 제1항 단서에 따라 토지소유자가 토지로 보상받기로 한 경우 그 보상계약 체결일부터 1년이 지나면 이를 현금으로 전환하여 보상 하여 줄 것을 요청할 수 있다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항제2호가목에 따른 이자율로 한다. ⑤ 사업시행자는 해당 사업계획의 변경 등 국토교통부령으로 정하는 사유로 보상하기로 한 토지의 전부 또는 일부를 토지로 보상할 수 없는 경우에는 현금으로 보상할 수 있다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항제2호가목에 따른 이자율로 한다. ⑥ 사업시행자는 토지소유자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 토지로 보상받기로 한 보상금에 대하여 현금보상을 요청한 경우에 는 현금으로 보상하여야 한다. 이 경우 현금보상액에 대한 이자율은 제9항제2호가목에 따른 이자율로 한다. 1. 국세 및 지방세의 체납처분 또는 강제집행을 받는 경우 2. 세대원 전원이 해외로 이주하거나 2년 이상 해외에 체류하려는 경우 3. 그 밖에 제1호ㆍ제2호와 유사한 경우로서 국토교통부령으로 정하는 경우 □ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 시행령 제24조의3 【토지로 보상받을 수 있는 자】 법 제63조제1항제1호 각 목 외의 부분 전단에서 “토지의 보유기간 등 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 자”란 공익사업을 위한 관계 법령에 따른 고시 등이 있은 날의 1년 전부터 계약체결일 또는 수용재결일까지 계속하여 토지를 소유한 자를 말한다.