공사진행률을 변경하여 세액을 재계산해야 한다는 청구주장의 당부

쟁점진행률이 임의로 산출되었다는 주장의 객관적 증빙이 제시되지 않은 반면, 정기총회자료에 근거한 청구법인이 제시한 진행률이 회계결산보고서상 적절한 것으로 감사의견이 제출된 쟁점진행률보다 객관적이라고 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 서울특별시 동대문구 OOO일대 주택재개발 정비사업을 위해 설립된 청구법인은 2018.6.29. 해당 주택재개발 정비사업 완료(준공인가)된 후, 2018사업연도에 대해 공사진행률 23.05%(이하 “쟁점진행률”이라 한다)를 적용하여 2019.3.31. 법인세를 신고하였다.나. 청구법인은 2018사업연도 법인세 신고 시, 조합원으로부터 현물출자 받은 부동산(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 취득가액을 사업시행인가일(2011.11.10.) 기준으로 감정평가하여 신고하였으나, 추후 검토한바, 관리처분계획인가일(2013.3.14.)을 기준으로 2024.3.1. 소급감정하여 취득가액을 재산정함이 타당하다(제주지방법원 2022.6.28. 선고 2021구합5301 판결 등)고 판단하여, 쟁점부동산을 관리처분계획인가일 기준으로 소급감정하였고, 2024.3.28. 재평가차액인 OOO원 중 수익사업분에 해당하는 OOO원을 2018사업연도의 손금(토지원가)에 반영해 달라는 경정청구를 하였다.다. 처분청은 쟁점부동산 재평가차액의 수익사업 분 OOO원 중 2018사업연도 공사진행률인 쟁점진행률을 적용하여 산출한 재평가차익 OOO원을 토지원가로 보아 손금에 산입하는 것이 타당하다고 판단하여 2025.5.28. 이 건 경정청구를 일부 인용하였고, 잔여액에 대한 경정청구를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.30. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인의 2018사업연도 법인세는 공정률과 분양률을 감안하여 산출한 진행률을 적용하여 신고하였어야 하는데, 단순히 매출액 및 관련 원가를 임의로 배분하여 신고한바, 실질과세 원칙에 따라 공정률과 분양률을 감안하여 산출한 진행률을 적용하여 쟁점부동산의 재평가차익의 손익을 인식하는 것이 타당하고, 이 건 경정청구 거부 처분은 위법하다.(가) 청구법인은 2024.3.28. 쟁점부동산을 재평가함에 따라 쟁점부동산 재평가차익 OOO원을 익금산입 및 손금불산입(유보) 및 손금산입 및 익금불산입(출자금)으로 조정하고, 재평가차익 중 일반분양분에 대한 토지원가 OOO원을 손금산입 및 익금불산입으로 세무조정해 달라는 경정청구를 하였다.(나) 처분청이 이 건 경정청구를 검토하던 중 청구법인은 2024.3.20. 쟁점부동산의 재평가차익을 증액하게 된 경위 및 감정평가 내역, 연도별 분양률 등을 제출하였고, 처분청은 일반분양분과 조합원분의 안분 기준을 확인하기 위해 2025.4.8. 근거서류를 요청하였으며, 청구법인은 2025.4.23. 해당 내용에 대하여 소명자료를 제출한 후, 추가적으로 2025.5.12. 청구법인의 결산자료를 바탕으로 진행률표를 재검토하여 39.54% 진행률(이하 “재검토 진행률”이라 한다)을 최종 제출하였다.(다) 청구법인은 2024.3.28. 이 건 경정청구를 신청하였고, 2025.5.2. 재검토 진행률을 제시하였으며, 처분청은 2025.5.28. 이 건 경정청구를 거부한바, 2018사업연도 법인세 경정청구는 적법하다.(라) 처분청은 청구법인이 2024.3.28. 경정청구 최초 접수 시, 분양매출 및 원가 관련 공사진행률 등에 대한 손익의 귀속시기 오류를 수정신고하지 않은 상태에서 2025.3.31. 2018사업연도 법인세에 대한 국세부과제척기간이 지났기 때문에 청구법인이 주장하는 재검토 진행률을 적용하여 수정신고를 할 수 없다는 의견이나, 국세 부과제척기간을 규정한 취지는 국세 부과 여부에 대한 국민의 신뢰보호를 위한 것이고, 경정청구제도는 국세부과의 과오를 시정하기 위한 제도이므로 국세부과제척기간이 경과하였다 하더라도 기존 국세부과의 과오가 있고, 납세자가 경정청구 가능 기한 내에 경정청구하였다면 얼마든지 기존 부과된 국세에 다툴 수 있는 것이다.(2) 청구법인이 당초 2015~2018사업연도 법인세 신고 시 적용한 진행률은 분양률ㆍ공정률을 기준으로 산정한 것이 아니고, 2015사업연도는 적게, 마지막 사업연도인 2018사업연도는 많도록 임의적 비율로 배분한 것으로, 손익귀속이 위법하게 산정된 것이므로 청구법인의 2018사업연도 법인세 과세표준 및 세액은 종전자산 재평가차액에 재검토 진행률을 적용하여 산정하여야 한다.(가) 청구법인은 세무 지식이 부족하여 세무대리인을 선임하여 당초 2015~2018사업연도 법인세를 신고하였고, 선임된 세무대리인을 신뢰하였기 때문에 이 건 경정청구 전까지 당초 신고한 법인세 산정내역에 오류가 있는지를 알 수 없었다.청구법인의 예산자료는 최초 재건축 계획단계에서부터 관련 관청에 제출하여 검토받도록 되어 있고, 결산자료의 경우도 내국세법에 따라 적법하게 집행하고 신고하도록 되어 있으며, 청구법인의 사업은 일부는 조합원의 자산을 출자받아 재건축을 진행하고, 일부는 일반분양(수익사업)으로 수익, 비용을 인식하는바, 쟁점진행률(시공사의 작업진행률)은 청구법인의 실제 사업진행률이 아니며, 시공사의 경우, 청구법인이 제출하는 수많은 예산 중 일부분일 뿐이며, 실제 청구법인은 2013년도부터 사업을 시행하여, 2013년도부터 일반분양 관련 원가가 투입되기 시작하였다.(나) 한편, 정기총회 결산자료의 경우, 오류가 있거나 고의로 누락한 경우 등에는 자금집행에 문제가 생겨 사업진행에 차질이 생길 뿐만 아니라 이러한 원인을 발생시킨 조합장 등이 업무상 배임 등으로 처벌받을 수 있기때문에 정기총회 결산자료 상 진행률이 청구법인의 실제 사업진행률을 반영하는 더 정확한 수치라 할 수 있다.청구법인의 정기총회 자료의 경우 여러기관으로부터 감사 및 검토를 받고, 조합원 전체가 청구법인의 결산에 대하여 정기총회에서 승인하는 절차를 취하도록 하기 때문에 그 어떤 자료보다 객관적으로 신빙성이 높다고 할 수 있다.(다) 청구법인이 집행한 회계처리에 대하여 회계법인이 ‘적정’ 감사의견을 준 것은 「주택법」에 따른 재무제표, 자금수지표 및 운영계산서가 적법하게 기재되어 있다는 것이지 청구법인의 대리인이 신고한 법인세 신고서가 정확히 작성되었다는 의미가 아니다.회계감사를 받는 수많은 주식회사가 회계감사 보고서상 ‘적정’의견을 받더라도 당초 신고한 세액에 대해 과세관청에 경정청구 하는 것은 비일비재하다 할 것이므로, 청구법인이 회계감사 보고서상 적정의견을 받았다고 해서 청구법인의 당초 진행률 산정이 적법하다는 처분청의 의견은 무리한 주장이다.나. 처분청 의견(1) 청구법인의 2018사업연도 분양매출 및 분양원가 관련 손익 귀속시기는 2024.3.31. 국세부과제척기간이 경과한바 추가로 손익 귀속시기를 수정 또는 경정하는 것은 불가능하다.(가) 청구법인은 2024.3.28. 경정청구 접수 시 쟁점부동산의 종전자산 재평가차익 OOO원 중 수익사업 분 OOO원을 2018사업연도 손금으로 반영하여 줄 것을 청구하였을 뿐, 분양매출 및 분양원가 관련 공사진행률 등 손익 귀속시기의 오류를 수정신고하지 않았고, 「국세기본법」 제26조의2 및 ‘국세기본법 기본통칙’ 26의2-0…1에서 ‘국세부과의 제척기간은 권리관계를 조속히 확정시키려는 것이므로 국세징수권소멸시효와는 달리 진행기간의 중단이나 정지가 없으므로 법 제26조의2 제1항 내지 제8항의 기간이 경과하면 정부의 부과권은 소멸되어 과세표준이나 세액을 변경하는 어떤 결정(경정)도 할 수 없다’고 명시한바, 청구법인의 2018사업연도의 법인세 신고 과세표준 및 세액은 2024.3.31. 부과제척기간이 지난 것으로, 공사진행률 등 손익 귀속시기의 오류 유무와 관계없이 분양매출 및 원가 관련 손익의 귀속시기를 변경하는 결정은 불가능하다.(나) 처분청은 이 건 경정청구와 관련하여 당초 청구법인에게 재평가차액 산정방식에 대해 질의하였고, 청구법인은 2025.5.12. 변경된 진행률표를 제시한바, 이는 청구법인이 당초 경정청구서에 기재한 환급금액과 상이하며, 2018사업연도 법인세 신고 과세표준 및 세액에 대해서는 2024.3.31. 국세 부과제척기간이 지났으므로, 2025.5.12.을 기준으로 청구법인의 손익 귀속시기를 변경하는 결정을 하는 것은 불가능하고,「국세기본법」에서 제척기간을 규정한 것은 다른 법률과 마찬가지로 권리관계를 조속히 확정하기 위한 것으로, 제척기간이 도과하면, 새로운 부과처분 및