쟁점부동산은 청구법인이 연구시설용으로 사용 중이므로, 감면된 취득세의 추징사유에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

청구법인과 쟁점법인은 별개의 법인으로 각각 존속하고 있고, 쟁점법인이 청구법인의 이 건 사업부문을 포괄승계한 것은 해당 부문과 관련된 권리·의무에 관한 것일뿐 그 법인격이 동일하다는 의미는 아닌 점 (조심 22지1317, 23.9.6. 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점법인으로부터 임대보증금 및 임대료를 수취하였다는 사실에 대해 청구법인과 처분청 사이에 다툼이 없는 점 등 고려시 쟁점부동산의 사용자는 임차한 쟁점법인으로서 청구법인이 직접 사용한 것으로 보기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.4.1. 경기도 성남시OOO대지 4,137㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 분양받아 취득한 후, 2020.4.21. 및 2023.1.9. 처분청에 그 사용목적을 연구소(80%)와 임대(20%)로 구분하고, 연구소 부분에 대하여는 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제4항 및 「경기도 도세 감면조례」 제8조 제1호에 따른 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 하여 취득세 등의 100분의 75를 감면하여 아래 ＜표1＞과 같이 취득세 등을 신고하였다.나. 청구법인은 2022.9.16. 이 건 토지 위에 지하 5층, 지상 12층 규모의 교육연구시설용 건축물 32,383.11㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지와 합하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축하여 취득한 후, 2022.11.1. 및 2023.1.9. 처분청에 그 사용목적을 연구소(80%)와 임대(20%)로 구분하고, 연구소 부분에 대하여는 「지방세특례제한법」(2021.12.28. 법률 제18656호로 개정된 것) 제78조 제4항 및 「경기도 도세 감면조례」 제6조 제1호에 따른 산업단지 등에서 산업용 건축물 등을 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산으로 취득세 등의 100분의 75를 감면하여 아래 ＜표1＞과 같이 취득세 등을 신고하였다.＜표1＞ 이 건 부동산의 취득세 등 신고내용(단위 : 원)○○○다. 처분청은 2023.6.16. 감면사후관리를 위하여 이 건 부동산을 현지조사한 결과, 청구법인이 2022.10.11. 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)와 이 건 건축물(32,383.11㎡) 중 5층부터 12층까지(연면적 26,580.27㎡로, 이하 그 부속토지를 포함하여 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 임대기간을 2022.10.11.부터 2027.12.31.까지로, 임대보증금을 OOO원(연 2.5% 인상 조건)으로, 임대료를 OOO원/평으로 하는 내용의 임대차계약을 체결한 사실을 확인하고, 청구법인이 쟁점부동산을 산업용 건축물 등의 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 다른 용도(임대)로 사용하여 취득세의 추징사유가 발생한 것으로 보아, 2023.8.8. 청구법인에게 「지방세특례제한법」 제78조 제5항 제2호에 따라 아래 ＜표2＞와 같이 취득세 등 합계 2,090,319,620원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.＜표2＞ 이 건 취득세 등 부과·고지 내용(단위 : 원)○○○라. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.31. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점부동산은 청구법인의 감면사업(자율주행 및 전기차 사업)부문을 포괄승계한 쟁점법인이 사용중이므로, 이는 추징사유인 다른 용도로 사용한 경우에 해당하지 않는다.(가) 청구법인은 2014.9.2. 법인명을 주식회사 OOO로 하고, 목적을 ‘제동, 현가, 조향장치 기타 자동차부품의 설계, 조립, 제조, 공급 및 자동차부품의 마케팅, 판매업’ 등으로 하여 설립되었다.이후 2021.9.2. OOO부문(이하 “이 건 사업부문”이라 한다) 등을 물적분할하여 주식회사 A를 설립하였고, A는 2021.12.2. 청구법인의 완전자회사(지분율 100%)인 쟁점법인에 흡수합병되면서 소멸하였다.(나) 「상법」 제530조의10은 “분할승계회사는 분할회사의 권리와 의무를 분할계획서에서 정하는 바에 따라 승계한다”고 규정하고 있는바, 상법상 분할의 경우에는 분할계획서에 따라 피분할회사의 권리의무는 사법상 관계나 공법상 관계를 불문하고, 그 성질상 이전이 허용되지 않는 것을 제외하고는 분할로 인하여 설립되는 회사에게 포괄승계된다(대법원 2013.6.27. 선고 2012두11782 판결, 조심 2021지507, 2021.6.15.등 다수, 같은 뜻임).(다) 주식회사 A는 청구법인의 사업 중 이 건 사업부문을 물적분할하여 설립된바, 「상법」에 따라 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 목적인 자율주행 및 전기차 사업 부문을 그대로 이전받아 영위하게 되었고, 주식회사 A를 흡수합병한 쟁점법인 또한 최종적으로 청구법인의 쟁점부동산에 관한 지위 내지 권리의무를 포괄승계한 것이다.쟁점법인은 청구법인의 쟁점부동산에 관한 권리의무를 포괄승계한 주체로서, 사업계획서에 승인된 목적대로 쟁점부동산을 사용하고 있으므로, 이는 청구법인이 해당 용도로 직접 사용한 것에 해당하고, 이에 따라 청구법인이 쟁점부동산을 다른 용도로 사용하였다는 전제에서 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 위법하다.(2) 산업단지 입주관리기관 또한 물적분할이라는 불가피한 상황을 인정하여 임대를 승인하였고, 취득세 감면 목적대로 여전히 사용중이므로, 추징사유에 해당하지 않는다.(가) 헌법재판소는 「지방세특례제한법」 제78조 제4항 제2호 가목에서 취득세를 감면하는 취지는 “산업단지등에서 산업용 건축물등을 건축하기 위한 부동산 취득에 대해서 취득세를 감면하는 취지는 산업단지 내 기업 입주를 촉진하여 공장 운영 등의 산업 활동을 장려하기 위한 것”이고,같은 조 제5항에서 감면된 취득세를 추징하는 취지는 “취득세를 감면받은 후 단기간 내에 부동산을 처분하거나 다른 용도로 사용하여 산업 활동에 제공하지 않는 경우에는 감면된 취득세를 추징함으로써 부동산의 시세차익을 노리는 행위나 세제상의 혜택만 활용하고 산업 활동에 사용하지 않는 행위를 억제하기 위한 것”이라고 판시한바 있다(헌법재판소 2020.3.26. 선고 2017헌바 527, 전원합의체 판결, 같은 뜻임).따라서 추징사유에 해당하는지 여부는 ‘부동산의 시세차익을 노리는 행위’이거나 ‘세제상 혜택만 활용하고 산업 활동에 사용하지 않는 행위’ 등 취득세 감면을 제공한 취지에 어긋나는 사정이 있는지에 따라 판단하여야 한다.(나) 이 건 부동산의 용지매매계약서 특약사항 제2조에서는 “매수인은 공장설립등의 완료신고 또는 사업개시 신고 이후 5년 이내에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 목적용지를 제3자에게 처분하거나 임대할 수 없도록 하되, 임대제한 기간 내에 부득이하게 임대를 해야 하는 경우 관리위원회 심의를 거쳐 관리기관이 승인받는 경우(관리기관에 신고를 완료한 경우를 포함)에 한하여 예외적으로 임대를 허용하고 있다.따라서 관리위원회의 심의를 거쳐 예외적으로 임대가 허용되는 경우라면, 임대라는 형식에도 불구하고 당초 계획된 산업활동의 장려라는 취득세 감면의 취지에 부합한다 할 것이다.(다) 설령 쟁점법인이 쟁점부동산을 사용하는 것을 사업주체 변경으로 본다 하더라도, 산업단지 입주관리위원회로부터 쟁점부동산이 임대를 허용할 만한 상황인지 여부를 심의받아 청구법인 및 쟁점법인이 각각 산업단지 입주계약을 체결한바, 이는 이 건 사업부문에 국한하여 연구용도에 사용한다는 감면취지를 여전히 충족한다는 전제에서 임대의 필요성을 인정받은 것이라 하겠다.(라) 다만, 청구법인이 쟁점법인과 쟁점부동산에 대한 임대차계약을 체결한 것은 두 법인이 별개의 법인으로서 쟁점부동산 사용에 관한 법률 관계를 명확하게 설정할 필요가 있기 때문이다.이러한 임대차계약을 체결하지 않을 경우 청구법인은 쟁점법인의 특수관계인으로서 「부가가치세법」 제12조 제2항의 단서에 따라 임대용역을 제공한 것으로 의제될 뿐만 아니라 「법인세법」 제52조 부당행위 계산 부인규정에 적용될 우려가 있었다.특히 청구법인이 이 건 사업부문을 물적분할한 이유는 분리를 통하여 사업의 전문성을 강화하고 경영효율성을 제고하는 한편, 사업특성에 맞는 신속하고 전문적인 의사결정이 가능한 지배구조 체계를 확립하여 시장 환경 및 제도변화에 신속히 대응하고 전문화된 사업영역에 기업이 역량을 집중하기 위한 목적 때문이었다.이러한 불가피한 경영상의 경우까지 취득세를 추징하는 것은 법인의 운영에 불합리한 제약을 가하는 것으로서, 입법자가 이러한 불합리를 의도하지는 않았다고 보는 것이 타당하다.이와같이 청구법인이 쟁점법인과 체결한 임대차계약은 일반적인 것과 다르며, 처분청이 제시하는 판결이나 조세심판결정은 사업주체 변경 내지 임대차계약 체결에 대한 관리기관의 승인이 있었는지 여부가