건물을 철거하고 토지만을 양도한 경우로서 관련 철거비용이 토지의 취득원가에 산입되는 양도소득세 필요경비에 해당하는지 여부

쟁점건물은 당초 토지만을 이용하려는 목적이 아니라 해당 건물의 보유기간 동안 청구인의 사업에 사용하기 위한 목적으로 취득·사용된 것으로 나타나므로 이를 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비로 인정하기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2013.9.27. 전북특별자치도 OOO 소재 토지 및 건물(목욕탕 및 이용원, 대지 330㎡)을 OOO원에 취득한 후, 2015.10.1. 일부 지분(1/2)을 양도하였고, 이후 2024.6.11. 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 철거(멸실)한 후, 2024.12.23. 남은 토지 지분(1/2, 이하 “쟁점토지”이라 한다)을 OOO원에 양도하였다.나. 청구인은 2025.1.31. 위 쟁점토지 양도에 대하여 양도가액을 OOO원으로, 취득가액을 OOO원(쟁점건물 취득가액 및 철거비용 포함)으로 기재한 2024년 귀속 양도소득세 예정신고서(납부세액 없음)를 제출하였다가, 2025.8.28. 취득가액을 당초 OOO원에서 OOO원으로 감액(쟁점건물 취득가액으로 신고한 OOO원을 필요경비에서 제외)하고, 납부할 세액을 OOO원으로 기재한 양도소득세 수정신고서를 처분청에 제출하였다.다. 처분청은 2025.9.11.～2025.9.20. 기간 동안 청구인의 위 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하여 청구인이 쟁점건물을 취득한 이후 상당기간 동안 사용하다가 철거한 경우로서, 동 건물의 철거비용(OOO원)은 토지의 취득원가에 산입할 수 없다고 보아, OOO원(총 공사금액 OOO원, 지분 1/2)을 필요경비 부인하여 2025.11.7. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.26. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 처분청이 쟁점건물의 철거비용을 양도소득세 필요경비에 산입하지 아니한 것은 「소득세법」 제97조 제1항 제2호 및 “소득세법 기본통칙” 97-0-08 규정에 반하는 것으로 이 건 양도소득세 부과처분은 위법·부당하다.(가) 「소득세법」 제97조 제1항 제2호 및 같은 법 시행령 제163조 제3항 제3호를 보면, 양도자산의 용도변경, 개량 또는 이용 편의를 위하여 지출한 비용(재해, 노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우 그 철거비용을 포함한다)은 필요경비에 산입하는 자본적 지출액으로 규정하고 있고, “소득세법 기본통칙” 97-0-08에 따르면, 토지만을 이용하기 위하여 토지와 건물을 함께 취득한 후 해당 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우 철거된 건물의 취득가액과 철거비용의 합계액에서 철거 후 남아있는 시설물의 처분가액을 차감한 잔액을 양도자산의 필요경비로 산입한다고 규정하고 있다.(나) 청구인이 보유한 쟁점건물은 1984.8.28. 사용 승인 후, 40여년이 지난 노후화된 상가 목욕탕 건물로서, 청구인은 2022.10.25. 전북특별자치도 OOO으로부터 “시설물 유지 관련 협조 요청(건물 노후화에 따른 누수, OOO)” 공문을 수령하였고, 그 공문의 내용을 보면, “「건축물관리법」 제51조(벌칙) 규정에 의거 안전조치 미이행으로 인명사고 발생 시 형사고발 등 불이익 처분을 받을 수 있음을 알려드립니다”라고 경고문이 기재되어 있었다. 이에 청구인은 부득불 쟁점건물을 철거할 수밖에 없는 실정이었는데, 자금부족 등으로 실행을 미루어오다가, 쟁점건물 소재지가 대단지 아파트와 상가가 밀집된 지역으로서 주차장이 부족한 사실을 인식하고, 2023.8.15. (유)A를 철거공사 업체로 선정하여 제반 공사업무를 위임시켰고, 2024.6.6. ㈜B을 통하여 철거공사를 진행한 후, 청구인과 청구인외 공유자가 각각 공사대금 OOO원을 지급하였다. 이후 2024.7.31. OOO으로부터 “노외주차장 설치 통보 수리(OOO)” 공문을 받아 주차장 공사를 진행하다가, 자금부족 등 사정으로 쟁점토지를 2024.12.23. 양도하게 되었다.(2) 따라서, 쟁점건물 철거는 청구인이 토지만을 이용하기 위하여 해당 건물을 철거하고 토지를 양도한 경우에 해당하므로 관련 철거비용은 양도소득세 필요경비에 산입되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 청구인은 쟁점건물 및 토지를 매수할 당시에 건물을 철거하고 토지만을 이용하려는 목적으로 일괄 취득한 것이 아니고 일정 기간 사용한 후 건물을 철거하고 토지를 양도하였으므로 기존건물의 취득가액을 필요경비에 산입할 수는 없고, 또한 상당기간 사용한 후 철거한 건물의 철거비용도 토지의 취득가액에 산입할 수 없으므로 필요경비 부인한 당초 처분은 적법하다.(가) 청구인은 건물의 철거비용이 「소득세법」 제97조 제1항 제2호 및 “소득세법 기본통칙” 97-0-08(건물 철거 비용의 필요경비 산입) 규정에 따라 자본적 지출에 해당된다고 주장하나, 청구인이 필요경비 인정의 근거로 제시한 상기 법령은 재해·노후화 등 부득이한 사유로 인하여 건물을 재건축한 경우에 그 철거비용을 포함한다는 내용의 조문이며, “소득세법 기본통칙” 97-0-08에서 규정하는 필요경비에 산입되는 철거 비용은 토지만을 이용하기 위하여 토지와 건물을 함께 취득 후, 해당 건물을 철거하고 토지만을 양도하는 경우에 한하는 것으로 청구인은 토지 이용목적으로 토지 및 건물을 취득한 것이 아니므로 이에 해당되지 아니한다.(나) 국세청 “양도소득세 집행기준” 97-163-41(철거되는 건물의 취득가액이 필요경비에 산입되지 않는 경우)에 따르면, 토지와 건물을 함께 취득하여 장기간 사용 후 건물을 철거하고 나대지 상태로 양도하는 경우에는 건물의 취득가액과 철거비용 등은 토지의 취득가액에 산입되지 아니한다.(2) 따라서, 청구인의 쟁점토지 양도에 대하여 쟁점건물 철거비용을 필요경비에 산입하지 아니하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 적법하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점건물을 철거하고 토지만을 양도한 경우로서 관련 철거비용이 토지의 취득원가에 산입되는 양도소득세 필요경비에 해당하는지 여부나. 관련 법령(1) 소득세법제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.제100조(양도차익의 산정) ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.1. 제163조 및 「법인세법」 제121조에 따른 계산서2. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서3. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결