과?면세 겸영사업자가 과세사업장에서 주택임대에 대한 신고를 하면서 사업자등록 정정을 누락한 경우 조특법§97의3의 적용 여부

1. 사실관계 ○ ‘14.1.3. 서울시 서초구 방배동 소재 다세대 주택*매입하여 임대시작 * 해당 건물은 상가(2호실)과 주택(7호실)의 복합건물 ○ 신청인은 상가에 대하여 비주거용건물임대업으로 사업자등록(A사업장)하고(일반과세자) - 주택에 대하여 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제5조 에 따라 임대사업자등록을 하고 ｢소득세법｣ 제168조 에 따라 신청인의 주소지를 사업장(B사업장)으로 하여 주택임대업으로 사업자등록함 ○ ‘18년 이후 신청인은 주택임대에 대한 수입금액 신고를 실제 부동산 소재지의 A사업장에서 이행하였으나, A사업장에 주택임대업의 업종 추가는 누락함 2. 질의요지 ○ 주택과 상가가 복합된 건물을 매입하여 임대를 개시한 거주자가 부가가치세법상 일반과세자의 사업자등록과 소득세법상 주택임대업의 사업자등록하고 임대하던 중 - 주택임대사업의 수입금액 신고를 과세사업장에서 하면서도 일반과세자의 사업자등록에 주택임대업의 업종추가를 누락한 경우에도, 소득법§168에 따른 사업자등록이 유지된 것으로 보아 조특법§97의3을 적용할 수 있는지 여부 3. 관련 법령 □ 조세특례제한법 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 대통령령으로 정하는 거주자가 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호 에 따른 민간건설임대주택으로서 같은 조 제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]한 후 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 그 주택을 양도하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 양도소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 70의 공제율을 적용한다. 1. 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우 ② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다. ③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다. ④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. □ 조세특례제한법 시행령 제97조의3 【장기일반민간임대주택 등에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 「소득세법」제1조의2제1항제1호에 따른 거주자를 말한다. ② 법 제97조의3제1항제1호에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제4호 또는 제5호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 10년 이상 계속하여 등록되어 있고, 그 등록 기간 동안 통산하여 10년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업ㆍ재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 「주택법」에 따른 리모델링의 시행으로 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다 ③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다. 1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」제44조제4항에 따라 정한 기준을 준용한다. 2. 「주택법」제2조제6호에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것 3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 10년 이상 임대할 것 4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것 ④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」제5조제3항에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. □ 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】 ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관한 세무서장에게 등록하여야 한다. ② ｢부가가치세법｣에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다. ③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 ｢부가가치세법｣제8조를 준용한다. □ 소득세법시행령 제220조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】 ① 법 제168조제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 사업자등록신청서를 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출해야한다. ② 법 제168조제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자 중 주택임대사업을 하려는 자는 제1항에 따른 사업자등록신청서를 제출할 때 재정경제부령으로 정하는 임대주택명세서를 첨부해야 한다. 이 경우 임대주택명세서에 갈음해 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제6항 에 따른 임대사업자 등록증 사본을 첨부할 수 있다. ③ 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말한다)에게 임대사업자 등록을 신청하면서 법 제168조제1항에 따른 사업자등록을 위해 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제3항 에 따른 신청서에 제1항에 따른 사업자등록신청서를 함께 제출한 경우에는 법 제168조제1항에 따른 사업자등록을 신청한 것으로 본다. 이 경우 「부가가치세법 시행령」 제11조제5항 본문에 따른 발급기한은 사업자등록신청서가 국세정보통신망에 도달한 때부터 기산한다. □ 부가가치세법 제8조 【사업자등록】 ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 신청을 받은 사업장 관할 세무서장(제3항부터 제5항까지의 규정에서는 본점 또는 주사무소 관할 세무서장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 사업자등록을 하고, 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 등록증(이하 "사업자등록증"이라 한다)을 발급하여야 한다. ⑧ 제7항에 따라 등록한 사업자는 휴업 또는 폐업을 하거나 등록사항이 변경되면 대통령령으로 정하는 바에 따라 지체 없이 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서에 따라 등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다. □ 부가가치세법 시행령 제14조 【사업자등록 사항의 변경】 ① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신고인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)해야 한다. 1. 상호를 변경하는 경우 2. 법인 또는 「국세기본법」 제13조제1항 및 제2항에 따라 법인으로 보는 단체 외의 단체로서 재정경제부령으로 정하는 단체가 대표자를 변경하는 경우 3. 재정경제부령으로 정하는 사업의 종류에 변동이 있는 경우 4. 사업장[법 제8조제3항에 따른 사업자 단위 과세 사업자(이하 "사업자 단위 과세 사업자"라 한다)의 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장을 말한다]을 이전하는 경우 5. 상속으로 사업자의 명의가 변경되는 경우 6. 공동사업자의 구성원 또는 출자지분이 변경되는 경우 7. 임대인, 임대차 목적물 및 그 면적, 보증금, 임차료 또는 임대차기간이 변경되거나 새로 상가건물을 임차한 경우( 「상가건물 임대차보호법」 제2조제1항 에 따른 상가건물의 임차인이 사업자등록 정정신고를 하려는 경우, 임차인이 같은 법 제5조제2항에 따른 확정일자를 신청하려는 경우 및 확정일자를 받은 임차인에게 변경 등이 있는 경우로 한정한다) 8. 사업자 단위 과세 사업자가 사업자 단위 과세 적용 사업장을 변경하는 경우 9. 사업자 단위 과세 사업자가 종된 사업장 을 신설하거나 이전하는 경우 10. 사업자 단위 과세 사업자가 종된 사업장의 사업을 휴업하거나 폐업하는 경우 11. 사이버몰[ 「전기통신사업법」 제5조 에 따른 부가통신사업을 하는 사업자(이하 "부가통신사업자"라 한다)가 컴퓨터 등과 정보통신설비를 이용하여 재화 등을 거래할 수 있도록 설정한 가상의 영업장을 말한다. 이하 같다]에 인적사항 등의 정보를 등록하고 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 하는 사업자(이하 "통신판매업자"라 한다)가 사이버몰의 명칭 또는 「인터넷주소자원에 관한 법률」에 따른 인터넷 도메인이름을 변경하는 경우 □ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다. 7. "임대사업자"란 「공공주택 특별법」 제4조제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. □ 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 【임대사업자의 등록】 ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. ② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다. 1. 삭제 <2018.1.16> 2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택 3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 ③ 제1항에 따라 등록한 자가 그 등록한 사항을 변경하고자 할 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 임대주택 면적을 10퍼센트 이하의 범위에서 증축하는 등 국토교통부령으로 정하는 경미한 사항은 신고하지 아니하여도 된다.