종합소득세경정거부처분취소

【원 고】 원고 (소송대리인 법무법인 세진 담당변호사 박규택) 【피 고】 해운대세무서장 【변론종결】2024. 9. 5. 【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청구취지】 피고가 2020. 12. 21. 원고에게 한 종합소득세경정청구거부처분 중 2,023,920,591원 부분을 취소한다. 【이 유】1. 기초사실 가. 관련 형사 판결 선고 및 추징 등 경위 (1) 원고는 2016. 7. 12.경부터 2017. 6. 22.경까지 업무상 보관하던 10개 회사들(이하에서 통틀어서 ‘이 사건 회사들’이라 함)의 돈을 아래와 같이 횡령하였다(이하 ‘이 사건 업무상횡령’이라 함)는 등의 공소사실로 기소되었다(이와 관련한 수사 및 재판 절차를 이하에서 통틀어 ‘관련 형사 사건’이라 함). 그에 따른 형사재판에서 제1심 법원은 2019. 7. 26. 위 공소사실을 포함한 공소사실 전부를 유죄로 인정하여 원고를 징역 3년에 처하고, 부패재산의 몰수 및 회복에 관한 특례법(이하 ‘부패재산몰수법’이라 함) 제6조 제1항 및 제3조 제1항에 따라 원고로부터 이 사건 업무상횡령에 따른 횡령액 합계 5,099,171,840원(이하 ‘이 사건 횡령금’이라 함)을 추징하는 내용의 판결을 선고하였다[부산지방법원 2019고합78, 2019고합277(병합), 이하 ‘관련 형사 판결’이라 함]. 순번피해자횟수(회)피해금액(원) 1소외 1 회사10197,156,950 2소외 2 회사155,000,000 3소외 3 회사155,000,000 4소외 4 회사571,710,335,509 5소외 5 회사241,645,208,731 6소외 6 회사3175,000,000 7소외 7 회사9351,567,954 8소외 8 회사34761,276,686 9소외 9 회사1110,000,000 10소외 10 회사138,626,010 합계?1415,099,171,840 (2) 원고는 관련 형사 판결에 항소하였으나 2020. 1. 30. 항소가 기각되었고(부산고등법원 2019노398호), 항소심 판결에 대한 원고의 상고 또한 기각되어(대법원 2020. 5. 14. 선고 2020도2112 판결) 관련 형사 판결은 그대로 확정되었다. (3) 이 사건 업무상횡령과 관련하여, 원고 명의의 예금계좌 등에 대한 추징보전결정(부산지방법원 2019. 2. 19. 자 2019초기264 결정)이 이루어졌고, 관련 형사 판결 확정 후 그에 따른 집행이 이루어져, 2020. 9. 14.경부터 2020. 10. 26.까지 사이에 추징금 5,099,171,840원의 납부가 완료되었다. (4) 이 사건 회사들은 2020. 6.경 부산지방검찰청에 이 사건 업무상횡령에 따른 피해금액 상당의 환부를 청구하였고, 이에 따라 2020. 12. 17. 환부 결정이 이루어졌다. 나. 원고의 경정청구 및 이에 대한 거부처분 등의 경위 (1) 부산지방국세청장(이하 ‘이 사건 조사청’이라 함)은 2019. 8. 27.부터 2019. 12. 2.까지 이 사건 회사들에 대한 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 함)를 실시하였다. 그 결과 이 사건 조사청은 원고가 이 사건 회사들을 실질적으로 관리·운영하고 있다고 보고, 이 사건 업무상횡령의 횡령금액 5,099,171,840원(이하 ‘이 사건 횡령금’이라 함) 및 소외 4 회사가 소외 11에 대한 급여 명목으로 지급한 104,143,677원(이하 ‘소외 11 급여’라 함)이 모두 원고에게 실질적으로 귀속되었다고 판단하였다. 이에 따라 이 사건 조사청은 2019. 12. 2. 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항에 따라 아래와 같이 소득금액 변동 사항을 통지하였다(이하 ‘이 사건 소득금액 변동 통지’라 함). 대상 회사소득귀속연도합계 2016년2017년2018년 소외 5 회사·1,365,031,475원1,788,021,896원3,153,053,371원 소외 4 회사·621,115,849원1,193,363,337원1,814,479,186원 소외 1 회사141,380,160원94,402,800원·235,782,960원 총합5,203,315,517원 (2) 원고는 2020. 2. 29. 이 사건 소득금액 변동 통지에 따라 피고에게 2016년~2018년 귀속 종합소득세 수정신고 및 납부를 완료하였다(이하 ‘이 사건 신고·납부’라 함). (3) 원고는 2020. 9. 28. 이 사건 횡령금 및 소외 11 급여 상당액 합계 5,203,315,517원이 원고에게 귀속되었다고 볼 수 없다는 취지의 이유로 피고에게 아래와 같이 이 사건 신고·납부에 따른 과세표준 및 세액의 경정을 청구하였다(이하 ‘이 사건 경정 청구’라 함).