자산관리수수료 관련 매입세액 안분계산시, 예정사용면적과 예정공급가액을 혼용(2단계 안분)하여 안분비율을 산정한 것이 적정한지 여부 등

택분양사업이 과·면세 겸영사업이라는 것에 다툼이 없다면 쟁점자산관리수수료 중 주택분양사업분은 또 다른 공통매입세액으로 볼 수 있는 측면이 있고, 면세로 공급된 국민주택규모 초과 주택 관련 토지의 면적 비중이 고려되었다면 사실상 처분청의 산정방식과 그 결과가 유사했을 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 안분방식은 잘못이 없음 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 서울특별시 광진구 OOO 일원의 E재정비촉진구역에 대한 도시정비형 재개발사업의 시행자로,(1) 개발업무를 수행하기 위하여 주식회사 A(이하 “쟁점자산관리회사”라 한다)와 자산관리서비스 계약을 체결하여 자산관리서비스에 대한 수수료 합계 약 OOO원(이하 “쟁점자산관리수수료”라 한다)을 지급하고 이에 대한 매입세금계산서를 수취한 후, 해당 매입세액 약 OOO원을 예정사용면적의 비율로 안분하여 면세사업분(24.39%)을 각 과세기간의 매출세액에서 불공제하는 한편,(2) 공동주택인 B역 인근 C에 대한 분양업무를 시공사인 D 주식회사(이하 “D㈜”이라 한다)에 위탁하여 분양업무위탁수수료 합계 약 OOO원(이하 “쟁점분양업무위탁수수료”라 한다)을 지급하고 이에 대한 매입세금계산서를 수취한 후, 해당 매입세액 약 OOO원을 ‘국민주택규모 이하’ 주택과 ‘국민주택규모 초과’ 주택의 분양가액 비율로 안분하여 면세사업분(48.61%)을 각 과세기간의 매출세액에서 불공제하였다.나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과,(1) 쟁점자산관리수수료와 관련하여 예정공급가액이 일부 사업에 대해서만 존재하는 경우, 1차적으로 예정사용면적에 비례하여 안분계산한 후, 2차적으로 예정공급가액이 있는 사업부분에 대한 매입세액을 예정공급가액에 비례하여 안분계산하여야 하므로, 쟁점자산관리수수료에 대한 면세비율을 재계산하고,(2) ‘국민주택규모 초과 주택’의 분양가액 중 토지분은 과세공급가액이 아닌 면세공급가액이므로 ‘국민주택규모 초과 주택’의 토지 분양가액을 면세공급가액에 포함하여 쟁점분양업무위탁수수료에 대한 면세비율을 재계산하여,부가가치세를 경정하라는 취지의 처분지시를 하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점자산관리수수료에 대한 면세비율을 24.39% → 32.15.%로 상향조정하고, 쟁점분양업무위탁수수료에 대한 면세비율도 48.61% → 79.07%로 상향조정하여, 2025.4.14. 청구법인에게 아래 ＜표1＞과 같이 2020년 제2기, 2021년 제1기, 2023년 제1기·제2기 및 2024년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정·고지하는 한편, 2025.3.11. 청구법인의 2024년 제2기 부가가치세 확정신고 당시 환급세액 OOO원 중 OOO원만을 환급(OOO원에 대한 환급거부)하였다.＜표1＞ 이 건 과세처분 내역(단위 : 원)OOO다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.4. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 「부가가치세법 시행령」제81조 제4항 단서에 따라 쟁점자산관리수수료의 매입세액에 대하여 예정사용면적이라는 단일한 기준으로 안분계산을 한 것은 타당하다.(가) 법령의 근거 없이 과세요건을 확대해석하여 공통매입세액 안분 방식을 창설하는 것은 조세법률주의에 반하는 위법·부당한 처분이다.1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건, 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용될 수 없다(대법원 2001.2.23. 선고 OOO 판결, 대법원2016.1.28. 선고 OOO 판결 등).2) 「부가가치세법」은 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준에 따라 안분하도록 규정하고 있고, 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우 해당 과세기간에 대한 안분은 ① 총매입가액(공통매입가액 제외)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율, ② 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율, ③ 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율의 순서로 적용하되 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 예정사용면적 기준을 우선적용하는 것으로 규정하고 있다.3) 처분청은 쟁점자산관리수수료가 공통매입액임을 인정하면서도 관련 매입세액에 대한 안분비율 산정 시 예정사용면적 기준을 우선적용한 후, 일부 예정공급가액이 산출되는 부분에 대하여 예정공급가액 비율을 재차 안분하였는데, 이와 같이 2단계로 안분하는 것은 법령상 근거 없이 과세요건을 확대해석하여 산정방식을 창설한 것으로서 조세법률주의 원칙상 허용될 수 없는 확장해석 또는 유추해석에 해당한다.(나) 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 단서에 의하면, 예정사용면적을 우선 적용하여 안분비율을 산정할 수 있다.1) 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항은 같은 조 제1항에 따라 공통매입세액을 안분함에 있어 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 각 호의 순서에 따르는 것이며, 다만 건물·구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업 등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다고 규정하고 있다.2) 법원은 지역주택조합추진위원회가 개발업무대행 계약을 체결하여 조합원 모집 및 관리, 사업 관련 인·허가 업무, 조합 행정, 모델하우스 건립 및 운영 지원, 공사도급계약 및 토지매입 업무대행 용역, 설계, 감리 등 각종 용역계약 체결 지원, 일반분양·근생시설 관리 분양, 업무대행비 집행과 관리 등의 업무를 대행하도록 하여 발생한 용역대금은 해당 사업 전반에 관련된 공통매입세액으로, 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 제3호에 따라 예정사용면적의 비율로 안분하여야 한다고 판시하였고(서울행정법원 2018.3.29. 선고 OOO 판결, 서울고등법원 2018.8.30. 선고 OOO 판결), 조세심판원 또한 ‘“재개발사업행정업무대행용역도급계약서”는 제2조에서 용역의 범위로 조합의 행정업무 대행·자문, 관리처분계획 인허가 대행·자문, 분양처분 고시 대행, 청산업무 자문 등을 기재하고 있어 쟁점이 된 금액은 조합원 외에 주택분양과도 관련된 업무 등을 대행하는 용역비에 해당하는 것으로 보이는바, 이에 대해서는 구 「부가가치세법 시행령」 제61조 제4항 단서의 규정에서 정한 계산방법인 제3호를 적용하여 산정한 면세관련 매입세액을 불공제하는 것이 타당하다’고 결정(국심 OOO, 2003.11.26.)한 바 있다.이와 같은 심판례에 의하면 「부가가치세법 시행령」 제81조 제4항 단서 조항은 건물의 신축 또는 취득을 위하여 직접적으로 발생하는 비용에 국한되지 않고, 해당 건물의 신축 또는 취득을 위하여 발생하는 사업과 관련하여 발생하는 비용에 대하여 적용되는 것으로 유추해석할 수 있다.3) 청구법인은 E재정비촉진구역에서의 업무시설, 숙박시설, 문화집회시설, 청사시설, 공동주택의 신축을 통한 개발을 목적으로 설립된 특수목적회사이고, 청구법인이 지출한 쟁점자산관리수수료는 자산관리위탁 계약에 따라 개발프로젝트를 수행하기 위한 자산의 매입, 인허가, 자산관리, 처분, 사무수탁까지 포괄하여 제공하는 용역의 대가로 발생하는 수수료로서, 본 개발사업만을 위하여 지출되는 비용에 해당한다. 한편, 해당 사업과 관련한 건축물 등이 완공되어 분양·임대 등의 수익이 발생하기 전에는 공급가액이 발생하지 않는 반면, 해당 건축물의 인허가 등 목적으로 개발을 통해 취득한 부동산에 대한 용도를 제출하도록 되어 있어 예정사용면적의 경우에는 비교적 정확하게 산출할 수 있고, 인허가 시 적용된 예정사용면적이 최종 건축물 준공 시 확정면적과도 차이가 크지 아니할 것으로 예상된다.4) 따라서, 쟁점자산관리수수료는 개발 프로젝트에 포괄하여 귀속되는 공통매입세액이고, 이 건은 건물을 신축 공급하면서 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에 해당하므로, 「부가가치세법 시행령」 제81조에 따라 예정사용면적 비율을 우선 적용하여 공통매입세액을 안분하는 것이 타당하다.(2) 쟁점분양업무위탁수수료를 「부가가치법 시행령」 제81조 제4항 단서에 따라 예정사용면적을 기준으로 안분계산하여 면세분을 산정한 것은 타당하다.(가) 청구법인은 E재정