쟁점설비의 투자가 조특법 제130조에 따른 조세감면 배제대상에 해당하는지 여부

조특법 제130조 제1항의 단서규정에서 내국인이 산업단지에서 증설투자하는 경우를 통합투자세액공제 배제대상의 예외로 규정하고 있고 이는 산업단지 내의 증설투자는 조세감면대상으로 인정한다는 취지로 해석되는 점, 조특법 제130조 제2항은 중소기업이 아닌 자가 1990.1.1. 이후 사업을 개시하거나 종전의 사업장을 이전설치하는 경우를 규정하고 있는 것으로 청구법인과 같이 증설투자를 위해 공장을 신설하는 경우까지 포함된다고 보이지 않는 점, 쟁점공장은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의한 산업단지 내에 위치하고 있다는 것에 대해서는 다툼이 없음 남대문세무서장이 2024.12.16. 청구법인에게 한 2022∼2023사업연도 법인세의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1962.8.24. 신문발행, 출판, 외간 및 정기간행물의 발간을 목적으로 설립된 법인으로, 1978년 12월 서울특별시 중구 OOO으로 본사를 이전한 후 현재까지 사업을 영위하고 있다.나. 이후 청구법인은 인쇄를 위한 윤전공장(이하 “쟁점공장”이라 한다)을 건립할 목적으로 수도권과밀억제권역인 인천광역시 부평구 OOO 토지를 매입하고 2022.8.19.부터 2023.11.17.까지 신문인쇄를 위한 윤전기 등(이하 “쟁점설비”라 한다) 구입비용으로 OOO원을 지급하였다.다. 청구법인은 2024.5.10. 쟁점설비 구입비용에 대한 통합투자세액공제 적용을 누락하였다며 2022～2023사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급하고 2023사업연도 법인세 이월세액 OOO원을 증액해달라는 취지로 경정청구를 하였으나,처분청은 쟁점설비는 수도권과밀억제권역 내에 새로운 사업장을 설치하고 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득한 사업용 고정자산에 해당하므로 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제130조 제2항에 따라 조세감면 배제대상에 해당한다고 보아, 2024.12.16. 이를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.12. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점설비 투자는 국가산업단지에서 이루어진바, 조특법 제130조 제1항 단서 규정에 따라 통합투자세액공제 적용이 가능하다.(가) 조특법 제130조 제1항은 1989.12.31. 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인이 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 증설투자에 해당하는 것에 대해서는 같은 법 제24조의 통합투자세액공제를 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.다만, 조특법 제130조 시행 이전부터 사업을 경영하고 있던 내국인의 과밀억제권역 내 투자에 대한 세액공제를 전면 배제하는 것은 불합리한바, 대체투자에 대해서는 투자세액공제를 허용하고 있고, 증설투자의 경우 조특법 제130조 제1항의 단서조항에서 대통령령으로 정하는 산업단지 또는 공업지역에서 증설투자를 하는 경우에 한하여 투자세액공제가 가능하다고 규정하고 있다.청구법인은 1989.12.31. 이전 수도권과밀억제권역에서 사업을 하고 있는 내국인으로 증설투자에 해당하는 쟁점설비 투자를 하고, 한국수출국가산업단지로 지정되어 있는 OOO에서 쟁점설비를 취득하였으므로 통합투자세액공제가 가능하다.(나) 청구법인은 본사에서 제작되는 기사의 공급을 위하여 쟁점설비를 취득한 것으로서 이는 본사 사업을 위하여 취득한 자산에 해당하는바, 조특법 제130조 제1항의 적용 대상이다.쟁점설비는 본점에서 제작된 기사를 독자에게 전달하는 방법 중 지면을 통하여 전달하는 하나의 수단에 불과하므로 쟁점설비에 대한 투자는 기사와 정보를 제공하는 본점의 사업을 위하여 필요한 설비에 해당하므로 본점의 사업을 위하여 취득한 자산인 것이다.이는 조특법 제130조 제1항에서 규정하는 “1989년 12월 31일 이전부터 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인이 수도권과밀억제권역에 있는 해당 사업장에서 사용하기 위하여 취득하는 사업용 고정자산”에 해당하는바, 제130조 단서 조항에 의거하여 조세감면이 가능한 것이다.한편, 쟁점설비 투자지역이 본사 소재지와 상이하므로 조특법 제130조 제1항의 단서조항 적용이 불가하다는 처분청의 의견은 수도권과밀억제권역내 증설투자는 세액감면을 배제하면서도 단서조항으로 국가산업단지내 투자를 배제대상에서 제외한 조특법 제130조 제1항의 조문 형태를 잘못 해석하고 있는 것으로, 만약 처분청의 의견과 같이 최초 사업개시장소와 투자지역이 상이하여 조세감면이 배제되는 것이라면 수도권과밀억제권역에서 계속하여 사업을 경영하고 있는 내국인의 본점이 당초부터 산업단지에 위치하여야만 세액공제가 가능하다는 잘못된 논리로 귀결되며, 이러한 경우 굳이 단서 조항에서 산업단지 등을 별도로 규정하면서 감면을 허용할 이유가 없다.또한 쟁점설비 등에 대한 투자가 쟁점공장의 사업을 위한 취득이라는 처분청의 의견은 쟁점공장에서 자체적으로 인쇄사업만을 수행하기 위하여 쟁점설비를 취득하였다는 의미로서 설득력이 없다.(다) 대법원은 사업용 고정자산을 사용하기 위해 취득하는 사업장은 사업의 실질적이고 주요한 부분을 수행하는 사업장을 기준으로 판단(OOO)한다고 판결하였으며, 조세심판원 또한 주된 사업활동이 일어나는 곳을 사업장으로 봄이 타당하다고 결정(조심 2017중174, 2018.4.6.)한바 있다.특히 최근 조세심판원은 1989.12.31. 이전 서울특별시 강남구에서 사업을 개시한 중견기업이 2006년에 설치한 OOO사업장에서 취득한 사업용 자산에 대하여 조특법 제130조 제1항의 단서 조항에 따라 투자세액공제 적용이 가능하다고 결정(조심 2024서2756, 2025.8.19.)하였으며, 이러한 사실관계는 이 건 청구법인의 사실관계와 동일하다.＜표1＞ 조심 2024서2756 결정례와 이 건 비교 구분 이 건 심판청구 조심 2024서2756 사업개시 연도 1964년 1989년 사업개시 장소 서울특별시 중구 서울특별시 강남구 법인형태 중견기업 중견기업 쟁점설비 소재지 및 설치 시점 OOO (2023) OOO 공업지역 (2006) 쟁점설비 지역 공업단지 해당여부 해당 해당 (2) 청구법인의 쟁점설비 투자는 조특법 제130조 제1항에 따라 감면배제 여부가 판단되는 것으로 같은 법 제130조 제2항은 적용대상에 해당하지 않는다.(가) 조특법 제130조는 2003년 개정되면서 기존에 규정된 “1990년 이후 수도권과밀억제권역에서 사업을 개시한 기존 내국인”을 중소기업과 비중소기업으로 구분한바, 1989년 이전 사업을 개시한 청구법인은 개정된 제2항의 적용대상에 해당하지 않는다.구 「조세감면규제법」 제43조의6(수도권 안의 투자에 대한 조세감면배제)은 시행시점을 기준으로 1989.12.31. 이전 수도권 안에서의 계속 사업자인 내국인과 1990.1.1. 이후 수도권 안에서의 신규사업자로 크게 2가지 부류로 구분한 후 조특법 제130조까지 같은 내용으로 유지하다가, 2003년 개정되면서 1989.12.31. 이전 계속 사업자인 내국인은 그대로 두고 1990.1.1. 기점 이후 수도권 안에서의 신규사업자를 중소기업과 중소기업이 아닌 자로 다시 구분하여 3가지 분류로 규정하였다.이는 1989.12.31. 이전 수도권 안에서의 계속 사업자인 내국인은 아무런 변동사항 없이, “1990년 이후 수도권과밀억제권역에서 사업을 개시한 기존 내국인”을 중소기업과 비중소기업으로 구분한 것에 불과한바, 청구법인은 개정 후 제2항의 적용대상에 해당하지 않는다.(나) 조특법 제130조 제2항의 개정 취지는 1990년 이후 수도권에서 사업을 개시한 중소기업에게도 혜택을 부여하기 위한 것이므로 1989년 말 이전부터 이미 사업을 개시한 법인은 제130조 제2항의 적용대상에 해당될 수 없다.＜조특법 제130조 제1항의 개정 내용＞ (다) 최근 조세심판원도 처분청이 수도권과밀억제