저가양수한 토지의 양도차익을 취득한 사업연도 익금으로 해야 한다는 주장의 당부

저가양수로 인하여 법인이 분여받은 이익은 추후 양도할 때 양도차익에 포함되어 과세되는 것임 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2017.12.8. 설립되어 부동산 매매 및 임대업, 타이어 도·소매업 등을 영위하는 법인으로, 2018.12.28. a, b, c(이하 “a 외 2인”이라 한다)로부터 대구광역시 수성구 OOO 소재 토지(대 OOO㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)를 OOO원 취득하고, 2019.10.15. 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)에 OOO원에 양도한 후, 쟁점토지의 처분이익 OOO원을 각 사업연도 소득에 포함하여 2019사업연도 법인세를 신고·납부하였다.나. 대전지방국세청장은 2021.3.17.부터 2021.9.18.까지 청구법인의 당시 대표이사 d에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점토지의 실질적 소유자는 명의수탁자인 a 외 2인이 아니라 명의신탁자인 d이고, d가 2018.12.28. 청구법인에게 쟁점토지를 양도한 당시의 쟁점토지 시가를 OOO원(2019.1.11. 청구법인이 A에게 양도한 가액)으로 보아, d가 특수관계인인 청구법인에게 시가보다 낮은 가액으로 쟁점토지를 저가 양도한 경우에 해당하므로, 부당행위계산부인 규정을 적용하여야 한다는 세무조사결과를 처분청에 통지하였다.다. 처분청은 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제45조의5(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제)를 적용하여 2024.1.2. 청구법인의 주주인 e, f, g에게 각각 2018.12.28. 증여분 증여세 OOO원을 결정·고지하였다.라. 청구법인은 쟁점토지의 시가(OOO원)와 매입가액(OOO원)의 차액을 쟁점토지를 취득한 2018사업연도의 익금에 산입하고, 동 금액 상당액을 쟁점토지를 양도한 2019사업연도의 익금에서 제외해달라는 취지로 2025.3.28. 처분청에 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.8.27. 이를 거부하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.19. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장과세 일관성 및 공정성 유지를 위해 「법인세법」상 수익 인식시기와 상증세법상 증여시기를 일치시킬 필요가 있으므로, 쟁점토지의 시가와 매입가액의 차액은 쟁점토지를 양도한 사업연도(2019사업연도)가 아닌 쟁점토지를 취득한 사업연도(2018사업연도)의 익금에 산입하여야 한다.(1) 「법인세법」 제40조 제1항에서 손익의 귀속시기는 익금과 손금이 “확정”된 날이 속하는 사업연도로 규정하고 있다. 이는 기업회계기준에서는 발생주의에 따라 수익·비용을 인식하나, 「법인세법」은 권리·의무 확정시점을 기준으로 과세하는 입법 취지가 반영되어 있음을 의미한다. 이 때 “확정”의 의미는 비록 실현되지 않았더라도 실현이 가능하면 익금으로 인식할 수 있는 상태를 뜻한다.(2) 상증세법 시행령 제34조의5 제4항은 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제 규정을 적용함에 있어서 특정법인의 이익을 산정할 때, 시가와 대가와의 차액에 상당하는 금액에서 “특정법인의 법인세 산출세액”을 차감하도록 규정하고 있는데, 만약 증여세 부과 시에는 쟁점토지 취득일을 증여일로 보아 증여세를 부과하고, 법인세 부과 시에는 쟁점토지 양도일을 수익 인식시기로 보아 법인세를 과세하게 되면, 증여세법상 증여시기와 「법인세법」상 수익 인식시기가 불일치하게 된다. 따라서, 특정법인의 증여이익 산출 시 “특정법인의 법인세 산출세액”이 차감되지 않아 불합리한 결과가 초래된다.비록, 「법인세법」상 수익 인식시기를 상증세법상 증여시기와 일치시켜야 한다는 명문의 규정은 없으나, 상증세법 시행령 제34조의5 제4항에서 특정법인의 이익 산정 시 특정법인의 법인세 산출세액을 공제한다고 명시한 것은 「법인세법」상 수익 인식시기를 상증세법상 증여시기와 동일하게 취급하겠다는 의미가 내포된 것으로 해석하는 것이 합리적이다.(3) 「법인세법 시행령」 제19조 제2호는 “양도한 자산의 양도 당시의 장부가액”을 손금으로 규정하고 있고, 여기서 양도 당시의 장부가액은 세무상 장부가액을 의미하는바, 청구법인이 2018사업연도에 쟁점토지를 저가 취득하여 얻은 이익이 상증세법에서 증여이익으로 의제된 이상, 쟁점토지의 세법상 장부가액은 매입가액(OOO원)이 아니라 매입가액에 증여 이익(OOO원)을 가산한 OOO원이 되어야 한다. 따라서, 2019사업연도에 청구법인이 쟁점토지를 양도할 때 「법인세법」상 유형자산 처분이익이 발생한 것으로 보는 것은 합리적이지 않다.(4) 과세관청은 2018년에 이미 청구법인이 특수관계인으로부터 쟁점토지를 저가 양수하여 이익을 얻었다는 사실을 인정하고 있으므로, 법인세도 이에 부합하도록 2019사업연도(쟁점토지의 양도일이 속하는 사업연도)가 아닌 2018사업연도(쟁점토지의 취득일이 속하는 사업연도)에 수익이 귀속될 수 있도록 하여야 한다.나. 처분청 의견관련 법령, 법원 판례, 국세청 유권해석 등을 고려할 때, 쟁점토지 취득일이 속하는 사업연도에 수익을 인식하여 시가와 매입가액의 차이를 취득가액에 가산할 수 없다.(1) 「법인세법」상 별도 규정 없이 시가와 매입가액의 차이를 취득일이 속하는 사업연도의 수익으로 인식하여 취득가액으로 반영할 수 없다.상증세법 제45조의5 및 같은 법 시행령 제34조의4는 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제 규정으로, 법인의 수익 인식시기 및 자산의 취득가액에 관한 규정이 아니다.「법인세법」과 상증세법은 납세의무의 성립요건 및 시기, 납세의무자를 서로 다르게 정하고 있다. 「법인세법」상 자산의 취득가액은 「법인세법」 제41조 및 같은 법 시행령 제72조에서 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 취득세, 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액으로 저가 양수한 토지의 취득가액은 실제 매입가액이다.다만, 「법인세법」 제15조 및 같은 법 시행령 제72조 제3항 제1호는 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 시가보다 낮은 가액으로 저가 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액을 익금에 산입하는 경우에는 이를 취득가액에 가산하는 것으로 별도로 규정하고 있으나, 토지를 저가 매입하는 경우에는 시가와 매입가액의 차액을 익금에 산입하여 취득가액에 반영한다는 별도 규정이 없으며, 양도시점에 과세소득으로 실현되므로 취득시점에 수익으로 반영하지 않는다.따라서, 상증세법상 증여의제 규정의 의미를 추정하여 「법인세법」상 수익 인식시기 및 취득가액을 변경할 수 없다.(2) 국세청은 법인이 특수관계에 있는 자로부터 자산을 시가에 미달하게 취득한 경우에도 시가와 취득가액의 차액은 법인세 과세표준 계산시 익금에 산입하지 않는다고 유권해석하였고(법인 22601-2497, 1986.8.9.), 취득가액은 매입가액에 취득세, 등록세, 기타 부대비용을 가산한 금액이므로, 자산을 시가보다 저가로 매입한 경우에도 시가와 매입가액의 차액은 익금에 산입하지 않는다고 유권해석한 바 있다(법인세과-656, 2011.9.7.).(3) 법원과 감사원도 법인이 특수관계인으로부터 토지를 저가 취득한 경우, 법인세 과세표준 산정 시 토지의 취득가액을 시가로 할 수 없다고 판결 또는 결정한 바 있다(광주지방법원 2025.1.23. 선고 2023구합1170 판결, 2023-심사324, 2023.11.28.).3. 심리 및 판단가. 쟁점특수관계인으로부터 토지 저가 취득 시, 시가와 매입가액의 차액을 토지를 취득한 사업연도의 익금에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.(가) 청구법인은 2018.5.17. a 외 2인으로부터 쟁점토지를 OOO원에 매수하기로 하는 내용의 부동산 매매계약서를 작성하였다.(나) 청구법인은 2019.1.11. A에 쟁점토지를 OOO원에 매도하기로 하는 내용의 부동산 매매계약서를 작성하였다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.청구법인은 쟁점토지의 시가와 매입가액의 차액은 쟁점토지를 양도한 사업연도(2019사업연도)가 아닌 쟁점토지를 취득한 사업연도(2018사업연도)의 익금에 산입하여야 한다고 주장하나,「법인세법」 제41조 제1항 제1호는 법인이 타인으로부터 매입한 자산의 취득가액은 매입가액에 부대비용을 더한 금액으로