① 본안심리 여부② 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부 ③ 완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

① 처분청이 직권감액 후 환급하여 불복대상이 되는 처분이 부존재함, ② 심리생략,③ 무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있고, 따라서 합병구주의 가액(피합병법인 주식의 취득가액)은 「법인세법」 제19조의 손금에 해당하는 것으로 보임 OOO세무서장이 2025.8.13. 청구법인에게 한 2019사업연도 법인세 OOO원의 경정청구 거부처분은,1. OOO세무서장이 2026.5.22. 감액경정·환급한 2019사업연도 법인세 OOO원에 해당하는 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 이를 각하하고,2. 나머지 경정청구 세액에 대한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1.처분개요가.청구법인은 1989.2.15. 설립되어 OOO업 등을 영위하다가 2021.1.1. 지주회사로 전환한 법인으로, 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 고용노동부장관에게 2019사업연도분 장애인고용부담금 OOO원(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 납부하였다.나.한편 청구법인의 완전자회사인 A 주식회사(이하 “쟁점합병법인”이라 한다)는 2019.11.30. 당시 청구법인의 완전자회사였던 B 주식회사(이하 “쟁점피합병법인”이라 한다)를 신주 발행 없이 무증자 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)한 뒤 2019.12.2. 이에 관한 합병등기를 마쳤으며, 청구법인은 쟁점합병으로 소멸한 쟁점피합병법인의 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)의 장부가액을 2019사업연도 법인세 신고 시 손금에 산입하지 아니하였다.다.청구법인은 2025.3.31. 쟁점부담금 및 쟁점주식 취득가액 OOO원 합계 OOO원을 손금에 산입하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점부담금 및 쟁점주식의 취득가액이 「법인세법」상 손금산입 대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 2025.8.13. 위 경정청구를 거부하였다.라.청구법인은 이에 불복하여 2025.11.7. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 장애인고용부담금은 법령에 따른 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금이 아니므로 이는 「법인세법」상 손금에 해당한다.(가) 「국세기본법」 제2조 제8호는 공과금을 「국세징수법」에서 규정하는 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있는 채권 중 국세등 및 이에 관계되는 가산금 및 체납처분비를 제외한 것으로 규정하고 있고, 국세기본법령은 법인세를 비롯한 국세에 관한 기본적·공통적인 사항 등을 규율하는 법령이므로 위 ‘공과금’의 의미는 법인세법령상 ‘공과금’의 의미를 해석함에 있어서도 동일하게 적용할 수 있는바, 장애인고용법 제37조 제1항 및 제3항의 문언에 비추어 볼 때 쟁점부담금은 공과금에 해당하는 것이다(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결 참조).(나) 쟁점부담금은 사업주가 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용한 경우 장애인고용법 제33조에서 규정하고 있는 산식에 따라 산출된 금액을 납부하도록 한 것으로서, 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 특별부담금’에 해당(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 결정 참조)한다.(다) 장애인고용부담금은, 제재와 독립적으로 부과되는 금전지급의무 성격이 강하고, 사업에 수반되는 사업경비의 성격을 가지며, 제재처분의 일반적 부과요건인 책임요건을 고려하고 있지 않다는 점에서, 의무위반에 대한 제재로서 부과된 것이라고 단정하기 어렵다(서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결 및 서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결 참조).(2) 쟁점주식의 세무상 장부가액(취득가액)은 법인세법령상 청구법인의 손금에 해당한다.(가) 무증자 합병의 경우 합병법인이 합병으로 취득하는 주식이 없으므로 합병법인이 소유하게 된 피합병법인 주식에 대하여 ‘합병에 따라 취득한 주식등’의 취득가액을 규정한 「법인세법 시행령」제72조 제2항 제5호를 적용할 수 없다.(나) 무증자 합병이 있는 경우 소멸된 피합병법인의 주주가 가진 권리는 사실상 소멸되는 것이므로 이러한 피합병법인의 주식가액은 무증자 합병에 따라 그 손실이 실현되었다고 봄이 상당하고, 이러한 금액은 자본 또는 출자의 환급이나 잉여금의 처분 등과 같이 법인세법령이 손금불산입 대상으로 규정한 항목에도 해당하지 아니한다.(다) 한편, 쟁점합병으로 소멸한 쟁점피합병법인은 합병 당시 순자산가액이 음(-)인 완전자본잠식 상태였다.(라) 투자주식 전부가 무상감자될 경우 그 장부가액을 손금에 산입하여야 한다고 본 국세청 예규(사전-2017-법령해석법인-0666, 2018.3.16.), 투자주식 전부가 무상감자된 후 피투자법인에 대한 채권이 출자전환됨에 따라 주주의 지위가 계속 유지되는 경우에도 그 주식의 가액을 손금에 산입하여야 한다고 본 기획재정부 예규(재법인-87, 2004.2.5.), 연결자법인 간 무증자 합병 시 이연된 양도손실을 합병시점에 환입하여야 한다고 해석한 기획재정부 예규(기획재정부 법인세제과-130, 2021.3.4.) 및 완전자회사 간 무증자 합병 시 소멸되는 피합병법인 주식을 손금에 산입하여야 한다고 본 기획재정부 및 국세청 예규(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29. 및 사전-2020-법령해석법인-0170, 2020.3.30.) 등에 비추어 보면, 쟁점주식의 장부가액은 청구법인의 손금에 산입하여야 하는 것이다.나. 처분청 의견(1) 쟁점부담금은 손금불산입 대상이다.(가) 장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하면서 의무고용률 미달 시 부담금을 부과하고, 장애인고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부담기초액’은 최저임금법상 최저임금액의 100분의 60 이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 중한 정도에 따라 가산되며, 장애인고용부담금 납부의무자가 납부의무를 불이행하면 국세 체납처분의 예에 따라 강제징수할 수 있는 등 장애인고용부담금은 법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금에 해당한다.(나) 장애인고용부담금은 장애인고용법상 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 납부하도록 하는 것인바, 기획재정부 또한 유권해석을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있다(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21. 참조).(다) 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우 제도의 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과가 예상된다.(2) 쟁점주식의 장부가액은 손금산입 대상이 아니다.(가) 법인세법령상 완전자회사간 무증자 합병은 사실상 조직형태의 변경에 불과하여 피합병법인 주주가 보유하던 경제적 지분은 합병법인에게 그대로 이전되므로 그 지분가치는 단절되지 아니하고, 주식의 양도나 소각 등이 실질적으로 발생하지 아니한 무증자 합병에서는 기존의 장부가액이 사라지거나 재평가될 근거가 없으며, 주식 등 자산의 단순 평가손실·가치 변동 등은 법인세법령상 인정되지 아니하므로 기존 주식의 장부가액은 계속하여 유효한 자산가액에 해당하는 한편 합병법인 주식의 가액은 종전 피합병법인 주식의 장부가액으로 볼 수 있는 것이다.(나) 완전자회사 간 무증자 합병은 피합병법인 주식이 멸실되었다 하더라도 모회사의 자회사에 대한 지배가 유지되고 모회사가 보유한 순자산의 변동이 없어 이는 무상감자로 인한 주식 멸실(소각)과 실질이 다른바, 청구법인이 제시한 관련 기획재정부 및 국세청 예규(재법인-87, 2004.2.5. 및 사전-2017-법령해석법인-666, 2018.3.16.)는 이 건에 적용할 수 없다.(다) 연결재무제표 작성 대상에는 모회사와 완전자회사 이외에도 모회사가 일부 지분만을 소유한 자회사도 포함되어 있어, 연결법인 간 자산양도손익의 이연에 관한 규정은 모회사 및 자회사 간의 주식양도손익 등이 연결법인 간 내부거래에 관한 손익이므로 그 귀속시기를 별도로 정한 것인바, 청구인이 청구주장의 근거로 제시한 관련 세법해석의 경우 이 건에 적용할 수 없다.(라) 청구법인이 제시한 기획재정부 해석사례(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29.)는 모회사가 100% 지분을 소유하고 있지 아니한 자회사 간의 합병에 관한 것으로서, 이는 완전자회사 간의 합병인 이 건에 적용할 수 없다.(마) 청구법인이 제시한 국세청 예규(사전-2020-법령해석법인-0170, 2020.3.30.)는 이 건과 사실관계가 동일하기는 하나, 이는 기획재정부 해석사례(기획재정부 법인세제과-12, 2024.1.4.)를 근거로 정비되어 삭제된 것이다.(바) 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제1호의3은 위와 같은 경우 피합병법인의 주식가액이 합병법인의 주식가액에 가산되는 것임을 명확하게 규정하고 있다.(사) 「법인세법」 제19조는 손금의 범위를 ‘손금불산입으로 규정한 것을 제외하고, 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실과 비용의 금액으로 한다’고 규정하고 있으나, 완전자회사 간 무증자 합병의 경우 피합병법인의 순자산이 합병법인에게 승계되는 것이므로, 피합병법인의 주식 자체는 소멸하더라도 모회사 입장에서 실질적인 순자산의 감소가 없어 피합병법인 주식의 장부가액은 손금에 해당하지 아니하는 것이다.(아) 청구법인도 쟁점합병에 따라 당초 가지고 있던 쟁점주식이 형식적으로는 소멸하지만 실제로 쟁점합병 전·후로 어떠한 경제적 가치가 변하지는 아니하므로 손익을 인식할 이유가 없고, 장부가액법에서는 내부지분 변동을 회계상 거래로 보지 않으므로 합병일에 회계처리를 하지 아니한 것이며, 합병일 이후 회계연도 말에 회계 및 세무상 장부가액 차이를 조정하기 위해 양편조정으로 세무조정을 한 것이다.(자) 청구법인은 쟁점피합병법인이 자본잠식상태였으므로 쟁점주식의 세무상 장부가액이 청구법인의 손금에 해당한다고 주장하나, 무증자 흡수합병 전·후 모회사의 순자산 변화를 사례로 살펴보면 다 음 그림과 같은바, 완전모회사 입장에서는 순자산의 변동이 없으므로 피합병법인 주식의 장부가액은 합병법인 주식의 장부가액에 가산되어야 하는 것이다.3.심리 및 판단가.쟁점① 이 건 심판청구 중 감액경정·환급된 세액에 관한 부분이 적법한지 여부② 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부③ 완전자회사 간의 무증자합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액이 완전모회사의 손금산입 대상인지 여부나.관련 법령 : ＜별지＞ 기재다.사실관계 및 판단(1)쟁점부담금 및 관련 경정청구에 관한 사실관계는 다음과 같다.(가) 청구법인은 2025.3.31. 쟁점부담금 및 쟁점주식 취득가액을 손금에 산입하여 관련 2019사업연도 법인세를 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.8.11. 위 경정청구를 거부하는 통지(법인세과-1462)를 하였고, 해당 통지서는 2025.8.13. 송달되었다.(나) 이후 장애인고용법상 장애인고용부담금이 법인세법령상 손금에 해당한다는 대법원 판결이 선고(대법원 2026.3.12. 선고 2024두30809 판결 등)되었다.(다) 처분청은 2026.5.21. 쟁점부담금을 청구법인의 손금에 산입하여 청구법인의 2019사업연도 법인세 OOO원을 직권으로 감액경정하였고, 2026.5.22. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원 및 환급가산금 OOO원 합계 OOO원을 환급하였다.(2)쟁점주식 및 관련 경정청구에 관한 사실관계는 다음과 같다.(가) 쟁점합병은 쟁점합병법인이 쟁점피합병법인의 주식에 대하여 쟁점합병법인의 신주를 교부하지 아니하는 무증자 합병(합병비율 1:0)으로, 합병등기일인 2019.11.30. 당시 쟁점주식의 세무상 장부가액은OOO원이고, 청구법인은 합병등기일 당시 쟁점주식의 회계상 장부가액을 OOO원으로 인식하여 이에 관한 별도의 회계처리를 하지 아니하였다.(나) 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시 쟁점주식의 세무상 장부가액 OOO원을 손금산입(△유보)함과 동시에 이를 손금불산입(기타)하였다.(다) 청구법인은 쟁점주식의 세무상 장부가액이 쟁점합병의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입되어야 한다고 주장하며 2025.3.31. 2019사업연도 법인세에 대한 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.8.13. 이를 거부하였다.(라) 「법인세법 시행령」(2024.2.29. 대통령령 제34266호로 일부개정된 것) 제72조 제5항 제1호의3(이하 “쟁점신설규정”이라 한다)의 연혁 및 취지는 다음과 같다.1) 쟁점신설규정은 2024.2.29. 같은 법 시행령이 대통령령 제34266호로 일부개정되면서 신설되었다.2) 쟁점신설규정에 관하여 재정경제부가 발간한 ‘2023 간추린 개정세법’ 및 국세청이 발간한 ‘2024년 개정세법 해설’ 내용은 각각 아래 ＜표1＞·＜표2＞ 기재와 같은바, 이에 따르면 그 개정이유는 ‘자산의 취득가액 조정규정 명확화’에 있다.＜표1＞ ‘2023 간추린 개정세법’ 중 일부OOO＜표2＞ ‘2024년 개정세법 해설’ 중 일부OOO(마) 관련 해석사례는 다음과 같다.1) 청구법인이 제시한 재정경제부 예규 및 국세청 예규는 아래 ＜표3＞ 기재와 같다.＜표3＞ 청구법인이 제시한 해석사례OOO2) 처분청이 제시한 기획재정부 예규는 아래 ＜표4＞ 기재와 같다.＜표4＞ 처분청이 제시한 기획재정부 예규OOO(바) 청구법인이 제시한 쟁점합병법인의 2019사업연도 감사보고서 내용은 아래 ＜표5＞ 기재와 같다.＜표5＞ 청구법인이 제시한 쟁점합병법인의 2019사업연도 감사보고서OOO(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제55조 제1항은 ‘이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 법 제65조 제1항 제1호 마목, 제80조의2 및 같은 법 시행령 제52조의2 제1호는 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있는바,처분청은 당초 청구법인이 쟁점부담금 및 쟁점주식 취득가액의 손금산입을 토대로 2019사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하며 제기한 경정청구를 거부하였다가, 이 건 심판청구 제기 이후 위 경정청구 중 쟁점부담금에 관한 부분을 받아들여 2019사업연도 법인세 OOO원을 감액경정하고 청구법인에게 환급하였으므로, 이 부분 경정청구 거부통지에 대한 심판청구는 불복의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하여 부적법한 청구에 해당하는 것으로 판단된다.(나) 다음으로 쟁점②는 쟁점①이 각하되어 심리 실익이 없으므로 심리를 생략한다.(다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 처분청은 완전자회사 간 무증자 흡수합병 시 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액은 모회사의 손금에 해당하지 아니한다는 의견이나,완전자회사 간 합병 시 모회사가 보유하고 있는 피합병법인 주식의 손금 산입이 되는지에 대한 판단은 「법인세법」상 주식의 취득, 보유, 처분과 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정에 따라 판단되어야 하고, 해당 규정에 명시되지 아니한 사안에 대해서는 손금에 대한 일반 규정인 「법인세법」 제19조에 따라 판단되어야 할 것인바, 무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있고, 따라서 합병구주의 가액(피합병법인 주식의 취득가액)은 「법인세법」 제19조의 손금에 해당하는 것으로 보이는 점,무증자합병으로 인하여 주식을 교부받지 못한 피합병법인의 주주가 합병법인의 주주라는 이유로 당해 피합병법인 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산할 법령상 근거는 없어 보이므로 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식가액에 가산하여 증액하는 것은 임의평가증에 해당하는 것으로 보이고, 이는 「법인세법」상 허용되지 아니한다고 할 것인바, 이에 대하여 처분청은 이러한 증액이 자산의 대체라는 의견이나, 합병법인의 주식 수가 변동이 없는 상황에서 그 장부가액을 증가시키는 것을 평가(임의평가증)가 아니라고 보기 어려운 점,2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에 쟁점신설규정을 신설한 것은 ‘무증자합병의 경우 신주 발행이 없어 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호의 적용대상에 해당하지 아니하여 무증자합병 시 합병법인 주식의 평가를 할 근거가 없고, 피합병법인의 장부가액이 「법인세법」 제19조 손비의 일반원칙에 따라 손금으로 되는 문제가 발생함에 따라 이를 정책적 목적에서 방지하기 위해’ 합병법인 주식의 장부가액에 피합병법인 주식의 장부가액을 가산할 수 있도록 근거를 마련한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 완전자회사 간 무증자 흡수합병 시 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액이 모회사의 손금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 해당 부분에 대한 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.4.결론이 건 심판청구는 부적법하거나 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.2026. 6. 24.