신축 판매 목적으로 다중주택을 신축하였으므로 쟁점매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

쟁점건물의 사용승인을 받고, 직후부터 4년 이상 임대하다 양도한 점, 상당수 임차인들은 다중주택에 전입신고하여 실제 거주한 것으로 보이는 점 등에 비추어 다중주택을 부가가치세가 면제되는 주택임대업에 사용한 것으로 보임 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2019.4.30. 주거용 건물 건설업을 업종으로 하여 ‘A’(이하 “쟁점사업장”이라 한다)라는 상호로 사업자등록을 한 사업자로, 2020.2.18. 서울특별시 동작구 OOO 토지(대, 182㎡) 지상에 근린생활시설(1층, 79.13㎡) 및 다중주택(2∼4층, 191.48㎡, 이하 근린생활시설과 합하여 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여, 2024.12.20. 쟁점건물을 양도하였다.나. 청구인은 2019년 제2기∼2020년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 쟁점건물의 신축공사비에 관한 매입세액 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 공제하지 않고 부가가치세를 신고·납부하였다.다. 청구인은 2025.1.31. 쟁점건물은 판매 목적으로 신축한 다중주택에 해당하므로, 쟁점매입세액을 공제하여야 한다는 취지로 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.4.17. 청구인에게 아래 ＜표1＞과 같이 토지 및 주택 임대 관련 매입세액(OOO원)은 불공제하고, 귀속이 불분명한 매입세액(OOO원)은 근린생활시설과 주택의 면적비율로 안분계산하여 근린생활시설에 해당하는 매입세액 상당액(OOO원)은 공제대상으로 보아 인용 결정하였으나, 주택에 해당하는 매입세액 상당액(OOO원)은 매입세액 불공제하는 내용의 경정청구 처리결과를 통지하였다.＜표1＞ 경정청구에 대한 처분청의 경정내역(단위 : 백만원)OOO라. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.15. 이의신청을 거쳐, 2026.1.9. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인이 부가가치세 신고 시 쟁점매입세액을 공제하지 않은 이유는 다음과 같다.(가) 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제4호는 “대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역”을 부가가치세 면제로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제106조 제4항 제1호는 “전용면적 85㎡ 이하의 국민주택”을 면세대상으로 규정하면서 같은 호 괄호에서 “기획재정부령으로 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다”고 규정하고 있다. 위 규정은 주로 서민이 거주하는 다가구주택에 대하여 세제 혜택을 준 것인데, 다중주택의 경우 가구당 전용면적이나 형태는 다가구주택과 유사하나, 부가가치세 면제를 적용함에 있어서 다가구주택과 동일하게 적용하여야 하는지에 대해 확립된 법리가 없고, 이견이 있었다.(나) 청구인은 이를 보수적으로 해석하여 부가가치세 신고 시 쟁점매입세액을 공제하지 않고 신고하였다.(다) 청구인은 ① 쟁점사업장 사업자등록 시 건물건설업을 표방하면서 실제 그 업종으로 사업자등록을 하였고, ② 쟁점건물을 판매하기 위하여 공인중개사에게 매물 등록을 의뢰하는 등 계속적인 판매노력을 하였으며, ③ 이러한 취지에서 소득세 신고 시 쟁점건물을 재무제표에 재고자산으로 계상하여 신고하였으며, ④ 즉시 매매가 되지 않아 이를 활용하여 자금을 융통하여야 하므로 부득이 임대한 것이다.(라) 청구인은 쟁점사업장 이외에도 건물을 신축하여 판매하는 다수의 사업장을 영위하였다.(마) 그러나, 처분청은 청구인이 쟁점건물 신축 당시부터 주택임대업을 목적으로 쟁점건물을 신축한 것으로 보아, 청구인이 부가가치세가 면제되는 주택임대업을 영위하였으므로, 쟁점매입세액 중 주택에 해당하는 부분에 대해서는 청구인의 경정청구를 거부하였다.(2) 청구인은 사업자의 지위로서 쟁점건물을 양도하였으므로, 법원 판례 등에 따라 쟁점매입세액은 부가가치세 과세표준에서 공제되어야 한다.(가) 법원은 “여관건물의 신축 양도를 포함한 위 건물들의 신축 양도행위는 모두 수익을 목적으로 하고, 그 규모, 횟수, 양태 등에 비추어 계속성과 반복성이 있는 사업활동으로 보기에 충분하고 이와 같이 사업활동으로 반복하여 부동산매매를 하는 이상 보유하는 기간 동안 위 여관건물에서 여관업을 영위하거나 이를 임대하였다고 하여 부동산매매업자로서의 사업성에 영향을 미친다고 할 수 없다”고 판시하였다(대법원 1997.10.24. 선고 OOO 판결 등).(나) 또한, 법원은 빌라를 분양할 목적으로 신축하였으나, 분양이 되지 않아 일시적으로 임대를 한 사건에 대하여 “원고가 분양목적으로 건축한 빌라 4세대가 경기침체 등으로 분양되지 아니하므로 그 중 2세대를 임대기간 중 가옥을 매매하여도 이의가 없다는 조건을 붙여 분양될 때까지 일시적·잠정적으로 임대한 경우에는 이른바 자가공급에 해당하는 자기 사업을 위하여 직접 사용소비하는 경우에 해당한다고 할 수 없다”고 판시하였다(대법원 1984.1.24. 선고 OOO 판결 등).(다) 나아가, 법원은 “원고는 주택신축판매업의 사업자등록상 개업 및 폐업을 반복하여 오는 등 주택신축판매를 업으로 하여 온 사람이고, 이 사건 주택과 관련한 사업자등록 또한 주택신축판매업으로 하였다. 그리고 원고는 2017년 귀속 종합소득세 신고서에 첨부한 표준합계잔액시산표에 이 사건 주택의 가액을 재고자산으로 계상하여 주택신축판매업에 따른 판매대상 자산으로 회계처리하였다. 원고가 이 사건 주택의 공급 전에 수개월간 이 사건 주택의 각 호실을 임대하고 있었지만, 이는 원고가 위 주택의 건축비용을 조기에 회수하기 위한 것이거나 이 사건 주택을 매도하기 전까지 임시로 임대한 것으로 보이고, 나아가 장래 매수인으로 하여금 임차보증금을 승계함으로써 적은 자금으로 이 사건 주택을 매수하면서도 많은 임대수익을 얻을 수 있도록 하여 이 사건 주택을 매수할 유인을 마련하려는 의도가 있었다고 보인다. 따라서 이 사건 주택의 임대는 이 사건 주택 신축 및 판매에 부수하여 이루어진 일시적·잠정적인 것에 불과하므로, 원고가 이를 영업으로 하였다고 보기 어렵다”고 판시하였다(서울행정법원 2021.6.8. 선고 OOO 판결).(라) 앞서 살펴본 바와 같이 청구인은 사업자의 지위로서 쟁점건물을 양도한 것이 명백하므로, 위 법원 판례 등에 따라 쟁점매입세액은 부가가치세 과세표준에서 공제되어야 한다.나. 처분청 의견청구인은 쟁점건물이 판매되지 않아 일시적으로 임대한 것이라고 주장하나, 청구인은 당초 부가가치세 신고 시부터 주택임대로 사용할 것을 인지하고 매입세액 불공제로 신고하였을 뿐만 아니라, 「건축법」을 위반하여 쟁점건물의 2층∼4층을 독립된 주거의 형태를 갖춘 원룸형 주택으로 시공한 후 임대한 것으로 확인되는바, 일시적으로 임대하였다는 청구주장은 이유 없다.(1) 청구인은 다음과 같이 쟁점건물을 각 호실별로 주택으로 임대하였다.(가) 청구인은 2020.2.18. 쟁점건물의 사용승인을 받은 후, 1층은 과세사업에 해당하는 상가로 임대 중이며, 2층∼4층은 「건축법」을 위반하여 각 호실에 취사시설 등을 설치하는 등 원룸형 주택구조로 개조하여 2020.4.30.부터 전월세 방식으로 임대하다가 2024.12.20. 쟁점건물을 양도하였다.「건축법 시행령」 별표1의 제1호 나목은 “다중주택은 다음의 요건을 모두 갖춘 주택을 말한다”고 규정하면서, ① 학생 또는 직장인 등 여러 사람이 장기간 거주할 수 있는 구조로 되어 있는 것, ② 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것(각 실별로 욕실은 설치할 수 있으나, 취사시설은 설치하지 아니한 것을 말한다), ③ 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적의 합계가 330제곱미터 이하이고 주택으로 쓰는 층수가 3개 층 이하일 것을 그 요건으로 하고 있다.처분청의 현장확인 결과, 쟁점건물의 2층∼4층은 각 호실로 나누어 주택으로 임대가 이루어지고 있고, 각 호실별로 우편물 수령이 되고 있으며, 독립적인 주거 형태로 임대되고 있음이 확인되었다.(나) 청구인은 2020.2.18. 쟁점건물의 사용승인을 득한 후 2020.4.30.부터 각 호실별 임대를 시작하였고, 다중주택은 방마다 취사시설이 없고 공동공간에서만 조리할 수 있는 구조로 되어 있어야 하나, 청구인은 2020년 3월∼4월 OOO가구, OOO공장으로부터 매입세금계산서를 수취하였는바, 다중주택은 임대일 이전부터 각 호실에서 취사가 가능한 상태였던 것으로 확인되며, 쟁점건물의 전기 및 가스요금 내역을 확인한 결과, 각 호실별로 사용요금이 청구된 것으로 확인되었다.(다) 또한, 청구인이 임차인들과 체결한 임대차계약서 특약사항에 전기, 가스요금은 별도 납입하도록 기재되어 있고, 옵션 항