완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

완전자회사 간 합병 시 모회사가 보유하고 있는 피합병법인 주식의 손금산입이 되는지에 대한 판단은 「법인세법」상 주식의 취득, 보유, 처분과 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정에 따라 야 하고, 해당 규정에 명시되지 아니한 사안에 대해서는 손금에 대한 일반 규정인 「법인세법」 제19조에 따라야 할 것인바, 무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것임 OOO세무서장이 2025.6.9. 청구법인에게 한 ＜별지1＞ 기재의 2018∼2019사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 1.처분개요가.청구법인은 2000.5.8. 설립되어 OOO 등을 영위하다가 2015.11.23. 지주회사로 전환한 법인이고, 2018∼2019사업연도에 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 청구법인의 완전자회사 간 무증자 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)이 이루어져 피합병법인인 주식회사 A, 주식회사 B 및 주식회사 C(이하 합하여 “쟁점피합병법인”이라 한다)가 소멸하였음에도, 각 사업연도 법인세 신고 시 쟁점피합병법인 주식(이하 “쟁점주식”이라 한다)의 장부가액을 손금에 산입하지 아니하였다.＜표1＞ 청구법인의 완전자회사 간 무증자 흡수합병 내역 사업연도 합병등기일 합병법인 피합병법인 2018 2018.12.4. ㈜D ㈜A 2019 2019.10.4. ㈜B 2019.10.4. ㈜C 나.청구법인은 쟁점주식의 장부가액이 쟁점합병의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입되어야 한다고 주장하며 2024.3.28. 2018사업연도 법인세(당해 사업연도 결손 발생으로 당초 신고·납부세액이 없었다) 과세표준 OOO원의 감액과 2019사업연도 법인세 과세표준 OOO원 및 세액 OOO원의 감액을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점주식의 취득가액을 합병법인인 주식회사 D(이하 “쟁점합병법인”이라 한다)의 주식 장부가액에 가산하여야 하는 것으로 보아 2025.6.9. 위 경정청구를 거부하였다.다.청구법인은 이에 불복하여 2025.8.29. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 쟁점주식의 세무상 장부가액은 쟁점합병의 합병등기일이 속하는 사업연도에 청구법인의 손금으로 산입되어야 한다.(가) 쟁점주식 전량은 쟁점합병으로 인하여 무상감자된 것으로, 기획재정부 및 국세청 예규(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29., 사전-2021-법규법인-1653, 2022.9.6., 사전-2020-법령해석법인-0170, 2020.3.30. 및 법인세과-1412, 2009.12.21. 등)는 일관되게 완전자회사 간 무증자 합병 시 피합병법인의 세무상 자산가액인 취득가액을 손금산입하도록 명시하고 있다.(나) 기획재정부 및 국세청의 다른 예규들(기획재정부 법인세제과-130, 2021.3.4., 재법인-87, 2004.2.5. 및 사전-2017-법령해석법인-0666, 2018.3.16.) 등에 의하더라도, 무증자합병으로 인해 피합병법인의 주식이 소각되는 것은 피합병법인 주식의 멸실과 그 실질이 유사한 것으로서 그 주식의 자산가치가 소멸하여 세법상 손익이 실현되어야 하는 거래임이 확인된다.(다) 쟁점합병으로 청구법인이 보유하던 쟁점주식은 대가 없이 소각되었고, 당시 쟁점피합병법인은 모두 자본총계가 자본금보다 작은 자본잠식 상태에 있어 설령 쟁점합병으로 인한 쟁점합병법인의 순자산 가치변동분을 쟁점합병법인 주식가치에 반영한다 하더라도 쟁점합병에 따라 청구법인의 순자산가치는 감소되는바, 청구법인에게 경제적 손실이 발생·실현되었으므로 이는 「법인세법」 제19조에 따른 손금의 정의를 충족한다.(2) 2018∼2019사업연도에 이루어진 쟁점합병에 대하여 2024.2.29. 신설된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제1호의3(이하 “쟁점신설규정”이라 한다)을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배되고, 한편 위 규정은 과세관청의 기존 유권해석과 전면적으로 배치되는 내용으로서 이는 확인적 규정이 아닌 창설적 규정에 해당한다.(가) 2024.2.29. 대통령령 제34266호로 일부개정된 「법인세법 시행령」 부칙에 의하면 쟁점신설규정은 일부개정된 위 시행령을 공포한 날인 2024.2.29. 시행되는 것인바, 그 이전에 종료된 쟁점합병에 대하여 쟁점신설규정을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 반한다.(나) 조세심판원 선결정례(조심 2020서7836, 2021.8.10. 등)에 의하면 개정법령의 부칙상 ‘공포한 날부터 시행한다’고 명시되어 있는 이상 관련 개정사항은 확인적 규정이 아닌 창설적 규정에 해당하는 것인바, 쟁점신설규정은 쟁점합병에 대하여 적용할 수 없다.(다) 대법원은 신설 규정의 개정이유가 ‘규정의 명확화’라고 하더라도 과세 공백을 메우기 위하여 특별히 마련된 조항은 창설적 규정에 해당한다고 판시(대법원 2018.2.8. 선고 2017두67810 판결)한 바 있다.나. 처분청 의견(1) 청구법인이 제시한 기획재정부 및 국세청 예규(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29. 및 사전-2020-법령해석법인-0170, 2020.3.30.)는 모법인이 지분 일부를 소유한 자회사 간의 합병에 관한 것으로, 이러한 경우 소멸한 피합병법인에 대한 지배력이 자회사 지분율에 따라 변동되어 경제적 실질이 달라지는 반면, 이 건과 같은 완전자회사 간 합병은 합병 전·후로 자회사에 대한 지배력이 달라지지 않아 경제적 실질이 유지되는바, 위 예규는 이 건에 그대로 적용될 수 없다.(2) 쟁점신설규정은 기획재정부 예규(기획재정부 법인세제과-12, 2024.1.4.)를 명문화한 것으로서 창설적 규정이 아닌 확인적 규정에 해당하고, 이는 국세청이 발간한 ‘2024년 개정세법 해설’에 그 개정취지가 규정의 명확화로 적시된 사실이나 위 규정의 적용시기에 관한 별도의 부칙이 존재하지 아니한 사실 등을 보더라도 알 수 있으며, 처분청이 과세근거로 삼은 과세기준자문(법규과-1049, 2025.5.21.)에 의하더라도 위 규정은 확인적 규정에 해당하는 것인바, 위 규정을 쟁점합병에 관한 이 건에 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 반하는 것이 아니다.(3) 완전자회사 간 무증자합병의 경우 피합병법인의 순자산이 합병법인에 승계되므로 피합병법인의 주식 자체가 소멸하더라도 모회사 입장에서 실질적인 순자산 감소가 없는바, 「법인세법」 제19조에 따른 손금에 해당하는 손비는 발생하지 아니한 것이다.(가) 청구법인도 쟁점합병 전·후로 경제적 실질에 변동이 없어 합병등기일에 회계처리를 달리 하지 아니하였고, 합병등기일 이후 당해 회계연도 말에 쟁점주식에 대한 지분법 손실을 인식한 뒤 이에 대한 세무조정을 하였을 뿐이다.(나) 예컨대 아래 ＜표2＞ 기재와 같은 사례에서 완전자회사 A가 다른 완전자회사 B에 흡수합병되어 완전모회사 갑이 보유한 A의 주식이 소멸하고 합병신주를 발행하지 아니하더라도 A의 순자산은 B의 순자산에 합쳐짐으로써, 합병 전 A 및 B의 순자산 합계금액과 합병 후 B의 순자산금액은 동일하게 되므로, 완전모회사 갑의 입장에서는 합병 전·후 완전자회사 순자산의 변동이 없는 것인바, 이러한 경우 피합병법인 주식의 장부가액(취득가액)은 합병법인 주식의 장부가액(취득가액)에 가산하여야 하는 것이다.＜표2＞ 처분청이 제시한 완전자회사 간 합병 사례OOO(4) 완전자회사 간 무증자합병은 피합병법인의 주식이 멸실되었다 하더라도 모회사의 자회사에 대한 지배력(100%)이 유지되고 모회사가 보유하는 순자산의 변동이 없으므로 이는 무상감자에 따른 주식 멸실(소각)과 그 실질이 다른 것인바, 청구법인이 제시한 기획재정부 및 국세청 예규(재법인-87, 2004.2.5. 및 사전-2017-법령해석법인-0666, 2018.3.16.)는 무상감자에 따른 주식소각 등에 관한 것으로서 이 건에 적용하기 어렵다.(5) 쟁점합병은 완전자회사 간 적격합병으로서, 쟁점합병법인은 쟁점피합병법인의 자산 및 부채를 장부가액으로 승계하고, 쟁점합병법인의 완전모법인인 청구법인은 합병등기일이 속하는 사업연도에는 자산의 평가손실이 있을 경우 이를 손금으로 인정할 수 있을 뿐이며, 쟁점주식의 세무상 장부가액(취득가액)은 합병법인의 청산이 종료된 때가 속한 사업연도에 손금으로 산입할 수 있다고 봄이 타당하다.3.심리 및 판단가.쟁점완전자회사 간 무증자 흡수합병에 따라 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액을 완전모회사인 청구법인의 손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부나.관련 법령 : ＜별지2＞ 기재다.사실관계 및 판단(1)쟁점합병에 관한 사실관계는 다음과 같다.(가) 쟁점합병은 쟁점합병법인이 쟁점피합병법인의 주식에 대하여 쟁점합병법인의 신주를 교부하지 아니하는 무증자합병(합병비율 1:0)이다.(나) 쟁점주식의 각 합병등기일 현재 세무상 장부가액은 아래 ＜표3＞ 기재와 같다.＜표3＞ 쟁점주식의 합병등기일 현재 세무상 장부가액(단위 : 원) 사업연도 합병등기일 피합병법인 세무상 장부가액 (취득가액) 2018 2018.12.4. ㈜A OOO 2019 2019.10.4. ㈜B OOO ㈜C OOO (다) 청구법인은 2018∼2019사업연도 법인세 신고 시 쟁점합병으로 소멸된 쟁점피합병법인의 세무상 유보금액을 쟁점합병법인의 세무상 유보금액에 가산하였고 이에 따라 쟁점주식의 세무상 장부가액을 손금에 산입하지 아니하였다.(2) 이 건 경정청구 및 그 거부에 관한 사실관계는 다음과 같다.(가) 청구법인은 쟁점주식의 장부가액이 쟁점합병의 합병등기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입되어야 한다고 주장하며 2024.3.28. 아래 ＜표4＞ 기재와 같이 2018∼2019사업연도 법인세에 대한 경정청구를 제기하였다.＜표4＞ 경정청구 내역OOO(나) 처분청은 2025.6.9. 아래 ＜표5＞ 기재와 같은 사유로 청구법인의 위 경정청구를 거부하였다.＜표5＞ 처분청의 경정청구 거부 사유 완전자회사 간 무증자합병 시 피합병법인의 주식가액에 관하여, 「법인세법 시행령」 제72조 제5항 제1호의3 규정(쟁점신설규정)에 따라 피합병법인의 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산하라는 명문규정이 있고, 피합병법인의 완전자본잠식 여부에 상관없이 피합병법인의 주식 등의 취득가액을 장 부가액에 가산(과세기준자문 법규과-1049, 2025.5.21.)하여야 할 것이므로, 피합병법인 주식의 세무상 장부가액을 손금에 반영해 달라는 경정청구를 기각합니다. (3) 쟁점신설규정의 연혁 및 취지는 다음과 같다.(가) 쟁점신설규정은 2024.2.29. 「법인세법 시행령」이 대통령령 제34266호로 일부개정되면서 신설되었다.(나) 쟁점신설규정에 관하여 기획재정부가 발간한 ‘2023 간추린 개정세법’ 및 국세청이 발간한 ‘2024년 개정세법 해설’ 내용은 각각 아래 ＜표6＞·＜표7＞ 기재와 같은바, 이에 따르면 그 개정이유는 ‘자산의 취득가액 조정규정 명확화’에 있는 것으로 나타난다.＜표6＞ 2023 간추린 개정세법(기획재정부) 중 일부OOO＜표7＞ 2024년 개정세법 해설(국세청) 중 일부OOO(4) 이 건에 관한 해석사례는 다음과 같다.(가) 청구법인이 제시한 기획재정부 예규 및 국세청 예규는 아래 ＜표8＞ 기재와 같다.＜표8＞ 청구법인이 제시한 해석사례 ＜기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29.＞ □ 요지 무증자합병으로 인해 합병법인으로부터 합병신주를 교부받지 못함에 따라 피합병법인의 주식이 전부 소멸된 경우 피합병법인 주식의 취득가액은 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금산입함 □ 답변내용 - (제1안) 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금 산입 - (제2안) 합병법인 주식의 장부가액에 가산 ㅇ (회신) 귀 질의의 경우 제1안이 타당함 ＜사전-2021-법규법인-1653, 2022.9.6.＞ □ 요지 무증자합병으로 인해 합병법인으로부터 합병신주를 교부받지 못함에 따라 피합병법인의 주식이 전부 소멸된 경우 피합병법인 주식의 취득가액은 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금산입함 □ 답변내용 귀 질의의 경우 기획재정부 회신(기획재정부 법인세제과-344, 2022.8.29.)을 참조하시기 바랍니다. ＜사전-2020-법령해석법인-0170, 2020.3.30.＞ □ 요지 내국법인의 완전자회사 간에 합병을 하는 경우 합병 전 완전모회사인 내국법인이 피합병법인 주식평가와 관련하여 손금불산입(유보)한 금액은 손금산입(△유보)함 □ 답변내용 내국법인의 완전자회사(A,B) 간에 합병을 하는 경우로서 합병법인(A)이 합병신주를 교부하지 않는 방식으로 피합병법인(B)을 흡수합병(합병비율 1:0)하는 경우, 합병 전 완전모회사인 내국법인이 피합병법인(B) 주식의 평가와 관련하여 손금불산입(유보)한 금액은 완전모회사의 각 사업연도 소득금액 계산 시 해당 금액을 손금산입(△유보)하는 것임 ＜법인세과-1412, 2009.12.21.＞ □ 요지 내국법인이 자회사가 발행한 유가증권에 대한 지분법 평가손실을 손금불산입(유보)하고 추후 당해 자회사가 다른 자회사에 합병대가 없이 흡수합병되어 소멸된 경우 지분법 평가손실에 대한 유보금액은 자회사간 합병등기일이 속하는 사업연도에 손금산입(△유보)하는 것임 □ 답변내용 ※ 동일쟁점과 관련하여 기획재정부에 해석요청 중이니, 참고하시기 바랍니다. ＜기획재정부 법인세제과-130, 2021.3.4.＞ □ 요지 연결모법인이 연결자법인에게 양도한 주식의 양도손실을 이연한 후 해당 양도손익이연자산이 소각되는 것은 이연된 양도손실의 환입사유에 해당함 □ 답변내용 연결모법인이 연결소득금액 계산 시 연결자법인(B법인) 주식을 다른 연결자법인(C법인)에게 양도하여 발생한 양도손실을 해당 사업연도에 손금에 산입하지 않고 이연한 경우로서 이후 C법인이 B법인을 무증자 흡수합병으로써 B법인 주식(양도손익이연자산)이 소각되는 경우에는 해당 양도손익이연자산의 소각은 「법인세법 시행령」 제120조의18 제2항 각 호에 따른 이연된 양도손실의 환입사유에 해당하는 것임 ＜재법인-87, 2004.2.5.＞ □ 요지 기업구조조정촉진법에 의한 경영정상화조치에 따라 무상소각된 주식가액의 손금산입시기는 주식의 소각일이 속하는 사업연도임 □ 답변내용 ＜갑설＞ 주식의 무상소각일이 속하는 사업연도 기업구조조정촉진법에 의한 경영정상화조치는 회사정리절차, 화의절차의 전단계에서 경영정상화계획의 이행약정에 따라 기업의 회생을 도모할 목적으로 취해지는 조치로서 당해 조치에 따라 무상소각된 주식은 사실상 자산가치가 소멸된 것이며 채권자로서 채권의 출자전환으로 신주를 취득하는 것은 주식의 무상소각과는 별개의 사건이므로 회사정리계획 인가결정의 경우와 마찬가지로 기존 주식의 소각일이 속하는 사업연도의 손금에 산입함이 타당 ＜사전-2017-법령해석법인-0666, 2018.3.16.＞ □ 요지 주식발행법인이 100% 무상감자를 실시하는 경우 해당 주식을 보유하고 있는 법인은 그 무상감자일이 속하는 사업연도에 투자주식 장부가액을 손금산입함 □ 답변내용 주식발행법인이 결손금 보전을 위하여 주주총회 결의에 따라 보통주 발행주식 전량에 대하여 무상감자를 실시한 후 제3자 배정방식에 의하여 유상증자를 한 경우 당해 주식을 보유하고 있는 법인은 그 무상감자일이 속하는 사업연도에 해당 투자주식의 장부가액을 손금에 산입하는 것임 (나) 처분청이 제시한 기획재정부 예규 및 국세청 예규는 아래 ＜표9＞ 기재와 같다.＜표9＞ 처분청이 제시한 기획재정부 예규 및 국세청 예규 ＜기획재정부 법인세제과-12, 2024.1.4.＞ □ 요지 「법인세법」 제44조 제3항 제2호에 따라 적격합병으로 보는 경우로서, 자본잠식상태에 있지 않은 피합병법인이 합병법인에 합병대가 없이 무증자합병되는 경우 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액은 합병법인 주식의 장부가액에 가산하는 것임 □ 답변내용 「법인세법」 제44조 제3항 제2호에 따라 적격합병으로 보는 경우로서, 자본잠식상태에 있지 않은 피합병법인이 합병법인에 합병대가 없이 무증자합병되는 경우 소멸된 피합병법인 주식의 장부가액은 합병법인 주식의 장부가액에 가산하는 것입니다. ＜기준-2024-법규법인-0095, 2025.5.21.＞ □ 요지 내국법인의 완전자회사간 무증자합병의 경우 합병 전 완전모회사인 내국법인이 보유한 피합병법인 주식의 세무상 장부가액은 합병법인 주식의 장부가액에 가산하는 것임 □ 답변내용 귀 과세기준자문 신청의 사실관계와 같이 내국법인의 완전자회사(A)가 다른 완전자회사(B)를 합병하는 경우로서 합병법인(A)이 합병신주를 교부하지 않는 방식으로 피합병법인(B)을 흡수합병하는 경우 합병 전 완전모회사인 내국법인이 보유한 피합병법인(B) 주식의 세무상 장부가액은 합병법인(A) 주식의 장부가액에 가산하는 것임 (5) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.(가) 청구법인은 쟁점피합병법인이 쟁점합병 당시 전부 자본총계(순자산)가 자본금보다 적은 자본잠식 상태였다고 주장하며, 쟁점피합병법인의 자산 및 부채 등 현황을 아래 ＜표10＞ 기재와 같이 제출하였다.＜표10＞ 청구법인이 제출한 쟁점피합병법인의 자산 및 부채 등 현황OOO(나) 청구법인은 쟁점피합병법인이 쟁점합병 당시 자본잠식 상태였고 쟁점주식의 경우 대가 없이 소각되었으므로 이들의 완전모회사인 청구법인은 쟁점합병에 따라 경제적 손실을 입게 되었다고 주장하며, 쟁점합병에 따라 청구법인에게 발생한 경제적 손실을 아래 ＜표11＞ 기재와 같이 계산하여 제출하였다.＜표11＞ 청구법인이 제출한 쟁점합병 관련 경제적 손실OOO(6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 완전자회사 간 무증자 흡수합병 시 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액은 모회사의 손금에 해당하지 아니한다는 의견이나,완전자회사 간 합병 시 모회사가 보유하고 있는 피합병법인 주식의 손금 산입이 되는지에 대한 판단은 「법인세법」상 주식의 취득, 보유, 처분과 관련된 규정 및 합병과 관련된 규정에 따라 판단되어야 하고, 해당 규정에 명시되지 아니한 사안에 대해서는 손금에 대한 일반 규정인 「법인세법」 제19조에 따라 판단되어야 할 것인바, 무증자합병을 하게 되는 경우 합병신주의 교부가 일어나지 아니하고 피합병법인의 주식은 신주로 대체됨 없이 소멸하므로 모회사의 입장에서 합병구주에 해당하는 장부가액만큼 순자산 감소가 발생하여 손익이 확정되는 것으로 볼 수 있고, 따라서 합병구주의 가액(피합병법인 주식의 취득가액)은 「법인세법」 제19조의 손금에 해당하는 것으로 보이는 점,무증자합병으로 인하여 주식을 교부받지 못한 피합병법인의 주주가 합병법인의 주주라는 이유로 당해 피합병법인 주식가액을 합병법인 주식가액에 가산할 법령상 근거는 없어 보이므로 피합병법인 주식의 장부가액을 합병법인 주식가액에 가산하여 증액하는 것은 임의평가증에 해당하는 것으로 보이고, 이는 「법인세법」상 허용되지 아니한다고 할 것인바, 이에 대하여 처분청은 이러한 증액이 자산의 대체라는 의견이나, 합병법인의 주식 수가 변동이 없는 상황에서 그 장부가액을 증가시키는 것을 평가(임의평가증)가 아니라고 보기 어려운 점,2024.2.29. 대통령령 제34266호로 개정된 「법인세법 시행령」 제72조 제5항에서 쟁점신설규정을 신설한 것은 ‘무증자합병의 경우 신주 발행이 없어 「법인세법 시행령」 제72조 제2항 제5호의 적용대상에 해당하지 아니하여 무증자합병 시 합병법인 주식의 평가를 할 근거가 없고, 피합병법인의 장부가액이 「법인세법」 제19조 손비의 일반원칙에 따라 손금으로 되는 문제가 발생함에 따라 이를 정책적 목적에서 방지하기 위해’ 합병법인 주식의 장부가액에 피합병법인 주식의 장부가액을 가산할 수 있도록 근거를 마련한 것으로 보이는 점 등에 비추어,완전자회사 간 무증자 흡수합병 시 합병으로 소멸한 피합병법인 주식의 장부가액이 모회사의 손금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.2026. 6. 12.