부가가치세사무처리규정

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"법"이란 「부가가치세법」을 말한다.2. "시행령"이란 「부가가치세법 시행령」을 말한다.3. "시행규칙"이란 「부가가치세법 시행규칙」을 말한다.4."사후관리"란 사업자등록 후 실제 사업여부, 부가가치세 신고 후 공제ㆍ감면요건 충족 여부 등을 서면 또는 현장확인에 따라 확인하는 것을 말한다.5."세적관리"란 사업자등록 신청 및 사업자등록증 발급에 관한 사항과 사업자등록의 변동사항(정정, 휴ㆍ폐업 및 유형전환 등)에 대한 관리업무를 말한다.6. "내부업무 처리자"란 세적관리ㆍ신고관리 및 자료관리 등의 업무 중 계속적ㆍ반복적인 업무를 처리하기 위하여 지정한 종사직원을 말한다.7. "업무별 처리자"란 내부업무 처리자가 처리하는 업무 이외에 수시로 발생하는 업무를 처리하기 위하여 지정한 종사직원을 말한다.8."자료상"이란「조세범처벌법」제10조제3항을 위반하여 지방국세청장 또는 세무서장이 자료상으로 확정한 자를 말한다.9. "전산입력"이란 부가가치세신고서ㆍ세금계산서합계표 등 각종 신고자료와 과세자료 및 그 밖의 세무관련자료를 엔티스에 수록하는 것을 말한다.10. "일괄환급대상자"란 즉시 환급결정이 가능하도록 전산시스템으로 일괄선정한 자를 말한다.11. "개별환급대상자"란 현장확인 등이 필요하여 일괄환급대상자에서 제외된 자를 말한다.12. "부가가치세 담당과장"이란 부가가치세 업무를 담당하는 세무서의 과장으로 부가가치세과장, 법인세과장, 부가소득세과장, 세원관리과장 및 지서장 등을 말한다. 다만, 제2장 세적관리에서 부가가치세 담당과장은 법인세과장을 제외한다.13. "간접확인"이란 전화ㆍ서면에 따른 사실확인 요구 및 전산 등에 구축된 정보내용 분석 등 납세자 비대면 방식의 업무처리를 말한다.14. "현장확인"이란 간접확인 방식의 업무처리로는 이 규정에 따른 업무수행이 부적합한 경우에 사실관계 확인을 위해 종사직원이 해당 납세자 또는 사업장 등에 직접 출장하여 당초 출장목적 범위에서 특정사항이나 사업실상 등을 확인하는 것을 말한다.15. "신고내용 확인"이란 부가가치세 신고내용 중 신고 전 안내자료 반영여부 및 특정 항목의 오류나 누락 여부에 대해 서면으로 해명 및 수정신고를 안내하여 신고내용의 적정 여부를 확인하는 것을 말한다. 제3조(내부업무처리자 및 업무별 처리자 지정) ① 부가가치세 담당과장은 세적관리ㆍ신고관리 및 자료관리 등의 부가가치세 업무를 수행하기 위하여 내부업무 처리자 및 업무별 처리자를 지정하여야 한다.② 내부업무 처리자는 동별ㆍ지번별로 처리구역을 정하여 지정(사업자의 사업장이 2개 이상인 경우 통합 지정)하며, 업무별 처리자는 업무별로 처리책임자를 수시로 지정한다.③ 내부업무 처리자 및 업무별 처리자의 지정은 반드시 문서로 기록ㆍ유지하여야 한다.④ 내부업무 처리자의 동별ㆍ지번별 처리구역은 인사이동 등 특별한 경우를 제외하고는 1년을 초과하여 운영할 수 없다. 제4조(출장 계획) ① 부가가치세 담당과장은 이 규정에 따른 업무를 처리하기 위하여 현장확인이 필요한 경우 구체적 사유를 포함한 출장계획을 수립하여 세무서장의 결재를 받아 현장확인을 실시하여야 한다.② 부가가치세 담당과장은 업무를 처리할 때 내부자료를 최대한 활용하거나 납세자에게 전화 또는 서면으로 해명안내를 하여 현장확인을 최소화하여야 한다.③ 지방국세청장(부가가치세과장)은 현장확인이 필요한 경우 제1항, 제2항 및 제5조를 준용하여 현장확인을 실시할 수 있다. 이 경우 "부가가치세 담당과장"은 "부가가치세과장"으로,"세무서장"은"성실납세지원국장"으로 본다. 제5조(출장관리) ① 부가가치세 담당과장은 현장확인을 실시하는 경우 출장자, 출장 사업장, 출장목적, 출장기간 등이 기재된 「현장확인출장증(별지 제1호 서식)」을 발급하여야 하며, 출장자는 납세자에게 이를 반드시 제시하여야 한다.② 부가가치세 담당과장은 제3장(신고관리) 및 제4장(자료관리)에 따른 현장확인을 실시하는 경우「현장확인 안내(별지 제2(1)호 서식)」와 「권리보호 요청제도에 대한 안내(별지 제2(2)호 서식)」를 교부하여야 한다.③ 부가가치세 담당과장은 현장확인업무를 수행하는 출장자에 대해 정해진 확인범위를 준수하고 현장확인과 직접 관련 없는 자료제출 등을 요구하지 않도록 사전에 교육하여야 한다.④ 출장자는 현장확인이 끝난 후 즉시 복귀하여 업무수행사항을 관리자에게 보고하여야 한다. 다만, 출장지가 원거리 등의 사유로 출장일에 복귀가 어려운 경우에는 전화로 보고하고 다음 근무일에 업무 수행사항을 구체적으로 보고할 수 있다.⑤ 부가가치세 담당과장은 현장확인 기간이 끝난 후 20일 이내에 현장확인 결과를「현장확인 결과통지(별지 제3호 서식)」나 「과세예고 통지서(「과세전적부심사사무처리규정」 별지 제2호 서식)」등에 따라 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 아래의 사유에 해당하는 경우에는 그 통지를 생략할 수 있다.1. 제2장에 따른 세적관리를 위해 사업시설 또는 사업현황을 확인하는 경우2. 사업자의 주소 및 거소가 불분명한 경우3. 신고내용 확인을 위한 현장확인을 실시하는 경우4. 그 밖에 사실관계 확인을 위한 현장확인으로 세무서장이 별도 통지가 필요 없는 것으로 판단하는 경우⑥ 부가가치세 담당과장은 출장증 발급 및 현장확인 결과 등을 기록하여 관리하여야 한다. 제6조(다른 훈령과의 관계) 부가가치세 업무처리는 다른 훈령 등에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 규정에서 정하는 바에 따른다. 제7조(사업자등록번호 부여) 사업자등록번호는 전산시스템에 따라 순서대로 자 동 부여한다. 제8조(사업자등록신청서의 접수 및 보관) ① 사업자등록 신청(정정)서류는「국세청 민원사무처리규정」에 따라 세무서 납세자보호담당관(이하 "납세자보호담당관"이라 한다)이 접수한다.②납세자보호담당관은 사업자등록 신청(정정)서류를 스캔하여 부가가치세 담당과장에게 전산 통보하고 해당 서류를 징세과장에게 인계하며, 징세과장은 이를 접수순으로 편철하여 보관한다. 제9조(그 밖의 사업자등록 관리) ① 미등록사업자 및 사업자등록 직권정정 사유가 확인된 경우에는 부가가치세 담당과장이 확인결과를 전산 입력하고, 납세자보호담당관은 그 결과에 따라 사업자등록증을 발급하여야 한다.② 사업자등록번호가 부여된 사업자의 세적자료 누락사항이 발견된 경우에는 부가가치세 담당과장이 전산 입력한다.③ 부가가치세 담당과장은 사업자로부터 「하치장설치신고서(시행규칙 별지 제1호 서식)」를 접수하거나, 「주세법」에 따른 주류하치장 설치승인 자료를 통보받은 경우 하치장 설치사항을 전산에 입력하여 관리하여야 하며, 사업장관할 세무서에서는 입력된 하치장설치 내용을 조회하여 활용한다. 제10조(사업자등록 사전확인) ① 납세자보호담당관은 사업자등록 신청자 중 사업장확인 등이 필요한 경우 사전확인 대상자로 분류하여 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.② 납세자보호담당관은 세무대리인이 사업자를 대리하여 사업자등록을 신청하면서 「사업자등록 신청내용 확인서(별지 제4호 서식)」를 작성하여 제출한 경우에는 사업자등록증을 즉시 발급할 수 있다. 제11조(사전확인 실시) ① 부가가치세 담당과장은 사전확인 대상자를 내부업무 처리자에게 배부하여 사전확인을 실시한다. 다만, 유흥업소ㆍ금지금 및 자료상 다발지역 등의 경우에는 사전확인 전담반을 편성하여 실시할 수 있다.② 내부업무 처리자는 현장확인을 실시하기 전에 인ㆍ허가사항 검토, 임대차계약내용 확인 및 전산조회 등 간접확인으로 정상사업이 확인되는 경우에는 현장확인을 생략하고 사업자등록증을 즉시 발급하여야 한다.③ 부가가치세 담당과장은 제2항의 간접확인으로 정상사업 확인이 불가능한 경우에는 현장확인을 실시하여야 하며, 현장확인을 할 경우에는 현장확인반을 편성할 수 있다.④ 현장확인 담당자는 「현장확인출장증(별지 제1호 서식)」을 사업자등록 신청자에게 제시하고 그 취지를 충분히 설명하여야 한다.⑤ 현장확인 담당자는 현장확인을 할 때 사업자 본인과 면담하여 사업자금 출처, 구체적인 사업내용 또는 사업계획, 전 사업자와의 관계 및 전 사업자와의 양도ㆍ양수내용 등을 면밀히 검토하여 실사업자 여부를 확인하여야 하며 시행령 제11조제3항에 따른 자금출처명세서 제출대상 업종으로 사업자등록을 신청한 경우에는 반드시 자금출처명세서의 내용을 확인하여 정상사업 여부를 검토하여야 한다.⑥ 부가가치세 담당과장은 사전확인 결과 사업장시설이나 사업현황 등의 사실내용 확인에 많은 시일이 필요한 경우 발급기한을 5일 이내에서 연장하고 확인된 사실에 따라 사업자등록증을 발급할 수 있다.⑦ 신청내용에 보완이 필요한 경우에는 서면으로 10일 이내의 기간을 정하여 「사업자등록 보정요구(별지 제5호 서식)」로 보완을 요구하고 지정된 기간까지 보완을 하지 않는 경우에는 「사업자등록 거부통지(별지 제6호 서식)」에 따라 사업자등록을 거부하여야 한다. 제12조(사전확인 결과 처리) ① 사전확인 담당자는 간접확인 또는 현장확인 결과에 대해 관리자의 결재를 받고 전산에 입력하여야 하며, 등록을 거부하는 경우에는 사업자등록 신청자에게 거부내용을 서면으로 통지하여야 한다.② 현장확인 결과 나타난 사항은 다음 각 호에 따라 처리하여야 한다.1. 정상사업자인 경우에는 즉시 전산 입력2. 신용카드 위장가맹점ㆍ자료상 등으로 확인되는 경우에는 사업자등록 거부3. 명의위장 사실이 확인된 경우 실제 사업 내용에 따라 실사업자 명의로 사업자등록증을 발급하거나 사업자등록을 거부4. 인ㆍ허가 사항, 현장확인 결과 및 보완 요구에 따른 답변내용 등을 종합적으로 검토하여 사실상 사업을 시작하지 아니할 것으로 인정될 때에는 사업자등록을 거부 제13조(사후관리 실시) ① 부가가치세 담당과장은 사업자등록증을 발급한 사업자 중 사후관리대상자로 선정된 사업자에 대하여 사후관리를 하여야 한다.② 사후관리대상자는 납세자보호담당관과 부가가치세 담당과장이 지정할 수 있다.③ 부가가치세 담당과장은 사후관리대상자의 사업자등록 후 3월 이내에 자체계획을 수립하여 반드시 1회 이상 사업장 현장확인을 실시하여야 한다. 제14조(사후관리 담당자) ① 부가가치세 담당과장은 사전 현장확인을 실시한 담당자가 사후관리를 하도록 하여야 한다.② 부가가치세 담당과장은 인사이동이나 직원변동이 있을 경우 사후관리 담당자를 다시 지정하여야 한다. 제15조(사후관리 결과 처리) ① 사후관리 담당자는 사업장 현장확인 결과 정상사업자인 경우 필요한 사항을 전산에 입력하고 종결 처리한다.② 사후관리 담당자는 사후관리가 계속 필요하다고 판단되는 사업자에 대해서는 명단을 출력하여 관리하여야 한다. 이 경우 사업자등록 후 2회 이상 정상 신고ㆍ납부한 자는 정상사업자로 분류하여 사후관리를 종결한다.③ 부가가치세 담당과장은 신고ㆍ납부내용 분석 및 사업장 현장확인 결과 사업자등록증이 사실과 다르게 발급되었거나, 정상사업자가 아닌 것으로 판명된 경우에는 즉시 사업자등록 정정ㆍ말소, 사업자등록증 회수 등 필요한 조치를 하여야 하고 사업자에게 그 사실을 서면으로 통보하여야 한다.④ 부가가치세 담당과장은 사업장 현장확인 결과 자료상 혐의 등 긴급조사가 필요한 경우에는 조사과장에게 조사를 의뢰하여야 한다 제16조(사업자등록 말소) ① 부가가치세 담당과장은 사업자가 시행령 제15조제2항에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자등록을 말소하고 사업자등록증을 회수하여야 하며, 회수한 사업자등록증은 재사용이 불가능하도록 조치하여야 한다. 다만, 회수할 수 없는 경우에는 등록말소 사실(상호ㆍ성명ㆍ사업자등록번호 및 폐업일)을 관할세무서 인터넷 홈페이지 또는 게시판에 공시하여야 한다.② 내부업무 처리자는 제1항에 따라 직권으로 사업자등록을 말소하는 경우에는 관리자의 결재를 받은 후 전산 입력하고, 사업자에게 그 사실을 「사업자등록 말소(폐업)통지(별지 제7호 서식)」로 통지하여야 한다. 제17조(사업자등록 일제점검) ① 부가가치세 담당과장은 부가가치세 무신고자 등에 대한 세적확인ㆍ경정 또는 세적관리가 취약하다고 판단되는 지역ㆍ업종 및 분야에 대해 실사업자 여부 등을 점검하기 위해 사업자등록 일제점검을 실시할 수 있다.② 부가가치세 담당과장은 내부업무 처리자를 일제점검 담당자로 하여 2명 이상으로 구성된 점검반을 편성하여 실시할 수 있다. 다만, 부가가치세 담당과의 인원만으로 원활한 점검이 어렵다고 판단되는 경우 세무서장의 결재를 받아 다른 과의 직원과 합동점검반을 편성하여 실시할 수 있다. 제18조(과세유형 전환자 등 업무 처리) ① 국세청장(부가가치세과장 및 홈택스1담당관)은 법 제62조에 따라 과세유형이 전환되는 사업자와 법 제36조 및 같은 법 시행령 제73조의2에 따라 간이과세자 중 세금계산서 발급사업자와 영수증 발급사업자를 전산으로 일괄 선정하고 과세유형 전환대상자 명단 및 간이과세자 간 변경대상자 명단을 생성한다.② 부가가치세 담당과장은 생성된 과세유형 전환대상자 명단 및 간이과세자 간 변경대상자 명단을 검토하여 오류자 또는 누락자를 확인하고 7월 1일 전환 또는 변경대상자는 5월 31일까지, 다음해 1월 1일 전환 또는 변경대상자는 11월 30일까지 삭제하거나 추가입력 하여야 하며, 과세유형 전환대상자 명단 및 간이과세자 간 변경대상자 명단 출력일 이후에 세적변동, 결정ㆍ경정 등으로 과세유형 전환사유가 발생(일반과세 해당업종 겸업, 간이과세 포기 및 경정 등에 의한 기준금액 초과 등)하거나, 간이과세자 간 변경 사유가 발생한 경우에는 다른 사업장의 과세유형 전환대상자 여부 등을 확인하여 해당 사업장 관할 부가가치세 담당과장에게 통보하여야 한다.③ 국세청장(홈택스1담당관)은 제2항에 따른 업무처리가 완료되면 「과세유형 전환통지서(별지 제8(1)호∼제8(4)호 서식)」 또는 「간이과세자 간 변경통지서(별지 제9(1)호, 제9(2)호 서식)」를 7월 1일 전환 또는 변경 대상자는 6월 3일까지, 다음해 1월 1일 전환 또는 변경 대상자는 12월 3일까지 전산으로 출력한다. ④ 부가가치세 담당과장은 과세유형전환통지서 및 간이과세자 간 변경통지서를 7월 1일 전환 또는 변경 대상자에게는 6월 10일까지, 다음해 1월 1일 전환 또는 변경 대상자에게는 12월 11일까지 송달하여야 한다. 이때 부가가치세 담당과장은 홈택스1담당관(전자세원정보화팀장)에게 의뢰하여 과세유형전환통지서 및 간이과세자 간 변경통지서를 일괄발송할 수 있다.⑤ 부가가치세 담당과장은 과세유형전환대상자, 간이과세포기자 및 간이과세자 간 변경대상자에게 사업자등록증을 정정하여 발급하여야 한다.⑥ 국세청장(부가가치세과장)은 과세유형이 일반과세자에서 간이과세자로 전환된 사업자 중 시행령 제112조 제1항에 따라 신고한 사업자 명단을 1월 1일 전환자에게는 3월 10일 이전까지, 7월 1일 전환자에게는 9월 10일 이전까지 전산출력한다.⑦ 부가가치세 담당과장은 시행령 제86조와 제112조에 따라 신고된 재고품 및 감가상각자산에 대해 이미 신고된 과세표준, 세금계산서합계표 및 누적부가가치율 등에 따라 신고내용의 적정 여부를 서면검토하고 실지확인이 필요하다고 판단되는 경우에는 현장확인을 실시한다.⑧ 부가가치세 담당과장은 제7항의 처리결과에 따라 그 승인 여부를 일반과세자에서 간이과세자로 전환된 사업자의 경우에는 간이과세자로 변경된 날로부터 90일 이내에, 간이과세자에서 일반과세자로 전환된 사업자의 경우에는 일반과세자로 변경된 날의 직전 과세기간에 대한 확정신고기한 경과 후 1월 이내에 「재고품 및 감가상각자산 승인(결정)통지서(별지 제10(1),(2)호 서식, 이하 같다)」에 따라 통지하여야 한다.⑨ 부가가치세 담당과장은 시행령 제112조 제1항에 따른 신고를 이행하지 않은 과세유형 전환자에 대해서 현장확인 등을 통하여 실지재고를 확인할 수 있으며, 제8항에 준하여 「재고품 및 감가상각자산 승인(결정)통지서」를 통지하여야 한다. 제19조(휴ㆍ폐업자 처리) ① 휴ㆍ폐업자의 휴ㆍ폐업 사실은 다음 각 호에 따라 전산입력한다.1.사업자가 휴ㆍ폐업신고서를 제출한 경우에는 납세자보호담당관이 휴ㆍ폐업사실을 전산 입력하고, 해당 서류는 징세과장에게 인계한다.2.세무서 조사과장(이하 "조사과장"이라 한다)이 업무처리 과정에서 사업자의 휴ㆍ폐업사실을 확인한 때에는 관련서류를 첨부하여 부가가치세 담당과장에게 통보하고 부가가치세 담당과장은 통보받은 내용에 따라 휴ㆍ폐업일을 전산 입력한다.3. 사업자가 부가가치세 신고서에 휴ㆍ폐업사실을 기재하여 신고한 경우에는 지방국세청 정보화관리팀장(정보화센터운영요원)이 휴ㆍ폐업사실을 전산입력한다. 정보화센터에 이송하여 처리하기 곤란한 경우에는 부가가치세 담당과장이 직접 입력할 수 있다.4. 그 밖에 부가가치세(소득세) 담당과의 업무처리 과정에서 사업자의 휴ㆍ폐업사실을 확인한 때에는 부가가치세 담당과장이 전산 입력한다.② 내부업무 처리자는 폐업자에 대해 사업장 폐쇄, 사업의 실제 폐지 및 잔존재화의 과세 여부를 검토하여 경정 등 필요한 조치를 취하고 관련서류를 편철하여 보관하여야 한다.③ 국세청장(홈택스1담당관)은 휴업 후 재개업 신고를 하지 아니한 사업자에 대해서는 휴업기간이 종료할 때 전산으로 일괄 재개업 처리한다.④ 내부업무 처리자는 제1항에 따라 처리한 사업자의 휴ㆍ폐업 취소 및 정정에 대해 사전에 관리자의 결재를 받은 후 그 내용을 전산 입력하여야 한다. 제20조(사업장 이전자 처리) ① 사업장 이전자의 세적자료 인수ㆍ인계는 전입지 관할세무서에서 전입사실을 등록할 때 전출지 관할 세무서로부터 전산에 의해 자동 인계된다. 다만, 전출지 관할세무서장은 다음의 서류를 수동 통보하여야 한다.1. 과세자료(수동 작성분)2. 그 밖의 세적관리에 필요한 서류② 납세지 변경 또는 지정 등으로 납세지가 달라지는 경우 세적인계ㆍ인수가 확정되기 전까지는 변경 또는 지정 전 납세지 관할세무서장의 관할로 한다. 다만, 납세지 변경사실이 확인된 경우로서 세적을 인계ㆍ인수하기 전에 변경 후 납세지 관할세무서장이 사업자등록증을 발급한 때에는 그 발급한 날부터 변경 후 납세지 관할세무서장의 관할로 한다. 제21조(임시사업장 개설 확인 및 통지) 시행령 제10조제2항의 「임시사업장 개설신고서(시행규칙 별지 제2호 서식)」를 접수한 관할세무서장은 다음 각 호의 사항을 확인하여 신고서를 접수한 날부터 7일 이내에 신청인과 시행령 제8조의 사업장(이하 이 절에서 "기존사업장"이라 한다) 관할세무서장에게 서면으로 통지하여야 한다.1.임시사업장 개설신고를 한 사업자가 기존사업장이 있는 사업자인지 여부2.임시사업장이 각종 행사가 개최되는 장소에 개설되는지 여부3.임시사업장 개설기간의 적정 여부4.임시사업장 개설신고서가 시행령 제10조제2항에 따른 기한까지 제출되었는지 여부 제22조(임시사업장 폐쇄 확인 및 과세표준 등 통보) ① 임시사업장 개설 신고를 한 사업자가 「임시사업장 폐쇄신고서(시행규칙 별지 제3호 서식, 이하 같다)」를 제출한 경우 이를 접수한 임시사업장 관할세무서장은 동 신고서상 공급가액을 확인한 후 임시사업장 폐쇄일부터 20일 이내에 기존사업장 관할세무서장에게 통보하여야 한다.② 임시사업장 개설 사업자가 임시사업장 개설기간 경과 후 「임시사업장 폐쇄신고서」를 제출하지 아니하는 경우에는 임시사업장 관할세무서장은 임시사업장 폐쇄 여부와 임시사업장 공급실적을 확인하여 제1항의 절차에 따라 기존사업장 관할세무서장에게 통보하여야 한다.③ 임시사업장 관할세무서장은 임시사업장의 공급가액을 불성실하게 신고한 사업자에 대해서는 각종 행사의 주최자가 보관하고 있는 공급가액에 관한 관계기록 및 증빙자료 등과 비교하여 그 공급가액을 확인할 수 있다. 제23조(임시사업장 개설 및 폐쇄 확인) 임시사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 임시사업장 개설 및 폐쇄 확인을 위하여 현장확인을 실시할 수 있다. 제24조(구분 기장 안내) 임시사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 임시사업장 개설자가 기존 사업장에서 공급하는 재화ㆍ용역과 임시사업장에서 공급하는 재화ㆍ용역의 내용을 구분하여 기록하도록 안내하여야 한다. 제25조(총괄납부 신청서의 접수 및 처리) ① 부가가치세를 주된 사업장에서 총괄하여 납부하고자 하는 사업자의 주된 사업장 관할세무서 납세자보호담당관은 시행령 제92조에 따라 「주사업장총괄납부신청서(시행규칙 별지 제35호 서식)」를 접수하여 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.② 부가가치세 담당과장은 제11조부터 제12조까지의 규정을 준용하여 사업자등록증 발급 및 총괄납부 관리번호를 부여하여야 한다. 제26조(총괄납부의 변경 신청 및 처리) ① 「주사업장총괄납부 변경신청서(시행규칙 별지 제36호 서식, 이하 같다)」를 접수한 납세자보호담당관은 이를 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.② 종된 사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 「주사업장총괄납부 변경신청서」를 처리한 경우에는 주된 사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장에게 변경사실을 즉시 통보하여야 한다.③ 제2항에 따라 주사업장총괄납부 변경사실을 통보 받은 주된 사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 총괄납부 변경사항을 즉시 전산 입력하여야 한다. 제27조(총괄납부의 직권취소 및 포기) ① 주된 사업장에서 총괄납부하는 사업자가 시행령 제94조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 주된 사업장 관할세무서장은 그 총괄납부를 직권으로 취소할 수 있다.② 제1항의 규정에 따라 직권으로 취소한 때에는 주된 사업장 관할세무서장은 지체 없이 그 내용을 해당 사업자와 주된 사업장 이외의 사업장 관할세무서장에게 서면으로 통지하여야 한다.③ 주된 사업장 관할세무서장은 과세기간 개시 20일 전에 「주사업장총괄납부포기신고서(시행규칙 별지 제35호 서식)」를 제출받은 경우에는 지체 없이 해당 사업자와 주된 사업장 이외의 사업장 관할세무서장에게 통지하여야 한다. 제28조(총괄납부 사업자의 신고 및 경정) 주사업장 총괄납부 사업자의 수정신고ㆍ경정 등의 청구 및 경정사유가 발생한 경우 그 처리는 사유가 발생한 각 사업장 관할세무서장이 하고 그 결과를 주된 사업장 관할세무서장에게 통지하여야 한다. 제29조(사업자단위과세 등록신청서 등 접수) ① 신규(본점 및 주사무소 신규)사업자가 사업자단위과세를 적용받기 위해 사업자등록을 신청하는 경우 본점 또는 주사무소 관할세무서 납세자보호담당관은 사업자등록신청서와 사업자단위과세 적용 신고자의 종된 사업장 명세서를 접수하여야 한다.② 기존사업자가 사업자단위과세를 적용받기 위해 「사업자단위과세 등록신청서(시행규칙 별지 제5호 서식, 이하 같다)」를 제출하는 경우 본점 또는 주사무소 관할세무서 납세자보호담당관은 「사업자단위과세 등록신청서」를 접수(입력)하여야 한다.③ 납세자보호담당관은 「사업자단위과세 등록신청서」 등을 접수할 때 「주세법」ㆍ「개별소비세법」등에 따른 사업장별 신고ㆍ납부 규정이 있는 경우에는 이에 따르도록 안내하여야 한다.④ 납세자보호담당관은 제1항 및 제2항에 따라 「사업자단위과세 등록신청서」 등을 접수하는 경우 종된 사업장 누락 여부 등을 검토하여 접수하여야 한다.⑤ 납세자보호담당관은 「사업자단위과세 적용 종된 사업장 증명(별지 제11호 서식 또는 별지 제12호 서식)」의 발급을 본인이 신청하거나 대리인이「국세청 민원사무처리규정」에 따른 민원서류 위임장에 따라 신청한 경우에는 전산접수 및 확인 후 증명을 발급하여야 한다. 제30조(신청서 처리) ① 납세자보호담당관은 사업자단위과세를 적용 받기 위해 「사업자등록신청서(시행규칙 별지 제4호 서식, 이하 같다)」 또는 「사업자단위과세 등록신청서(시행규칙 별지 제5호 서식, 이하 같다)」를 제출한 사업자에 대해서는 사전확인 대상으로 분류하여 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 한다.② 「사업자등록신청서」 또는 「사업자단위과세 등록신청서」를 인계받은 부가가치세 담당과장은 다음 각 호에 따라 처리한다.1.사업자등록 확인에 관한 사항은 제10조부터 제12조까지의 규정을 준용한다.2.사업자단위과세를 적용받고자 하는 사업장이 세무서 관할을 달리하는 때에는 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장은 종된 사업장에 대한 현장확인이 필요한 경우에 종된 사업장 관할세무서장에게 확인을 의뢰하여야 하며, 종된 사업장 관할세무서장은 즉시 현장확인 후 그 결과를 회보하여야 한다. 제31조(사업자단위과세 정정신고 접수 및 처리) 사업자단위과세 사업자가 시행령 제14조에 따라 사업자등록정정신고를 하는 때에는 본점 또는 주사무소 관할세무서 납세자보호담당관이 접수하여 처리하여야 한다. 제32조(사업자단위과세 사업자의 적용 전 정정사항 처리) ① 사업자단위과세로 등록한 사업자가 적용시기도래 전에 사업자등록 정정사유가 발생하여 「사업자등록 정정신고서(시행규칙 별지 제11호 서식)」를 접수한 종된 사업장 관할 세무서장은 본점 또는 주사무소 관할세무서장에게 사업자등록 정정사실을 즉시 통보하여야 한다.② 제1항에 따라 종된 사업장의 사업자등록정정사실을 수보한 본점 또는 주사무소 관할세무서장은 사업자단위과세 등록사항을 직권정정한 후 사업자등록증을 즉시 발급하여야 한다. 제33조(사업자단위과세 포기) ① 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장은 해당 사업자로부터 「사업자단위과세 포기신고서(시행규칙 별지 제12호 서식)」를 제출받은 경우 사업자단위과세 포기신고 내용을 전산 입력하고 그 결과를 종된 사업장 관할세무서장에게 통보하여야 한다.② 사업자단위 과세사업자가 사업자단위과세를 포기한 경우 종된 사업장 관할세무서장은 다음과 같이 사업자등록번호를 부여하여야 한다.1.기존사업자로서 사업자단위과세를 적용받은 사업자는 사업자단위과세를 적용받기 전에 사용하던 사업자등록번호2.신규사업자로서 사업자단위과세를 적용받은 사업자는 신규사업자에 준한 새로운 사업자등록번호 제34조(사업자단위과세 사업자의 신고 및 경정) ① 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서 부가가치세 담당과장은 사업자단위과세 사업자가 부가가치세 신고를 하는 경우 부가가치세신고서에 「사업자단위과세의 사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액(환급세액) 신고명세서(시행규칙 별지 제28호 서식)」, 부동산임대사업자의 경우 사업장별 「부동산임대공급가액명세서(시행규칙 별지 제25호 서식)」를 첨부하여 제출하도록 안내하여야 한다.② 사업자단위과세 사업자의 수정신고ㆍ경정 등의 청구ㆍ불복청구 및 경정은 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장이 처리하여야 한다. 제35조(사업자단위과세 사업자의 자료관리 등) ① 사업자단위과세 사업자의 과세자료는 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장이 처리하여야 한다. 다만, 사업자단위과세를 적용받기 전 과세기간에 대한 과세자료는 사업자단위과세를 적용받기 전 사업장관할세무서장이 처리하여야 한다.② 사업자단위과세 사업자의 종된 사업장을 관할하는 세무서장은 필요한 경우 해당하는 종된 사업장의 현장확인 등을 할 수 있다.③ 사업자단위과세 적용사업장 관할세무서장은 종된 사업장이 관할을 달리하는 경우 종된 사업장의 현장확인 등을 종된 사업장 관할세무서장에게 요청할 수 있다.④ 제3항에 따라 현장확인 등을 요청받은 종된 사업장 관할세무서장은 요청내용을 즉시 확인하여 회보하여야 한다. 제36조(신고관리 기본방향 및 신고대상자 파악) ① 지방국세청장(부가가치세과장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 사업자가 부가가치세를 신고ㆍ납부하는데 불편이 없도록 최대한의 납세서비스를 제공하여야 한다.② 국세청장(부가가치세과장)은 전산수록된 세적자료와 직전 부가가치세 신고자료에 따라 신고유형별 신고대상자를 파악하여 신고안내 등에 활용할 수 있다.③ 국세청장(부가가치세과장)은 납세자가 성실신고하는데 도움이 되도록 신고 전에 안내자료를 제공할 수 있다. 제37조(자체계획의 수립) 지방국세청장(부가가치세과장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 예정신고 또는 확정신고 관리업무를 집행함에 있어 사업자에 대한 신고안내, 세정지원 및 성실신고 유도 등 효율적인 신고관리를 위하여 관서별 실정에 맞는 세부계획을 수립ㆍ시행하여야 한다. 제38조(신고상담창구 등 설치 운영) ① 부가가치세 담당과장은 예정신고 또는 확정신고 기간마다 방문사업자의 신고편의를 위하여 부가가치세 (전자)신고상담창구를 설치하여 운영할 수 있다.② 부가가치세 담당과장은 부가가치세 (전자)신고상담창구에 전자신고용 인터넷PC와 유형별ㆍ업종별 신고서 작성요령 등을 비치하고 종사직원을 순환 배치하여 사업자가 스스로 신고서를 작성할 수 있도록 전자신고 방법 및 신고서 작성방법을 안내할 수 있다. 제39조(신고안내문 발송) 국세청장(부가가치세과장)은 신규 사업자 등 신고안내가 필요한 사업자에게는 신고서 등을 서울지방국세청 정보화관리팀(우편물자동화센터)에 의뢰하여 일괄 발송할 수 있다. 제40조(우편신고 및 전자신고 권장) 부가가치세 담당과장 은 사업자의 신고편의를 위하여「국세기본법」제5조의2에 따른 우편신고 및 전자신고를 적극 권장한다. 제41조(종사직원에 대한 교육) 지방국세청장(부가가치세과장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 부가가치세 신고관리업무 착수 전에 종사직원에게 다음 사항에 대한 교육을 실시하여 신고관리업무가 차질없이 집행되도록 하여야 한다.1. 신고관리 기본방향2. 세법 등 개정내용3. 우편신고 및 전자신고 요령 등 제2절 신고서 접수 및 전산입력ㆍ전송ㆍ보관 제42조(신고서 등의 접수) ① 부가가치세 신고서(전자신고 제외) 등 시행령 제90조제2항과 시행령 제91조제1항, 「국세기본법」제45조와 같은 법 제45조의3에 따라 제출하는 서류는 민원봉사실에서 접수함을 원칙으로 한다. 다만, 부가가치세 신고기간 중에 부가가치세 담당과장은 납세자보호담당관과 협의하여 민원봉사실에 신고서접수창구를 설치ㆍ운영할 수 있으며, 원거리 사업자의 신고편의를 위하여 현지접수창구를 설치ㆍ운영할 수 있다.② 납세자보호담당관은 부가가치세 신고기간 중에 신고서접수창구나 현지접수창구를 설치ㆍ운영하는 경우 부가가치세 담당과장과 협의하여 접수창구 근무자를 과별 담당업무에도 불구하고 적정 인원을 지정하여 근무하게 할 수 있다③ 납세자보호담당관(신고서접수창구 근무자)은 신고서, 매출처별ㆍ매입처별세금계산서합계표 등 첨부서류의 기재내용 등을 확인한 후 사업자가 접수증을 요구하는 경우 사업자에게 접수증을 발급하여야 한다.④ 납세자보호담당관(신고서 접수창구 운영기간에는 부가가치세 담당과장)은 접수된 신고서 등을「정보화센터 사무처리규정」에 따라 처리하고 타서분 신고서를 접수한 경우에는 즉시 관할세무서장에게 이송하여야 한다.⑤ 신고서 등의 접수(「국세기본법」 제5조의2제2항에 따른 전자신고를 포함한다. 이하 같다)에 관하여 이 규정에서 정하지 않은 사항은 「국세청 민원사무처리규정」에 따른다. 제43조(신고서 등의 전산 입력 등) ① 제42조에 따라 접수된 신고서 등의 전산입력, 오류정정, 전송, 이송은 「정보화센터 사무처리규정」에 따른다.② 부가가치세 담당과장은 제1항에도 불구하고 긴급한 민원처리가 필요한 신고서나 조기환급신고서 등과 같이 정보화센터에 이송하여 처리하기 곤란한 경우에는 직접 입력할 수 있으며, 이 경우 오류정정 등의 업무를 직접 처리한다. 다만, 전산입력대상 첨부서류는 정보화센터에 이송하여 입력을 의뢰할 수 있다. 제44조(신고서 보관) 부가가치세 담당과장은 전산입력이 완료된 신고서와 신고서 첨부서류 등을 징세과장에게 인계하여야 한다. 제45조(전자신고서 확인 및 첨부서류 보관) ① 부가가치세 담당과장은 홈택스에서 전자신고된 신고서의 이중신고 여부를 확인하여 잘못 신고된 신고서를 삭제하여야 한다.② ③ 납세자보호담당관은 부가가치세 전자신고를 한 사업자가 전자신고를 할 수 없는 영세율 첨부서류 등을 수동으로 제출하여 접수한 때에는 부가가치세 담당과장에게 인계하여야 하며 부가가치세 담당과장은 이를 과세기간별로 편철하여 관리하여야 한다. 제46조(신고ㆍ납부불일치명세서 출력) ① 국세청장(부가가치세과장)은 신고서 등의 입력ㆍ오류정정과 사후결의원부 전산수록 및 처리를 완료한 후 신고서와 사후결의원부를 전산으로 비교한 결과에 따라 다음 각 호의 불일치 내용을 기록한 신고ㆍ납부불일치명세서를 생성하여야 한다.1. 세목코드 오류자료2. 국세환급금 계좌번호 오류자료3. 주민등록번호 또는 사업자등록번호 오류자료4. 무납부ㆍ납부부족자료5. 과다납부자료② 지방국세청 정보화관리팀장(정보화센터 운영요원)은 제1항에 따라 신고ㆍ납부불일치명세서를 생성하여 「정보화센터 사무처리규정」에 따라 불일치 사유를 규명하고 무과소납부자에 대해서는 세무서장(부가가치세 담당과장)에게 통보하여 필요한 조치를 취하도록 하여야 한다. 제47조(무납부자 등 확인) 부가가치세 담당과장은 신고납부불일치 사유규명 처리기한 경과 후 신고납부 결정결의서, 일괄 무납부ㆍ납부부족 경정결의서 및 일괄 무납부ㆍ납부부족 경정결의서(제외자) 등을 출력하여 활용한다. 제48조(징수결정결의) ① 부가가치세 담당과장은 제47조에 따른 무납부ㆍ납부부족 사업자에게는 신고기한이 속하는 달의 다음 달의 다음 달 15일까지 무납부ㆍ납부부족금액을 징수결정하여야 한다.② 제1항의 경우 부가가치세 담당과장은 부과통보서를 출력하고 부가가치세 일괄무납부ㆍ납부부족 경정결의서와 비교하여 적정 여부를 확인한 후 징세과장에게 부과통보하여야 한다.③ 부가가치세 담당과장은 조세채권의 조기 확보를 위하여 즉시 경정이 필요한 경우에는 제1항에도 불구하고 결정(경정)결의서와 부과통보서를 즉시 출력하여 개별 징수 결정결의를 하여야 한다.④ 부가가치세 담당과장은 신고서 작성에 오류가 있는 신고서, 수정신고서, 기한 후 신고서, 이미 해당 과세기간에 경정한 사실이 있는 신고서 등의 무납부ㆍ납부부족 세액(납부기한 연장, 추가 자진납부 또는 납부기한오류 포함)은 제1항에도 불구하고 신고일로부터 3개월 이내에 개별 결정(경정)하여야 한다.⑤ 부가가치세 담당과장은 무납부ㆍ납부부족으로 경정결정한 사업자에 대하여 부과통보하기 전에 결정취소 또는 경정감 사유가 발생한 때에는 즉시 신고ㆍ납부불일치 사유를 규명하고 결정취소 또는 경정감 처리하여야 한다. 제49조(예정고지 결정) ① 부가가치세 담당과장은 개인 일반과세자의 각 예정신고기간과 간이과세자의 예정부과기간에 예정고지(부과) 대상자를 전산으로 확인하여 확정 및 부과통보하고, 예정신고기간 또는 예정부과기간이 끝난 후 10일이내에 「국세징수사무처리규정」에 따라 고지서를 발부한다.② 부가가치세 담당과장은 예정고지(부과)된 사업자가 법 제48조제4항 및 법 제66조제2항에 따라 예정신고를 한 때에는 예정고지세액을 결정취소하고, 전산으로 징세과장에게 부과통 보(결정취소)하여야 한다. 제50조(환급대상자 관리) ① 국세청장(부가가치세과장)은 제46조에 따른 신고납부자료의 비교작업이 끝나면 환급신청자와 과다납부자 등 환급대상자를 전산으로 일괄 선정한다. 다만, 신고서 오류자 등은 일괄 선정에서 제외하고 그 명단을 출력한다.② 부가가치세 담당과장은 환급대상자에 대하여 환급신고 내용과 첨부서류 등을 활용하여 서면검토하고 일괄환급대상자와 개별환급대상자로 분류한다. 제51조(일괄환급 결정결의 및 통보) ① 부가가치세 담당과장은 일괄환급대상자에 대하여 환급대상자의 누락 또는 착오 여부와 환급금액의 적정 여부를 검토한 후 환급결정결의를 하여야 한다. 다만, 일괄환급 결정결의를 취소할 사업자는 제외한다.② 일괄환급 결정결의가 끝나면 부가가치세 담당과장은 환급 건수ㆍ금액 및 환급받는 자의 적정 여부를 확인한 후 이를 징세과장에게 통보하여야 한다.③ 징세과장은 환급대상이 된 국세 등을 납부한 자와 환급금에 대한 권리의 양도 또는 그 밖의 사유로 인하여 환급금의 지급대상자가 서로 다른 경우에는 정당한 지급대상자를 전산에 수록하여 환급통보서를 작성할 때 착오가 없도록 하여야 한다. 제52조(부당환급신고 혐의자 관리) ① 부가가치세 담당과장은 부가가치세 부당환급 신고 혐의가 있어 현장확인이 필요한 때에는 현장확인을 실시할 수 있다.② 서면분석이나 현장확인을 통하여고액의부당환급혐의자, 자료상혐의자 또는 탈루세액이 크고 여러 과세기간에 걸쳐 부당환급(공제) 등이 이루어져 세무조사가 필요하다고 판단되는 경우에는 세무서장의 결재 후 조사담당과장에게 인계하여 세무조사를 실시할 수 있도록 하여야 한다. 제53조(개별환급 결정결의 및 통보) ① 세무서장(부가가치세 담당과장 또는 조사과장)은 부당환급 혐의가 발견되어 현장확인대상자 또는 세무조사대상자로 분류된 사업자에 대하여는 다음 각 호에 따라 처리한다.1. 현장확인 또는 세무조사 결과 환급신청세액의 변동이 있는 경우에는 부가가치세를 경정(재경정)하고, 변동이 없는 경우에는 환급(조기ㆍ일반)세액을 전산으로 개별결의 한다.2. 법정 환급기한 전에 현장확인이나 세무조사가 실시되지 않거나 종결되지 아니한 경우에는 원칙적으로 법정 환급기한까지 환급(조기ㆍ일반)세액을 개별결의하여 환급조치 하되, 조세일실 등의 우려가 있어 환급을 보류할 필요가 있다고 판단되는 상당한 이유가 있는 경우에는 그 이유를 서면으로 통지하고 현장확인 또는 세무조사종결 후에 그 결과에 따라 개별결의 한다.② 부가가치세 담당과장(세무조사의 경우 조사과장)은 부가가치세 경정(재경정) 및 환급(조기ㆍ일반)세액에 대하여 세무서장의 결의가 있는 즉시 환급구분ㆍ환급기산일 등을 확인하여 확정하고, 전산으로 징세과장에게 부과통보하여야 한다.③ 일괄환급 결정결의를 취소하고 개별환급 결정결의하는 사업자에 대해서도 제1항 및 제2항을 준용한다. 제54조(환급 후 부당환급 분석 및 점검) ① 국세청장(부가가치세과장)은 환급신고 내용을 분석할 수 있도록 세금계산서 등의 자료를 전산으로 구축한다.② 부가가치세 담당과장은 과세기간별로 환급신고자에 대한 자료를 분석하여 현장확인대상자 선정 등에 활용하여야 한다. 제55조(무신고자 파악 및 관리) ① 국세청장(부가가치세과장)은 예정 또는 확정신고 기간 종료 후 무신고자 명단을 관할 세무서장(부가가치세 담당과장)에게 전산등을 통해 알려주어야 한다.② 부가가치세 담당과장은 법정신고기한까지 무신고한 사업자에게 기한 후 신고를 권장하여야 하며, 국세청장(부가가치세과장)은 서울지방국세청 정보화관리팀(우편물자동화센터)을 통하여 무신고자에게 기한 후 신고 안내문을 발송할 수 있다. 제56조(기한 후 신고자 및 무신고자 결정) ① 부가가치세 담당과장은 기한 후 신고서를 제출하는 무신고자에 대해서는 신고내용에 명백한 탈루혐의가 없는 한 신고내용에 따라 결정하여야 한다.② 부가가치세 담당과장은 기한 후 신고 권장을 하였으나 정당한 사유없이 신고를 하지 않는 사업자에 대해서는 법 제57조에 따라 결정하여야 한다.③ 부가가치세 담당과장은 무신고자가 신고대상기간의 사업실적에 대하여 기한 후 신고를 하지 않거나 기한 후 신고내용의 확인을 위하여 현장확인이 필요한 경우 현장확인 담당자를 지정하여 이를 실시할 수 있다.④ 부가가치세 담당과장은 기한후 과세표준 신고서를 제출한 사업자에 대해서는 신고일로부터 3개월 이내에 과세표준과 세액을 결정하여 통지하여야 한다. 제57조(수정신고 안내) 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 세원관리 등의 방법으로 부가가치세 과세표준 및 세액신고 내용을 분석한 결과 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우 그 구체적인 근거를 제시하여 수정신고 안내를 할 수 있다. 제58조(수정신고 및 경정 등의 청구의 처리) ① 부가가치세 담당과장은 수정신고서가 접수된 경우 당초 신고한 내용과 수정신고서의 내용을 접수일로부터 2개월 이내에 검토하여야 한다.② 부가가치세 담당과장은 경정청구서가 접수된 경우 경정청구 내용과 증빙서류, 거래상대방 신고내용 등을 검토하여 접수일로부터 2개월 이내에 결정 또는 경정하거나, 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 접수일로부터 2개월 이내에 결정이 곤란한 경우에는 그 이유를 서면으로 통지하여야 한다.③ 부가가치세 담당과장은 수정신고 및 경정 등의 청구내용의 확인을 위해서 서면으로 해명요구를 할 수 있으며 현장확인이 필요한 경우에는 현장확인담당자를 지정하여 최소한의 범위에서 이를 실시할 수 있다.④ 부가가치세 담당과장은 경정 등의 청구에 대하여 경정을 한 경우 해당 결의서를 전산 입력하고, 부과(환급)통보서를 전산으로 징세과장에게 통보하여야 한다.⑤부가가치세 담당과장은 기한후 신고서 및 경정청구서를 제출한 세무대리인 중 공직퇴임세무사 수임제한 대상으로 조회되는 경우에는 수임제한 예외사유 해당여부 등을 검토하여 검토 의견을 작성하여야 한다.⑥수임제한 예외사유에 해당되지 않아 최종 수임제한 대상으로 확인되는 경우에는「세무대리업무에 관한 사무처리규정」제23조(징계요구) 및 제26조(징계요건 조사보고)에 따른 절차를 진행하도록 하여야 한다. 제59조(일반사항) 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 관내 세원의 지역특성ㆍ신고성실도 등을 고려하여 세원관리 취약분야 및 문제점이 있는 사업자를 분석하여 불성실 신고내용이 시정되도록 관리하여야 한다. 제60조(세원관리) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 세원관리 취약분야, 호황업종, 유흥업소, 고소득사업자 등 세원관리 필요성이 있는 사업자에 대한 자체 세원관리 추진계획을 수립하여 관리하여야 한다.② 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 제1항에 따른 세원관리 결과를 수정신고안내 및 조사대상 선정 등에 활용한다.③제2항에 따른 세원관리 과정에서 현장확인이 필요한 경우에는 지방국세청 성실납세지원국장 및 세무서장의 결재를 받아 최소한의 범위에서 현장확인을 실시할 수 있다. 제61조(일반사항) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 사업자가 자발적으로 성실신고할 수 있도록 제36조에 따른 안내자료의 신고내용 반영 여부, 각종 신고 항목의 오류 및 누락 여부 등을 확인하여 수정신고 안내 등을 하여야 한다.② 제1항에 따른 확인은 신고서 및 전산상 각종 과세정보 등 내부자료를 최대한 활용하여야 하며, 필요한 경우 지방국세청(성실납세지원국장) 및 세무서장의 결재를 받아 외부기관으로부터 자료를 수집하여 실시할 수 있다. 제62조(확인계획 수립) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 종사인력, 업무의 중요도, 대상자 수 등을 고려하여 자체 실정에 맞는 신고내용 확인계획을 수립하여야 한다.② 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 제63조제1항에 따라 선정된 사업자의 신고내용 확인업무를 수행하기 위해 담당자를 지정하여야 한다. 제63조(확인대상자 선정) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 제36조에 따른 안내자료의 신고 반영 여부, 특정 신고 항목의 신고 적정 여부 등을 검토하여 신고내용에 오류가 있거나 내용이 누락된 혐의가 있는 사업자를 확인대상으로 선정할 수 있다.② 제1항에 따른 확인 대상자는 지방국세청장(성실납세지원국장)이선정함을 원칙으로 한다. 다만, 세무서장은 관내 세원의 특수성 등을 감안하여 신고내용 확인이 필요하다고 판단하는 경우 지방국세청장(성실납세지원국장)의 승인을 받아 선정할 수 있다. 제64조(확인범위) ① 확인대상 과세기간은 최근 2개 과세기간(간이과세자는 1개 과세기간)으로 한다.② 확인대상은 제63조에 따른 대상자의 신고내용 중 오류 또는 누락혐의가 있는 항목으로 하되, 제66조제1항에 따른 해명자료 제출 안내에 기재된 내용에 한정하여야 한다. 제65조(처리기한) 확인 담당자는 제63조에 따른 대상자 선정일로부터 2개월 이내에 신속하게 확인업무를 처리하여야 한다. 다만, 사업자가 정해진 기간 내에 해명하지 않는 경우 등의 사유가 있는 경우에는 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(부가가치세 담당과장)의 결재를 받은 후 1회(1개월 이내)에 한하여 처리기한을 연장할 수 있다. 처리기한을 연장한 경우「신고내용확인 처리기한 연장 통지(별지 제38(2)호 서식)를 대상자에게 즉시 발송하여야 한다. 제66조(해명안내 등) ① 확인 담당자는 제63조에 따른 대상자의 신고내용 오류 또는 누락 여부를 확인하기 위해「부가가치세 신고 관련 해명자료 제출안내(별지 제36(1)호 서식)」로 사업자에게 해명자료 제출을 서면으로 안내하여야 한다. 이 경우 해명자료 제출기간은 1주 이상으로 적정하게 부여하고 해명자료는 신고내용 확인 범위에 한정하여 구체적으로 제출을 안내하여야 한다.② 제1항에 따른 해명자료 제출 안내 시 사업자의 권리 보호를 위해 「권리보호 요청제도에 대한 안내(별지 제2(3)호 서식)」를 서면으로 함께 안내하여야 한다.③ 확인 담당자는 사업자가 「부가가치세 신고 관련 해명자료」를 제출하는 경우 전산 접수하고 관련 서류를 스캔하여 전자서고에 수록하여야 한다.④ 확인 담당자는 해명자료 검토 결과 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락된 내용이 발견되는 경우「부가가치세 수정신고 안내(별지 제36(2)호 서식)」로 사업자에게 수정신고를 안내하여야 한다.⑤ 신고내용 확인 업무는 납세자와의 직접적인 접촉 없이 간접확인의 방법으로 수행함을 원칙으로 한다.⑥확인 담당자는 해명자료 검토 결과 오류 또는 누락된 내용이 발견되지 않는 경우 처리기한일로부터 7일이내「부가가치세 해명자료 검토 결과 안내(별지 제37(1)호 서식)」를 사업자에게 발송하여야 한다.⑦ 확인 담당자는 신고내용 확인 결과 사업자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 처리기한일로부터 7일이내「부가가치세 수정신고 검토 결과 안내(별지 제37(2)호 서식)」를 사업자에게 발송하여야 한다. 제67조(경정 등) ① 확인 담당자는 사업자가 제66조제1항 또는 제4항에 따른 안내를 받고 해명자료를 제출하지 않거나 수정신고를 하지 않은 경우(수정신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 포함)로서 객관적인 자료에 따라 신고내용에 오류 또는 누락된 내용이 확인되는 경우「과세전적부심사사무처리규정」에 따른 과세예고통지서를 발송하고 과세전적부심사 청구기한 종료 후 과세표준과 납부세액 또는 환급세 액을 경정하는 등 필요한 조치를 취해야 한다.② 지방국세청장(성실납세지원국장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 사업자가 제66조 제1항 또는 제4항에 따른 안내를 받고 해명자료를 제출하지 않거나 수정신고를 하지 않은 경우(수정신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 포함)로서 탈루 혐의가 명백하여 세무조사가 필요하다고 판단되는 경우 조사대상 선정 등에 활용하도록 지방국세청은 조사국장, 세무서는 조사과장에게 통보할 수 있다. 제68조(절차준수 및 진행관리) ① 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(부가가치세 담당과장)은 신고내용 확인업무 수행과정에서 사업자의 권리가 보호되도록 제62조부터 제67조까지의 규정에 따른 신고내용 확인절차와 범위 등의 준수 여부를 점검ㆍ관리하여야 한다.② 지방국세청장(성실납세지원국장) 또는 세무서장(부가가치세 담당과장)은 신고내용 확인 관련 진행상황을 전산에 입력하여 관리하여야 한다. 제69조(대손세액공제 등 관리) 부가가치세 담당과장은 사업자가 대손세액공제신청(변제신고)을 한 경우에는 사업자가 제출한 대손세액공제(변제) 신고서ㆍ대손(변제)사실을 증명하는 서류 및 관련세금계산서 사본에 따라 대손세액공제(변제)의 적정 여부를 검토하여 필요한 조치를 하여야 한다. 제70조(대리납부 관리) 부가가치세 담당과장은 원천징수의무자(소득지급자)가「국제조세사무처리규정」제39조부터 제43조(비거주자 등의 국내원천소득에 대한 소득세(법인세) 납세사실증명 발급)까지, 제44조부터 제50조의3(조세조약상 비과세ㆍ면제 적용 신청, 검토 및 경정청구)까지의 규정에 따라 제출된 계약서 등에 따라 대리납부 여부를 사후관리 하여야 한다. 제71조(국가기관 등에 대한 세금계산서합계표 제출 안내) 국세청장(부가가치세과장) 및 세무서장(부가가치세 담당과장)은 부가가치세 신고의무는 없으나 법 제54조제5항에 따라 매입처별세금계산서합계표를 제출하여야 하는 국가ㆍ지방자치단체ㆍ비영리법인 및 면세사업자 등에게 확정신고 시 제출 안내문을 발송하여 홈택스를 통한 전자제출 또는 전산매체로 제출하도록 안내할 수 있다. 제72조(세금계산서합계표 제출 안내) ① 부가가치세 담당과장은 세금계산서합계표 제출의무가 있는 자에게 세금계산서합계표를 예정신고ㆍ확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고서와 함께 제출하도록 안내할 수 있다.② 부가가치세 담당과장은 주류 제조ㆍ도매ㆍ중개업자가 주류판매 세금계산서에 대한 매출처별세금계산서합계표를 작성하는 때에는 일반 매출처별세금계산서합계표와 별지로 구분 작성하고 비고란에「주세사무처리규정」에 따른 거래쌍방의 유형코드를 기재하도록 안내할 수 있다. 제73조(세금계산서합계표 전산매체 제출 안내) ① 부가가치세 담당과장은 시행령 제97조에 따라 세금계산서합계표를 전산매체로 제출하는 사업자에게 국세청장(부가가치세과장)이 정하는「세금계산서합계표 전산매체 제출요령」에 따라 제출하도록 안내하여야 한다.② 사업자를 대리하여 제출하는 세무대리인의 전산매체 제출요령은 아래 표의 「세무대리인의 세금계산서합계표 전산매체 제출요령」에 따른다. ③ 부가가치세 담당과장은 사업자가 제1항에 따라 작성ㆍ제출하는 경우 전산저장 매체와 「전산매체 제출집계표(별지 제13호 서식)」를 작성하여 예정신고ㆍ확정신고 또는 영세율 등 조기환급신고서와 함께 제출하도록 안내하여야 한다. 제74조(전산 입력) 부가가치세 담당과장은 법 제54조 및「국세기본법」제45조의3에 따라 제출받은 세금계산서합계표(전산매체 제출분 포함)에 대해 「정보화센터 사무처리규정」에 따라 정보화센터에 이송하여 전산 입력되도록 조치하여야 한다. 제75조(수정신고 및 경정 등의 청구의 처리) ① 부가가치세 담당과장은 사업자가 세금계산서의 거래일이 속하는 과세기간의 확정신고기한 전에 수정신고ㆍ경정 등의 청구 또는 기한 후 신고를 할 때 제출한 세금계산서합계표(예정신고분을 확정신고 기한까지 수정신고한 경우 포함)에 대해서는 확정신고분에 합산하여 전산 입력되도록 조치하여야 한다.② 부가가치세 담당과장은 사업자가 세금계산서 거래일이 속하는 과세기간의 확정신고기한이 경과한 후 수정신고ㆍ경정 등의 청구 또는 기한 후 신고할 때 제출한 세금계산서합계표에 대해서는 제출한 달의 다음 달 10일까지 전산 입력되도록 조치하여야 한다. 제76조(세금계산서합계표 전산비교자료의 종류) 국세청장(부가가치세과장)은 법인 및 일반과세자의 부가가치세 신고서 및 매출처별ㆍ매입처별ㆍ매입자발행 세금계산서합계표 입력내용을 전산으로 비교하여 다음 각 호의 자료를 구축한다.1. 세금계산서합계표 불일치자료2. 매입세액 부당공제 혐의자료 제77조(전산비교자료의 관리 및 처리) ① 부가가치세 담당과장은 제76조에 따라 구축된 자료를 세원관리 등의 업무에 활용하여야 한다.② 부가가치세 담당과장 및 조사과장은 다음 각 호의 사유에 해당되는 경우에는 해당 사업자의 모든 과세자료(전산자료 및 수동자료)를 일괄 처리하여야 한다.1. 해당 사업자에 대한 세무조사를 실시할 때2. 수시부과 사유가 발생하여 수시부과 할 때3. 부도ㆍ폐업 및 법원 경매개시 등으로 세수일실의 우려가 있는 자로서 조세채권 확보가 가능한 때③ 부가가치세 담당과장 및 조사과장은 제2항에 따라 전산비교자료를 처리하고 사업자의 거래부인, 무자격 및 무능력자료 등 거래상대방에게 귀책사유가 있는 경우에는 거래상대방 사업장 관할세무서장에게 알려주어야 한다. 제78조(통보대상자료) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세자료에 대해 해당 업무처리 담당자는 전산에 입력하여야 한다.1. 각종 세무조사할 때 파생된 과세자료2. 각종 자료처리할 때 파생된 과세자료3. 그 밖에 행정기관 등으로부터 국세의 부과에 활용할 수 있는 자료를 수집하거나 제출받은 경우. 다만, 사업자등록 및 휴ㆍ폐업 등 단 순한 세적관련 자료는 입력하지 아니하고 즉시 처리한다.4. 작성 연월일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한이 경과한 후의 수정신고ㆍ경정 등의 청구 또는 기한 후 신고할 때 제출한 세금계산서합계표 자료 중 거래상대방이 제출하지 아니한 세금계산서합계표 자료5. 업무처리할 때 또는 각종 감면 및 세액공제 등의 사후관리에 의해 파생된 과세자료(신고기한이 경과하지 않은분 포함) 제79조(전산 입력) ① 업무처리담당자는 제78조에 따른 과세자료에 대해 과세자료의 종류를 명확하게 구분하여 사업자별, 과세기간별로 자료금액 등을 정확하게 입력하여야 한다.② 전산자료를 처리하고 과세자료를 파생할 경우에는 자료종류는 해당 전산자료 종류를 선택하되 파생자료로 입력한다.③ 자료를 입력할 때 과세자료와는 별도로 참고할 사항 등이 있는 경우 첨부파일을 등록할 수 있다.④ 조사파생자료를 입력할 때 자료량이 많은 경우에는 전송시스템을 이용하여 일괄 입력할 수 있다.⑤ 입력한 수동자료의 우측 하단에 전산에서 자동 부여되는 자료일련번호를 기재한다. 제80조(과세자료의 일련번호 부여) ① 홈택스1담당관은 제79조에 따라 전산입력할 때 수동자료는 일자별ㆍ자료종류별로 일련번호로 전산 부여한다.② 전산자료는 홈택스1담당관이 해당 전산자료를 생성할 때 일괄로 부여한다. 제81조(전산 통ㆍ수보 절차) ① 업무처리담당자는 제79조에 따라 입력한 과세자료를 타서 또는 타과로 인계하고자 하는 경우에는 전산으로 인계처리(인계요청)하고, 관리자는 전산결재하여 통보하여야 한다.② 제1항에 따라 과세자료를 인계ㆍ인수한 부가가치세 담당과장 및 조사과장은 인계ㆍ인수현황, 인계요청내역 등을 관리하여야 한다. 제82조(과세자료 처리담당자 지정) ① 부가가치세 담당과장은 매월 접수(발생)한 과세자료에 대하여 업무처리담당자를 지정하여 전산 입력하고 해당 과세자료를 업무처리담당자에게 배부하여야 한다.② 국세청장(홈택스1담당관)은 업무처리담당자가 미지정된 과세자료를 전산상 조회가능하도록 하여 자료처리에 도움이 되도록 협조하여야 한다. 제83조(과세자료 처리) ① 과세자료 처리를 위해 납세자의 해명이 필요한 경우에는 「부가가치세 해명자료 제출 안내(별지 제14호 서식)」와 「권리보호요청제도에 대한 안내(별지 제2(2)호 서식)」를 작성하여 발송하여야 한다. 또한, 해명안내에 대해 납세자가 해명자료를 제출하는 경우 「납세자 해명자료(별지 제15호 서식, 이하 같다)」에 따라 제출하도록 안내하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 하나에 해당하는 경우 「부가가치세 해명자료 제출 안내」 발송을 생략할 수 있다.1. 「국세징수법」 제14조에 규정하는 납기전 징수 사유가 있거나 세법이 정하는 수시부과 사유가 있는 경우2. 고지예정일로부터 국세부과제척기간의 만료일 또는 국세징수권 소멸시효의 완성일이 3개월 이하인 경우3. 과세자료의 내용이 명확하여 납세자의 해명이 필요 없다고 인정되는 경우② 부가가치세 담당과장은 납세자가 「납세자 해명자료」를 제출하는 경우 전산 접수하고 관련 서류를 스캔하여 전자서고에 수록하여야 한다.③ 삭제④ 부가가치세 담당과장은 해명자료를 제출하지 않거나 해명자료를 검토한 결과 부득이하게 현장확인이 필요한 경우에는 현장확인을 실시할 수 있다.⑤ 부가가치세 담당과장은 현장확인, 해명자료 및 신고내용 분석결과 조사대상자로 선정할 필요가 있다고 판단되는 경우 세무서장의 결재를 받아 조사과장에게 통보한다.⑥ 부가가치세 담당과장 및 조사과장은 제1항에 따른 부가가치세 해명자료 제출 안내에 따라 납세자가 해명자료를 제출한 경우에는 이를 성실하게 검토한 후, 해명자료 제출일로부터 30일 이내(기한의 말일이 토요일 또는 공휴일인 경우 그 다음날)에 「해명자료 검토결과 통지(별지 제16호 서식, 이하 같다)」를 발송하여야 한다. 다만 「현장확인 안내(별지 제2(1)호 서식)」, 「과세예고통지서(「과세전적부심사사무처리규정」 별지 제2호 서식)」, 「세무조사 사전통지(조사사무처리규정 별지 제1호 서식」를 발송하는 경우에는 「해명자료에 대한 검토결과 안내」 발송을 생략할 수 있다.⑦ 제6항에 따른 납세자가 제출한 해명자료 검토 시 해명자료 보정 및 사실관계 추가 확인 등으로 기한연장이 필요한 경우 30일내 기한(기한의 말일이 토요일 또는 공휴일인 경우 그 다음날)을 재지정하여 납세자에게 「해명자료 처리기한 연장 통지(별지 제38(1)호 서식)」를 발송하여야 한다. 다만, 납세자가 추가 해명자료를 연장된 처리 기한까지 7일 이내로 남은 때에 제출한 경우에는 제출일로부터 7일 이내의 검토 기간을 거쳐「해명자료 검토결과 통지」할 수 있다.⑧ 부가가치세 담당과장은 과세자료에 대한 진행상황을 확인하여 처리기한이 경과되지 않도록 관리하여야 한다. 제84조(과세자료 인계 등) ① 조사과장은 세무조사(통합조사, 세목별 조사, 부분조사 등)를 실시하는 조사대상자의 조사대상 과세기간에 해당하는 과세자료가 있는 경우 과세자료 인수화면에 입력하여 인수받아 처리하여야 한다. 다만, 전산으로 관리하고 있는 자료는 조사관서에서 직접 출력하여 처리한다.② 사업장 이전 등으로 세적관할의 변경이 있는 경우 세적변경 전 관할세무서장은 모든 자료를 세적변경 후 관할세무서장에게 통보하여야 한다. 제3절 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 의한 자료의 수집 및 활용 제85조(과세자료의 수집 및 활용) ① 부가가치세 담당과장은「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따른 자료를 제출대상 기관으로부터 제출받아 과세자료 등으로 활용할 수 있도록 하여야 한다.② 부가가치세 담당과장은 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따라 과세자료를 제출하여야 할 기관에게 자료를 제출기간에 제출하도록 안내하여야 한다.③ 부가가치세 담당과장은 「과세자 료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따라 제출받은 과세자료에 대해 「정보화센터 사무처리규정」에 따라 정보화센터에 이송하여 전산입력되도록 조치하여야 한다.④ 부가가치세 담당과장은 「과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률」에 따른 제출대상 과세자료 이외에도 업무에 필요한 경우에는 해당 기관에 과세자료를 제출하도록 협조요청하거나 출장하여 직접 수집할 수 있다. 제86조(매입자발행세금계산서 전산관리시스템 활용) 매입자발행세금계산서 업무는 매입자발행세금계산서 전산관리시스템(이하 이 절에서 "관리시스템"이라 한다)으로 처리하여야 한다. 제87조(총괄담당자 업무) 부가가치세 담당과장은 매입자발행세금계산서 업무를 총괄할 팀장 및 담당자를 지정ㆍ운영하여야 한다. 제88조(신청인 관할세무서 업무) ① 납세자보호담당관(민원봉사실장)은 신청인(매입자)이 「거래사실 확인신청서(「부가가치세법 시행규칙」 별지 제14호의2 서식, 이하 같다)」를 제출하는 경우 아래의 주요 검토ㆍ확인할 사항을 확인하여 적법한 신청이 되도록 안내하여야 하며, 접수한 「거래사실 확인신청서」에 접수번호 및 일자 등을 표기한 후 관련서류를 해당 부가가치세 담당과장에게 즉시 인계하여야 한다. ② 「거래사실 확인신청서」를 수보한 부가가치세 담당과장은 내부업무 처리자를 처리담당자로 지정하며, 처리담당자는 「거래사실 확인신청서」를 검토·확인한 후 관리시스템에 전산 입력하여야 한다.③ 처리담당자는 「거래사실 확인신청서」의 공급자 인적사항이 부정확하거나 신청서 기재방식에 흠이 있는 경우에는 「거래사실 확인신청에 대한 보정요구(별지 제17호 서식)」에 따라 신청일로부터 7일 이내에 보완을 요구할 수 있고, 이때 보완요구 기간은 5일 이내로 한다.④ 처리담당자는 보완요구에 따르지 않거나 신청기한(재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 1년)을 넘겨 신청한 경우 또는 미등록자 및 휴ㆍ폐업자와의 거래가 명백한 경우에는 「거래사실 확인거부 통지(별지 제18호 서식)」에 따라 거래사실을 확인할 수 없음을 안내하여야 한다.⑤ 처리담당자는 거부결정하지 아니한 신청서는 관련서류 사본과 함께 「거래사실 확인신청서 송부(별지 제19호 서식)」 서식에 따라 공급자 관할세무서장(부가가치세 담당과장)에게 송부(거래사실 확인의뢰)하여야 한다. 제89조(공급자 관할세무서 업무) ① 신청인 관할세무서장으로부터 수보한 거래사실 확인자료는 총괄담당자가 접수하며, 관리시스템에서 수보처리 하여야 한다.② 공급자 관할세무서장(부가가치세 담당과장)은 거래사실 확인업무를 위해 내부업무 처리자를 처리담당자로 지정한다. 다만, 처리 건수나 효율성 등 업무형편을 감안하여 2인 1조로 현장확인반을 편성할 수 있다.③ 처리담당자(현지확인반)는 실거래 여부를 확인하여 거래사실 확인신청일의 다음달 말일까지 실거래 여부를 확인하고 공급자에게 그 결과를 통지하여야 한다. 다만,「부가가치세법 시행규칙」 제52조의2에 따른 연장사유가 발생하는 경우에는 20일 이내의 범위에서 연장할 수 있으며, 이 경우 「거래사실 확인기간 연장통지(별지 제20호 서식)」를 공급자에게 등기우편으로 발송한다.④ 처리담당자(현지확인반)는 거래사실이 확인되는 경우에는 「거래사실 확인통지(별지 제21(1),(2)호 서식, 이하 같다.)」를, 거래사실이 확인되지 아니하는 경우에는 「거래사실 확인불가 통지(별지 제22(1),(2)호 서식, 이하 같다)」를 공급자에게 등기우편으로 발송하고 신청인 관할세무서장에게는 조사결과보고서 사본을 첨부하여 문서로 회신한다. 제90조(신청인 관할세무서의 확인결과 통지) 처리담당자는 공급자 관할세무서의 처리결과 공문접수 전이라도 거래사실 확인결과를 전산조회하고 거래사실이 확인되는 경우 「거래사실 확인통지서」를, 거래사실이 확인되지 아니하는 경우에는 「거래사실 확인불가 통지서」를 출력하여 신청인(매입자)에게 등기우편으로 발송하여야 한다. 제91조(매입자발행세금계산서 발급 및 부가가치세 신고방법 안내) ① 처리담당자는 거래사실 확인통지를 받은 신청인에게 공급자 관할세무서장이 확인한 거래일자를 작성일로 하여 「매입자발행세금계산서(「부가가치세법 시행규칙」 별지 제14호의3 서식, 이하 같다)」를 발행하고 공급자에게 발급하도록 안내한다. 다만, 신청인 및 공급자가 관할세무서장으로부터 거래사실 통지를 받은 경우에는 「매입자발행세금계산서」를 발급하지 아니할 수 있음을 안내한다.② 처리담당자는 「매입자발행세금계산서」를 발급한 신청인에게 부가가치세를 신고(예정신고ㆍ확정신고 및 경정 등의 청구)할 때 「매입자발행세금계산서합계표(「부가가치세법 시행규칙」 별지 제14호의4 서식, 이하 같다)」를 제출한 경우 「매입자발행세금계산서」에 기재된 매입세액은 공제대상임을 안내하고, 공급자에게는 신청인으로부터 발급받은 「매입자발행세금계산서」를 정상적으로 발급한 매출세금계산서와 합하여 「매출처별세금계산서합계표(「부가가치세법 시행규칙」별지 제38호 서식, 이하 같다)」에 기재하여 제출하도록 안내한다. 이 경우 제1항 단서에 따라 발급하지 않은 경우라도 신청인은 「매입자발행세금계산서합계표」에, 공급자는 「매출처별세금계산서합계표」에 기재하여 제출하도록 안내한다.③ 처리담당자는 신청인(매입자)에게 부가가치세 신고서 "매입자발행세금계산서"란에 기재하여 신고하도록 안내하며, 공급자(매출자)에게 부가가치세 신고서 "매입자발행세금계산서"란에 기재하고, 같은 신고서 "세금계산서미발급 등"란에 세금계산서미발급가산세 2%를 적용하여 신고·납부하도록 안내한다. 제1절 전자세금계산서 의무발급 개인사업자 관리 제92조(전자세금계산서 의무발급 통지) ① 부가가치세 담당과장은 「부가가치세법 시행령」 제68조제1항에서 정한 전자세금계산서 의무발급 개인사업자(이하 이 절에서 "의무발급 개 인사업자"라 한다)에 대하여 같은 법 시행령 제68조제3항에 따라 전자세금계산서를 발급하여야 하는 과세기간이 시작되기 1개월 전까지 그 사실을 해당 사업자에게 「전자세금계산서 의무발급 통지서(별지 제23호 서식, 이하 같다)」를 통지하여야 한다.②국세청장(부가가치세과장)은 제1항의 「전자세금계산서 의무발급 통지서」를 해당 사업자에게 등기우편으로 일괄 발송하고, 그 명단을 관할세무서장에게 통보하여야 한다. 제93조(공급가액 증감으로 인한 의무발급 개인사업자 처리) ① 부가가치세 담당과장은 제92조에 따른 의무발급 개인사업자가 수정신고 또는 경정 등으로 인해 공급가액이 부가가치세법 시행령 제68조제1항에 따른 기준금액 미만이 된 경우 의무발급 개인사업자에서 제외할 수 있다.② 부가가치세 담당과장은 제92조에 적용되지 아니하는 개인사업자가 수정신고 또는 경정 등으로 인해 공급가액이 부가가치세법 시행령 제68조제1항에 따른 기준금액 이상이 된 경우에는 전자세금계산서를 발급하여야 하는 과세기간이 시작되기 1개월 전까지 그 사실을 해당 사업자에게 통지하여야 한다. 제94조(통지서 반송에 따른 업무처리) 부가가치세 담당과장은 제92조 또는 제93조제2항에 따른 전자세금계산서 의무발급 통지서가 반송되는 경우 통지기한까지 재송달을 완료하여야 한다. 제2절 전자(세금)계산서 발급시스템 운영사업자 등록 및 관리 제95조(전자（세금）계산서 발급시스템 운영사업자 등록) ① 「부가가치세법 시행령」 제68조제5항제1호의 전사적 기업자원 관리설비 또는 제2호의 실거래 사업자를 대신하여 전자(세금)계산서 발급업무를 대행하는 시스템을 운영하는 사업자(이하 이 절에서 "시스템사업자"라 한다) 등록에 관한 업무는 본점(개인은 주사업장) 관할세무서의 부가가치세 담당과장이 처리한다.② 제1항의 부가가치세 담당과장은 시스템사업자가 제출한 「전자(세금)계산서 시스템사업자 등록 신청서(별지 제24호 서식)」를 검토하고 지방국세청 정보화관리팀장과 협의하여 현장확인을 실시한다.③ 부가가치세 담당과장과 지방국세청 정보화관리팀장은 제2항에 따른 현장확인 후 그 결과에 따라 「전자(세금)계산서 시스템사업자 등록(거부) 통지서(별지 제25호 서식, 별지 제26호 서식)」를 해당 사업자에게 통지한다. 제96조(시스템사업자 관리) ① 부가가치세 담당과장은 시스템사업자가 「전자(세금)계산서 시스템을 구축ㆍ운영하는 사업자가 지켜야 할 사항에 관한 고시」를 준수하는지 여부를 관리하여야 한다.② 부가가치세 담당과장은 전자(세금)계산서를 「부가가치세법 시행령」 제68조제7항의 기한내 전송하지 않는 시스템사업자에 대하여 지연전송 발생내역과 그에 따른 불이익 등을 지속적으로 안내한다.③ 부가가치세 담당과장은 시스템사업자가 지속적으로 전송오류를 발생시키는 경우 한국인터넷진흥원에 표준인증 적합성에 대한 점검을 요청할 수 있다.④ 국세청장 또는 세무서장은 시스템사업자의 보안성 확보, 오류자료 확인 등과 관련하여 필요한 경우 이행상황 점검을 실시할 수 있다.⑤ 부가가치세 담당과장은 시스템사업자의 폐업 등으로 인하여 이용자에게 손해가 발생하지 않도록 사전에 관리하여야 한다.⑥ 부가가치세 담당과장은 연간 1회 이상 시스템사업자 관리 실태를 자체점검한 후 그 결과를 국세청장(부가가치세과장)에게 보고하여야 한다. 제97조(시스템사업자 등록 취소 및 포기) ① 부가가치세 담당과장은 시스템사업자가 「부가가치세법 시행규칙」 제50조제5항과 「전자(세금)계산서 시스템을 구축ㆍ운영하는 사업자가 지켜야 할 사항 및 표준 인증에 관한 고시」에 따른 등록취소 요건에 해당하는 경우 등록을 취소할 수 있다.② 부가가치세 담당과장은 시스템사업자가 폐업 등으로 사업을 하지 않게 되는 경우 「전자(세금)계산서 시스템사업자 등록 포기 신고서(별지 제27호 서식)」를 제출받아 처리하고 그 결과를 사업자에게 통지하여야 한다. 제3절 전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자 등록 및 관리 제98조(전자（세금）계산서 겸용서식 사용 사업자 등록) ① 「부가가치세법 시행령」 제68조제9항에 따른 사업자(이하 이 절에서 "전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자"라 한다) 등록에 관한 업무는 적용대상 사업부문 사업장 관할 세무서 부가가치세 담당과장이 처리한다.② 제1항의 부가가치세 담당과장은 「전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자 등록(정정) 신청서(별지 제28호 서식)」를 검토하여 사업운영 여부 확인 등이 필요한 경우에는 현장확인을 실시한 후 처리할 수 있다. 제99조(전자（세금）계산서 겸용서식 사용 사업자 전산매체 처리) 지방국세청장(정보화관리팀장)은 「부가가치세법 시행령」 제68조제9항에 따라 전산매체 형식으로 제출된 파일에 오류가 있거나 해석이 불가능한지 여부 등을 확인하여 처리하여야 한다. 제100조(전자（세금）계산서 겸용서식 사용 사업자 등록 취소 및 포기) ① 부가가치세 담당과장은 전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자가 「전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자의 전산매체 제출 절차에 관한 고시」에 따른 등록취소 요건에 해당하는 경우 등록을 취소할 수 있다.② 부가가치세 담당과장은 전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자가 폐업 등으로 사업을 하지 않게 되는 경우 「전자(세금)계산서 겸용서식 사용 사업자 등록포기 신고서(별지 제29호 서식)」를 제출받아 처리하고 그 결과를 통지하여야 한다. 제4절 전자(세금)계산서 보안카드 관리 제101조(전자（세금）계산서 보안카드 신청 및 발급) ① 부가가치세 담당과장은 「전자(세금)계산서 보안카드 사용자 신청서(별지 제30호 서식)」에 따라 사업자가 전자(세금)계산서 보안카드(이하 이 절에서 "보안카드"라 한다) 신규ㆍ재발급ㆍ포기 등 신청을 하는 경우 이를 접수한다.② 부가가치세 담당과장은 제