쟁점거래를 가장행위로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 특례를 배제하여 과세한 처분의 당부

청구인들 가족은 쟁점법인의 100% 주주이고, 쟁점법인의 쟁점외주택 취득자금의 원천은 청구인들의 대여금과 전세보증금으로 100% 구성되어 이른바 자전거래의 형식으로 지급된 것으로 나타나는 점, 청구인들 가족이 쟁점거래 이후로도 쟁점외주택에 계속하여 거주한 사실 등은 쟁점거래를 가장행위로 인정할만한 특별한 사정으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인들은 부부관계이고, IT 서비스업을 주업으로 하는 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 사내이사이자, 창립주주로 2020년 및 2021년 말 현재 쟁점법인 발행주식을 청구인 b이 400,000주(20%), 청구인 c이 796,000주(39.8%)를 각각 보유하고 있다.나. 청구인들은 서울특별시 강남구 OOO외 6필지 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다) 및 같은 시 서초구 OOO(이하 “쟁점외주택”이라 한다)을 소유하며 쟁점외주택에 거주하고 있던 중 2020.5.22. 쟁점외주택을 쟁점법인에게 OOO원에 양도함과 동시에, 쟁점법인으로부터 쟁점외주택을 전세보증금 OOO원에 2년간 임차한 후, 쟁점외주택의 양도에 대하여 2020.6.17. 1세대2주택 중과세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(b OOO원, c OOO원)을 신고하였다.다. 이후 청구인들은 2021.3.17. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 2021.4.13. 고가주택에 대한 1세대1주택 비과세 특례를 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(b OOO원, c OOO원)을 신고하였고, 2021.5.10. 쟁점법인으로부터 쟁점외주택을 OOO원에 재취득(쟁점외주택을 양도하고 재취득한 거래를 이하 “쟁점거래”라 한다)하였다.라. 서울지방국세청장은 2024.7.15.∼2024.8.23. 청구인들에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점거래를 가장행위로 보아 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대1주택 비과세 특례 적용 대상에 해당하지 않는다는 내용으로 처분청들에 자료통보를 하였고, 이에 처분청들은 2024.10.4. 청구인 b에게 OOO원(가산세 OOO원 포함), 2024.10.3. 청구인 c에게 OOO원(가산세 OOO원 포함)의 2021년 귀속 양도소득세를 각각 경정·고지하였다.마. 청구인들은 이에 불복하여 2024.11.12. 심판청구를 제기하였다.1. 청구인들 주장 및 처분청들 의견가. 청구인들 주장(1) 납세자가 선택한 법률관계는 과세상으로도 존중되어야 함이 원칙인바(대법원 2001.8.21. 선고 2000두963 판결 등 참조), 납세자가 선택한 법률행위가 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하고, 실질과세원칙에 따라 특정 거래행위의 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 한다(대법원 1991.5.14. 선고 90누3027 판결, 대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결 등). 즉, 쟁점거래를 ‘가장행위’라고 주장하기 위해서는 ‘실질과세원칙’보다도 훨씬 더 구체적이고도 명백한 근거가 요구된다.(2) 청구인들은 법률상으로는 물론 경제적 실질로도 쟁점외주택을 쟁점법인에 양도한 것이 명백하므로, 쟁점주택 양도 당시 청구인들은 1세대1주택자이다.청구인들은 2020.5.19. 쟁점법인에 쟁점외주택을 OOO원(당시 감정평가법인 2곳으로부터 받은 감정평가액이 OOO원인 점을 고려하여 결정하였다)에 매도하는 매매계약을 체결하고, 2020.5.26. 소유권이전등기를 경료하였는바, 부동산에 관하여 소유권이전등기가 마쳐져 있는 경우 그 등기명의자는 제3자에 대하여서뿐만 아니라, 그 전 소유자에 대하여서도 적법한 등기원인에 의하여 소유권을 취득한 것으로 추정된다(대법원 2000.3.10. 선고 99다65462 판결 등 참조).당시 청구인들은 「종합부동산세법」 제9조의 개정 및 공동주택공시가격 인상 등으로 쟁점주택과 쟁점외주택을 계속 소유할 경우 너무나 과중한 종합부동산세를 부담할 것이 예상되어 그 중 쟁점외주택을 종합부동산세 과세기준일인 2020.6.1. 이전에 쟁점법인에 양도한 것이다.쟁점법인도 사원 숙소 내지 임대사업에 활용하고자 위와 같이 쟁점외주택을 매입하고 유형자산으로 법인장부에 계상하였고, 2020.5.20. 실제로 청구인들에게 보증금 OOO원(국토교통부 실거래가 공개시스템에서 확인한 유사 주택의 보증금 시세이다)에 쟁점외주택을 임대하였다.나아가, 쟁점법인은 2020.5.26. 쟁점거래에 따라 취득세 등 OOO원을 신고·납부하고, 2020.7.24. 및 2020.9.23. 쟁점외주택의 실제 소유자로서 재산세 합계 OOO원, 2020.12.9. 종합부동산세 OOO원을 각각 납부하였다.가장행위에 해당하기 위해서는 ‘형식과 실질의 괴리’가 존재하여야 하는바, 앞서 본 바와 같이 청구인들은 쟁점법인에 쟁점외주택을 실제로 양도하였고, 쟁점법인은 쟁점거래로 쟁점외주택을 실제로 양수하고 그 소유권자로서 이를 청구인들에게 임대하며 재산세 등 보유세까지 부담하였으므로, 법률상으로 보나 경제적 실질로 보나 쟁점주택 양도 당시 청구인들은 1세대1주택자임이 명백하다.(3) 쟁점거래는 쟁점주택의 양도소득세를 회피하기 위한 목적의 거래도 아니다.위에서 본 바와 같이, 쟁점거래는 청구인들의 입장에서는 과중한 종합부동산세 부담을 줄이기 위한 것이다. 대법원 판례는 과중한 세금 부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위라는 등 특별한 사정이 없는 이상 존중되어야 한다(대법원 2011.4.28. 선고 2010두3961 판결 등 참조)는 입장이고, 조세 부담이 일부 경감될 수 있다는 측면만을 들어 법률관계를 함부로 부인할 수 없다(대법원 2016.7.14. 선고 2015두2451 판결, 대법원 2018.11.29. 선고 2018두38376 판결 등 참조)는 입장인바, 쟁점거래는 이 사건에서 문제되는 양도소득세도 아닌 종합부동산세를 절감하기 위한 거래이므로 더더욱 이를 부인하여 가장행위로 볼 수는 없다.또한 쟁점법인 입장에서는 2010년 1월경 아파트형공장(서울특별시 금천구 소재)을 매입하여 일부는 쟁점법인의 사무실로 사용하고 일부는 임대로 운용하고 있고, 2013년 4월경 아파트(강원도 양양군 소재)를 경매로 낙찰 받아 직원 휴양소로 사용하려다 사용 실적이 저조하여 임대로 운용하고 있는 등 임대업을 영위하는 법인으로서, 쟁점외주택도 임대사업을 위하여 매입한 것이며, 실제로도 청구인들에게 이를 임대하였는바, 쟁점주택의 양도소득세 회피와는 무관하다.더욱이, 쟁점거래로 청구인들은 양도소득세 합계 OOO원을 신고·납부하였고, 쟁점법인도 취득세 OOO원을 신고·납부하였는바, 「종합부동산세법」 개정으로 인하여 다시 청구인들이 쟁점외주택을 매수하기 이전까지 1년간 종합부동산세를 절감한 금액보다도 더 많은 세금을 부담하였다.(4) 쟁점법인은 청구인들과 구분되는 별개의 법적 실체 또는 납세 단위로 「상법」에서 정한 적법한 절차에 따라 의사결정을 하여 쟁점외주택을 취득하였는바, 쟁점외주택을 매입한 소유권자임을 부인할 수 없고, 청구인들에 대한 대여금 및 임대보증금 채무도 부담하였다.쟁점법인은 쟁점외주택을 매입하여 임대사업에 사용하고자 하였으나, 2021.1.1. 시행된 「종합부동산세법」이 법인에 대한 종합부동산세 부담을 강화하여 과세기준일(2021.6.1.) 이전에 제3자에게 매각하려 하였으나, 매수인이 없어 부득이 청구인들에게 양도하게 된 것이다. 즉, 쟁점외주택 양도는 법인의 종합부동산세 부담이 강화된 사후적 별개의 사정에 기인한 것이고, 쟁점법인은 이에 따라 일정한 시세차익까지 얻었다.(5) 청구인들은 청구인 c이 1997년 및 2001년 뇌하수체 종양 제거 수술을 받고 관리를 해오던 중 노후를 제주특별자치도(이하 “제주도”라 한다)에서 보내기 위해 쟁점주택 및 쟁점외주택을 처분하고 제주도 소재 주택을 취득할 계획을 세웠으나, 두 주택을 양도한 후, 「종합부동산세법」 개정으로 쟁점법인이 부담해야 할 종합부동산세가 과중해질 것을 우려하여 쟁점외주택을 재취득한 것이고, 이후 청구인 b은 2021.12.30. 제주특별자치도 제주시 애월읍 소재 OOO(이하 “제주주택”이라 한다)에 대한 장기민간임대 임차권을 OOO원에 취득하는 매매계약(의무임대기간 10년 경과 후 매수 가능)을 체결하였으나, 청구인 c이 2023년 4월경 MRI 검사 시 종양이 다시 발견되어 2024년 4월경부터 약물 치료(희귀질환으로 건강보험공단으로부터 약값을 보험으로 지원받고 있다)를 받기 시작하면서 제주주택 입주를 포기하자, 청구인 b도 2024.6.26. 제주주택에 입주하였다가 청구인 c의 간호를 위해 노후 계획을