쟁점철거비를 토지관련 매입세액으로 보아 과세한 처분의 당부 등

이사회 회의록에 의하면 쟁점철거공사는 쟁점토지의 원활한 양도를 위해 지출된 비용에해당하여, 부가세령 §80에 따른 토지관련 매입세액이므로 불공제대상임 1. 진주세무서장이 2025.10.29., 2025.11.3. 청구법인에게 한 2021.4.1.∼2022.3.31. 사업연도 법인세 OOO원 및 2022.4.1.∼2023.3.31. 사업연도 법인세 OOO원 부과처분은 기계실 에어배관공사 OOO원을 손금 산입하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 1A동 고압케이블 갱신공사 OOO원은 1A동 건물을 위해 지출된 것으로 보아 1A동 건물에 대한 다른 수선비를 합산하여 그 수선비가 1A동 건물의 직전 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 가액의 100분의 5에 미달하는지 여부를 재조사하고, 소성공정 내 루프팬 신설공사 OOO원은 2B동 건물을 위해 지출된 것으로 보아 2B동 건물에 대한 다른 수선비를 합산하여 그 수선비가 2B동 건물의 직전사업연도 종료일 현재 재무상태표상 가액의 100분의 5에 미달하는지 여부를 재조사하며, RTO 1기 농축기 로터교체 공사 OOO원은 종전 내부로터의 내용연수와 교체 내부로터의 내용연수가 동일한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.2. 나머지 청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 개업하여 경상남도 OOO에서 OOO 제조업을 영위하는 법인으로 제23기(2021.4.1.∼2022.3.31.) 및 제24기(2022.4.1.∼2023.3.31.) 사업연도 중 건물 및 기계장치 등과 관련하여 고압케이블 갱신 공사를 포함한 7건의 공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 진행하였고, 공사금액 OOO원(이하 “쟁점공사비”라 한다)에 대해 이를 수선비로 보아 당기 비용(손금)으로 계상하여 제23기∼제24기 사업연도 법인세를 총 OOO원으로 신고·납부하였다.＜표1＞ 이 사건 공사 및 법인세 신고 내용○○○나. 또한 청구법인은 A(주)로부터 2022년 제2기 ∼ 2023년 제1기 각 부가가치세 과세기간에 경상남도 OOO(이하 “쟁점토지”라 한다)에 소재한 공장건물의 철거용역을 공급가액 총 OOO원에 제공받고(이하 “쟁점철거비”라 하며 그 공사를 “쟁점철거공사”라 한다) 그 부가가치세 OOO원을 공제대상 매입세액으로 하여 2022년 제2기 ∼ 2023년 제1기 부가가치세 환급세액을 총 OOO원으로 신고하였다.다. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.5.28.∼2025.7.22. 청구법인에 대한 법인세통합조사를 실시하여 쟁점공사비를 자본적지출액으로 보아 「법인세법」 제23조 제4항 및 같은 법 시행령 제31조 제2항에 따라 상각범위액을 재계산하여 손금불산입하고, 쟁점철거비 매입세액에 대해서는 토지 관련 매입세액으로 보아 「부가가치세법」 제39조 제1항 제7호에 따라 이를 공제 부인하는 것으로 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.10.29., 2025.11.3. 제23기∼제24기 법인세 총 OOO원 및 2022년 제2기∼2023년 제1기 과세기간 부가가치세 OOO원을 각 경정·고지하였다.라. 청구법인은 2025.11.28. 이에 불복하여 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점공사비는 수익적 지출로 손금산입되어야 한다.(가) 쟁점공사1(1A동 고압케이블교체공사)의 경우 건물 내 고압 전력 공급을 위한 필수 배선으로 노후화된 케이블의 안전사고 예방을 위한 단순 부분 교체 공사이다. 전기설비 구조나 기능 수전 용량에 아무런 변동이 없으며 기존의 전기 공급 기능을 유지하기 위한 조치이다. 또한 기존 건물의 취득금액은 OOO원이고 직전사업연도 종료일기준 1A동 건물 자산가액(OOO원) 대비 쟁점공사1의 공사비는 약 1.7%이므로 자산가액기준 5% 미만에 해당하여 「법인세법 시행령」제31조 제3항을 충족하여 손금에 산입할 수 있다.(나) 쟁점공사2(2B동 소성공정루프팬공사)는 기존 환기 설비의 루프팬을 4개 추가하여 실내환경 유지보수 목적으로 공사하였고, 기존 기계설비와는 상관없는 팬설치 공사이며, 개별자산별로도 수선비로 지출한 금액이 OOO원 미만(개당 약 OOO원)인 단순실내환경수선으로 자산의 가치 상승이나 내용연수 연장이 아닌 정상적인 유지보수 비용이다. 또한 쟁점공사2 역시 직전사업연도 종료일기준 2B동 건물 자산가액(OOO) 대비 5% 미만에 해당한다.(다) 쟁점공사3(흡연부스공사)은 사원들의 건강증진과 사내 금연 사업장 운영 계획에 따른 실내 흡연실을 폐쇄하고, 임시 사용하기 위해 공장 외부에 임시 흡연 부스를 설치한 것이다. 현재 사업장 내 흡연구역 전면폐쇄까지의 목표가 지연되고 있지만, 금연사업장을 실시하는 즉시 철거 예정이다.(라) 쟁점공사4(RTO 기계실 농축기로터교체공사)는 기존 RTO 설비의 로터(정기교체부품)가 노후되어 정기적으로 수행하는 기능 유지 목적의 단순 교체이다.(마) 쟁점공사5(기계실에어배관공사)는 공기압축기의 에어 배관의 노후 및 부식으로 에어 누수가 발생하고 있어, 안정적인 에어를 공급하기 위해 일부 배관을 교체한 것이다. 해당 배관은 주 설비인 공기압축기의 공기 이송용 주변배관이고 동일 사양으로 교체한 것으로 기능 유지의 목적이며 설비의 성능이나 내용연수에 영향을 주지 않는다.(바) 쟁점공사6(하역작업장지붕공사)은 우천 시 재료 하역 작업 편의 및 하절기 직사광선에 의한 재료 변질 리스크 방지를 위한 그늘 막 설치 공사로서 기존 자산의 보호 및 안정성을 확보하기 위한 보수적 조치라고 보아야 한다. 이러한 점에서 쟁점공사6은 일반적으로 인정되는 수선비의 범위에 포함되는 작업으로 기능 향상 또는 자산의 가치를 높이기 위한 자본적 지출이라고 할 수 없다.(사) 쟁점공사7(무선랜케이블공사)은 기존 장비에서 케이블을 추가연결하여 무선 랜 감지기 6개를 설치한 것으로 개별자산별로 수선비로 지출한 금액이 OOO원 미만(개당 약 OOO원)에 해당한다.(2) 쟁점철거비 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다.(가) 쟁점철거비는 기존 OOO공장을 폐쇄하는 과정에서 46년이상 노후화된 시설물로 인한 안전 위험을 방지하고, 사천공장으로의 인력 이동에 따라 불필요한 관리 부담을 줄이기 위하여 OOO 공장의 잔존 시설물에 대한 철거 및 정비(갱지화) 작업을 시행하며 지출된 비용이다.따라서 쟁점철거비는 일부 사업장의 종료에 따른 자산 정리 행위로 과세 사업의 연속성이 인정되어야 하며, 고의적인 부당환급이나 토지관련 매입 세액에 해당하지 않는다.또한, 과세관청 해석(서면-2021-법규부가-5277, 2022.5.23.)에 따르면 과세사업에 사용된 건축물에 대한 철거비용은 토지 관련 매입세액에 해당하지 않는다고 판단하였다.(3) 부당 환급이 아닌 본 건에 대해서 가산세 처분을 받는 것은 부당하다.나. 처분청 의견(1) 청구법인의 쟁점공사비는 소모성 부품의 일상적인 교체가 아닌 주요 부품의 노후화로 인한 장기적 교체 혹은 신규 사업용 자산의 설치와 관련된 지출액으로 자본적 지출액에 해당한다.「법인세법 시행령」 제31조 제2항에서는 자본적 지출이란 ‘법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비’로 정의하고 있으며,같은 조 제3항에서는 개별자산별 수선비 지출액이 OOO원 미만인 경우, 사업연도 종료일 현재 재무상태표상 자산가액의 100분의 5에 미달하는 경우, 3년 미만의 기간마다 주기적인 수선을 위하여 지출하는 경우에는 제2항에 따른 지출이라 하더라도 수익적 지출로 규정하고 있다.또한, 청구법인은 쟁점공사 항목들과 동일하거나 유사한 항목의 기존 지출액에 대하여 이미 사업용자산으로 인식하여 감가상각하고 있으므로 쟁점공사비를 자본적 지출로 본 처분은 청구법인의 회계처리와 일관된 처분이다.(가) 쟁점공사1은 1A동 고압케이블교체공사는 공장건물에 고압전력을 공급하는 케이블공사로, 현장사진, 그 기능 등에 의하면 동 케이블은 공장건물과 별개로 전력을 공급하는 시설물의 주요 구성품에 해당하고, 공사도급계약서에 의하면 동 케이블은 21년 만에 교체된 것으로 3년 미만 주기의 단순 교체가 아닌 점을 고려할 때 쟁점공사1은 자본적 지출로 보아야 한다.(나) 쟁점공사2는 2B동 공장건물 지붕에 루프팬을 설치한 공사로 품의서, 현장사진 등에 의하면 기존에 설치된 환기시설을 수리한 것이 아닌 환기설비를 추가 설치한 것이므로 공장건물의 기능과 가치를 증가시킨 자본적 지출에 해당한다.(다) 쟁점공사3 흡연실 부스제작 설치공사는 현장사진에 의하면 옥외에 흡연부스를 새로 설치한 공사로, 자산의 신규취득에 해당하므로 자본적 지출에 해당한다.(라) 쟁점공사4 농축기로터교체공사는 RTO(폐가스소각설비)의 내부회전 로터를 교체한 공사로 폐가스를 RTO로 배출하는 기능을 하는 회전로터는 RTO의 주요 부품에 해당하고, 공사도급계약서에 의하면 동 로터의 교체주기는 10년으로 3년 미만 주기의 단순 교체가 아닌 점을 고려할 때 쟁점공사4는 자본적 지출에 해당한다.(마) 쟁점공사5 기계실 에어배관 교환공사는 배관을 교체한 공사로 공사계약서, 현장사진 등에 의하면 동 배관은 공기압축기에 연결되어 공기를 압축기로 공급하는 기능을 하는 주요 부품으로 확인되므로, 쟁점공사5는 공기압축기의 주요부품을 교체한 공사로 자본적 지출에 해당한다.(바) 쟁점공사6 H빔 지붕설치공사는 품의서, 현장사진 등에 의하면 지붕이 없어 비, 직사광선 등을 막을 수 없는 구조물(H빔 작업장)에 지붕을 설치한