사실과 다른 세금계산서(PG사 대행수수료 및 광고대행수수료) 수수 여부 등

청구법인은 병·의원등으로부터 PG대행수수료 및 광고대행수수료를 수취한 후, 상당부분을 돌려주는 페이백을 통하여 필요경비 등을 과다계상하여 절세할 수 있다는 홍보자료를 제작, 실제 위와 같이 세금계산서 등을 수수한 후, 직접 또는 영업자 등을 통해 페이백하였고, 이 과정에서 청구법인이 제공받은 용역이나 재화가 없는 점 등 쟁점수수료 중 페이백된 금액 상당액에 대한 쟁점세금계산서는 실제 용역의 공급거래가 없이 수수한 세금계산서에 해당함 1.처분개요가. 청구법인은 2017.7.28. 개업하여 서비스/광고대행업 등을 주업종으로 하여 다음과 같은 업무를 수행하는 법인이다.(1) 청구법인은 주식회사 B(이하 “B”이라 한다), 주식회사 C(이하 “C”이라 한다) 및 D 주식회사(이하 “D”라 한다) 등 직접 신용카드사와 계약이 어려운 가맹점의 결제업무를 대행하는 업체(이하 “PG사”라 한다)와 업무대행계약을 체결하여 주로 병·의원을 상대로 가맹점 모집, 기술지원 등의 업무를 대행하고 대행수수료등(모집대행수수료, 관리대행수수료로 구성되고, 이하 “PG대행수수료”라 한다)을 수취하고, 이에 대한 세금계산서를 교부하였다(이 거래를 이하 “PG대행거래”라 한다).(2) 청구법인은 병·의원전용 광고사이트, B 홈페이지 및 카카오 등에 배너광고를 하는 광고대행업을 하면서 병·의원으로부터 광고비(이하 PG대행수수료와 합하여 “대행수수료등”이라 한다)를 수취하고 이에 대하여 세금계산서를 교부하였다(이 거래를 이하 “광고대행거래”라 한다).나. 한편 청구법인은 PG대행거래와 광고대행거래를 하면서 직접 대행용역을 수행하는 방식 외에, 하청업체인 제3자(이하 “영업자”이라 한다)에게 위 용역을 실제 수행하도록 하청을 주었고, PG사 및 병·의원으로부터 수취한 대행수수료등 중 일부를 영업자에게 수수료로 지급하면서 이들로부터 세금계산서를 수취하였다.다. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023.9.14.부터 2024.3.29.까지 청구법인의 2018사업연도부터 2022사업연도까지를 조사대상기간으로 하여 청구법인에 대한 법인통합조사 및 조세범칙조사(법인통합조사에서 조세범칙조사로 전환, 조세범칙조사 조사기간 : 2023.3.14.～2024.3.29.)를 실시하여 다음과 같은 내용의 과세자료를 통보하였다.(1) PG대행거래 및 광고대행거래의 과정에서, 청구법인은 병·의원의 대표(원장) 또는 그 가족 등에게 현금으로 수취한 대행수수료등 중 일부 금액을 직접 또는 영업자를 통해 페이백으로 지급하였고, 병·의원은 이 금액을 대표(원장) 등의 사업소득(이 경우 청구법인은 병·의원 등이 교부한 세금계산서를 수취함)이나 그 가족 등의 근로소득으로 계상하였으며, 청구법인은 직접 병·의원 등에 사업소득 및 근로소득 등을 명목으로 하여 페이백으로 지급한 금액에 대한 지급명세서를 작성하여 과세관청에 제출하였다.따라서, ① 청구법인의 매출측면에서, 페이백된 금액은 매출액에서 되돌려 받은 금액이므로 청구법인이 발급한 매출세금계산서는 공급가액이 과다 기재된 사실과 다른 세금계산서이고, ② 청구법인의 매입측면에서, 페이백된 금액에 대하여 (ⅰ) 영업자로부터 수취한 매입세금계산서는 실제 용역의 대가인 수수료 외에 페이백 금액만큼 과다하게 공급가액을 기재한 사실과 다른 세금계산서이며, (ⅱ) 병·의원 등으로부터 직접 수취한 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)는 실제 재화나 용역의 거래 없이 주고받은 사실과 다른 세금계산서(이하 조사청이 이 건 페이백과 관련하여 사실과 다른 세금계산서로 판단한 매입·매출세금계산서를 “쟁점세금계산서”라 한다)이고, ③ 청구법인이 페이백된 금액에 대하여 직접 병·의원 등에 사업소득 또는 근로소득을 지급한 것으로 작성하여 제출한 지급명세서도 사실과 다른 내용을 기재한 지급명세서에 해당한다.(2) 한편, 청구법인은 광고용역거래 과정에서 병·의원을 상대로 하는 광고영업에 사용하기 위하여 주식회사 A(이하 “A”라 한다)에게 멀티미디어 문자전송 서비스(이하 “mms”라 한다)로 제공할 수 있는 상품권을 매입하도록 하고 병·의원으로부터 수취한 광고비(이하 “쟁점광고비”라 한다)를 지급하였으나, 해당 상품권은 영업에 사용되지 않고 청구법인이 이를 보유한 것으로 보여, 해당 비용은 가공경비로 손금불산입 대상에 해당한다.라. 이에 처분청은 2024.3.29. 청구법인에게 2021～2022사업연도 법인세 합계 OOO을 경정·고지하고, 2018～2020사업연도 법인세 및 2019년 제1기～2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 환급 결정하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.6.3. 이의신청을 거쳐 2024.11.15. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 수수한 대행수수료등과 관련된 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.(가) 세금계산서는 거래의 외형을 따져 판단하는 것으로, 청구법인은 당사자가 정한 대가에 따라 정상적으로 세금계산서를 수수하였으며 실질적인 용역공급에 따라 대가를 지급·수취하였으므로, 청구법인이 주고받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다.1) 「부가가치세법」 상 세금계산서 발급은 거래의 외형을 따져 판단하는 것으로 당사자가 정한 공급대가에 따라 정상적으로 세금계산서가 수수된 이상 적법한 세금계산서에 해당한다.가) 부가가치세 신고 및 세금계산서 발급의 적법성은 거래의 외형을 따져 판단하는 것일 뿐, 그 공급대가의 적정성 여부를 따져 판단하는 것이 아니다.나) 대법원은 일찍이, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 과세관청으로서는 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 한다는 법리를 지속적으로 설시하였다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조).다) 특히 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와 영세율이 적용되는 과세거래를 함에 있어서 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급한 것이 「부가가치세법」상 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 경우에도, 당사자들 사이의 합의에 따라 실제 거래금액을 공급가액으로 하여 교부된 세금계산서가 정상적인 거래 시가를 공급가액으로 하지 않았다는 이유로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없다고 보았다(대법원 2004.9.23. 선고 2002두1588 판결 참조).라) 따라서, 「부가가치세법」상 세금계산서 관련 규정에서는 앞서본 규정과 같이 특별히 당사자 간 법률관계를 부인하거나 조정하기 위한 규정을 별도로 두고 있지 않는 이상, 세금계산서의 위법성 여부를 판단함에 있어 그 대가의 적정성을 함부로 문제삼아 이를 사실과 다른 세금계산서로 간주하여서는 안 된다.마) 처분청은 이 건에서 청구법인의 PG대행용역 및 광고대행용역이 실제로 존재한다는 점은 인정하면서도, 그 신용원가나 광고 실효성이 미비한 점 등에 비추어 그 공급대가가 과다하게 책정되었다는점을 문제 삼고 있다.그러나 앞서 본 판단기준에 비추어 보면 이러한 처분청의 지적은 결국 공급대가의 적정성을 문제 삼는 것으로서, 이는 「부가가치세법」에서 다루는 문제가 아니다.2) 쟁점세금계산서에 포함된 수수료는 모두 실질적인 용역공급에따른 대가로써 지급·수취된 것으로 세금계산서상 공급가액에 포함될 수 있다.가) 이 건 상품과 동일한 구조로서, 고객 모집을 위한 중개용역을 타 하위업체로부터 제공받고 그에 대한 유치수수료를 지급하면서, 그 유치수수료에 최종적인 용역을 제공받는 고객에게 지급되는 페이백 금액이 포함된 경우와 관련하여, 관련 국세청 유권해석은 해당 페이백 금액이 용역공급과 대가관계가 있다면, 그 페이백 금액까지 포함한 수수료 전체 금액을 공급가액으로 하여 중개용역에 따른 세금계산서를 발급하여야 한다고 판단한 바 있다(서면-2021-법령해석부가-4637, 2021.9.14.).나) 이와 관련하여, 법원 역시 위 유권해석 사례의 거래구조, 즉“중국구매상 ? 면세점 ? 상위여행사(갑) ? 중위여행사(을) ? 하위여행사 ? 말단여행사”의 거래구조에서, 최종 말단여행사가 페이백 금액에 대한 부가가치세 부담을 회피할 목적에서 설립된 가공의 업체(이른바, 폭탄업체)라 하더라도, 그러한 사실만으로 앞서 이루어진 상위 단계의 여행사간 알선·중개 용역을 가공거래로 볼 수는 없고, 따라서 중위여행사가 발급·수취한 세금계산서에서 페이백 금액이 포함되어 있다고 하여, 이를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수는 없다고 판단한 바 있다(서울행정법원 2022.11.17. 선고 2021구합60922 판결 참조).다) 청구법인은 재료상, 세무사 등 병원과의 인적네