쟁점법인 주식의 주식매수선택권 행사이익 산정시 쟁점시가 대신 보충적평가방법에 따른 시가를 적용해야한다는 청구주장의 당부

소액주주들의 양도가액이 쟁점시가와 비슷한 수준으로 형성되어 있는 등 쟁점시가에 경영권 프리미엄이 포함되었다는 객관적 증빙이 확인되지 아니하는바, 해당 스톡옵션 행사이익은 쟁점시가로 평가하는 것이 타당함 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 소프트웨어 개발 및 공급업 등을 영위하는 청구외 A 유한책임회사(비상장법인으로, 이하 “이 건 법인”이라 한다)의 직원으로, 2018.5.23. 이 건 법인으로부터 발행주식 5,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원(이하 “행사가액”이라 한다)에 취득할 수 있는 주식매수선택권을 부여받은 후, 2021.5.23. 이를 행사하여 쟁점주식을 취득하였다.나. 한편, 미국 나스닥 상장사인 B(이하 “B”이라 한다)의 국내 자회사인 C 주식회사(이하 “쟁점인수회사”라 한다)가 이 건 법인의 발행주식 14,758,500주(72,550주에 대한 주식매수선택권 미행사분 포함)를 인수하는 대가로 2021.6.17. 이 건 법인의 주주들에게 USD OOO을 지급하였고, 이에 따라 청구인은 이 건 법인의 발행주식 20,000주(쟁점주식 포함)에 대한 대가로 OOO원(1주당 OOO원으로, 이하 “쟁점매매사례가액”이라 한다)을 수령하였다.다. 청구인은 주식매수선택권의 행사로 취득한 쟁점주식의 시가를 쟁점매매사례가액(1주당 OOO원)으로 보아 행사가액(주당 OOO원)과의 차이 OOO원을 주식매수선택권 행사이익으로 산정하여 2021년 귀속 근로소득에 포함한 후, 「조세특례제한법」 제16조의3 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부특례를 적용하여 2022.5.19. 2021년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.라. 청구인은 2024.9.30. 주식매수선택권 행사이익의 산정시 적용한 쟁점매매사례가액은 이 건 법인의 경영권 프리미엄이 포함된 거래가액으로 쟁점주식의 시가에 해당하지 아니하고, 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 따른 평가액(1주당 OOO원)을 쟁점주식의 시가로 보아 주식매수선택권 행사이익을 산정하여야 한다는 사유 등으로 2021∼2023년 귀속 종합소득세 등 합계 OOO원(아래 ＜표1＞ 기재)을 환급해달라는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.12.17. 이를 거부하였다.＜표1＞ 경정청구세액ㅇㅇㅇ마. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.10. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인의 주식매수선택권 행사차익을 계산할 때 적용한 시가는 이 건 법인의 경영권과 함께 양도되는 경우의 거래가액으로, 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없고, 비교가능한 매매사례가액도 존재하지 않으므로, 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 평가액을 쟁점주식의 시가로 보아야 한다.「소득세법 시행령」 제1항 제38조 제17호에서 ‘주식매수선택권 행사당시의 시가와 실제매수가액과의 차액’을 근로소득에 포함하도록 명시하고 있는바, 주식매수선택권을 부여한 법인 또는 행사차익에 대해 각 사업연도 소득금액에 대한 법인세 계산시 손금산입이 가능한데, 법인세법 시행령 제19조 등에서 소득세법과 마찬가지로 ‘약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액’을 법인의 손금에 해당한다고 규정하고 있다.이 때 세법상 시가는 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 말하는 것으로, 설령 비상장주식의 매매사례가액이 있다 하더라도 시가로 인정되기 위해서는 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 인정되어야 하는 것이다(OOO).(2) 청구인이 쟁점주식에 대한 주식매수선택권의 행사이익을 산정할 때 적용한 쟁점매매사례가액은 쟁점인수회사가 이 건 법인의 전체 주주들을 대상으로 이 건 법인의 발행주식 전부(100%)를 인수하면서 지급한 대가를 주식수로 나눈 금액으로서, 해당 거래로 인해 발행주식 전체가 양도되어 경영권이 이전되는 효과가 발생하는 바, 해당 거래가액을 주식만을 양도하는 경우의 객관적 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없다.이와 관련하여 다수의 판례(OOO)와 국세청 유권해석(재산세과-2641, 2008.9.4. 외 다수) 등에서 임직원의 주식매수선택권 행사차익을 계산할 때 회사의 발행주식을 회사의 경영권과 함께 양도하는 경우 그 거래가격은 주식을 양도하는 경우의 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가로 볼 수 없다고 해석하고 있는바,청구인은 주식매수선택권의 행사로 인하여 취득하게 된 쟁점주식을 포함하여 이 건 법인의 발행주식 전부를 B에게 일괄 양도하는 거래의 주당 거래가액을 쟁점주식의 시가로 보았으나, 쟁점매매사례가액은 주식의 양수인인 B이 이 건 법인의 경영권을 지배하게 되는 매우 이례적인 경우의 가액이어서, 일반적이고 정상적인 거래에 의해 형성되어 객관적인 교환가치를 반영하고 있는 것으로 볼 수 없다.(3) 「소득세법 시행령」 제38조 제17호에서는 주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 근로소득에 포함하도록 열거하고 있으면서도, 해당 시가의 산정방법에 대해서는 별도로 명시하고 있지 않다.다만, 「소득세법」상의 부당행위계산 규정과 관련한 「소득세법 시행령」 제98조 제3항 및 관련 유권해석에서는 시가를 산정할 때 「법인세법」에 따른 시가 규정을 준용하도록 하고 있다.청구인이 주식매수선택권의 행사로 쟁점주식을 취득한 2021.5.23. 전후로 비교가능한 매매사례거래가 없으므로, 「법인세법 시행령」 제89조 제1항에 따라 상증세법상 보충적 평가방법에 따른 평가액을 시가로 보는 것이 타당하다(조심 2021전5586, 2024.4.11. 등 다수, 같은 뜻임).청구인은 2021.5.22.을 평가기준일로 하여 상증세법상 보충적 평가방법으로 이 건 법인의 주식을 평가하였고, 순자산가치는 직전사업연도말 기준 재무상태표상의 자산과 부채를 기초로 평가하되, 평가기준일까지의 명백한 증감내역과 평가차액을 추가로 반영하였으며, 이에 따라 쟁점주식의 가액을 1주당 OOO원으로 평가하였는바, 청구인이 행사한 가격(OOO원)보다 낮아 사실상 행사차익은 없다.(4) 처분청이 제시한 매매사례가액으로 제시한 소액주주의 거래가액(1주당 OOO원)은 ① 이 건 법인의 주식매매계약이 해지되는 상황을 방지하기 위해 부득이하게 임시로 생성된 가액이거나, ② 매매사례가액이 아닌 단순한 증여세 신고서에 기재된 가액일 뿐 아니라 정상적인 표본을 삼기 어려운 소수지분에 대한 가액이므로 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가에 해당한다고 볼 수 없다.이 건 법인의 주식매매계약상 거래종결일(2021.6.17.)에 이 건 법인의 모든 주주들은 본인이 보유한 주식을 증권사 중개인에게 쟁점인수회사의 증권계좌로 전자적 이체를 하도록 직접 지시했어야 했다.그런데, 튀르키예 국적의 외국인인 A(이하 “외국인 주주”라 한다)는 이 건 법인 주식을 150주 보유한 상황에서, 2021.4.30. 퇴사함에 따라 거래종결일 당시 튀르키예에 있을 예정이었으므로, 사전에 국내 증권사에게 내국 비상장주식을 해외에서 전자적 이체를 지시할 수 있는지 확인했으나 불가능하다는 사실을 파악하게 되었다.이 건 법인의 경영관리실장인 B는 이 건 법인 주식 양도거래가 원만히 성사되도록 하는 책임을 지고 있었기 때문에, 외국인 주주가 출국하기 전 당시 보유하던 주식 150주를 쟁점인수회사와의 주식매매계약서상 매매가액 수준인 주당 OOO원(환율을 고려하면 사실상 동일 수준)에 미리 매수하면서 이와 같은 매매사례가 발생하게 된 것이다.이처럼, 외국인 주주의 주식양도가액은 이 건 법인의 주식양도거래를 원만히 성사시키기 위한 노력에서 이루어진 것으로, ① 주식양도거래의 성사를 위한 제한적 상황이었다는 점, ② 별도 평가를 받지 않고 예정된 거래가격 수준으로 거래한 점, ③ 청구인에게 거래를 통해 얻은 이익이 사실상 없다는 점을 고려할 때 위 거래가액을 일반적인 시장에서 형성된 객관적인 시가라고 볼 수 없을 뿐 아니라, ④ 주식 150주는 전체 발행주식(14,758,500주)의 0.001% 수준에 불과한바, 정상적인 표본으로 삼기에도 너무 미미한 수준으로 시가로 인정될 수 없다(조심 2021서2242, 2021.10.20., 같은 뜻임).(5) 청구인은 경정청구 시 주식매수선택권 행사일 전·후 비교가능한 매매사례가액을 찾지 못했기 때문에 「소득세법」 및 「법인세법」 관련 규정에 근거하여 상증세법상 보충적 평가액(주당 OOO원)을 시가로