① 쟁점①토지는 반대급부 없이 국가 등에 귀속 또는 기부채납되는 토지로서 취득세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부 ② 쟁점②토지는 국민주택규모 이하 주택 부속토지에 공여되는 토지로서 농어촌특별세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부

① 쟁점①토지(7,019㎡) 중 일부 토지가 기부채납되는 정비기반시설에 다시 편입되었고 국가 등으로부터 어떤 반대급부를 받았다고 보기 어려우므로, 처분청의 환급거부 처분은 잘못이 있으나, 쟁점①토지의 정확한 면적에 대해 처분청은 이를 재조사하여 지법§9②에 따른 비과세를 적용하여 경정하여야 함② 무상양여분 토지 중 쟁점①토지를 제외한 쟁점②토지(7,603.33㎡)에 국민주택규모 이하 공동주택의 부속토지가 포함된 것으로 보이므로, 처분청의 경정청구 거부처분은 잘못이 있으나, 쟁점②토지의 정확한 면적에 대해 처분청은 이를 재조사 하여 농특§4-ⅸ에 따른 비과세를 적용하여 경정하여야 함 서울특별시 성북구청장이 2025.9.29. 청구법인에게 한 취득세 등의 경정청구 거부처분은 청구법인이 취득한 서울특별시 성북구 OOO 소재의 무상양여 받은 용도폐지 정비기반시설 토지 OOO㎡ 중1. 국가 등에 기부채납되는 신설정비기반시설에 편입되는 면적을 재조사하여, 해당 면적에 대하여 「지방세법」제9조 제2항에 따라 취득세 등을 비과세하고,2. 국민주택규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지의 면적을 재조사하여, 해당 면적에 대하여 「농어촌특별세법」제4조 제9호, 제11호 및 같은 법 시행령 제4조 제5항에 따라 농어촌특별세를 비과세하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 서울특별시 성북구 OOO 일대에서 주택재개발정비사업(사업부지 OOO㎡ 내에서 OOO세대 공동주택과 그 부대시설 및 정비기반시설 신설, 이하 “이 건 사업”이라 한다)을 시행하는 자로서, 이 건 사업은 2008.4.3. 주택재개발사업구역으로 지정·고시된 후, 처분청으로부터 2009.7.22. 사업시행인가, 2021.6.3. (부분)준공인가 승인을 각각 받았다. 나. 청구법인은 2020.12.31. 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다) 제97조 제5항에 따라 이 건 사업의 시행으로 용도폐지되는 국가 등의 소유인 도로 등 서울특별시 성북구 OOO㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 무상양여 받아 취득하고, 처분청에 이 건 토지에 대하여 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 신고·납부하였다. 다. 청구법인은 2025.8.13. 이 건 토지 중 OOO㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)는 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당하고, 이 건 토지 중 쟁점①토지를 제외한 나머지 토지 OOO㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)는 국민주택 규모의 서민주택에 부수되는 토지로 농어촌특별세 비과세 대상이므로, 기 납부한 취득세 등의 일부가 환급되어야 한다는 취지로 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 제기하였으나, 처분청은 2025.9.29. 이를 거부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.10.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 「지방세법」제9조 제2항은 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산에 대해서 취득세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다.청구법인은 쟁점①토지의 취득 과정에서 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기 어려우므로, 쟁점①토지는 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세 비과세 대상이다(조심 2024지638, 2024.8.21., 같은 뜻임).관련 해석례(대법원 2011.11.10. 선고 2011두17363 판결, 조심 2018지677, 2018.12.17., 조심 2018지1297, 2018.12.26. 등, 같은 뜻임)에서도 정비사업의 시행으로 새로이 설치한 정비기반시설의 기부채납과 관련하여, 기부채납의 대상이 되는 토지의 위치나 면적이 구체적으로 특정된 이후 사업시행자가 해당 토지를 취득하였다면 위 규정에 따라 취득세 비과세 대상에 해당하는 것으로 보고 있다. 따라서, 쟁점①토지는 「지방세법」 제9조 제2항에 따라 취득세 비과세 대상에 해당한다. (2) 「농어촌특별세법」 제4조 제9호 및 제11호에서 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세의 경우 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 「농어촌특별세법 시행령」 제4조 제5항에서 서민주택이란 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지라고 규정하며, 국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다고 규정하고 있다.따라서, 쟁점②토지는 국민주택규모 이하의 주거용 건물에 부수되는 토지이므로, 해당 토지는 그 비율에 따라 농어촌특별세 비과세 대상이다(조심 2023지465, 2024.3.5., 같은 뜻임).(3) (추가항변) 이 건 사업의 사업시행인가 및 용도폐지 정비기반시설 조서 등에 의하면, 청구법인의 쟁점①토지는 신설 정비기반시설로 재편입되어 도시정비법 제97조 제2항 전단 규정에 따라 청구법인에게 무상귀속되었다.아래는 토지이용계획도로로 빨간 선 안이 이 건 사업의 부지이고, 그 안에 검은색 선으로 구분된 것이 종전 지적에 따른 지번 및 용도이며, 색상으로 구분된 것이 이 건 사업 완료 후의 지적과 용도이다.또한 옅은 노란색이 대지이고, 흰색이 도로이며, 하늘색이 학교이고, 녹색이 공원 또는 녹지이며, 파란색이 경찰청이고, 위쪽 모서리의 어두운 노란색이 문화시설로 편입되는 토지이다.＜이 건 사업 토지이용계획도＞○○○좀 더 구체적으로 아래 확대사진 예시에 의하면, 서울특별시 성북구 OOO의 도로였던 토지가 다시 도로로 재편입되었고, 서울특별시 성북구 OOO의 도로였던 토지가 공원으로 재편입된 것을 알 수 있다.＜확대사진 예시(①서울특별시 성북구 OOO 및 ②같은 동 OOO)＞○○○나. 처분청 의견(1) 「지방세법」제9조 제2항의 본문에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대하여 취득세를 비과세 한다고 규정하고 있고, 단서 및 제2호에서 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다고 규정하고 있다.또한, 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항 제1호에서 「지방세법」제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가 등에 귀속 또는 기부채납의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받는 조건으로 취득하는 경우 취득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은 법 제177조의2 제1항 본문은 이 법에 따라 취득세가 면제되는 경우 그 면제규정에도 불구하고 100분의 85 감면율을 적용하는 것으로 규정하고 있다.서울고등법원은 기부채납의 반대급부로 무상양여 받은 부동산의 취득에 대하여, 원고가 해당 토지를 취득한 것은 국가에 대한 기부채납의 반대급부로 국가가 소유하고 있는 부동산을 무상으로 양여받은 경우에 해당하므로 「지방세법」제9조 제2항 단서에 따라 취득세 과세대상에 해당하는 것이 분명하다고 판시한 바 있다(서울고등법원 2018.5.2. 선고 2017누71408 판결, 같은 뜻임).조세심판원에서도 도시정비법에 따라 폐지 대상의 정비기반시설인 국공유지를 받고 신설 정비기반시설을 기부채납한 경우는 「지방세법」제9조 제2항에 해당하는 취득세 비과세 대상이 아니고, 「지방세특례제한법」 제73조의2 제1항 제1호(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) 및 제177조의2(최소납부세액)의 적용 대상이라고 결정하였다(조심 2023지35, 2023.9.5., 같은 뜻임).청구법인은 신설 정비기반시설을 처분청에 기부채납 하는 것에 대한 반대급부로 쟁점①토지를 무상양여 받았으므로, 「지방세특례제한법」제73조의2 제1항 제1호 및 같은 법 제177조의2 제1항에 따른 취득세 감면 대상에 해당할 뿐, 「지방세법」제9조 제2항의 취득세 비과세 대상이 아니다. (2) 농어촌특별세가 비과세되는 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지란 ‘원칙적으로 그 지상에 국민주택이 건축되어 있는 토지를 말하고 국가·지방자치단체 또는 한국토지주택공사가 국민주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발·공급하는 토지’만을 의미한다(대법원 2004.8.20. 선고 2002두12984 판결, 같은 뜻임).청구법인이 주택건설사업자 등이 토지를 취득한 후 그 지상에 국민주택 규모 이하의 주택을 신축하였다 하더라도, 당초 토지 취득에 따른 농어촌특별세는 비과세 대상이라고 볼 수는 없다(행정안전부 세정과-4633호, 2004.12.18. 같은 뜻임).따라서, 청구법인이 이 건 사업 과정에서 취득한 쟁점②토지에 있어서도 조합원으로부터 신탁토지 등을 취득할 당시에는 국민주택이 건축되어 있지 아니할 뿐만 아니라, 쟁점②토지는 국가ㆍ지방자치단체 또는 한국토지주택공사가 개발ㆍ공급하는 토지에도 해당하지 아니하여 농어촌특별세 비과세 대상으로 볼 수 없다고 할 것(조심 2020지624, 2023.2.1., 같은 뜻임)이므로, 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단가. 쟁점① 쟁점①토지는 반대급부 없이 국가 등에 귀속 또는 기부채납되는 토지로서 취득세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부② 쟁점②토지는 국민주택규모 이하 주택 부속토지에 공여되는 토지로서 농어촌특별세 비과세 대상이라는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지1＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.(가) 청구법인은 2008.7.30. 이 건 사업부지 일대에서 도시정비법에 따라 이 건 사업을 시행하기 위하여 설립된 법인으로, 2024.4.18. 이 건 사업이 완료됨에 따라 해산된 것으로 확인된다.(나) 청구법인은 이 건 사업의 시행과 관련하여 2008.7.30. 처분청으로부터 조합설립인가를 받고, 2009.7.22. 사업시행인가를 받았으며, 2015.2.24. 관리처분계획인가를 받은 것으로 확인된다.＜이 건 사업 시행인가서(일부발췌)＞○○○(다) 청구법인은 서울특별시 성북구 OOO3㎡(도로 OOO㎡)를 이 건 토지로 취득하였다.(라) 이 건 사업은 2021.6.3. OOO구역 및 정비기반시설 (부분)준공인가를 받은 후, 2022.11.3 OOO구역 공사완료에 대하여 고시하였고, 2024.2 .8 전체 구역에 대한 준공인가(서울특별시 성북구 고시 제2024-OOO호)를 받았으며, 그 세부 추진과정은 아래와 같다.＜이 건 사업의 추진과정＞○○○(마) 청구법인은 위 사업시행인가서에 용도폐지되는 정비기반시설인 쟁점①토지가 새로이 설치할 정비기반시설에 포함되어 있고, 새로이 설치할 정비기반시설은 처분청에 기부채납되었으므로, 쟁점①토지는 「지방세법」제9조 제2항에 따라 국가 등 기부채납을 조건으로 취득한 부동산에 해당한다고 보아, 2025.8.13. 이 건 경정청구를 제기하였다.＜사업시행(변경)인가 주요내용＞○○○＜관리처분계획(변경)인가 주요내용＞○○○(바) 위 고시된 인가서에 따르면, 용도폐지되는 도로 OOO㎡ 등이 청구법인에게 무상양여되었고, 도로·녹지·공공공지·문화시설 등의 정비기반시설이 신설되는 것으로 명시되어 있다.(사) 청구법인은 도시정비법 제86조에 따라 이 건 사업 정비구역 내 대지 및 건축물의 소유권을 이전하고자 2024.3.7. 아래와 같이 이전 고시(OOO 고시 제2024-2호)를 한 것으로 확인된다.＜이 건 사업 이전고시(일부발췌)＞○○○(아) 청구법인은 지번별 토지조서에 대한 상세자료는 없으나, 이 건 정비사업 (부분)준공인가일인 2021.6.3. 현재 용도폐지 정비기반시설의 면적에서 청구법인 소유의 토지 중 무상양여 받았다가 처분청에 신설정비기반시설로 재편입되는 시설의 면적은 쟁점①토지의 면적인 OOO㎡라고 주장한다.(자) 건축물 연면적 집계표에 의하면, 이 건 사업부지 내 신축된 전용면적 85㎡ 이하의 주거용 공동주택의 비율은 95.68%인 것으로 확인되며, 그 세부내역은 다음과 같다.＜건축물 연면적 집계표＞(단위 : ㎡, %)○○○(차) 처분청은 청구법인이 무상양여로 쟁점①토지를 취득하여 국가 등에 기부채납하는 것에 반대급부 등이 있다고 보아, 2025.9.29. 이 건 경정청구를 거부하였다.(카) 국회 안전행정위원회 수석전문위원의 ‘지방세법 일부개정법률안 검토보고서’에 의하면, 「지방세법」 제9조 제2항 각 호 부분 신설 및 「지방세특례제한법」 제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면)에 대한 개정취지는 아래와 같다.＜「지방세법」 일부개정법률안 검토보고서 주요내용＞ (3) 반대급부 조건으로 취득하는 기부채납 비과세 개선 개정안은 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회시반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 취득세를 부과하도록 하려는 내용임(안 제9조). 「지방세법」 제9조 제2항에서는 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니하도록 규정하고 있으나, 국가재산과의 교환, 장기무상사용권 제공 등 반대급부를 조건으로 기부채납을 하는 경우까지 비과세를 적용하는 것은 다소 적절하지 않은 측면이 있다는 점을 고려할 때, 기부채납에 대한 반대급부가 있는 경우에는 원칙적으로 지방세의 과세대상으로 전환하되, 민간투자를 장려해야 할 정책적 필요성이 있는 경우에는 지방세의 감면을 적용하도록 하는 입법방식이 보다 바람직하다고 보이므로, 개정안의 입법조치는 타당하다고 판단됨. 참고로, 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 2018년 12월 31일까지 취득세를 면제하도록 하는 내용의 지방세특례제한법 일부개정법률안(정부 제출, 2015.10.1, 1917026)이 우리 위원회에 계류 중임. ＜「지방세특례제한법」 제73조의2 개정취지＞ □ 비과세를 특례로 전환 - 「지방세법」에서 비과세 대상으로 규정하고 있었던 기부채납용 부동산 가운데 일부를 과세대상으로 전환하고, 이에 대한 감면을 적용 (타) 행정안전부가 2025.2.26. 「지방세법」 제9조 제2항과 관련하여 유권해석한 문서(부동산세제과-564, 2025.2.26.)의 주요내용은 아래와 같다.＜행정안전부 유권해석 주요내용＞ 1. 질의요지 ① 개발사업을 추진하는 과정에서 사업시행자가 국가 등에 새로 설치하는 정비기반시설을 무상귀속(기부채납)하면서, 국가 등 소유의 용도폐지되는 정비기반시설을 무상양여 받는 경우 무상귀속과 무상양여 간에 반대급부가 성립하는지 여부 ② 반대급부가 있는 것으로 본다면 「지방세법」 제9조 제2항 단서에 따라 취득세의 비과세가 배제되는 부동산의 범위 2. 회신내용 ＜쟁점①＞ 무상귀속(기부채납)하는 정비기반시설과 용도폐지되는 정비기반시설을 무상양여 받는 것 사이에 ‘반대급부’가 성립하는지 여부 ○ 「지방세법」 제9조 제2항에서는 “국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 “국가 등”이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제2호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이항에서 “귀속 등”이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있으며, - 다만, 다음 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과하도록 규정하고 있습니다. 1. 국가 등에 귀속 등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각·증여하거나 귀속 등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우 2. 국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우 ○ 즉, 국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산은 원칙적으로 취득세가 비과세대상이나, 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유한 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우에는 그 해당 부분은 취득세 과세대상으로 본다는 점이 명확히 규정되어 있습니다. ○ 동 규정은 국가재산과의 교환, 장기무상사용권 제공 등의 반대급부를 조건으로 하는 기부채납의 경우 취득세 비과세에서 배제하여 과세형평을 제고하는 것이 개정(’15.12.29.) 취지로, - 반대급부가 존재하는 기부채납을 원칙적으로 과세대상으로 전환하되, 민간투자를 장려할 필요가 있는 경우 지방세 감면을 적용할 수 있도록 변경한 것입니다. - 이에 따라 「지방세특례제한법」도 「지방세법」제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체 조합(이하 이 조에서 ”국가 등“이라 한다)에 귀속되거나 기부채납(이하 이 조에서 ”귀속 등“이라 한다)한 것의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 감면한다‘고 2015.12.29. 개정되었습니다. ○ 청구인은 대법원에서 도시정비법을 해석함에 있어 ‘사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설을 국가 또는 지방자치단체가 취득하는 것과 용도가 폐지되는 정비기반시설을 사업시행자가 취득하는 것’ 사이에 대가관계가 있다고 볼 수 없다고 판단(대법원 2020.1.16. 선고 2019두53075 판결)함을 이유로 반대급부가 없다고 주장하나, 이는 교환과 유사한 유상계약에 의한 취득이라는 주장에 대해 대가관계를 인정하지 않고 무상으로 취득한 것으로 보아야 한다고 판단한 것이며, - 「지방세법」상 용어의 해석은 개별법 규정에 구속되어 판단되어야 할 것은 아니고 어디까지나 세법의 독자적인 입장에서 그 입법취지에 비추어 판단할 수 있는바(대법원 1993.8.24. 선고 92누15994 전원합의체 판결 참조), - 「지방세법」에서는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받을 경우 이를 반대급부로 보아 취득세 과세대상으로 규정하고 있으므로, 무상귀속을 전제조건으로 취득하더라도 사업시행자가 국가 등으로부터 무상으로 양여받는 경우에는 세법상 반대급부가 존재하는 것으로 해석하여 취득세 비과세를 배제하고 과세(감면)하는 것이 타당합니다. ＜쟁점②＞ 취득세 비과세가 배제되는 부동산의 범위 ○ 「지방세법」상 무상양여를 받는 경우 취득세 과세대상이 되는 부동산의 범위에 대해 살펴보면, ○ 첫째, 사업시행인가 및 고시를 거친 경우 종전 개별토지가 개발사업용 토지로 성격이 전환되며, 사업부지내 전체토지를 일단의 토지로 보아 관리하는 것이 일반적입니다. - 따라서, 개별 필지별로 무상양여받고 무상귀속하는 토지의 면적과 위치를 개별적으로 특정할 수 있다면, 해당 필지에 관한 면적을 직접 적용함이 타당하다고 할 것이나, 정비사업의 특성상 사업부지 단위로 관리되어 개별 필지별 면적 산정이 현실적으로 어려운 점을 고려할 때, 전체적인 면적 비율을 기준으로 판단하는 것이 합리적이라고 사료됩니다. ○ 둘째, 「지방세법」제7조 제8항에서는 주택조합 등이 취득하는 비조합원용 토지를 과세대상으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제18조의4 제1항 제3호에서는 비조합원용 부동산의 취득에 대한 과세표준은 가액 = A × [B - (C × B / D)] A : 해당 토지의 제곱미터당 분양가액 B : 해당 토지의 면적 C : 사업시행자 또는 주택조합이 해당 사업진행 중 취득한 토지면적(조합원으로부터 신탁받은 토지는 제외한다) D : 해당 상업 대상 토지의 전체 면적 으로 한다고 규정하고 있습니다. - 위와 같이, 조합이 취득하는 비조합원용 토지의 취득세 과세표준 계산시 해당 사업부지 내 일반분양분 토지면적 중 조합이 추가 매입한 토지를 과세대상에서 공제하는 방식으로 규정하고 있는 것은, 조합이 추가 매입한 토지가 향후 조합원 또는 일반분양분 중 어디에 귀속될지 알 수 없는 상황에서, 일반분양분에 귀속되는 안분 비율만큼 공제하려는 것으로, 이러한 계산방식을 고려할 때, 비과세·과세되는 토지 면적 계산시 개별 필지별로 구분하는 것이 아닌 비율로 계산하는 것이 조합의 과세방식과 정합성이 높으며, 세법적용에 있어서도 일관성 있는 법 적용이 가능합니다. ○ 따라서, 위와 같이 ①재개발사업부지 내 토지 전체를 하나의 사업으로 보아 일단의 토지로 관리하는 점, ② 무상양여받은 토지에 대해 무상귀속되는 토지를 개별 필지별로 구분하는 것이 현실적으로 어려운 점, ③ 조합의 일반분양분 토지 계산방식과의 정합성, ④ 「지방세법」 제9조 제2호에서 ‘그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다’고 규정하고 있는 점 등을 고려하였을 때, 사업부지 전체 면적 중 무상귀속 비율을 적용하여 취득세 비과세 및 감면을 결정하는 방식이 합리적일 것이라고 판단됩니다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 쟁점①에 대하여 살펴본다.(가) 도시정비법 제97조 제2항에서 ‘시장·군수 등 또는 토지주택공사 등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치하는 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다’고 규정하고 있고, 「지방세법」 제9조 제2항 본문은 ‘국가 등에 귀속 또는 기부채납을 조건으로 취득하는 부동산 및 사회기반시설에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다’고 규정하고 있으며, 같은 항 단서 및 제2호에서 ‘국가 등에 귀속 등의 반대급부로 국가 등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받는 경우에는 국가 등에 귀속을 조건으로 취득하는 부동산에 대하여도 취득세를 부과한다’고 규정하고 있다.(나) 처분청은 청구법인이 쟁점①토지를 신설되는 정비기반시설의 기부채납에 대한 반대급부로 무상양여 받은 것이므로, 쟁점①토지는 취득세 비과세 대상이 아니라는 의견이다.그러나, 「지방세법」 제9조 제2항의 입법취지는 국가 등에 귀속을 조건으로 부동산을 취득하는 것은 해당 부동산을 국가 등에 귀속시키기 위한 잠정적이고 일시적인 조치에 불과하므로 이를 국가 등이 직접 취득하는 경우와 동일하다고 보아 취득세를 비과세하겠다는 것(대법원 2011.7.28. 선고 2010두6977 판결, 같은 뜻임)으로서, 쟁점①토지 중 일부 토지가 기부채납의 대상이 되는 정비기반시설에 다시 편입되는 것으로 보이고, 청구법인은 이를 자신의 부담으로 신설되는 정비기반시설로 대체하여 다시 기부채납하는 역할만 하였을 뿐 이 과정에서 국가 등으로부터 어떠한 이득을 얻거나 반대급부를 받았다고 보기는 어렵다고 판단되는 점(조심 2023지4988, 2024.1.29., 조심 2021지2922, 2022.11.30., 같은 뜻임)에 비추어,처분청이 쟁점①토지 전부에 대하여 「지방세법」제9조 제2항의 취득세 비과세 적용 대상이 아니라고 보아 취득세 등의 환급을 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다(조심 2021지3310, 2022.6.3., 같은 뜻임).다만, 쟁점①토지의 정확한 면적에 대하여 청구법인과 처분청 간 이견이 있고 그 지번 또한 구체적으로 확인되지 않으므로, 처분청은 이를 재조사하여 해당 토지에 대하여 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 취득세 비과세를 적용하여 산출한 세액으로 취득세 등을 경정하여야 할 것이다. (3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살펴본다.(가) 「농어촌특별세법」제4조에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하면서 그 제11호에서 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제4조 제4항에서 법 제4조 제11호에서 "대통령령으로 정하는 서민주택"이란 「주택법」제2조 제6호에 따른 국민주택 규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다고 규정하고 있으며, 「주택법」제2조에서 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다고 하면서 그 제6호에서 "국민주택규모"란 주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택을 말한다고 규정하고 있다.(나) 처분청은 쟁점②토지가 무상양여 받을 당시 그 지상에 국민주택 규모 이하의 주거용 건축물이 없었으므로, 쟁점②토지를 농어촌특별세 비과세 대상으로 볼 수 없다는 의견이다.그러나 이 건 사업의 경우, 「지방세법 시행령」 제20조 제6항에 따라 처분청에서 (부분)준공인가를 한 2021.6.3. 청구법인은 공동주택용 건축물을 신축하여 취득하였고, 그 준공인가일 이후 청구법인은 도시정비법 제97조 제5항에 따라 준공인가통지일에 용도폐지되는 정비기반시설 토지인 쟁점②토지를 무상으로 취득하였다고 봄이 타당한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점②토지 전체가 농어촌특별세 비과세 대상이 아닌 것으로 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.다만, 국민주택규모 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지의 면적이 구체적으로 확인되지 않으므로, 이를 재조사하여 해당 토지에 대하여 「농어촌특별세법」 제4조 제9호 및 같은 법 시행령 제4조 제4항에 따라 농어촌특별세를 비과세하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하여야 할 것이다. 4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지1＞ 관련 법령(1) 지방세법제9조(비과세) ② 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 항에서 "국가등"이라 한다)에 귀속 또는 기부채납(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제3호에 따른 방식으로 귀속되는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 "귀속등"이라 한다)을 조건으로 취득하는 부동산 및 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제1호 각 목에 해당하는 사회기반시설에 대해서는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 취득세를 부과한다. 1. 국가등에 귀속등의 조건을 이행하지 아니하고 타인에게 매각ㆍ증여하거나 귀속등을 이행하지 아니하는 것으로 조건이 변경된 경우2. 국가등에 귀속등의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 및 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 경우(2) 지방세특례제한법제73조의2(기부채납용 부동산 등에 대한 감면) ① 「지방세법」 제9조 제2항에 따른 부동산 및 사회기반시설 중에서 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합(이하 이 조에서 “국가등”이라 한다)에 귀속되거나 기부채납(이하 이 조에서 “귀속등”이라 한다)한 것의 반대급부로 국가등이 소유하고 있는 부동산 또는 사회기반시설을 무상으로 양여받거나 기부채납 대상물의 무상사용권을 제공받는 조건으로 취득하는 부동산 또는 사회기반시설에 대해서는 다음 각 호의 구분에 따라 감면한다. 1. 2020년 12월 31일까지 취득세를 면제한다. 2. 2021년 1월 1일부터 2027년 12월 31일까지는 취득세의 100분의 50을 경감한다.제177조의2(지방세 감면 특례의 제한) ① 이 법에 따라 취득세 또는 재산세가 면제(지방세 특례 중에서 세액감면율이 100분의 100인 경우와 세율경감률이 「지방세법」에 따른 해당 과세대상에 대한 세율 전부를 감면하는 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다)되는 경우에는 이 법에 따른 취득세 또는 재산세의 면제규정에도 불구하고 100분의 85에 해당하는 감면율(「지방세법」 제13조 제1항부터 제4항까지의 세율은 적용하지 아니한 감면율을 말한다)을 적용한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 「지방세법」에 따라 산출한 취득세의 세액(연부로 부동산을 취득하는 경우 매회 세액을 합산한 것을 말하며, 1년 이내에 동일한 소유자로부터 부동산을 취득하는 경우 또는 1년 이내에 연접한 부동산을 취득하는 경우에는 각각의 부동산에 대하여 산출한 취득세의 세액을 합산한 것을 말한다) 및 재산세의 세액이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우가. 취득세: 200만원 이하나. 재산세: 50만원 이하(「지방세법」 제122조에 따른 세 부담의 상한을 적용하기 이전의 산출액을 말한다)2. 제7조부터 제9조까지, 제13조 제3항ㆍ제4항, 제16조, 제17조, 제17조의2, 제20조 제1항 제1호, 제29조, 제30조 제3항, 제33조 제2항, 제35조의2, 제36조, 제36조의3 제1항 제1호, 제36조의5, 제41조 제1항부터 제6항까지, 제44조 제2항ㆍ제5항, 제50조, 제55조, 제57조의2 제2항(2020년 12월 31일까지로 한정한다), 제62조, 제63조 제2항ㆍ제4항, 제66조, 제73조, 제74조의2 제1항, 제76조 제2항ㆍ제3항, 제77조 제2항ㆍ제3항, 제82조, 제85조의2 제1항 제4호ㆍ제5호 및 제92조에 따른 감면② 제4조에 따라 지방자치단체 감면조례로 취득세 또는 재산세를 면제하는 경우에도 제1항을 따른다. 다만, 「조세특례제한법」의 위임에 따른 감면은 그러하지 아니하다. (3) 도시 및 주거환경정비법제97조(정비기반시설 및 토지 등의 귀속) ② 시장ㆍ군수등 또는 토지주택공사등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 사업시행자가 새로 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위에서 그에게 무상으로 양도된다. ⑤ 사업시행자는 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 관리청에 귀속될 정비기반시설과 사업시행자에게 귀속 또는 양도될 재산의 종류와 세목을 정비사업의 준공 전에 관리청에 통지하여야 하며, 해당 정비기반시설은 그 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때에 국가 또는 지방자치단체에 귀속되거나 사업시행자에게 귀속 또는 양도된 것으로 본다. (4) 농어촌특별세법제4조(비과세) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다. 9. 대통령령으로 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록에 대한 등록면허세의 감면11. 대통령령으로 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세(5) 농어촌특별세법 시행령제4조(비과세) ⑤ 법 제4조 제9호 및 제11호에서 “대통령령으로 정하는 서민주택”이란 「주택법」 제2조 제6호에 따른 국민주택 규모(「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목에 따른 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한다) 이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지(국가, 지방자치단체 또는 「한국토지주택공사법」에 따라 설립된 한국토지주택공사가 해당 주택을 건설하기 위하여 취득하거나 개발ㆍ공급하는 토지를 포함한다)로서 주택바닥면적(아파트ㆍ연립주택 등 공동주택의 경우에는 1세대가 독립하여 구분ㆍ사용할 수 있도록 구획된 부분의 바닥면적을 말한다)에 다음 표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 말한다. ＜별지2＞ 쟁점①토지 세부내역(청구법인 제출)(단위 : ㎡)○○○