쟁점특허권이 국내에서 사용되지 아니하여 국내원천소득에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부

쟁점특허권이 대한민국에서 사용되지 않았다면 그 대가를 굳이 대한민국에서 지급할 이유가 없어보이므로, 사실상 대한민국에서 사용된 것으로 보이고, 쟁점특허권의 기술이 국외에서 사용되었는지 여부와 그 근거의 입증책임은 청구법인이 지는 것임 심판청구를 기각한다. 1.처분개요가.청구법인은 미국법인으로, 컴퓨터, 네트워크 아키텍처(network architectures), 게임 장비, 모바일폰, 프로세서(processors), 반도체 메모리 및 기타 집적회로기능(integrated circuit functionality)에 사용되는 데이터 상호연결(data interconnects) 및 인터페이스를 포함한 반도체 회로 설계(semiconductor circuit designs) 관련 특허를 개발 및 확보하여 이를 대여하는 사업을 영위하고 있다.나.청구법인은 2019.5.8. 보유중이던 특허권 359개에 관하여 a 주식회사(이하 “a”라 한다)와 라이선스 계약을 체결하였고, 2019.5.10. 보유중이던 특허권 325개(a와 라이선스 계약 체결한 특허권과 합쳐 “쟁점특허권”이라 한다)에 관하여 b 주식회사(이하 “b”라 한다)와 라이선스 계약을 체결하였으며, 해당 계약기간 동안 b, a 및 그 계열사들에게 대상 특허에 대한 변경·양도가 불가능한 비(非) 배타적인 전 세계적 사용권을 부여하였다.다.b는 2020년, 2021년, 2022년 및 2023년 16차례에 걸쳐 총 OOO원의 사용료를 청구법인에게 지급하고, 본 계약에 포함된 325개의 특허에 대한 지급 사용료 전액을 청구법인의 국내원천소득으로 보아 사용료 소득에 대한 「대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약」(이하 “한미조세협약”이라 한다)의 제한세율 15%를 적용하여 법인세 총 OOO원을 원천징수하여 처분청 동수원세무서장에게 신고 및 납부하였다.라.a는 2021년 OOO원의 사용료를 청구법인에게 지급하면서, 지급 사용료 전액을 청구법인의 국내원천소득으로 보아 사용료 소득에 대한 제한세율 15%를 적용하여 법인세 OOO원을 원천징수하여 처분청 이천세무서장에게 신고 및 납부하였다.마.청구법인은 2025.2.7. 처분청에 쟁점특허권 중 다수가 국내에 등록되지 않고 국외에서만 등록된 특허권이므로, 그 사용 대가는 국내원천소득으로 볼 수 없다는 이유로 처분청 동수원세무서장에게 원천징수분 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였고, 처분청 이천세무서장에게 2021사업연도 법인세(원천분) OOO의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 처분청들은 2025.4.21., 2025.4.9. 이를 각 거부하였다.바.청구인은 이에 불복하여 2025.7.5. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인이 수령한 사용료 소득 중 국내 미등록 특허권의 경우, 관련 특허기술이 국내에서의 제조·판매 등에 사실상 사용되었는지에 대한 재조사가 필요하다.대법원 2025.9.19. 선고 2021두59908 판결(이하 “쟁점판결”이라 한다)은 원심법원이 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서의 제조ㆍ판매 등에 사실상 사용되었는지를 살피지 않은 위법이 있다고 판단하였다.쟁점판결에서 대법원은 한미조세협약은 구 「법인세법」 제93조 제8호가 규정하는 ‘사용지를 기준으로 하여 사용료소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 이중과세 방지협약’에 해당하는데, 위 협약이 ‘사용’의 의미를 별도로 정의하고 있지 않으므로, ‘사용’의 의미를 동 협약 제2조 제2항에 따라 ‘조세가 결정되는 체약국의 법’인 우리나라의 「법인세법」에 따라 해석해야 한다고 전제하였다.이어 구 「법인세법」 제93조 제8호 단서 후문의 “국내 미등록 특허권이 국내 제조, 판매 등에 사용된 경우”란 독점적 효력을 가지는 특허권 자체를 사용하는 것이 아니라 그 특허권의 대상이 되는 특허기술을 사용한다는 의미로 보아야 하고, 따라서 국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다고 판단하였다.대법원은 위 법리에 따라, 쟁점판결의 원고가 미국법인에게 지급한 사용료가 국내 미등록 특허권에 대한 것이라는 이유만으로 그 특허기술이 국내에서의 제조ㆍ판매 등에 사실상 사용되었는지를 살피지 아니한 채 곧바로 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단한 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하였다.(2) 청구법인의 경정청구는 쟁점판결 선고 이전에 이루어진 것으로, 쟁점판결 선고 이전 판례의 경향(국내 미등록특허에 대해 지급한 대가는 국내원천 사용료 소득에 해당하지 않음)에 따르면 특허기술의 국내 사용 여부에 관한 납세자의 주장 내지 입증이 필요하지 않았다.청구법인은 특허권자로서 b 및 a에 라이선스 특허를 허여하고 라이선스 계약서에 합의된 바에 따라 그 사용 대가를 수령할 뿐, 국내 고객사가 라이선스 받은 특허를 실제 사용하는 과정에는 관여하지 않으며, 국내 고객사가 라이선스 특허의 사용 내역을 청구법인에게 제공할 계약상 의무도 존재하지 않는바, 청구법인은 국내 고객사에 의해 라이선스 특허가 어디에서 어떻게 사용되는지 알지 못하며 관련 자료가 없으므로 쟁점특허권이 사용되는 분야 및 제품에 대한 자료를 제출할 수 없다.(3) 라이선스 계약상, 쟁점특허권에 대한 사용료 전체가 라이선스 특허 및 관련 특허기술을 국내에서 사용하는 것에 대한 대가로 지급된 소득이라고 단정할 근거가 없다.(가) 라이선스 계약서에는 청구법인이 국내 고객사 및 그 자회사 내지 계열사들에게 라이선스 특허를 전 세계적으로 사용할 수 있는 권한을 부여한다는 점이 명시된바, 라이선스 특허가 국내 고객사의 자회사 내지 계열사들에 의해 국내뿐 아니라 해외에서도 사용될 것임이 예정되어 있다.즉, 라이선스 계약상 라이선스 특허 사용의 지리적 범위가 국내로 한정되어 있지 않은바, 처분청의 주장대로 ‘계약 체결 사정 및 내용’ 상 쟁점특허권에 대한 사용료가 라이선스 특허 및 관련 특허기술을 국내에서 사용하는 것에 대한 대가로 지급된 것으로 단정할 근거가 없다.라이선스 특허의 등록지는 제출된 특허목록에서 확인 가능하듯이 중국, 미국, 독일, 프랑스, 영국, 대만, 일본, 스페인, 이탈리아 등으로 다양한바, 청구법인은 국내 고객사에게 전세계 여러 국가에서 사용할 수 있는 라이선스 특허 및 관련 특허기술을 허여한 것이고, 국내 고객사는 라이선스 특허 및 관련 특허기술의 전세계적인 사용에 대한 지급하는 대가라는 점을 인식하고 사용료를 지급한 것으로 봄이 타당하다.라이선스 계약서상 특허목록 전체에 대한 총 사용료 금액이 정해져 있고 특허별로 대가가 특정되지는 않았다는 점은 오히려 국내 고객사가 별도의 지리적 제약 없이 라이선스 특허 및 관련 특허기술을 라이선스 목적에 따라 자유롭게 사용 및 수익하고자 하는 의사가 반영된 것으로 해석함이 타당하다.(나) 쟁점특허권에 대한 사용료의 상당 부분은 국내에서 사용된 특허기술에 대한 대가에 해당하지 않는다.라이선스 계약상 기술된 라이선스 특허 및 관련 특허기술은 대부분 반도체 사업에 필요한 것이며, 국내 고객사의 반도체 제조 및 판매 사업은 국내 시장이 아닌 글로벌 공급망과 수출에 중점을 둔 사업이다.앞서 설명한 바와 같이 라이선스 계약서상 청구법인은 국내 고객사뿐 아니라 해외 제조 및 생산법인 등 전 세계 자회사 및 계열사 등에도 라이선스 특허 및 관련 특허기술의 사용을 허락하고 있다. 즉, 쟁점특허권에 대한 사용료는 국내 고객사가 지리적 제약 없이 해외 제조 및 글로벌 판매 과정 등에서 자유롭게 라이선스 특허 및 관련 특허기술을 사용하기 위한 대가에 해당한다.최근 5년간 b와 a의 글로벌 반도체 시장 점유율은 매우 높은 수준을 유지해 왔는데, 2024년 기준 b는 전 세계 반도체 매출 1위로서, 메모리 반도체 시장에서 DRAM 점유율 약 42.5%, NAND 플래시 메모리에서 약 32.8%를 차지하며 글로벌 1위 자리를 차지하고 있으며, a 역시 DRAM 분야에서 약 29.1%의 점유율로 b와 함께 메모리 시장을 주도하고 있다.특히 2023년과 2024년에 b는 OOO을 제치고 반도체 매출 1위로 올라섰고, 두 회사는 최근 5년간 글로벌 전체 반도체 시장에서 약 20∼25% 이상의 점유율을 합산하여 차지한 것으로 추정된다.b 및 a는 국내뿐 아니라 전세계적으로 반도체 관련 판매법인, 생산법인 및 연구개발법인을 운영하고 있는바, 라이선스 특허 및 관련 특허기술은 실제로 전세