연구개발특구법에 따른 첨단기술기업 재지정을 첨단기술기업만료일로 소급하여 첨단기술기업 감면(조특법 §12의2)을 적용해야한다는 청구주장의 당부

첨단기술지정 주무부처는 첨단기술기업 지정의 유효기간이 경과하면 그 효력은 당연소멸하여 소급하여 재지정은 어렵다고 답변하였는바, 청구법인의 귀책 없는 상황에 따른 결과라 하더라도, 유효기간 만료일에 소급하여 첨단기술기업의 지위를 인정하는 것은 법적 근거가 없어 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2000.8.1. 개업하여 대전광역시 유성구에서 디지털 신호장비 제조업을 주된 사업목적으로 하는 법인으로 대덕연구개발특구에 본사를 두고 있으며, 2016년과 2018년에 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」에 따라 각 2년간 과학기술정보통신부장관으로부터 첨단기술기업으로 지정받았는데, 청구법인은 2018.11.26. 과학기술정보통신부장관으로부터 지정받은 첨단기술기업(유효기간 2018.11.26.∼2020.11.25.)의 유효기간이 만료되기 전인 2020.10.21. 종전과 동일하게 ‘실리콘 웨이퍼 결함 IR 검사장비(Silicon Wafer IR Inspection System)’로 첨단기술ㆍ제품 확인 신청서를 제출하고 2020.11.16. 산업통산자원부장관으로부터 첨단기술ㆍ제품 확인서를 발급받았으며, 2020.11.23. 첨단기술기업 지정 신청서를 제출하여 2020사업연도를 경과한 2021.3.3. 과학기술정보통신부장관으로부터 첨단기술기업 지정서를 발급받았다.나. 청구법인은 과학기술정보통신부장관으로부터 첨단기술기업으로 지정받은 2016사업연도부터 5년차인 2020사업연도까지 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제12조의2 및 같은 법 시행령 제11조의2에 따른 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 감면(이하 “쟁점감면”이라 한다)을 적용하여 법인세를 감면받았으며, 2020사업연도에는 쟁점감면을 적용하여 OOO원의 세액을 감면받는 것으로 법인세를 신고ㆍ납부하였다.다. 감사원은 대전지방국세청에 대하여 2024.11.25.～2024.12.13. 기간에 정기감사를 실시한 결과, 청구법인의 첨단기술기업 지정 유효기간이 2020.11.25. 만료되어 2020사업연도에는 쟁점감면의 적용 대상이 아님에도, 청구법인이 2020사업연도에 쟁점감면을 적용하여 법인세를 과소신고ㆍ납부하였다는 내용의 감사원 시정요구를 대전지방국세청장에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 쟁점감면의 적용을 배제하여 2025.11.7. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.22. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 쟁점과 관련하여 청구법인이 주장하는 사실관계는 다음과 같다.(가) 청구법인은 2020.11.25. 첨단기술기업 지정 만료가 예정되어 그 전인 2020.10.21. 산업통상자원부장관에게 첨단기술제품 신청서를 제출하였고, 산업통상자원부장관이 2020.11.16. 첨단기술제품확인서를 발급함에 따라 이를 포함한 첨부서를 구비하여 첨단기술기업 지정 만료일 이전인 2020.11.23.에 과학기술정보통신부장관에게 첨단기술기업 지정 신청서를 제출하였다.(나) 그러나 청구법인의 귀책사유 없이 첨단기술기업 지정을 위한 기술보증기금의 현장평가가 코로나 바이러스 감염증-19 범유행(이하 “코로나 사태”라 한다)에 시행된 사회적 거리두기로 인하여 2021.1.26.에서야 실시되었고 과학기술정보통신부장관의 첨단기술기업 지정도 늦어져서 2021.3.3.에서야 첨단기술기업 지정서를 발급받을 수 있었다.(다) 청구법인의 첨단기술기업 지정과 관련한 일련의 경위는 아래와 같다.＜청구법인 주장 첨단기술기업 지정 관련 경위＞(2) 쟁점감면의 적용을 배제한 이 건 부과처분은 「국세기본법」 제18조의 소급과세 금지의 원칙에 위배된다.(가) 청구법인은 2020사업연도 법인세 신고 당시 조특법(2018.12.24. 법률 제16009호로 일부 개정된 것) 제12조의2 제1항에 따른 첨단기술기업 지정기한 2021.12.31. 이전인 2021.3.3.에 첨단기술기업으로 지정받았으므로 동 법률에 따른 감면요건을 충족하였을 뿐만 아니라,2020년에 납세의무가 성립하여 신고ㆍ납부한 법인세 감면에 대하여 처분청이 2023.2.28.에 신설된 조특법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 것)을 적용하여 과세한 것은 「국세기본법」 제18조의 소급과세 금지의 원칙에 위배되므로 이 건 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.(나) 청구법인이 2020사업연도 법인세 신고 당시 조특법 제12조의2 제1항 및 제2항 등에 따른 연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 법인세 등의 감면 대상을 요약하면,「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 연구개발특구에 입주한 기업으로서 같은 법 제9조 제1항에 따라 2021.12.31.까지 지정을 받은 첨단기술기업이 감면대상사업장에서 산업통상자원부장관이 고시한 첨단기술 및 첨단제품과 관련된 사업을 하는 경우 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도의 경우에는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다.(다) 처분청은 위 법인세 감면요건 중에 아무런 법적근거도 없이 청구법인이 2020.12.31. 기준으로 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조 제1항에 따른 첨단기술기업 지정이 만료되어 요건을 충족하지 못하였다는 의견이나,2020사업연도 법인세 신고 당시 조특법 제12조의2 제2항 제1호에서는 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법」 제9조 제1항에 따라 2021년 12월 31일까지 지정을 받은 첨단기술기업을 감면요건으로 명확하게 규정하고 있고, 별도로 대통령령에 위임을 한 내용이 없다.(라) 즉, 청구법인은 첨단기업지정 만료일 이전인 2020.11.23. 적법하게 과학기술정보통신부장관에게 첨단기술기업 지정신청을 하였고, 과학기술정보통신부장관은 코로나 사태로 인한 부득이한 사정으로 지정이 늦어지긴 하였으나 신고 당시 조특법 제12조의2 제2항 제1호상의 만료기한인 2021.12.31.보다 전인 2021.3.3.에 첨단기술기업 지정서를 발급하였으므로 청구법인은 위 법인세 감면요건을 충족하였다.(마) 조특법(2022.12.31. 법률 제19199호로 일부 개정된 것) 제12조의2 제2항 단서 및 같은 법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33264호로 일부 개정된 것) 제12조의2 제2항 제3호가 신설되어 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우를 법인세 감면대상에서 제외하도록 규정하였는데,동 법령은 당초의 법령의 취지를 명확히 한 것이므로 청구법인이 2020년 말 기준으로 첨단기술기업 지정이 만료되어 동 법률에 따른 감면대상이 아니라고 보더라도, 이는 명백한 「국세기본법」 제18조에 따른 ‘소급과세금지의 원칙’ 위배로 위법하다.(바) 신고 당시 조특법 제12조의2 제2항에는 단서 없이 감면내용만 규정되어 있었다가 개정 조특법 제12조의2 제2항 단서에 제1항 제1호 또는 제2호에 따른 지정 또는 등록이 취소되는 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다는 규정을 신설(부칙에서 별도의 경과규정 없이 일반적 적용례인 2023년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도부터 적용되는 것으로 규정)하였고,개정 조특법 시행령 제12조의2 제2항 제3호는 「연구개발특구의 육성에 관한 특별법 시행령」 제12조의4 제3항에 따른 첨단기술기업 지정의 유효기간이 만료된 경우. 다만, 유효기간 만료일이 속하는 과세연도 종료일 현재 첨단기술기업으로 재지정된 경우는 제외한다는 각 호를 신설(부칙에 별도의 경과규정 없이 개정 조특법 시행 이후 개시하는 과세연도부터 적용하는 것으로 규정)하였는바, 개정 조특법과 부칙, 개정 조특법 시행령과 부칙 모두 명백하게 개정 조특법 시행 이후 개시하는 과세연도부터 적용한다고 규정하고 있다.(사) 이와 같이 개정 조특법 및 개정 조특법 시행령은 소급입법을 하지 아니하였음이 명백함에도, 처분청은 자의적으로 2020년 말에 성립된 법인세에 대하여 2023년에 개정된 조특법령을 적용하여 법인세 감면을 배제하여 이 건 법인세를 부과한 것은 명백한 소급과세 금지의 원칙을 위반한 것이다.(3) 청구법인의 첨단기술기업 지위는 2021.3.3. 재지정을 받아 다시 시작된 것이 아니라, 2016년부터 2023년도까지