의무고용비율 미달로 부과된 장애인고용부담금의 손금 여부

법령 위반 등 의무불이행에 따른 제재로서 부과되는 공과금으로 손금 부인 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1997.5.12. 설립되어 의약품도매업을 영위하는 내국법인이다.나. 청구법인은 2019∼2023사업연도 법인세 신고 시 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 납부한 장애인고용부담금 OOO원(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 손금에 산입하지 않고 과세표준을 신고·납부하였다.다. 청구법인은 쟁점부담금이 「법인세법」제21조 제5호에서 규정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’이 아니라고 보아 2025.3.27. 처분청에 2019∼2023사업연도에 지출한 쟁점부담금이 손금에 해당한다는 이유로 법인세를 환급하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.8.28. 청구법인의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 장애인 고용부담금은 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 (특별)부담금’의 성격을 가지고 있다.(가) 헌법재판소는 장애인 고용부담금은, 사회연대책임의 이념을 반영하여 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주 간에 평등하게 조정하고, 실업 중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동갹출금이고, 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하다는 입장이다(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 결정 등).(나) 서울행정법원은 마찬가지로 장애인 고용의무제도의 실효성 확보수단으로서 가장 강력한 수단으로 평가되는 장애인 고용부담금 제도는 고용률을 하회하는 사업체의 사업주로부터 기금을 납부받아 고용률을 초과해서 장애인을 고용한 사업주에게 고용지원금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하자는 것이므로, 장애인 고용부담금은 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하다고 판시하였고, 서울고등법원도 이를 인용하였다(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757판결, 서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325판결).(다) 실제로, 장애인 고용부담금은 장애인고용법 제68조에 따라 설치되는 ‘장애인 고용촉진 및 직업재활 기금’(이하 “기금”이라 한다)의 주요 수입원이 되고, 이러한 기금은 의무고용률을 넘어 장애인을 고용하는 사업주에게 지급되는 장애인 고용장려금 등 장애인 고용 확대를 위한 지원금 및 장애인 취업지원 등의 용도로 사용된다는 점에서, 장애인 고용부담금은 장애인 고용 촉진을 실효성 있게 확보하는 수단으로 기능하고 있다.(라) 특히, 실제 기금을 관리하고 장애인직업사업을 수행하는 한국장애인고용공단의 홈페이지에서도 장애인 고용부담금이 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 않는 사업주의 경제적 부담을 평등하게 조정함으로써 장애인 고용에 따른 비용을 보전해 주기 위하여 도입되었다고 설명하고 있다.(마) 이와 같이 장애인고용법은 일정한 장애인 고용비율을 정해 놓고, 그에 미치지 못한다면 장애인 고용부담금을 납부하여 장애인 고용 촉진을 위한 기금에 편입되게 하고, 이를 달성하면 장애인 고용장려금을 지급하는 구조를 가진다. 즉, 장애인 고용부담금은 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화하는 기능을 하는 부담금일 뿐, 이를 의무 불이행에 대한 제재로 볼 수 없는 점은 이와 같은 장애인고용법의 구조를 보아도 분명히 확인되는 것이다.(2) 장애인 고용부담금은 법령상 의무불이행에 대한 ‘제재’가 아니라 장애인고용에 대한 정책적 목적을 달성하기 위하여 ‘독립적으로 부과되는 금전지급의무’에 해당한다.(가) 이처럼 장애인 고용부담금은 장애인의 고용촉진이라는 공익목적을 위하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 금전지급의무로서 ‘부담금’에 해당할 뿐, 이를 의무불이행에 대한 제재적 성격의 공과금(통상 과태료 내지 과징금와 같은 행정벌이 이에 해당한다)으로 볼 수는 없다.1) 어떠한 금전납부의무를 ‘법령에 따른 의무불이행에 대한 제재’로 볼 수 있으려면, ‘법령에 따른 의무’를 불이행한 것 자체로 해당 금전납부의무가 성립하여야 한다. 대표적으로 벌금 또는 과태료, 과징금과 같은 행정벌이 이에 해당한다. 예컨대 장애인 고용부담금 신고·납부의무를 이행하지 않거나 거짓된 신고를 한 경우 부과되는 과태료(장애인고용법 제86조 제3항 제1호) 등 장애인고용법 제86조(과태료)에서 정한 각종 과태료가 ‘법령에 따른 의무불이행에 대한 제재’에 해당한다.2) 다시 말해 장애인 고용부담금은 그 자체로 장애인고용법 제33조가 정한 ‘법률상 금전지급의무’이고, ‘특정한 법률상 의무를 위반하여 이에 대한 제재로서 부과되는 것’이 아니다. 이는 장애인고용법 제33조 제5항이 장애인 고용부담금의 신고·납부의무에 관한 근거 조항을 두고, 이를 위반하였을 경우 과태료를 부과하도록 한 법률의 체계를 보아도 분명히 확인된다.3) 그리고 장애인고용법 제28조 제1항은 “상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당하는 장애인을 고용하여야 한다”고 정하고 있다. 그런데 장애인 고용부담금의 근거 조항인 장애인고용법 제33조 제1항은 “의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)”에게 장애인 고용부담금 납부의무를 부여하고 있다.4) 즉, 장애인 고용부담금은 ① 장애인고용법 제28조 제1항을 위반한 자에 대하여 부과되는 것이 아니라 단지 위 조항에서 정의한 “의무고용률”을 부담금 부과의 요건 및 기준 중 하나로 두고 있는 것에 불과하고, ② 같은 법 제28조 제1항이 ‘상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주’에게 장애인 고용 의무를 지우고 있는 것에 비하여 장애인고용부담금은 ‘상시 100명 이상의 근로자를 고용하는 사업주’에게만 부과되어 그 요건을 달리 정하고 있으므로, 장애인 고용부담금이 장애인고용법 제28조 제1항의 위반을 요건으로 하여 부과되는 것으로 볼 수 없음은 그 문언상 명백하다.5) 나아가 ③ 장애인고용법 제33조 제4항은 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다는 감면요건을 정하고 있는바, 결국 장애인 고용부담금은 단순히 장애인 고용의무 위반에 따른 제재로서 부과되는 것이 아니라 장애인고용법 제33조가 정한 각 요건(감면요건 포함)에 따라 독립적으로 부과되는 금전지급의무라는 점이 분명히 확인된다.6) 즉, 장애인고용법 제28조의 장애인 고용의무와 같은 법 제33조의 장애인 고용부담금 납부의무는 각각 별도의 요건을 가진 별개의 법률상 의무이다. 이는 정당한 사유 없이 장애인 고용의무를 현저히 불이행하면 고용노동부장관은 그 내용을 공표할 수 있고(장애인고용법 제29조 제3항), 장애인 고용부담금 신고·납부의무를 이행하지 않거나 거짓된 신고를 한 때 과태료를 부과할 수 있도록 하여 장애인고용법이 각기 별도의 제재를 정하고 있다는 점을 보더라도 분명히 확인된다. 즉, 상시 100명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 장애인 고용의무와 장애인 고용부담금 납부의무 중 하나를 선택적으로 이행할 수 있는 것이고, 장애인 고용부담금이 장애인 고용의무 위반에 대한 제재로 부과되는 것이 아님은, 장애인고용법의 문언 및 체계에 비추어 더할 나위 없이 명백하다.(나) 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 벌금 내지 과태료는 고의 또는 과실이라는 책임요건의 존재를 그 부과 요건으로 하고 있다(「형법」 제13조, 제14조, 「질서위반행위규제법」 제7조). 또한, 2023.3.24. 전면 시행된 「행정기본법」은 ‘제재처분’을 법령 등에 따른 의무를 위반하거