쟁점콜옵션 행사가 부당행위 계산부인 적용 대상이 아니므로 청구인이 신고·납부한 종합소득세를 환급해야 한다는 청구주장의 당부

정당한 사유 없이 대가를 수령하지 않고 특수관계인을 전환사채 콜옵션 행사자로 지정하는 것은 콜옵션의 무상양도에 해당하는바, 부당행위계산부인 적용 대상임 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2002년에 경기도 성남시 OOO에 설립된 유전자 검사 전문법인인 주식회사 A(코스닥 상장법인으로 이하 “쟁점법인”이라 한다)에서 2004년 2월부터 2023년 3월까지 대표이사를 역임한 자이다.나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2023년 11월부터 2024년 2월까지 쟁점법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과 아래와 같은 이유로 부당행위계산부인규정을 적용하여 소득금액변동통지 등을 하였다.- 아 래 -① 쟁점법인은 2018.7.11. B 주식회사, C 주식회사, 주식회사 D 등을 인수인으로 하여 발행총액 OOO원의 전환사채(이하 “쟁점전환사채”라 하고, 사채보유자에 대하여 쟁점전환사채를 매도 청구할 수 있는 콜옵션이 포함되어 있어 해당 콜옵션을 “쟁점콜옵션”이라 한다)를 발행하였다.② 쟁점법인은 2020.9.28. 대표이사이자 최대주주인 청구인을 쟁점콜옵션의 행사자로 지정(매도기일 2020.10.12.)하였고 청구인이 이를 행사하여 쟁점전환사채를 취득한 것과 관련하여 처분청은 쟁점콜옵션의 무상양도가 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산부인대상(쟁점법인이 청구인에게OOO원의 이익을 분여)이라고 보아 과세자료를 처분청에 통보하였다.③ 이에 따라 처분청은 2024.3.11. 쟁점법인에게 상여처분에 따른 소득금액변동통지(청구인에게 2024.3.11. 소득금액변동사항 통지서 송달)를 하였고, 쟁점법인은 2024.4.2.(원천징수세액 법정신고·납부기한 2024.4.10.) 원천징수세액(2020년 귀속 종합소득세) OOO원을 납부(지급명세서 포함)하였다.다. 이후 청구인은 2025.5.23. 2020년 귀속 종합소득세를 기한후신고를 한 후 2025.6.17. 쟁점콜옵션 행사자로 지정된 행위가 「법인세법」제52조에 따른 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.6.27. 경정청구기한(처분의 통지를 받은 날부터 3개월 이내)을 도과하였다고 보아 경정청구 거부처분(각하)을 하였다.라. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.18. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 청구인의 경정청구는 「국세기본법」 제45조의2에 따른 경정청구기간(5년 내)에 이루어진 적법한 청구이므로 처분청의 각하결정통지는 위법하다.(가) 「국세기본법」제45조의2 제1항 및 제5항에 따라 근로소득만 있는 자가 “원천징수로 소득세를 납부하고 지급명세서를 제출한 자”는 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”로 의제되어 “원천징수세액의 납부기한이 지난 후” 5년 이내에 경정정구를 할 수 있습다. 같은 조 제1항에서는 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다”고 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서는 「소득세법」 제73조 제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자의 경우 제1항부터 제4항까지의 규정을 준용하도록 하면서 후단에서 제1항의 “과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자”는 “연말정산 또는 원천징수하여 소득세 또는 법인세를 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자”로, 같은 조 제1항의 “법정신고기한이 지난 후”는 “연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후”로 본다고 규정하고 있다. 그리고 이때 「소득세법」 제73조 제1항 각 호에 해당하는 소득이 있는 자는 원천징수대상 근로소득(인정상여 포함) 등이 있는 자 등이 해당된다.즉, 근로소득만이 있어 연말정산 내지 원천징수만으로 납세의무가 종결됨에 따라 당초 종합소득세 과세표준신고를 하지 않은 자라 하더라도 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제5항에 따라 원천징수의무자가 근로소득 등에 대한 원천징수세액을 납부하고 제출기한까지 지급명세서를 제출한 경우라면 원천징수대상자(소득자)도 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출한 자로 의제되어 원천징수세액의 납부기한(법정신고기한)이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 원천징수세액에 대한 경정을 청구할 수 있는 것이다.(나) 청구인은 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제5항에 따라 ‘원천징수하여 소득세를 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한 원천징수대상자’에 해당하여 ‘법정신고기한’으로 의제된 ‘원천징수세액의 납부기한’이 지난 후 5년 이내에 원천징수로 납부된 상여처분에 대한 소득세와 관련하여 경정을 청구할 수 있는 권리가 있다.따라서 청구인이 2025.6.17. 처분청에게 한 경정청구는 상여처분에 대한 원천징수세액의 납부기한인 2024.4.10.이 지난 후 5년 이내에 이루어진 것으로서 「국세기본법」 제45조의2 제1항 및 제5항에 따른 적법한 청구에 해당한다.(다) 청구인은 상여처분과 관련하여 처분청으로부터 직접 처분받은 사실이 없으므로 과세관청의 처분이 전제되어 계산되는 「국세기본법」 제45조의2 제1항에 따른 경정청구기간 90일이 적용될 수 없다.1) 청구인이 수령한 통지서는 원천징수의무자인 쟁점법인에게 소득금액변동사항을 통보하였음을 알려주는 것에 불과하여 처분에 해당하지 않으므로 직접 처분이 전제된 경정청구 90일은 적용될 여지가 없다. 「국세기본법」 제45조의2 제1항에서의 경정청구기간 90일은 경정청구권자가 과세관청으로부터 직접 과세처분 등을 받은 경우만이 해당되는 것이 법문상 명확하여 처분청으로부터 어떠한 처분도 직접 받은 사실이 없는 청구인에게는 적용될 여지가 없다.2) 「소득세법 시행령」 제192조 제1항에서는 과세관청이 법인소득금액을 결정 또는 경정할 때는 처분되는 상여소득 등은 그 결정일 경정일부터 15일 이내에 소득금액변동통지서에 따라 해당 법인에게 통지해야 하고, 다만 해당 법인의 소재지가 분명하지 않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 경우에는 해당 상여 등의 처분을 받은 거주자에게 직접 통지해야 하며, 제4항에서는 과세관청은 해당법인에게 소득금액변동통지서를 통지한 경우 통지하였다는 사실을 상여처분을 받은 자에게 알려야 한다고 규정하고 있어 통지서는 동 시행령 제4항에 따라 해당 법인인 쟁점법인에게 한 소득금액변동통지 사실을 알리기 위한 것이다. 그러므로 청구인이 수령한 통지서는 「소득세법 시행령」 제192조 제1항에 따라 법인에게 통지하는 소득금액변동통지서와 달리 국세청 내부 훈령서식으로 이루어지고 그 내용에도 소득 귀속자 청구인, 소득발생 법인인 쟁점법인만이 기재되어 있을 뿐 처분에 대한 내용(소득종류, 귀속연도, 금액 등)은 전혀 없다.3) 이와 관련하여 법원(대법원 2006.4.20. 선고 2002두1878 판결)에서는 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 법인에 대한 소득금액 변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이라고 판시한 반면, 개인에 대한 소득금액변동통지(해당 법인의 소재지가 분명하지 않거나 그 통지서를 송달할 수 없는 등의 사유로 해당 상여 등의 처분을 받은 거주자에게 직접 통지하는 경우)는 원천납세의무자는 「국세기본법」제45조의2 제1항 등에 따른 경정청구를 통해서 원천납세의무의 존부나 범위를 다툴 수 있어 소득 귀속자의 법률상 지위에 직접적인 법률적 변동을 가져오는 것이 아니므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수 없다고 판시하였다(대법원 2014.7.24. 선고 2011두14227 판결 외).(라) 청구인의 경정청구 기산일이 추가신고·납부 기한의 다음날이고, 이로부터 90일이 경정청구 기한이라는 처분청 의견은 「국세기본법」제45조의2에 반하는 주장으로 법적 근거가 없다.1) 처분청은 청구인이 근로소득만 발생한 자로 쟁점법인이 2024.4월 원천세를 추가 신고·납부 및 지급명세서를 제출함에 따라 종합소득세 과세표준 신고서를 제출한 것으로 갈음되었다고 하면서 청구인의 경정청구에 대하여 「소득세법 시행령」제134조 제1항에 따른 추가신고·자진납부 기한의 다음날(2024.6.1.)이 경정청구 기산일이고 이로부터 90일인 2024.8.31.까지가 경정청구 기한이라는 의견이나,「소