법인세등부과처분취소

주 문 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 4. 15. 원고에게 한, 1. 별지 1 목록 기재 각 소득금액변동통지는 모두 무효임을 확인하고, 2. 2015년 제2기분 부가가치세 193,409,260원(가산세 포함) 및 2017년 귀속 법인세 681,841,610원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다. 이 유 1. 처분의 경위 가. MJ**건설조합(이하 ‘이 사건 조합’이라고 한다)은 SH서울주택도시공사(이하 ‘SH공사’라고 한다)가 2010.경 OO OO구 OO동 350 일대 생활대책보상용지 대상자를 선정하여 일정요건을 충족한 조합에 상업용지를 분양하기로 하는 내용의 MJ도시개발사업지구 조성사업의 시행을 공고함에 따라 2013. 6. 26. SH공사로부터 상업용지를 분양받고 그에 관한 손익을 정산하는 것을 목적으로 설립되었다. 이 사건 조합은 아래 <표1>과 같이 3개의 조합을 통합하여 구성되었다. <표1> 이 사건 조합(MJ**상가건설조합)의 구성 및 관련인 나. 이 사건 조합은 2013. 12. OO OO구 OO동 652-5 토지 4,720㎡(MJ도시개발사업지구 8-5 블록, 이하 ‘이 사건 상업용지’라고 한다)의 공급대상자로 선정되어 2014. 2.경 SH공사와 사이에 위 배정토지에 관한 매매계약을 체결하였고, 원고는 이 사건 상업용지에 상가와 오피스텔(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다)을 신축 및 분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라고 한다)을 시행하기 위해 2014. 5. 26. 설립되었다. 원고 설립 당시 임원 및 주주 현황은 다음 <표2> 기재와 같다. <표2> 원고의 설립 당시 임원 및 주주 현황 다. 원고는 2014. 6. 26. 이 사건 조합과 사이에 위 조합으로부터 이 사건 상업용지를 이전받아 이 사건 사업을 시행하기로 하는 업무협약(이하 ‘이 사건 업무협약’이라고 한다)을 체결한 다음, 2015. 2.경 이 사건 건물 신축을 위한 건축허가를 득한 후 2015. 5. 22.경 HH산업개발㈜와 사이에 공사도급계약을 체결하여 2015. 7. 31. 무렵 착공하였다. 라. 원고는 이 사건 사업과 관련하여 주식회사 DDDDD(이하 ‘주식회사’는 생략한다)을 분양대행사로 선정하여 2015. 2. 2. DDDDD과 사이에 분양대행계약(갑 제1호증, 이하 ‘이 사건 분양대행계약’이라고 한다)을 체결하였고, 위 분양대행계약의 주요내용은 위와 같다. 마. DDDDD은 이 사건 분양대행계약에 따라 2015. 7.경부터 2015. 12.경까지 이 사건 건물의 분양대행업무를 수행하였고, 위 대행업무에 따른 분양대행수수료로 2015. 9. 23. 및 2015. 12. 11. 원고로부터 합계 7,484,504,930원(상가 109실에 대한 분양대행수수료 2,060,562,933원, 오피스텔 384실에 대한 분양대행수수료 5,423,943,000원)을 지급받아 원고에게 그에 관한 세금계산서를 발급해주었다. 바. 원고는 주식회사 MJSSSS(이하 ‘주식회사’는 생략한다)를 PM(Project Manager)사로 선정하고 2015. 3. 24. MJSSSS와 사이에 이 사건 사업을 위한 시장조사, 인허가 등 대관업무 대행 등을 주요 업무 내용으로 하는 개발업무대행계약을 체결하였다. 사. 한편 DDDDD은 2015. 1. 8. MJSSSS와 사이에 원고가 발주하는 분양대행용역의 수주 성사 등을 목적으로 최초 컨설팅계약을 체결하였고, 2015. 2. 6. 분양자모집 업무를 컨설팅 용역의 업무에 추가하고, 업무대행수수료를 증액하는 등의 내용으로 수정된 컨설팅계약을 체결하였다. 최초 컨설팅계약과 수정 컨설팅계약의 주요 내용은 아래 <표3> 기재와 같다. <표3> 최초 컨설팅계약 및 수정 컨설팅계약의 주요 내용 아. DDDDD은 수정 컨설팅계약에 따라 조합 관련 분양분(상가 56실, 오피스텔 209실)에 대한 분양알선수수료 총 1,741,785,056원 중 307,056,598원은 MJSSSS에 지급하여 MJSSSS로부터 세금계산서를 교부받았고, 나머지 1,434,728,458원은 개별적으로 분양 알선업무를 수행하였다는 별지 1 목록 ‘소득자’란 기재 *** 외 45명(이하 ‘*** 등’이라고 한다)에게 직접 지급하고, *** 등으로부터 소득세를 원천징수하여 납부하면서 사업소득 지급명세서를 제출하였다. 그 구체적인 지급 내역은 아래<표4> 기재와 같다. <표4> 업무대행수수료 지급 내역 자. OO지방국세청은 2021. 9.경 원고에 대한 세무조사를 진행한 다음, 2022. 3. 14. 원고가 DDDDD에게 지급한 분양대행수수료 중 조합 관련 분양분(상가 56실, 오피스텔 209실, 이하 ‘이 사건 조합분양분’이라고 한다)에 해당하는 1,741,785,056원(위 아. 항 참조, 이하 ‘이 사건 쟁점 수수료’라고 한다)은 이 사건 조합의 조합원들에게 분양된 호실에 대한 분양수수료로서 DDDDD의 용역 제공 없이 지급된 것이고, 이는 DDDDD과 MJSSSS 사이의 계약을 통해 원고의 임원, 친인척, 일부 조합원 등에게 지급되었으므로 해당 금액은 법인세법 상 손금으로 인정될 수 없고, 부가가치세법 상 매입세액으로도 공제될 수 없다는 취지의 세무조사 결과를 피고에게 통보하였다. 차. OO지방국세청장은 2022. 3. 18. 원고와 그 전 대표이사인 LLL에 대하여 ‘용역을 공급받지 아니하고 분양수수료 명목으로 가공의 지급수수료 1,741백만 원을 계상한 혐의’로 조세범처벌법 제3조 제1항 , 조세범처벌절차법 제15조 에 따라 벌금 191,596,356원을 각각 납부하도록 통고(이하 ‘이 사건 통고처분’이라고 한다)하였다. 원고와 LLL는 2022. 4. 22. 및 2022. 4. 26. 위 벌금을 모두 납부하였다. 카. 이에 따라 피고는 2015년 제2기 부가가치세 과세기간에 1,741,785,056원의 가공매입 세금계산서를 발급받았고, 2015 사업연도에 같은 금액을 허위로 손금(지급수수료) 계상하였다면서, 2022. 4. 15. 원고에게 2015년 제2기분 부가가치세 193,409,260원(가산세 포함) 및 2017년 귀속 법인세2) 681,841,610원(가산세 포함)의 각 부과처분(이하 ‘이 사건 각 부과처분’이라고 한다)을 하였고, 별지 1 목록 기재와 같이 *** 등에 대한 기타 소득으로 소득처분하고 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라고 하고, 이 사건 각 부과처분과 합해서는 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다)를 하였다. 타. 원고는 2022. 7. 14. OO원에 이 사건 각 부과처분의 취소를 구하는 심사청구를 제기하였으나, 2023. 11. 10. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제1, 3, 5, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재 변론 전체의 취지 2. 원고 주장의 요지 피고는 원고가 실제로 이 사건 조합분양분에 대한 분양대행 용역 업무를 제공받지도 않고 이 사건 쟁점 수수료를 가공하여 지급하였다는 이유로 국세기본법 제26조의2 제2항 제2호 의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제를 받은 경우’에 해당한다고 보고 10년의 부과제척기간을 적용하여 이 사건 각 처분을 하였다. 그러나 원고는 아래에서 보는 바와 같이 사기나 그 밖의 부정한 행위를 저지르지 않았으므로, 이 사건 각 처분은 그 부과제척기간을 도과하여 모두 위법하고, 특히 이 사건 소득금액변동통지는 그 하자가 중대 및 명백하여 무효이다. 가. 이 사건 조합의 조합원들은 다른 재개발․재건축사업과는 달리 이 사건 건물에 대한 분양 여부를 선택할 권리가 있었으므로, 이 사건 조합분양분에 대해서도 조합원들이 분양을 받도록 적극적이고 체계적인 분양활동을 수행하여야 했고, DDDDD이나 MJSSSS가 그와 같은 분양대행 업무를 수행하였다. 나. 게다가 실제로 이 사건 조합의 조합원이 분양계약을 체결한 호실 수는 원조합원과 승계조합원을 모두 포함하여 상가 25실, 오피스텔 131실, 합계 156실뿐이고, 나머지는 일반분양에 해당하므로, 적어도 이 부분에 대한 분양대행 업무는 실제로 이루어졌다고 보아야 한다. 다. 또한 DDDDD은 원고의 도관회사가 아니므로, 설령 DDDDD이 이 사건 조합분양분에 대하여 MJSSSS에 지급한 분양대행수수료가 가공경비에 해당한다고 하더라도 이것이 원고의 가공경비에 해당한다고 할 수는 없고, DDDDD의 손금산입의 타당성 여부가 문제될 뿐이다. 라. DDDDD은 *** 등에 대하여 사업소득 원천징수를 하였고, *** 등은 사업소득을 모두 신고하였으므로, 이러한 일련의 과정을 통해 원고의 법인 자금을 변칙적인 방법으로 유출하고 이를 은폐하였다고 볼 수는 없다. 마. DDDDD은 그 실체를 갖춘 조직으로서 MJSSSS와 함께 원고에게 이 사건 조합분양분을 포함한 모든 분양분에 대하여 분양대행용역을 제공하였고, 그 대가로 분양대행수수료를 받은 다음 이를 DDDDD 자체 영업조직의 분양알선자와 MJSSSS 관련 분양알선자에게 지급하였으며, 그 과정에서 세금계산서를 수취하거나 사업소득지급명세서를 제출한 것이므로, 이 사건 건물의 분양과 관련한 수익 및 비용 계상에 원고가 어떠한 사기 등 부정행위를 저지른 사실이 없다. 3. 판 단 가. 관계 법령 별지 2 기재와 같다. 나. 이 사건 각 처분의 위법 여부에 관한 판단 1) 관련 법리 등 국세기본법 제26조의23 ) 제2항 제2호에 따르면, 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년을 부과제척기간으로 하도록 정하고 있고, 그 위임에 따른 국세기본법 시행령 제12조의2 제1항 및 위 규정에서 준용하는 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 따르면, 사기나 그 밖의 부정한 행위는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위로서, 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장(제1호), 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호), 장부와 기록의 파기(제3호), 재산의 은닉, 소득, 수익, 행위, 거래의 조작 또는 은폐(제4호), 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작(제5호), 조세특례제한법 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작(제6호), 그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위(제7호)를 말한다고 규정하고 있다. 국세기본법 제26조의2 제2항 의 제2호의 ‘사기니 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만, 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2015. 9. 15. 선고 2014두2522 판결 등 참조). 2) 구체적 판단 앞서 든 증거에 갑 제20호증, 을 제2, 6 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들에, 원고와 DDDDD에서 MJSSSS까지 이어진 이 부분 거래의 구조나 원고에게 부과된 법인세, 부가가치세의 규모까지 더하여 보면, 원고가 DDDDD로부터 아무런 용역을 제공 받지 않고 이 사건 쟁점수수료 부분에