채무부존재확인소송 결과 소멸시효완성으로 인한 채무부존재 판결에 따라 후발적 경정청구 가능여부

1. 사실관계 ○ 甲법인은 자동차용 부품의 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사로 특수관계법인 * 인 乙법인에 2000년부터 2011년까지, 丙법인에 2003년부터 2009년까지 수십억원의 자금을 대여하였음 * 乙법인과 丙법인의 대표이사 이○○은 甲법인의 대표이사이자 최대주주(44.25%)인 이△△의 동생이고, 甲법인의 2대 주주(31.25%)임 - 甲법인은 두 법인에 대한 대여금이 세무상 특수관계인에 대한 업무무관가지급금으로 보고 매 사업연도 법인세 신고 시 인정이자 익금산입 및 관련 지급이자 손금불산입 등의 세무조정을 하여 법인세를 매년 신고․납부하였음 ○ 2021년 乙법인과 丙법인은 대여금의 소멸시효가 완성되어 채무가 부존재한다는 취지로 甲법인을 상대로 채무 건 중에서 가장 최근에 발생한 부분에 대해 채무부존재소송을 제기하였고, - 甲법인은 소멸시효 중단을 주장하였으나 법원에서는 2023.1월 소멸시효 완성에 따른 채무 부존재 판결을 내렸음 - 甲법인은 소멸된 채권에 관한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 계산을 제외하고 법인세를 재계산하여 2023.3월 국세기본법 제45조의2 제2항 에 따라 후발적 사유에 의한 법인세 세액의 경정을 청구함 2. 질의내용 특수관계법인에 대한 일부 대여금과 관련하여 채무부존재확인소송이 제기되어 소멸시효완성 으로 인한 채무부존재 판결이 있는 경우 후발적 경정청구가 가능한지 여부 및 소송결과를 대여금 전체에 대해 적용하는지 여부 등 3. 관련법령 ○ 상법 제64조 【 상사시효 】 상행위로 인한 채권은 본법에 다른 규정이 없는 때에는 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성된다 . 그러나 다른 법령에 이보다 단기의 시효의 규정이 있는 때에는 그 규정에 의한다 . ○ 법인세법 제19조의2 【 대손금의 손금불산입 】 ① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액[이하 “대손금”(貸損金)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. ② 제1항은 다음 각 호의 하나에 해당하는 채권에는 적용하지 아니한다 . 2. 제28조제1항제4호나목에 해당하는 가지급금(假支給金) 등 . 이 경우 특수관계인에 대한 판단은 대여시점을 기준으로 한다. ③ 제1항에 따라 손금에 산입한 대손금 중 회수한 금액은 그 회수한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. ○ 법인세법 시행령 제19조의2 【 대손금의 손금불산입 】 ① 법 제19조의2제1항에서 “채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 4.「 민법」에 따른 소멸시효가 완성된 대여금 및 선급금 ○ 법인세법 제28조 【지급이자의 손금불산입】 ① 다음 각 호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다 . 4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금 중 해당 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다) 가. 제27조제1호에 해당하는 자산 나. 특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 법인세법 시행령 제53조 【업무무관자산등에 대한 지급이자의 손금불산입】 ① 법 제28조제1항제4호나목에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 명칭여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액 (제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융회사 등의 경우 주된 수익사업으로 볼 수 없는 자금의 대여액을 포함한다)을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금액을 제외한다. ○ 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 “수익(收益)”이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다. 9. 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금 및 그 이자 (이하 이 조에서 “가지급금등”이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액, 다만, 채권․채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다. 가. 제2조제5항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등 (나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다) 나. 제2조제5항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자 ○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다 . 1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결 (판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다) 에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때 ○ 국세기본법 제26조의2 【국세의 부과제척기간】 ⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다 . 5. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그 거래·행위 등과 관련된 소송에 대한 판결 (판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)에 의하여 다른 것으로 확정된 경우 : 판결이 확정된 날부터 1년 ○ 국세기본법 제14조 【 실질과세 】 ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.