의무고용비율 미달로 부과된 장애인고용부담금의 손금 여부

법령 위반 등 의무불이행에 따른 제재로서 부과되는 공과금으로 손금 부인 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 의약품 제조ㆍ도매업 등을 영위하는 법인으로 2019∼2022사업연도에 발생한 장애인고용부담금을 손금에 산입하여 아래 ＜표1＞과 같이 경정청구하였으나, 처분청은 2025.5.30. 이를 거부하였다.＜표1＞ 법인세 경정 청구로 인한 환급세액(단위 : 원)나. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.2. 이의신청을 거쳐 2025.10.22. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 「법인세법」 제21조는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니하는 세금과 공과금을 각 호로 열거하고 있고, 같은 조 제5호는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금’을 손금불산입 대상 공과금으로 규정하고 있으며, 기획재정부는 “「장애인고용촉진 및 직원재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조 제1항에 따라 고용노동부장관에게 납부하는 장애인고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 공과금에 해당되는 것”으로 유권해석(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.)하면서, 그 적용시기를 “2018.2.21. 이후 장애인고용부담금을 신고·납부하여야 하는 분부터”로 하였고, 조세심판원에서도 선결정례(조심2022서1526, 2022.5.2.외 다수)에서 “장애인고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호가 말하는 공과금에 해당하여 손금불산입대상이라는 취지로 결정한바, 청구법인은 2019사업연도부터 2022사업연도의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 산정함에 있어 위와 같은 기획재정부의 유권해석 및 조세심판원 결정례 등을 고려하여 해당 사업연도에 지출한 장애인고용부담금을 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 공과금에 해당한다고 보아 손금에 산입하지 아니하였다.(2) 그러나 최근 법원(서울고등법원 2023.12.5. 선고, 2023누45325 판결)은 장애인고용부담금이 ‘법령에 따른 의무 불이행’에 대하여 부과된 공과금이라고 하더라도, 그 의무불이행에 대한 ‘제재’로서 부과된 것이라고 단정하기 어렵다는 이유로, 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 봄에 따른 과세처분은 위법하다고 판결하였고, 해당 판결에 과세관청이 상고를 하여 현재 대법원 2024두30809 사건으로 소송 진행 중에 있으며, 해당 판결의 취지에 비추어 볼 때, 장애인고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호에서 정하는 법령에 따른 의무불이행에 대한 ‘제재’로서 부과되는 공과금에 해당하지 않으므로, 당해 규정에 따라 손금에 산입하지 아니하는 공과금에 해당하지 아니하며, 따라서 손금산입 대상에 해당한다고 볼 수 있는바, 이 건 경정청구 거부처분은 부당하다.나. 처분청 의견(1) 장애인고용부담금은 장애인고용법에서 사업주에게 장애인 고용률 준수 의무를 부여하고 있고 의무고용률(3.1%)에 미달하는 경우 부담금을 부과하고 있으므로 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당하는바, 「법인세법상」 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하다.장애인고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부담기초액’은 아래와 같이 「최저임금법」상 최저임금액의 100분의 60이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 ‘가산’되어 있고, 특히, 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘기초부담액’은 「최저임금법」상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로 이는 장애인고용부담금이 ‘징벌’적 성격이 있는 것을 보여주는 것이며, 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당하므로 장애인고용부담금 납부의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세 체납처분의 예에 따라 강제징수할 수 있는 것이다.(2) 장애인고용부담금은 장애인고용법의 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 납부하도록 하고 있고, 기획재정부 유권해석(법인세제과-145, 2018.2.21.)에서도 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 등을 종합하면 장애인고용부담금을 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당하며, 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우, 제도 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과 문제가 예상되므로 당초 정책적 목적 달성을 저해할 우려도 고려해야 한다.3. 심리 및 판단가. 쟁점장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부나. 관련 법률(1) 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것)제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금(2) 장애인고용촉진 및 직업재활법(2021.7.20. 법률 제18308호로 개정되기 전의 것)제1조(목적) 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다.제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 50명 이상 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설·장비의 설치, 수리에 드는 비용2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등④ 고용노동부장관은 제22조의4 제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 「장애인복지법」 제58조 제1항 제3호의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업