청구법인의 설립을 창업으로 보아 이 건 부동산 중 청구법인이 직접 사용하는 부분에 대해 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

청구법인 설립 당시 청구법인과 청구외법인의 대표자(선○○○)가 동일하였으며, 현재 청구법인의 대표자인 김○○도 청구외법인 설립 당시부터 주주(사내이사)로서 연구활동에 일정 부분 참여한 것으로 보여 목적사업 수행에 전혀 영향을 미치지 않았다고 볼 수 없고, 초기 비용(자본금) 대부분을 청구외법인으로부터 조달받음으로써 청구법인의 설립을 사실상 청구외법인에서 주도한 점에서 창업으로 보기 어려움 1. 처분개요가. 청구법인은 2022.7.28. 서울특별시 강남구 OOO 토지 360.3㎡ 및 그 지상건축물 1,678.23㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 지점으로 사용하는 부분에 대하여는「지방세법」제13조 제2항의 중과세율(1천분의 80)과「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것, 이하 같다) 제58조의3 제1항 제2호에 따른 감면율(100분의 75, 창업벤처중소기업이 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위해 취득하는 부동산)을 적용하고, 임대 부분에 대하여는「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 표준세율(1천분의 40)을 적용하여 아래 ＜표1＞과 같이 산출한 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.＜표1＞ 이 건 부동산에 대한 취득세 등 신고 내역(단위 : 원)○○○나. 처분청은 청구법인의 설립이「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 규정하고 있는 창업에 해당하지 않는다고 보아, 2025.4.29. 청구법인에게 취득세 등 OOO원을 과세예고 하였다.다. 청구법인은 2025.5.29. 서울특별시장에게 과세전적부심사를 청구하였고, 서울특별시장은 2025.8.12. 청구법인이 영위하는 업종이 대도시 중과 제외 업종에 해당하고, 이 건 부동산 중 기업부설연구소로 직접 사용하는 면적(335.98㎡)에 대해서는 취득세를 감면(100분의 60)하여야 한다고 보아, 이에 대해서는 청구주장을 인용하는 취지의 재조사 결정을 하였으나, 청구법인의 설립이 창업에 해당한다는 청구주장은 기각하는 결정을 하였다.라. 처분청은 서울특별시장의 과세전적부심사결정에 따라 이 건 부동산의 취득가격 OOO원에「지방세법」제11조 제1항 제7호 나목의 세율(1천분의 40)을 적용하여 산출한 취득세 등 OOO원에서 청구법인이 납부한 세액 OOO원, 기업부설연구소에 대한 감면 세액 OOO원 합계 OOO원을 차감한 OOO원을 청구법인이 과소 납부한 세액으로 결정하였다.마. 처분청은 2025.10.14. 청구법인에게 위의 정당 세액에 가산세를 포함하여 산출한 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.바. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.8. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 2018.4.4. OOO을 본점소재지로 하고, 임상연구용기기 제조 및 판매업 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인으로, 2020.7.20. 본점소재지를 OOO로 이전한 후, 같은 날 당초 목적사업을 삭제하고 의료기기 혹은 의료용 기기 제조 및 공급, 의료용 기기 소모품 제조 및 공급업 등을 추가하였다.(2) 주식회사 AAA(이하 “AAA”라 한다)는 2017.1.24. OOO를 본점소재지로 하고, 체외진단, 혈액진단, 암 정밀진단 등을 목적사업으로 하여 설립된 법인이다.(3) 처분청은 청구법인과 AAA와의 관련성을 보았을 때, 청구법인의 설립은「지방세특례제한법」제58조의3에서 규정하고 있는 창업이 아니라 AAA의 사업 확장하거나 다른 업종을 추가한 경우라고 보아 이 건 취득세 등을 부과하였으나, 이는 아래와 같은 사유로 부당하다.(가) 청구법인과 AAA는 암 치료를 위한 암 진단 의료기기를 개발하려는 목적은 같으나, 암 진단 의료기기는 자기 자금만으로는 개발할 수 없는 영역에 해당하여, 외부투자자로부터 지속적인 투자를 받아야 하고, 오랜 연구개발 과정을 거쳐야 하므로 청구법인과 같은 창업벤처기업은 독자적이고 차별화된 원천기술이 있어야 한다.(나) 청구법인의 원천기술인 OOO 기술은 청구법인의 대표이사인 BBB이 OOO의 교수로 재직 중 세계 최초로 개발한 기술로서, 저명한 과학 학술지에 논문이 발표되면서 암 진단 분야에 새로운 지평을 열었다는 호평을 받았을 뿐만 아니라 2018.3.26.(청구법인의 설립 전) 지식재산처장(구 특허청장)으로부터 특허(발명자 BBB)를 받았다.(다) 이에 반해 AAA는 미국에서 개발한 OOO 기술을 원천기술로 사용하고 있고, 이에 대하여 특허 신청을 하였으나 지식재산처장으로부터 신규성이 없다는 이유로 거절되었음을 볼 때, 청구법인과 AAA는 완전히 독립된 별개의 법인에 해당한다.(라) 청구법인과 AAA의 목적사업이 의료용 기기 제조 등으로 동일한 부분이 있고, OOO를 분리·추출 방식으로 암진단 연구를 진행하고 있으며, 청구법인의 대표이사인 BBB이 AAA의 설립 당시 주주(발행주식의 40%) 겸 사내이사로 경영에 참여한 사실은 있으나, 청구법인과 AAA는 그 원천기술이 완전히 다른 별개의 기업으로, 외관 상 목적사업이 같고, 암세포 진단의 주류 연구 분야인 OOO 분리·추출하는 방식을 연구한다고 하여 청구법인의 설립을 창업이 아닌 AAA의 사업 확장이라고 단정하는 것은 그 실질을 전혀 모르는 것이다.(마) AAA는 2023.12.7. 파산선고를 받아, 암 진단 의료기기등을 전혀 제조하지 못한 상태에서 2024.12.26. 파산종결하였으나, 청구법인은 2018.4.4. 설립 된 후 현재까지 암 진단 의료기기에 대한 연구개발을 계속하면서 그 의료기기를 제조하여 판매하고 있음을 볼 때, 청구법인과 AAA가 동종의 사업을 영위하였다거나, 청구법인이 AAA의 시장을 잠식하였다고 볼 수 없으므로 청구법인의 설립을 AAA의 사업 확장이라고 보는 것은 부당하다.(4) 청구법인은 국가연구개발사업 수행을 위한 의무 요건을 충족하기 위해 이미 설립이 예정되어 있었음을 볼 때, 청구법인과 AAA의 주주가 동일하다고 하여, 청구법인의 설립을 AAA의 사업 확장이라고 보는 것은 부당하다.(가) 기존 법인과 신설 법인의 주주나 대표이사가 동일한 경우에도 해당 법인은 별개의 사업주체이므로 기존 사업과 관련없이 원시적으로 사업을 개시하는 경우에는 창업에 해당한다고 할 것인바(조심 2023지3504, 2023.10.25.), 주주와 임원이 동일하다는 사실만으로 특정 법인의 창업을 기존 법인의 사업의 확장으로 판단할 수는 없다.(나)「중소기업창업지원법 시행령」(2022.9.20. 대통령령 제32914호로 개정된 것, 이하 같다) 제2조 제1항 제5호에서 법인의 과점주주가 새로 설립되는 법인인 중소기업자의 과점주주가 되어 사업을 개시하는 것을 창업의 범위에서 제외한다고 규정하고 있으나, 청구법인은 위의 법령이 개정되기 전인 2018.4.4. 설립되었으므로 청구법인에게 해당 규정을 적용할 여지는 없다.(다) 청구법인이 원천기술로 보유하고 있는 OOO기술은 한국연구재단으로부터 원천기술개발사업 분야 지원 대상으로 선정되어, 국가로부터 연구지원금을 받은 기술인데, BBB과 한국연구재단이 체결한 연구개발 약정에 따라 청구법인을 설립한 것으로, 청구법인의 설립은 AAA와 전혀 관계가 없다.(5)「지방세특례제한법」제58조의3 제6항 각호에서 창업의 예외 사유들을 규정하고 있는 것은 새로운 사업을 최초로 개시함으로써 원시적인 사업 창출의 효과가 있는 경우에만 세제 혜택을 주려는데 있으므로, 창업에 해당하는지 여부는 원시적인 사업 창출의 효과가 있는지 여부로 판단되어야 한다(대법원 2020.9.24. 선고 2020두41078 판결).(가) 원시적으로 사업 창출을 하는 창업중소기업의 개념은 단지 법인 설립 등과 같은 창업의 외형만을 가지고 볼 것이 아니라, 당해 중소기업의 설립 경위, 종전 사업과 신설된 중소기업의 각 구체적인 거래 현황, 규모 및 실태, 고용 창출의 효과, 매출 발생을 통한 부가가치의 창출 여부 등을 종합적으로 참작하여야 한다(대법원 2017.5.31. 선고 2017두36069 판결).(나) 청구법인은 창업 당시 2명의 임직원으로 출발하여 이 건 부동산 취득 당시에는 고용인원이 32명으로 증가하여 중소기업으로서 적지 않은 고용을 창출하고 있고, 연구개발을 거쳐 제품을 제조한 지 얼마 되지 않아 두드러진 매출 증대는 없으나, 설립 후 현재까지 매출액(사용 후 구매 조건 포함)이 약 OOO원(사실관계의 ＜표2＞ 참조)이고, 2027년까지 약 OOO원의 매출이 발생할 것으로 예상하고 있다.(6) 청구법인의 설립 경위, AAA와 청구법인의 현황 및 청구법인의 설립으로 인한 고용 창출 효과 등을 고려할