(1) 쟁점부동산의 (신축)취득은 본점용이 아니므로 취득세 중과대상이 아니라는 청구주장(2) 쟁점부동산은 비본점용인 기업부설연구소와 협업하는 지식산업센터용으로 감면대상이라는 청구주장

(1) 청구법인은 쟁점부동산은 영업부서와 품질부서로서 중추적 의사결정(총무·재무·인사·기획 등)을 하는 부서가 아니므로 쟁점부동산의 (신축)취득은 중과대상이 아니라고 주장하나, 청구법인의 조직도·업무기능상 쟁점부동산에 입주한 영업·품질부서는 각 독립된 부서로서 ㉠법인대표의 지휘·감독을 받고 영업·품질관련 총괄 기획·조정 등의 업무를 수행하는 점, ㉡청구법인은 차량 타이어 등을 생산(매출액 99.16%)하는 법인으로 위 영업·품질부서가 수행하는 위 총괄 기획·조정 등의 업무는 법인의 주요한 의사결정, 관리행위에 해당하는 점, ㉢본점(35.71%) 다른 부서와 영업·품질부서는 유기적 협력관계가 있는 점 등에 비추어, 중과대상 본점용으로 봄이 타당(2) 청구법인은 쟁점부동산은 기업부설연구소의 부대시설인 사무소(지식산업센터)라고 주장하나, 청구법인은 쟁점부동산은 기업부설연구소의 부대시설인 사무소(지식산업센터)라고 주장하나, 지식산업센터가 되기 위해서는 SW개발업·연구개발업·엔지니어링서비스업에 해당하여야 하나, 쟁점부동산에 입주한 영업·품질부서는 위 ㉠~㉢을 영위하는 업종으로 타이어 생산 판매(영업부서: 제품판매 판촉 등, 품질부서: 제품 규격 인증 등)에 치중하는 것으로 확인되는 점 등에 비추어 중과대상으로 봄이 타당 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2014.12.31. 서울주택도시공사로부터 AAA 주식회사와 공동(청구법인 지분 90%, AAA 주식회사 지분 10%)으로 서울특별시 강서구 OOO 토지를 취득하고, 위 토지 중 청구법인의 지분에 해당하는 15,394.5㎡에 대하여 「지방세법」(2019.12.31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제7호 나목의 취득세 표준세율 및 「지방세특례제한법」(2014.12.31. 법률 제12955호로 개정되기 전의 것) 제78조 제4항에 따른 산업단지 입주자에 대한 감면(100% 감면)을 적용하여 취득세 및 지방교육세를 면제받고, 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2019.3.29. AAA 주식회사와 공동으로 위 토지의 지상에 건축물을 신축하고, 처분청에 2019.5.24. 상기 건축물 중 청구법인의 지분에 해당하는 51,454.33㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대한 취득세 등을, 2019.6.26. 해당 건축물의 부속토지(이하 “이 건 토지”라 한다)에 대한 취득세 등을 각 신고·납부하면서,이 건 건축물 및 이 건 토지 중 연구시설에 사용되는 면적(64.29%)과 나머지 면적(35.71%, 이하 “이 건 비연구시설”이라 한다)을 구분하여, 이 건 비연구시설에 대해 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과를, 연구시설로 사용되는 면적에 대해 「지방세특례제한법」(2020.1.15. 법률 제16865호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조 제4항에 따른 취득세 감면(100분의 50)을 각 적용하였다.다. 청구법인은 이후 서울주택도시공사가 감사원의 주의요구로 이 건 토지의 매매대금을 증액함에 따라, 2022.9.28. 서울주택도시공사에 매매대금 OOO원을 추가로 지급하였고, 이에 2022.10.21. 처분청에 이 건 토지의 증가된 과세표준에 대한 취득세 등을 추가로 신고·납부하였다.＜표1＞ 이 건 건축물 및 이 건 토지에 관한 취득세 등 신고·납부내역○○○라. 청구법인은 이 건 비연구시설이 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 취득세 감면 대상에 해당한다고 주장하며, 2024.5.22. 처분청에 기 납부한 취득세 등의 일부 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2024.7.19. 이를 거부하였다.마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.10.17. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인의 영업부서와 품질부서는 중추적 의사결정을 하는 부서에 해당하지 아니하므로, 이 건 비연구시설 중 영업부서와 품질부서가 사용하는 공간은 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과 대상에 해당하지 않는다.(가) 판례와 심판결정례는 본점 해당 여부를 주요한 의사결정 및 업무수행과 경영, 인사, 재무, 총무, 기획 등 관리행위가 실질적으로 수행되는지 여부에 따라 판단하며(대법원 1993.1.15. 선고 92누473 판결, 2020.10.15. 선고 2020두41832 판결 참조), 이러한 본점의 개념은 구체적으로 의사 결정의 주체인 대표이사 등 임직원이 상주하는지 여부, 기획·재무·총무 등 법인의 전반적인 사업이 수행되는지 여부, 법인의 중추적인 의사결정 등 주된 기능이 수행되는지 여부로 판단된다.(나) 청구법인은 OOO을 본점으로 하여 타이어 제조 판매 등의 사업을 주요 목적사업으로 영위하는 법인이다.이 건 건축물에는 준공 당시부터 대표이사실, 경영지원본부 등 중추적 의사결정을 하는 본점에 해당하는 부서와, 본점의 중추적인 의사결정과는 거리가 먼 업무를 수행하고 있는 글로벌영업BG, 아시아영업BG(이하 글로벌영업BG와 합하여 “영업부서”라 한다), 글로벌품질BG(이하 “품질부서”라 한다)가 공존하고 있는바,영업부서와 품질부서는 이 건 건축물의 5층 및 6층에 위치하여, 이 건 비연구시설 연면적(18,374㎡)의 36.01%에 해당하는 면적(6,616㎡)과 그 부속토지(1,979㎡, 이하 위 6,616㎡과 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 사용하고 있다.(다) 청구법인의 영업부서는 타이어 등 제품의 판매와 관련된 영업소의 기능을 수행하는 부서에 불과하고, 품질부서 역시 제품의 규격 인증을 획득하고 품질관리 업무를 수행하는 기능적 부서에 해당하므로, 위 부서들은 회사의 중추적인 의사결정을 수행하는 조직, 즉, ‘본점’에 해당하지 않는다.청구법인의 영업부서와 품질부서는 CEO로부터 직접적으로 지휘를 받기보다는 담당부서장이 지휘를 하는 구조이고, 영업부서장 및 품질부서장은 부서장 회의 정도에 참여하나 해당 회의에서 보고하는 역할에 그칠 뿐, 주주총회, 이사회 등 중추적인 의사결정에 참여하지 않고, 기업의 전략, 장기 사업계획, 방향 등의 의사결정권자에도 해당하지 않는다.청구법인의 영업부서와 품질부서의 구체적 역할은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표2＞ 영업부서 및 품질부서의 수행업무(청구법인 제출)○○○(라) 조세심판원은 법인의 특정 부서가 본점에 해당하는지 여부를 다툰 사안에서 청구법인의 사업의 특수성을 개별적으로 고려하여, 사업개발본부, 경영개발본부 구매팀, 해외사업본부 등의 사업부서가 청구법인의 업무를 총괄 지휘·감독하는 역할을 수행하고 있다고 볼 수 있는 근거가 없고, 실제 수행하는 역할도 연구개발본부의 지원을 위한 부서로서의 역할에 그치고 있으며, 사업부서 등이 경영에 필수 불가결한 조직으로서 본점과 불가분의 관계에 있다고 보이지도 아니함에도 본점으로 간주하여 중과세율을 적용하는 것은 잘못이 있다고 판단하였다(조심 2014지379, 2015.1.2. 참조).(마) 청구법인의 영업부서 및 품질부서는 중대한 의사결정을 수행하는 본점과 구분되어, 각자 맡은 업무 분야(외부 고객 및 기관들과의 커뮤니케이션, 제품 품질 향상)에 한정하여 내부적인 지원행위를 수행하는 곳에 불과한바, 해당 부서가 사용하는 쟁점부동산은 본점이 아니므로 「지방세법」제13조 제1항에 따른 취득세 중과세 대상에 해당하지 않는다.(2) 쟁점부동산은 기업부설연구소와 협업하는 지식산업용 건축물이므로, 「지방세특례제한법」제78조 제4항에 따른 취득세 감면 대상에 해당한다.(가) 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목은 산업단지 등에서 “산업용 건축물등”을 신축하여 취득하는 부동산(신축한 부분에 해당하는 부속토지를 포함)에 대해서는 취득세를 경감한다고 규정하고 있고,「지방세특례제한법 시행령」(2020.1.15. 대통령령 제30355호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 본문 및 제29조 제3호는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조에 따른 공장ㆍ지식산업ㆍ문화산업ㆍ정보통신산업ㆍ자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육ㆍ연구ㆍ정보처리ㆍ유통시설용 건축물을 위 법 규정에 따른 “산업용 건축물등”의 하나로 규정하고 있으며,「산업입지 및 개발에 관한 법률」제2조 제2호는 “지식산업”을 “컴퓨터소프트웨어개발업ㆍ연구개발업ㆍ엔지니어링서비스업 등 전문 분야의 지식을 기반으로 하여 창의적 정신활동에 의하여 고부가가치의 지식서비스를 창출하는 데에 이바지할 수 있는 산업”으로 정의하고 있다.(나) 청구법인은 법인의 목적 사업 중 하나로 ‘연구개발업’을 등기하여 영위하고 있고, 2022.7.14. 한국산업기술진흥협회장으로부터 이 건 건축물을 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」에 따른 기업부설연구소로 인정받아, 쟁점부동산을 포함한 이 건 건축물을 ‘AAA유니버시티’라는 명칭의 기업부설연구소로 활용하고 있으므로, 쟁점부동산은 지식산업용 건축물로서 「지방세특례제한법」제78조 제4항 제2호 가목에서 규정하고 있는 “산업용 건축물등”에 해당한다고 할 것이다.(다) 한편 BBB산업단지의 관리기본계획 고시는 구역별로 건축할 수 있는 건축물을 달리 규정하고 있고, 이 건 건축물이 소재한 ‘산업시설구역’의 경우 해당 구역에 건축할 수 있는 건축물의 부대시설은 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙」제2조에 따른다고 규정하고 있다.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행규칙」제2조 제1호는 위 법에 따른 부대시설 중 하나로 ‘사무실’을 규정하고 있으므로, 청구법인의 영업부서와 품질부서의 사무실로 사용되고 있는 쟁점부동산 또한 위 각 규