과·면세사업을 겸영하는 청구법인이 노인 등에 대한 운임감면·벽지노선 운영손실 등과 관련하여 국가로부터 지급받은 쟁점보상금은 용역의 공급대가에 해당하지 아니하므로 이를 공통매입세액 안분계산시 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

쟁점보상금은 공익서비스 수행자인 청구법인이 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부받는 시설·운영자금으로서 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금 등과 유사한 것에 해당하는 점 등에 비추어, 쟁점보상금은 2018.2.13. 개정된 「부가가치세법 시행령」 제81조 제1항에 따라 공통매입세액 안분계산 시 면세공급가액의 범위에 포함되는 것임 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 부가가치세 과세대상인 고속철도 여객운송, 화물운송사업 등과 면세대상인 일반·광역철도 여객운송사업을 영위하고 있는 법인으로 「철도산업발전기본법」제32조 등에 따라 국토교통부장관과 공익서비스(노인·장애인 등에 대한 운임감면, 벽지노선의 운영, 기타 국가특수목적 열차운영)비용 보상계약을 체결하여 국토교통부장관으로부터 2020년 제1기분 및 제2기분 보상금 합계 OOO원(이하 “쟁점보상금”이라 한다)을 지급받았다.나. 청구법인은 「부가가치세법 시행령」제81조에 따른 공통매입세액 불공제분(공통매입세액×면세공급가액÷총공급가액)을 산정함에 있어, 안분산식의 분자와 분모 모두에 쟁점보상금을 합산하여 2020년 제1기 및 제2기분 부가가치세를 2020.7.22.과 2021.1.21. 각 OOO원과 OOO원으로 신고ㆍ납부하였다.다. 이후 청구법인은 공통매입세액 안분산식의 분자(면세공급가액)와 분모(총공급가액) 모두에서 쟁점보상금을 제외하여 불공제액을 산정하여야 한다면서 2025.6.18. 2020년 제1기 및 제2기 부가가치세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 처분청은 2025.8.21. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.25. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 대법원이 이 건과 동일한 사안에 대하여 ‘이 사건 공익서비스보상액은 국가로부터 지급받는 것으로 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당되므로 부가가치세 과세표준에서 제외됨이 타당하다. 따라서 이 사건 공익서비스보상액은 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금에 해당하여 원심이 전제한 비과세사업에 관한 용역의 공급대가로 볼 수 없다’고 판시(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329 판결)한 바 있으므로 공통매입세액 안분계산시 쟁점보상금은 분자와 분모에서 모두 제외하여야 한다.(2) 또한 최근 국세청의 유권해석(사전-2020-법령해석-부가-35, 2020.2.14.)을 보면 ‘국가정책상 통행료를 할인함에 따라 발생한 손실을 보상하기 위한 보전금은 「부가가치세법」제29조 제5항 제4호에 따른 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 공공보조금으로서 사업시행자의 공급가액에 포함하지 아니하는 것이며, 같은 법 시행령 제81조 제1항의 면세공급가액에 해당하지 아니하는 것’이라고 해석한 바 있으므로 쟁점보상금도 유권해석에 따라 공통매입세액 안분계산시 분자와 분모에서 모두 제외하여야 한다.나. 처분청 의견(1) 2018.2.13. 개정된「부가가치세법 시행령」제81조에 따라 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금은 면세공급가액과 동일하게 취급하여 공통매입세액 안분계산에 포함되므로 쟁점보상금을 공통매입세액 안분계산시 제외하여야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.(가) 청구법인이 2008년～2012년 지급받은 국고보조금의 공통매입세액 안분계산에 대한 대법원 판결(대법원 2018.1.25. 선고 2017두55329 판결)에 따라, 정부는 2018.2.13. 「부가가치세법 시행령」제81조를 개정하여 국고보조사업 등의 ‘공통매입세액 안분규정을 합리화’하였고, 이에 따라 공통매입세액 안분계산시 공급가액에 포함되지 않는 국고보조금 등이 면세공급가액에 포함된다고 명시적으로 규정하였다.(나) 따라서 쟁점보상금이 과세표준에서 제외되는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금이라는 대법원의 종전 판결에도 불구하고, 개정된 「부가가치세법 시행령」제81조에 따라 쟁점보상금은 공통매입세액 안분계산시 포함하여 계산하여야 하는 것이다.(2) 또한 청구법인은 국세청의 유권해석(사전-2020-법령해석-부가-35, 2020.2.14.)을 근거로 쟁점보상금이 공통매입세액 안분계산시 포함되지 않는 것이라고 주장하나, 해당 법령해석은 고속도로 준공 후 이를 기부채납하고 시설관리운영권을 부여받은 민간투자사업 시행자가 손실보전금을 OOO로부터 받는 경우에 대한 것이므로 국가로부터 공익서비스 비용을 보전받은 청구법인에는 해당하지 않는 것이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점과·면세사업을 겸영하는 청구법인이 노인 등에 대한 운임감면·벽지노선 운영손실 등과 관련하여 국가로부터 지급받은 쟁점보상금은 용역의 공급대가에 해당하지 아니하므로 이를 공통매입세액 안분계산시 제외하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령(1) 부가가치세법제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.7. 여객운송 용역. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 여객운송 용역으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다.가. 항공기, 고속버스, 전세버스, 택시, 특수자동차, 특종선박(特種船舶) 또는 고속철도에 의한 여객운송 용역제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금⑧ 사업자가 과세사업과 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)에 공통적으로 사용된 재화를 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.제40조(공통매입세액의 안분) 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다.(2) 부가가치세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것)제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.(3) 부가가치세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28641호로 개정된 것)제81조(공통매입세액 안분 계산) ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 인원 수 등에 따르는 등 기획재정부령으로 정하는 경우를 제외하고 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(면세사업등에 대한 공급가액과 사업자가 해당 면세사업등과 관련하여 받았으나 법 제29조의 과세표준에 포함되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금 및 이와 유사한 금액의 합계액을 말한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다. 면세사업등에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 총공급가액 부칙＜대통령령 제28641호, 2018.2.13.＞제1조(시행일) 이 영은