법원 화해권고결정에 따른 합의금의 부가가치세 과세 여부 등

질의요지 ○ 법원의 화해권고결정에 따라 임차인이 임대인에게 합의금을 지급하는 경우 1. 합의금의 부가가치세 과세 여부 및 매입세액 공제 여부 2. (합의금이 선급임차료에 해당하는 경우) 선급임차료의 공급시기 사실관계 ○ 신청법인(또는 “임차인”)은 물류 서비 스업을 영위하는 법인으로 ○○ 유한회사(이하 “임대인”)와 물류창고 임대차계약(계약기간: ’19.8.1.~’29.7.31, 10년)을 체결하였고 - 임대인은 비용 125억원을 투자하여 물류창고 내 적층식 랙 * (이하 “추가시설물”) 을 추가로 설치하였음 * 창고에서 제품 또는 부품을 수납하기 위한 대 ○ 임대인은 기본 임대료에 추가시설물 설치 비용 125억원을 120 개월로 나눈 월 임대료 104,166,666원을 추가로 책정하였고 임차인은 해당 계약에 따라 물류창고를 사용하던 중 - 임차인이 주식회사 ◎◎ (이하 “전차인”) 와 전대차 계약 (’20.1월) 을 맺은 후 추가시설물의 일부를 철거 (’20.5월) 하여 파렛트 랙을 설치하였고 - 이에 임대인은 임차인을 상대로 임대차계약해지를 통보(’20.5.19.)하고 임대차 계약 위반으로 소송을 진행하였음 ○ 이후 법원의 화해결정(’22.1.11.)으로 임차인이 임대인에게 2,957,500,000원 (이하 “합의금”)을 지급하기로 결정되었으며 - 법원의 화해권고 결정문에는 합의금에 대해 “임대차 계약서 제10조의2 제4항 기재 ‘기납부한 추가임대료’로 간주한다”라고 결정사항에 명시되어 있음 관련 법령 ○ 부가가치세법 제4조 【과세대상】 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다. 1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 ○ 부가가치세법 제11조 【용역의 공급】 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다. 1. 역무를 제공하는 것 2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것 ○ 부가가치세법 제16조 【용역의 공급시기】 ① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다. 1. 역무의 제공이 완료되는 때 2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때 ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다. ○ 부가가치세법 시행령 제29조 【할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기】 ② 법 제16조제2항에 따른 용역의 공급시기는 다음 각 호의 구분에 따른다. 2. 사업자가 부동산 임대용역을 공급하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 나. 법 제29조제10항제3호에 따른 경우 ○ 부가가치세법 제17조 【재화 및 용역의 공급시기의 특례】 ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기 (이하 이 조에서 “재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가 에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증 을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. ○ 부가가치세법 제29조 【과세표준】 ⑩ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산 임대용역을 공급하는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. 3. 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우 ○ 부가가치세법 시행령 제65조 【부동산 임대용역의 공급가액 계산】 ⑤ 법 제29조제10항제3호에 따라 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불이나 후불로 받는 경우 에는 해당 금액을 계약기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상 기간의 합계액을 공급가액으로 한다. 이 경우 개월 수의 계산에 관하여는 제61조제2항제6호 후단을 준용한다. ○ 부가가치세법 제38조 【공제하는 매입세액】 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.