판결에 따른 임금 지급분 귀속시기 및 원천징수 방법

1. 사실관계 ○ ㅇㅇ시는 **개 자치구의 권한을 위임받아 자치구 소속 환경공무관의 임금협약을 체결해오고 있음. 다수의 환경공무관이 통상임금 소송 을 제기하였고, 2019년 자치구 소속 환경공무관 의 임금 협약 시, 소송 결과에 따라 추가 지급해야 할 임금이 발생되면 2015.1.1. 부터 현시점 까지 소급 하여 지급 할 것을 약정 하였음 - 대법원 전원 합의체 판결 및 대표소송 판결 에서 “ 상여금 (기말수당, 정근수당, 체력단련비, 명절휴가비)을 통상임금 에 포함 하여야 하는 것 ” 으로 판단하였음 - 이에, 사용자 지위에 있는 자치구는 20 15년~2024년 기간의 자치구 소속 환경공무관의 초과근무 수당·연가보상비 등에 대한 통상 임금을 소급 재산정하여 과소 지급된 임금을 추가 지급할 예정임 ○ 상기 전원합의체 판결 및 대표소송 이전부터 동일 내용의 다수 소송에서 동일한 판결 이 있었고, 이에 ㅇㅇ시 자치구 중 일부 는 ‘대법원 판례 취지(2017두****5 판결)’에 따라 판결 확정· 지급 시기 의 소득 으로 보고 근로소득세 를 원천징수 하였음 2. 질의내용 ○ 판결로 인한 환경공무관 통상임금 관련 차액분 지급시 소득세 징수 방법 가) 차액(추가) 지급분을 각 연도별 세법으로 계산한다. 즉, 각 해당 연도 근로소득원천징수영수증을 출력하여 차액분을 추가하여 연말 정산 재계산하여 추가납부세액 징수한다. 나) 근로소득의 발생시기와 실현시기에 차이가 있을 때, 근로소득의 권리가 확정된 시점의 소득으로 본다. 즉, 실제 차액분 지급받는 연도의 소득으로 보고 소득세를 계산한다. → 가)와 나) 방법 중 어느 방식이 타당한지 여부 ○ 만약 가) 발생연도 기준을 적용할 경우, 해당 소득은 과거에 과세되지 않았던 것이므로 “과소신고”로 볼 수 있는지 여부 및 이 경우 소득세 징수를 5년치로 한정해야 한다면 나머지 연도 소득에 대한 세금 징수 방법 3. 관례예규 및 판례 ○ 사전-2019-법령해석소득-0143(2019.4.18.) ○ 서면-2023-원천-1979(2023.8.10.) ○ 사전-2025-법규소득-0211(2025.4.29.) ○ 사전-2025-법규소득-0896 (2025.10.27.) ○ 서면-2011-원천-649(2011.11.03.)