국내 미등록된 특허권 사용대가가 국내원천소득에 해당하는지 여부

한미조세조약 규정은 소득 원천지국을 사용지로 정하였을 뿐 그 판정기준을 제시하지 아니하여 국내 세법에 따라야 하는바, 법인세법은 특허권 등이 국외등록되었고 국내 제조·판매등에사용된 경우 국내 등록 관계 없이 국내사용된 것으로 본다고 규정하고 있으므로 국내원천소득에 해당함 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 미국 법률에 따라 설립된 법인으로 아래 ＜표1＞과 같이 내국법인인 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 양방향 프로그램 가이드(Interactive Program Guide, IPG) 기술 등에 대한 특허권의 사용을 허락하고 2020년∼2021년 쟁점법인으로부터 사용료 합계 USD OOO(이하 “쟁점사용료”라 한다)를 지급받았으며, 쟁점법인은 이를 원천징수 대상인 사용료소득으로 보아 법인 원천세를 징수하여 신고·납부하였다.＜표1＞ 쟁점사용료 및 원천세 내역나. 청구법인은 2025.1.2. 국내 미등록 특허권에 대한 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않음을 이유로 2020∼2021사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급해달라는 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2025.7.2. 이를 거부하였다.＜표2＞ 법인세 경정청구 내역(단위 : 원)다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.24. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 「법인세법」 제93조 제8호 및 한미조세협약 제14조 제4항에 따라 국내 미등록 특허권에 대한 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않는다.「법인세법」 제93조 제8호는 외국법인의 국내원천 사용료소득에 대하여 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권등”이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다“고 규정하고 있다.한편 한미조세협약 제14조 제4항은 ‘사용료’를 정의하면서 제a호에서 ‘문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’을 규정하고, 제6조는 소득의 원천에 대하여 규정하면서 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정하고 있다.이와 같은 한미조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미, 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 것이므로, 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만이 국내원천소득으로 될 수 있을 뿐이고, 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다.청구법인이 쟁점법인에게 사용을 허여한 특허권의 대부분은 국내에 등록되지 않은 특허권이므로, 쟁점사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가로 지급된 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않고, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.(2) 다만 쟁점사용료 중 국내에 등록된 특허권에 대한 사용대가 부분이 특정되지 아니하므로, 처분청이 국내에 등록된 특허권에 대한 사용 대가 부분을 특정할 수 있는 객관적인 기준을 제시한다면 청구법인은 그 기준에 따라 경정청구 및 환급을 구하는 세액을 별도로 산정하여 제출할 예정이다.나. 처분청 의견(1) 대법원의 판례 변경에 따라 미등록 특허 사용료가 국내원천소득에 해당함이 명백해졌다.대법원은 2025.9.18. 미등록 특허 사용료에 대한 국내원천소득 여부 관련 종전의 판례를 변경하여 특허권 속지주의에 기초하여 국내 미등록 특허권의 국내 사용이나 그 사용대가 지급을 관념할 수 없다는 관점은 타당하지 않다는 전제에서 전원합의체 판결을 선고(대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 판결)하였다.(2) 「법인세법」 제93조 개정에 따라 특허권 ‘사용’의 의미가 정의되었으므로 이에 따라 국내원천소득 여부를 판단하여야 한다.한미조세협약 제14조 제4항은 과세권의 배분기준으로 ‘사용지주의’를 규정하였을 뿐 ‘사용’의 정의를 규정하고 있지 않음으로써 「법인세법」 개정(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정) 이전까지는 조세조약의 맥락이나 해석의 보충적 수단을 통하여 ‘사용’을 결정할 수밖에 없었으므로 법원에서는 ‘「특허법」상의 등록 개념(속지주의)’을 차용하여 ‘등록’을 사용으로 보아 국내원천소득이 아님을 판단하였으나, 2008.12.26. 「법인세법」 개정을 통한 구 「법인세법」 제93조 제9항(현재 제8항)에서 ‘해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.’고 명시하면서 세법상 개념으로써 ‘사용’의 개념을 정의하였으므로 개정된 「법인세법」의 조항을 따라서 국내원천소득으로 판단하여야 한다.또한 2019.12.31. 법령 제16833호로 개정된「법인세법」에는 제93조 제8호 다목이 신설되면서 국내 미등록 특허권의 사용대가를 특허권과 별개의 ‘유사한 재산·권리’에 대한 사용료 소득으로 분류할 것이 규정되었는데, 이는 국내 미등록특허 사용대가의 경우는 특허권과는 별개의 ‘기타 이와 유사한 재산·권리’의 사용대가인 사용료로 분류하는 방법으로 기존의 ‘특허권 속지주의’ 논의를 피하고 과세권을 확보하고자 하는 취지이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점미등록 특허권에 대한 쟁점사용료가 국내원천소득에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부나. 관련 법률 등 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 청구법인은 미국에 설립된 법인으로, 내국법인인 쟁점법인에게 양방향 프로그램 가이드(Interactive Program Guide) 기술 등에 대한 특허권의 사용을 허여하고 그 대가로 로열티를 지급받기로 하는 특허 라이선스 계약을 체결하였다.(나) 쟁점법인은 위 특허 라이선스 계약에 따라 쟁점사용료를 지급하면서 한미조세협약 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 아래 ＜표3＞과 같이 법인세를 원천징수·납부하였다.(＜표＞ 삽입을 위한 여백)＜표3＞ 쟁점사용료 및 원천세 내역(다) 청구법인은 쟁점법인이 원친징수한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 이에 대하여 「법인세법」 제93조 제8호에 따라 국내등록 여부와 관계없이 국내에서 사용된 특허권에 대한 사용료로 지급된 대가는 국내원천소득에 해당하며, 경정청구세액 적정성 검증을 위한 객관적인 근거자료(국내원천소득 비율 계산 근거)가 제출되지 않았다는 등의 이유로 경정청구를 거부하였다.(2) 기획재정부가 발간한 2008년, 2019년 간추린 개정세법에 따르면, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 「법인세법」 제93조 제9호 및 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 「법인세법」 제93조 제8호의 개정 내용 및 개정이유는 다음과 같다.＜표4＞ 2008년 간추린 개정세법＜표5＞ 2019년 간추린 개정세법(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 국내 미등록 특허권에 대한 쟁점사용료는 원천징수대상인 국내원