쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

청구법인은 운송주선사업 허가를 받은 운송주선업자로, 90여개 업체에 215억원의 매출과 130여개 업체로부터 229억원의 매입이 발생하였고, 사내 운송수요가 발생하여 평안과 운송계약을 체결하여 운송을 위임한 것으로 보이며, 배임 유죄 판결은 이 건 판단과 별개의 문제로 보이는 반면, 「조세범 처벌법」 위반 혐의 고발 사건에 대해서는 청구법인이 실체가 없는 업체라고 볼 증거가 불충분하다는 취지로 불송치 결정을 내린 점 등에 비추여 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보기 어려움 마산세무서장이 2025.1.21. 청구법인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2019사업연도 법인세 OOO의 부과처분과 2025.5.12. 청구법인에게 한 2020년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1971.5.18. 개업하여 경상남도 OOO에서 제강 제조업을 영위하고 있는 법인으로, 2019년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)으로부터 총 OOO원의 세금계산서(총 123매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 아래 ＜표1＞과 같이 관련 매입세액을 공제하고, 공급가액을 손금에 산입하여 2019년 제1기～2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2019～2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 신고하였다.＜표1＞ 청구법인의 부가가치세 및 법인세 신고 주요내용(단위 : 백만원)○○○나. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.10.23.∼2025.3.15. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아, 관련 매입세액을 불공제하고, 법인세 증명서류 수취 불성실가산세를 부과하여야 한다는 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 아래 ＜표2＞와 같이 2025.1.21. 등 청구법인에게 2019년 제2기～2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 2019～2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정·고지하였다.＜표2＞ 처분청의 경정 고지내역(단위 : 백만원)○○○다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.14. 등 이의신청을 거쳐, 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 경위는 다음과 같다.(가) 청구법인은 압연강재의 재료가 되는 빌렛을 수입하여 OOO공장(부산광역시 OOO) 및 OOO공장(부산광역시 OOO)에서 압연강제를 생산하였고, 2009년에 OOO제강소(경상남도 OOO 소재)를 준공하여 OOO제강소에서 빌렛을 직접 생산한 후 OOO공장, OOO공장으로 운송하여 압연강재를 생산하게 되었으며, 이로 인해 OOO제강소에서 생산한 빌렛을 OOO공장, OOO공장으로 사내 운송하는 수요가 새롭게 발생하게 되었다.(나) 청구법인은 운송업을 영위하지 않았기에, B 주식회사, C 주식회사, 주식회사 D 등 운송주선업자와 계약하여 운송업무를 위임하고 있었고, 추가 운송 수요가 발생하여 A과 추가로 운송주선계약을 체결하게 되었다.(2) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하다. (주위적 청구)(가) A은 인적·물적 시설을 갖추고 있고, 외부감사인의 감사를 받는 권리·의무의 주체가 되는 법인격을 가진 법인으로, 그 실체가 없다는 처분청의 의견은 부당하다.1) 처분청은 A을 인적·물적 시설이 없는 서류상의 회사로 보아, A이 청구법인에게 실제 용역의 제공을 하지 않았다는 의견이나, A은 인적·물적 시설을 갖추고, 관련 법령에 따른 면허를 취득하여 운송주선업을 영위하였는바, 이러한 법률관계는 존중되어야 한다.A은 2009.2.4. 화물운송 중개 및 관련 서비스업을 주요 영업으로 하여 설립된 법인으로, 2015.12.18. 무역업 및 수출입 알선, 대행업을 업종 추가하였고, 본사와 영업소는 각 경상남도 OOO과 충청남도 OOO에 소재하고 있다. A은 「화물자동차 운수사업법」에 따라 경상남도 OOO과 충청남도 OOO로부터 화물자동차 운송주선업 허가를 받았고, OOO 회원으로, 굴삭기 등 건설기계를 보유하고 있으며, 2019년 당시 지입차량 13대로 총 623회를 운행하였다. 또한, A은 하부 운송업체(E)도 있었으며, F, (유)G 등에 슬래그포트 캐리어와 굴삭기를 임대하는 장비임대업 등도 영위하였다.A은 운송주선업의 특성상 A의 사무실이 아닌 청구법인의 사무실에서 업무를 수행하였으나, A의 OOO영업소와 OOO사무실은 사무실 임차계약을 체결하고 임차료를 지불하였다.2) A은 청구법인뿐만 아니라, H 주식회사(이하 “H”이라 한다)와도 지속적으로 거래를 하였다.3) 처분청은 청구법인의 직원이 청구법인의 사무실에서 A의 업무를 수행하였다는 의견이나, A은 청구법인의 관계사로 원활한 업무처리를 위해 업무 경험이 있는 청구법인의 직원을 임원으로 채용하였고, 관계사 직원의 겸직은 관행적인 것이다.청구법인의 직원이 청구법인의 사무실에서 A의 업무를 수행하게 된 이유는 청구법인의 화물 배차업무는 청구법인의 ERP 시스템에 접속하여 운송물량을 배분해야 하는데, 외부에서는 ERP 시스템 접속이 불능하므로, 실시간 업무 대응을 위해 운송주선업체 직원이 청구법인에서 상주하여 업무를 처리하고 있으며, 이는 청구법인과 거래하고 있는 다른 운송주선업체들도 마찬가지이다.조세심판원은 다수의 관계사를 동일 사업장에서 운영하는 기업의 관계사 간 거래에 있어, 관계사 대표이사가 동일하고 같은 사무실을 사용하며, 관계기업 간에 이윤 없이 거래하고, 심지어 IP주소가 동일한 컴퓨터에서 관계사가 세금계산서를 대신 발급하는 등 영업, 회계 및 자금 업무를 관계사가 대신 처리해 준 사건에 대하여 이러한 사실관계는 가공거래, 끼워넣기 거래의 근거가 될 수 없다고 결정한 바 있다(조심 2011서1121, 2012.10.5.).아래 ＜표3＞과 같이 A의 임원이 청구법인의 업무를 겸직하고 있긴 하였으나, A의 업무처리는 A의 임원(a, b, c) 등의 지시와 책임으로 진행되었으며, 자금 및 회계 등도 청구법인과 별도로 관리하였다.＜표3＞ 청구법인과 A에 겸직한 직원 현황○○○(나) 법인이 운송업자와 직접 계약을 할 것인지, 다른 사업자에게 위임할 것인지는 경영상의 선택이며, 이는 존중되어야 한다.1) 청구법인이 운송업자와 직접 계약을 체결하는 방식과 운송주선업자와 계약을 체결하여 운송의 전반적인 책임을 위임하는 방식 중 후자를 선택한 것은 업무 효율 및 고정지출비 절감 차원으로, 최근 많은 화주들이 아웃소싱을 맡기는 추세이기에, 청구법인도 이와 같은 경영상 선택을 한 것이다.청구법인은 운송업자와 직접 계약을 체결하게 될 경우, 화물연대 파업 등으로 개별운송업자와 적시에 계약이 어려운 경우도 빈번하고, 화물기사들과 건별 계약을 체결해야 하는 번거로움이 있는 반면, 운송주선업자에게 위임하게 되면 업무 일체가 위임되고, 여러 손해를 운송주선업체에 부담시킬 수 있으며, 2차 운송업체들을 지역별로 나눌 수 있는 등 여러 장점이 있다.따라서, 사업자가 운송주선업자에게 위임하더라도, 이는 가장행위나 통정허위 표시로 무효가 될 수 없으며, 계약상 또는 법률상 실질 거래를 부인할 수 없다.2) 본인의 책임과 계산으로 한 거래를 가공거래로 볼 수 없고, 여기서 ‘본인의 책임과 계산’이란 거래에 대한 법적·경제적 귀속이 거래당사자에게 있는 경우를 의미한다.청구법인은 A과 독점적인 운송주선계약을 체결한 것이 아니라, 이전에도 운송주선업자를 통하여 운송의 전반적인 업무는 위임하고 있었으며, 정상적으로 계약을 체결하고 대금을 지급하였다. A은 자신의 책임과 계산으로 하부운송업자와 운송주선계약을 체결하고 대금을 지급하였으며, 이는 청구법인과 거래하는 다른 운송주선업자들의 거래와 동일하다.3) 이 건 거래에 있어, 거래 당사자인 청구법인과 A은 부가가치세와 법인세를 정상적으로 납부하여 어느 일방도 세금을 탈루한 사실이 없으며, 조세를 회피하고자 한 의도도 전혀 없었다.4) 조세심판원은 사업자가 독립된 경제주체로서 존재하는 이상 그 명의로 한 개별 거래행위의 효력은 인정되어야 하는 것이 원칙이라는 취지로 결정한바 있다(조심 2019중3455, 2020.7.27.).(다) A이 수출입 대행을 하게 된 것은 청구법인의 특수한 사정 때문이며, A은 신용 공여 등을 통해 실제로 업무를 대행하였다.1) 청구법인은 2015.12.18. 법원으로부터 회생절차개시결정을 받았으며, 2015.12.21. 항목당 OOO원 이상 금원 지출은 법원의 허가를 득한 후 집행하여야 한다는 통지를 받았다. 이후 청구법인의 모든 지출거래는 CRO(법원에서 파견된 최고 위험 관리자)의 감시와 통제 속에 있었고, 검증을 거쳐 집행하였다.2) 청구법인은 연속되는 적자와 대출금 상환압박으로 조달한 자금을 상환할 수 없는 상황이 되어 법정관리에 들어간 후, 은행으로부터 신용을 부여받지 못하여 수출입 업무를 위한 L/C(신용장)를 개설할 수 없었다. 이러한 상황에서 관계