특수관계인에게 주식을 시가보다 저가로 양도하여 조세의 부담을 부당히 감소한 행위는 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 적용대상임

사 건 의정부지방법원 2023구합14331 법인세부과처분취소 원고 ○○○○ 주식회사 피고 ○○세무서장 변 론 종 결 2025. 8. 14. 판 결 선 고 2025. 9. 30. 주 문 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 10. 11. 원고에게 한 2018년 귀속 법인세 1,124,329,270원의 부과처분을 취소한다. 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 고철 수집 및 판매업 등을 영위하는 회사로서, 2018. 1. 2.부터 2018. 4. 10.까지 의료진단 인공지능 알고리즘 개발 등을 영위하는 비상장법인인 주식회사 ○○○○○ (현재 상호 주식회사 △△△△△△△△△ , 이하 ‘소외 회사’라 한다)가 발행한 주식(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다) 합계 188,907주를 주당 11,179원 내지 23,000원(1주 당 평균가액 11,804원)에 아래와 같이 매수하였다. 이는 별지1 매매사례 순번 4, 8, 14, 15 기재 거래내역과 같다. 표 생략 나. 원고는 2018. 7. 23. 특수관계인인 대표이사 AAA 및 그 가족(배우자 BBB, 자녀 CCC, DDD, EEE )에게 이 사건 주식 중 173,907주를 1주당 11,800원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 거래’라 한다). 이는 별지1 매매사례 순번 34 내지 38 기재 거래내역과 같다. 표 생략 다. 피고는 이 사건 거래일 전후인 2018. 7. 4., 2018. 7. 10., 2018. 7. 24. 이 사건 주식이 1주당 35,000원(이하 ‘쟁점 매매사례가액’이라 한다)에 거래된 매매사례(별지1 매매사례 순번 31, 32, 39 거래내역 기재와 같다)를 확인하고 2022. 8.경 과세사실판단 자문위원회의 의결을 거쳐 쟁점 매매사례가액을 시가로 보아 이 사건 거래가 저가양도로서 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제52조의 부당행위계산부인 대상에 해당한다고 판단하였다. 라. 피고는 이 사건 거래 가액(주당 11,800원)과 쟁점 매매사례가액(주당 35,000원)의 차액인 23,200원(= 35,000원 –11,800원)을 기준으로 산출한 이 사건 주식 가액의 차액인 4,034,642,400원(= 173,907주 x 23,200원)을 익금에 산입하여 2022. 10. 11. 원고에게 2018년도 귀속 법인세 1,124,329,270원을 경정·고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다. 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. 12. 1. 심판을 청구하였으나 조세심판원은 2023. 5. 31. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원의 소외 회사에 대한 사실조회 결과, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 당사자들의 주장 1) 원고 다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다. 가) 시가의 부존재 쟁점 매매사례가액은 아래와 같은 사정을 고려할 때 이 사건 거래일 당시 이 사건 주식의 시가로 볼 수 없으므로 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. (1) 피고가 근거로 삼은 매매사례들은 극히 일부 소량의 거래에 불과하고, 당시 쟁점 매매사례가액은 변동성이 매우 커 이를 일반적인 거래 가격으로 볼 수 없다. (2) 피고는 시가 산정 과정에서 1주당 25,000원에 거래된 매매사례 등 일부 거래를 합리적 이유 없이 배제하였다. (3) 피고가 시가의 근거로 삼은 매매사례들은 소외 회사 대표이사 FFF이 일방적으로 정한 가격에 따른 거래로서, 당사자 사이의 자유로운 의사에 기초한 거래라고 보기 어려워 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 시가로 볼 수 없다. (4) □□ 세무서가 이 사건 주식의 시가를 피고와 다르게 판단한 점도 고려할 필요가 있다. 나) 경제적 합리성 있는 거래 이 사건 거래는 소외 회사의 상장 계획이 불투명해지고 주식 매입을 위하여 차입한 자금의 이자 부담이 가중되는 상황에서, 향후 발생할 수 있는 더 큰 손실을 최소화하기 위한 합리적인 경영상 판단에 따른 것이므로 경제적 합리성이 결여된 거래가 아니다. 2) 피고 원고는 특수관계인에게 이 사건 주식을 시가보다 현저히 낮은 가액으로 양도함으로써 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다. 이 사건 거래일 전후로 특수관계가 없는 제3자 간에 이 사건 주식을 쟁점 매매사례가액으로 거래한 명백한 매매사례들이 존재하므로 이를 시가로 보아야 한다. 원고가 주장하는 경영상의 어려움 등은 이 사건 주식을 시가보다 현저히 낮은 가액으로 특수관계인에게 양도한 행위의 경제적 합리성을 인정할 만한 사유가 되지 못한다. 이 사건 거래는 법인세법 제52조 의 부당행위계산 부인 대상에 해당하므로 이 사건 처분은 적법하다. 나. 관계 법령 별지2 관계 법령 기재와 같다. 다. 판단 1) 관련 규정 및 관련 법리 구 법인세법 제52조 는 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 사업연도의 소득금액을 계산하도록 하는 이른바 ‘부당행위계산의 부인’에 관한 규정(제1항)으로서, 같은 조 제2항에서 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 ‘시가’라 한다)을 기준으로 하고, 제4항에서 시가 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제89조는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따르고(제1항), 시가가 불분명한 경우에는 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따르도록(제2항) 규정함으로써 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 즉, 시가가 있는 경우에는 제89조 제1항을, 시가가 불분명한 경우에는 제89조 제2항을 적용하도록 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법 제52조 제1항 의 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’라 함은, 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시키려는 주관적 의도가 있어야만 하는 것은 아니고, 그 거래 행위의 내용이 경제적 합리성을 결여하여 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 부자연스럽고 불합리한 경우를 의미한다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결, 대법원 2000. 2. 11. 선고 97누13184 판결 등 참조). 경제적 합리성의 유무는 해당 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어 내어 판단할 것이 아니라, 그 거래행위를 둘러싼 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 정상적인 것인지에 따라 종합적으로 판단하여야 한다(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결 등 참조). 법인과 특수관계자 사이의 거래가 경제적 합리성을 결여하여 법인세법상 부당행위계산 부인에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조). 2) 인정사실 가) 피고는 이 사건 주식에 대한 시가 판정을 위해 소외 회사가 제출한 2018년 귀속 법인세 신고서상 주식등변동상황명세서(을 제6호증)를 기초로 하여 인적사항이 기재된 모든 사람들의 양도소득세 신고자료 및 증거서류를 확보하였다. 나) 이 사건 주식의 2018. 1. 1.부터 2019. 1. 1. 사이 거래내역은 별지1 매매사례 기재와 같다. 그중 이 사건 거래를 전후한 원고와 원고의 특수관계인 관련 부분 및 피고가 이 사건 주식 시가의 근거로 삼은 매매사례인 별지1 매매사례 순번 31, 32, 39 기재 2018. 7. 4., 2018. 7. 10., 2018. 7. 24. 자 각 거래내역(이하 ‘이 사건 각 매매사례’라 한다) 등을 표로 정리하면 다음과 같다. 표 생략 다) 원고의 2017년 귀속 손익계산서상 이자비용은 248,225,597원이고, 이 사건 주식을 매입하여 보유하였던 2018년 귀속 손익계산서상 이자비용은 245,153,253원으로 감소하였다. 라) 이 사건 거래가 있던 2018년도 소외 회사와 관련된 언론기사를 보면, ‘깐깐한 영양제 소외 회사 글로벌시장 석권(2018. 2. 23.)’, ‘소외 회사, 국내최초 모발미네랄 검사 표준화 알고리즘 개발(2018. 6. 28.)’ 등이 있다. 마) □□ 세무서는 2023. 8.경부터 같은 해 9.경까지 GGG 의 2018. 4. 10. 이 사건 주식 매도(별지1 매매사례 순번 15)와 관련하여 양도소득세 세무조사를 실시하였다. 바) 이 사건 각 매매사례를 중개한 소외 회사 대표이사 FFF 은, 이 사건 각 매매사례 거래 무렵 매수자들에게 소외 회사가 투자기관으로부터 투자유치를 추진하고 협상 중인데 그 목표 가치가 주당 35,000원을 상회한다는 점을 매수자들에게 설명하였고, 이에 매수자들이 주당 30,000원 내지 35,000원의 가격을 수용하였다고 이 법원에서 증언하였다. 또한 FFF 은 2018.경 AAA 에게도 상장 계획이 있다거나 투자유치 계획이 있다는 등의 사정을 설명하였고, 이 사건 거래는 중개하지 않았으며, 이 사건 거래가 이루어진 사실을 2020.경에 비로소 알게 되었다고 증언하였다. [인정근거] 앞서 든 증거, 다툼 없는 사실, 갑 제5호증, 을 제5 내지 7호증의 각 기재, 증인 FFF의 증언, 변론 전체의 취지 3) 구체적 판단 가) 먼저 쟁점 매매사례가액을 이 사건 주식의 시가로 볼 수 있는지에 관하여보건대, 위 인정사실에서 알 수 있는 다음의 사정들을 종합하여 보면, 피고가 쟁점 매매사례가액을 이 사건 거래 당시 이 사건 주식의 시가로 보아 이 사건 처분을 한 것에 위법이 있다고 보기 어렵고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다. (1) 이 사건 각 매매사례는 납세의무자들이 직접 신고․제출한 서류인 매매계약서(을 제5호증) 등에 근거하여 확인된 것이므로, 처문문서의 증명력을 고려할 때 신빙성이 높아 적절한 시가 판단의 자료로 볼 수 있다. 원고는 별지1 매매사례 순번 33 기재 2018. 7. 19. 자 1주당 25,000원의 매매사례 등을 이 사건 주식 시가 산정 시 반영하지 않았으므로 위법하다고 주장한다. 그러나 위 건은 거래 주식수가 상대적으로 많지 아니하고, 과세관청이 반드시 해당 주식과 관련된 모든 거래내역을 확인하여 과세할 수 있는 것은 아니고 확인가능한 적정한 사례를 기초로 시가를 판단할 수 있다고 봄이 타당하다. (2) 별지1 매매사례를 보면, 이 사건 거래 전부터 이 사건 거래 후까지 1주당 통상 32,000~40,000원의 범위에서 거래가 이루어졌는바, 적어도 이 사건 거래에서 산정한 1주당 11,800원의 가액은 현저하게 일반적인 거래가액에 미치지 못하는 가격이라 할 것이다. 피고는 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 에 따라 위 매매사례들 중 이 사건 거래 발생 이전 가장 가까운 시기인 2018. 7. 24. 거래된 가액인 1주당 35,000원을 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로서 이 사건 주식의 시가에 해당한다고 보고 이 사건 처분을 내렸다. 원고는 위 매매사례들이 FFF 이