축산업을 주업으로 하는 법인이 임대사업용 목장용지를 양도한 경우 비사업용 토지 해당 여부

1. 사실관계 ○ 자문대상법인은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 의해 설립된 농업회사법인으로 주로 축산업(양돈, 양계 등) 영위로 매출이 발생함 * 자문대상법인은 축산업을 주된 사업으로 하는 법인에 해당함 ○ 자문대상법인은 ’16.*월 양계농장(이하 ‘쟁점토지’)을 취득하여 임대사업에 사용하다가 ’22년 기존 임차인에게 양도하였음 2. 질의내용 ○ 축산업을 주업으로 하는 법인이 다른 법인에게 임대하던 목장용지를 양도한 경우 토지등 양도소득에 대한 과세특례가 적용되는지 여부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 ② 제1항제3호에서 "비사업용 토지"란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. 1. 논밭 및 과수원(이하 이 조에서 "농지"라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 가. 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 농지는 제외한다. 나. 특별시, 광역시(광역시에 있는 군 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다), 특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시 지역[「지방자치법」제3조제4항에 따른 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다] 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제6조제1호에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 농지. 다만, 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다. 2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것은 제외한다. 가. ∼ 다. (생략) 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다. 가. 축산업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시, 광역시, 특별자치시, 특별자치도 및 시 지역의 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 목에서 같다)에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 경우는 제외한다) 나. 축산업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 가. 「지방세법」이나 관계 법률에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 나. 「지방세법」제106조제1항제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지 다. 토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것 ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지등 양도소득에 대하여는 제1항을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지등에 대한 토지등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. 1. 파산선고에 의한 토지등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분할ㆍ통합으로 인하여 발생하는 소득 3. 「도시 및 주거환경정비법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지(換地) 처분 등 대통령령으로 정하는 사유로 발생하는 소득 ○ 법인세법 시행령 제92조의5 【농지의 범위 등】 ① 법 제55조의2제2항제1호에서 "농지"라 함은 전ㆍ답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다. 이 경우 농지의 경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소(池沼)ㆍ농도ㆍ수로 등의 토지 부분을 포함한다. ② 법 제55조의2제2항제1호가목의 규정을 적용함에 있어 주업은 다음 각 호의 기준에 따라 판정한다. 1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다. 2. 제1호의 규정에 불구하고 당해 법인이 농업에 직접 사용한 농지에서 생산한 농산물을 당해 법인이 제조ㆍ생산하는 제품의 원료로 사용하고 그 농업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 농산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 "사용비율"이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 농지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 농지에 한하여 농업을 주업으로 하는 것으로 본다. ○ 법인세법 시행령 제92조의7 【목장용지의 범위 등】 ① 법 제55조의2제2항제3호에서 "목장용지"라 함은 축산용으로 사용되는 축사와 부대시설의 토지, 초지 및 사료포(飼料圃)를 말한다. ② 법 제55조의2제2항제3호 각 목외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. ∼ 4. (생략) ③ 법 제55조의2제2항제3호가목의 규정을 적용함에 있어서 주업은 다음 각 호에 따라 판정한다. 1. 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 주업은 사업별 사업수입금액이 큰 사업으로 한다. 다만, 「농업협동조합법」에 의하여 설립된 농업협동조합과 농업협동조합중앙회는 이를 축산업을 주업으로 하는 법인으로 본다. 2. 제1호 본문의 규정에 불구하고 당해 법인이 축산업에 직접 사용한 목장용지에서 생산한 축산물을 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하고 그 축산업과 제조업 등을 구분하여 경리하는 경우에는 축산업을 주업으로 하는 것으로 본다. 이 경우 당해 법인이 생산한 축산물 중 당해 법인이 제조하는 제품의 원재료로 사용하는 것의 비율(이하 이 항에서 "사용비율"이라 한다)이 100분의 50 미만인 경우에는 당해 목장용지의 면적 중 그 사용비율에 상당하는 면적의 2배 이내의 목장용지에 한하여 축산업을 주업으로 하는 것으로 본다. ④ 법 제55조의2제2항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 축산용 토지의 기준면적"이란 별표 1의2에 규정된 가축별 기준면적과 가축두수를 적용하여 계산한 토지의 면적을 말한다. ■ 법인세법 시행령 [별표 1의2] 축산용 토지의 기준면적 (제92조의7제4항관련) 1. 가축별 기준면적 구분 사업 가축 두수 축사 및 부대시설 초지 또는 사료포 비고 축사 (제곱미터) 부대시설 (제곱미터) 초지 (헥타르) 사료포 (헥타르) 1. 한우 (육우) 사육사업 1두당 7.5 5 0.5 0.25 말·노새 또는 당나귀를 사육 하는 경우를 포함한다. 2. 한우 (육우) 비육사업 1두당 7.5 5 0.2 0.1 3. 유우 목장사업 1두당 11 7 0.5 0.25 4. 양 목장사업 10두당 8 3 0.5 0.25 5. 사슴 목장사업 10두당 66 16 0.5 0.25 6. 토끼 사육사업 100두당 33 7 0.2 0.1 친칠라를 사육 하는 경우를 포함한다. 7. 돼지 양돈사업 5두당 50 13 - - 개를 사육하는 경우를 포함한다. 8. 가금 양계사업 100수당 33 16 - - 9. 밍크 사육사업 5수당 7 7 - - 여우를 사육하는 경우를 포함한다. 2. 가축두수 가축두수는 다음 각 목의 어느 하나의 방법 중 납세자가 선택하는 방법에 따라 산정한다. 가. 양도일 이전 최근 6사업연도(양도일이 속하는 사업연도를 포함한다. 이하 같다) 중 납세자가 선택하는 축산업을 영위한 3사업연도의 최고사육두수를 평균 한 것 나. 양도일 이전 최근 4사업연도 중 납세자가 선택하는 축산업을 영위한 2사업연도 의 최고사육두수를 평균한 것 다. 축산업을 영위한 기간 이 2년 이하인 경우에는 축산업을 영위한 사업연도의 최고사육두수를 평균한 것