세무조정 오류로 과다익금 산입된 유가증권의 유보 잔액 추인에 대한 경정청구 기산일을 발행법인의 청산시기가 아닌 세무조정 오류 발생 사업연도로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부

청구법인은 2016사업연도 법인세 신고시 세무조정 오류를 범하여 2016사업연도 법인세 과세표준을 과다하게 신고하였는바, 이에 대한 경정청구의 기산일은 2016사업연도 법인세 법정신고기한임 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1954.4.1. 설립되어 산업개발 육성, 사회기반시설의 확충, 지역개발, 금융시장 안정 및 그 밖에 지속가능한 성장 촉진 등에 필요한 자금을 공급·관리하는 업무를 수행하고 있는 법인으로, OOO 출자금 OOO원(이하 “유가증권①”이라 한다), OOO 출자금 OOO원(이하 “유가증권②”라 한다) 및 OOO 출자금 OOO원(이하 “쟁점유가증권”이라 하고, 유가증권①·②와 합하여 “유가증권들”이라 한다)을 보유하였다.나. 청구법인은 2019사업연도에 유가증권들의 발행법인이 각 청산하였으므로, 유가증권①·② 및 쟁점유가증권의 2019사업연도 유보잔액 각 OOO원, OOO원, OOO원을 2019사업연도에 추인(손금산입)하여 청구법인의 2019사업연도 결손금 총 OOO원을 증액해달라는 취지로 2025.3.14. 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.8.26. 유가증권①·②의 유보잔액 각 OOO원, OOO원의 추인(손금산입)은 인용 결정하였으나, 쟁점유가증권의 유보잔액 OOO원에 대해서는 청구법인이 2016사업연도에 세무조정 오류로 쟁점유가증권에 대하여 과다 익금산입한 부분을 확인하고, 이에 대한 경정청구 기산일을 2016사업연도 법인세 신고기한의 다음날(2017.4.1.)로 보아, 경정청구기간이 도과하였다는 이유로 경정청구를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.20. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 경위는 다음과 같다.(가) 청구법인은 OOO 투자조합(이하 “쟁점PEF”라 한다)이 설립된 2014사업연도부터 출자금 총 OOO원 납입하여 유의적인 영향력을 보유하게 되었고, 해당 출자금에 대하여 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 제1028에 따라 지분법 회계처리를 적용하여 왔다.청구법인은 2016사업연도에 쟁점PEF로부터 OOO원의 출자금 원본을 반환받는 동시에 OOO원의 이익배당금을 수령하면서, 회계상 원본 배당액(OOO원)은 지분법주식 장부가액을 감액하고, 이익 배당액(OOO원)은 수익으로 인식했어야 하나, 아래 ＜표＞와 같이 지분법주식 장부가액을 OOO원 감액하고, OOO원을 수익으로 인식하였다. 또한, 지분법 회계처리에 대한 회계와 세무상 차이는 없으므로, 청구법인은 세무조정을 통해 과소 인식한 수익(OOO원 = OOO원 - OOO원)만 익금산입했어야 하나, OOO원을 익금 산입하였다.이후 청구법인은 2019사업연도에 쟁점PEF가 청산하면서 잔여 출자금 원본 OOO원을 반환받았고, 원본 배당은 투자자산 장부가액의 감소에 해당함에도, 청구법인은 이를 회계상 이익배당(배당금수익)으로 회계처리였으므로, 청구법인은 OOO원을 익금불산입하는 세무조정을 하였다. 그 결과, 2019사업연도의 유보잔액은 OOO원이 되었다.＜표＞ 쟁점법인의 지분법 회계처리 및 관련 세무조정(단위 : 백만원)OOO(나) 쟁점PEF는 2019사업연도에 청산하여 청구법인은 더 이상 쟁점유가증권을 보유하고 있지 않게 되었으므로, 청구법인은 2019사업연도에 유보잔액 OOO원을 전액 추인(손금산입)하였어야 하나, 이를 누락하였고, 그 결과 2019사업연도 법인세 결손금이 과소 계상되었다.(2) 유가증권의 유보잔액은 해당 유가증권이 매각되거나 해당 PEF가 청산되어 실제 양도 손익이 실현되는 사업연도의 손금으로 추인되어야 하므로, 쟁점유가증권의 유보잔액은 쟁점PEF의 청산일이 속하는 2019사업연도의 손금으로 추인되어야 한다.(가) 쟁점PEF는 2014.10.22. 설립되어 약 5년 3개월의 기간 동안 투자자산을 운용하다가, 2019.12.24. 해산 및 청산되면서 업무집행조합원에 대한 성과보수를 확정하고 잔여재산 분배를 완료하였다.처분청은 경정청구 거부사유를 “법인이 보유하고 있는 유가증권의 평가손실(유보 처분)은 주식 발행법인이 해산하여 잔여재산의 분배가 완료되어 분배할 잔여재산이 없는 것으로 확정될 때에는 손금에 산입할 수 있다(법인세과-OOO, 2011.4.7, 국제세원-OOO, 2010.5.26, 법인세과-OOO, 2008.8.13, 서울행정법원 2013.12.12. 선고 OOO 판결)”고 회신하였는데, 처분청이 회신한 유권해석 등을 청구법인의 사례에 적용하면 쟁점PEF가 해산하여 투자금 잔여재산의 분배가 완료되어 분배할 잔여재산이 없는 것으로 확정되는 시점은 2019.12.24.이므로, 쟁점유가증권의 유보잔액은 2019사업연도의 손금으로 산입되어야 한다.또한, 「법인세법」상 잔여재산가액 확정일이란 해산등기일 현재의 잔여재산을 그대로 분배하는 경우에는 그 분배를 완료한 날을 의미하므로(법인세법 제84조 제1항 제1호 및 같은 법 시행령 제124조 제3항 제2호), 해당 조항에 비추어 보더라도 쟁점PEF의 잔여재산가액 확정일은 해산일 현재의 잔여재산을 그대로 분배한 2019.12.24.로 보아야 한다.(나) 유가증권의 세무상 적정 양도차익 계산을 위해서 유가증권 관련 세무상 유보잔액은 유가증권이 매각 또는 청산되어 관련 손익이 실현되는 사업연도에 손금으로 추인되어야 한다.쟁점유가증권의 유보잔액은 장부가액 산정에 관한 회계처리와 세법의 불일치 사항에 대해 발생한 일시적 유보금액으로서, 해당 차이는 쟁점유가증권이 매각 또는 청산되어 실제 세무상 양도손익이 실현되는 시점에 해소되어야 한다. 쟁점유가증권은 쟁점PEF에 대한 투자 지분을 나타내는 수익증권으로, 2019사업연도에 쟁점PEF가 청산됨에 따라 청구법인은 더 이상 쟁점유가증권을 보유하지 않게 되었으므로, 동 사업연도를 귀속시기로 하여 쟁점유가증권에 대한 유보잔액을 추인하여야만 이를 전제로 올바른 세무상 적정 양도차익이 계산될 수 있다.2019사업연도는 쟁점유가증권과 관련된 모든 세무상 유보를 정리하여야 할 최종 귀속시기에 해당하고, 이 시점에도 유보잔액이 잔존한다면 실체가 소멸한 자산에 대한 과세 효과를 계속 유지하는 것과 다름이 없어, 실질과세 원칙 및 조세 평등에 위배될 소지가 있다. 따라서, 2019사업연도를 귀속시기로 하여 쟁점유가증권의 유보잔액을 전액 추인하고, 이를 기준으로 올바른 세무상 장부가액을 손금으로 처리함으로써, 적정한 양도차익을 재계산하는 것이 조세평등과 유보 제도의 입법 취지에 부합하는 합리적인 과세라 할 것이다.나. 처분청 의견청구법인은 세무조정 오류가 발생한 2016사업연도 법인세 법정신고기한(2017.3.31.)이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 하였어야 하나, 경정청구기한이 지난 2025.3.14.에 이르러서야 경정청구를 제기하였기에, 처분청은 이를 거부한 것이다.(1) 청구법인의 세무조정 오류가 없었다고 가정하면, 쟁점유가증권 유보금액의 추인시기는 쟁점PEF의 청산시점인 2019사업연도라는 점에 대해서는 이견이 없다.(2) 그러나, 2016사업연도에 청구법인의 세무조정 오류가 있었는바, 세무조정 오류는 오류가 발생한 2016사업연도를 대상으로 법인세 경정청구를 하여 바로잡아야 하는 것이다.(가) 법인세 신고가 완료된 후에는 해당 사업연도의 재무제표는 확정되므로 회계상 오류가 있더라도 재무제표를 수정할 수는 없고, 세법상 절차로만 바로잡을 수 있다. 즉, 전기오류수정을 통해 기초 이익잉여금을 조정함으로써, 전기 재무제표에 포함된 오류를 발견했을 때 이를 소급하여 바로잡는 회계처리를 한 후, 오류가 발생한 사업연도를 대상으로 법인세 경정청구를 하여야 한다. 따라서, 쟁점유가증권에 관한 세무조정 오류는 여타 경정청구와 마찬가지로 수정 대상 오류가 발생한 시점인 2016사업연도를 대상으로 법인세 경정청구를 하여 바로잡아야만 한다.(나) 「법인세법」 제19조에 따르면, 손금은 법에서 규정하는 것을 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용으로 정의하고 있으며, 유보 환입은 「법인세법」에서 정한 손금 사유가 아니다. 따라서, 유보 환입은 손금이 아니라, 세무조정의 관리 결과일 뿐이며, 유보는 익금 또는 손금 조정이 완료된 금액을 장래 특정 사유가 발생하면 그때 반대 방향 조정을 하기 위해 관리하는 세무상 개념으로 자동으로 반드시 추인되는 계정은 아니다.(다) 쟁점유가증권의 유보잔액은 과세이연의 실질이 존재하지 않는 금액이므로, 추인대상 유보잔액