정관상 고유목적사업인 진료사업을 수행하기 위하여 지출한 비용이 직접 공익목적사업에 사용한 실적에 포함되는지 여부

1. 사실관계 ■ AAA (이하 ‘질의법인’이라 함)은 보건복지부 소관의 공공 의료 기관으로, 환자를 직접 진료하면서 국가 차원의 공공의료 지원과 감염병·재난 대응을 함께 담당하는 기관임 ○ 질의법인은 출연재산 운용소득의 사용실적을 산정하면서 진료사업이 「법인세법」상 수익사업에 해당한다는 점을 고려 하여 의료인력 인건비, 의약품비 및 진료재료비 등을 직접 공익목적사업 사용실적에서 제외함 - 따라서 운용소득 사용실적이 사용기준금액에 미달 하는 것으로 계산되어 가산세를 신고·납부 하였으나, 이후 정관상 고유목적사업인 진료사업에 직접 지출한 비용 (이하 ‘쟁점비용’이라 함) 도 운용소득의 사용실적에 포함되어야 한다는 취지로 경정청구 를 제기 함 2. 질의요지 ○ 정관상 고유목적사업인 진료사업을 수행 하기 위하여 지출한 비용 이 직접 공익목적사업에 사용한 실적에 포함 되는지 여부 3. 관련법령 ■ 상속세 및 증여세법 48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】 ② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터제 4호까지 , 제6호및제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과 하고, 제5호및제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정 하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다. 3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적 사업 외에 사용한 경우 5. 제3호에 따른 운용소득을 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호에 따른 매각대금을 매각한 날부터 3년 동안 대통령령으로 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 ■ 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】 ⑤ 법 제48조제2항제5호에서 운용소득과 관련된 "대통령령으로 정하는 기준금액"이란 제1호에 따라 계산한 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액(이하 이 항에서 "운용소득" 이라 한다)의 100분의 80에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "사용기준금액"이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조제9항에 따른 가산세를 뺀 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다. 1. 해당 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(「법인세법」제29조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업준비금과 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함하며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액은 제외한다)과 출연받은 재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액 가. 출연받은 재산과 관련이 없는 수익사업에서 발생한 소득금액 나. 법 제48조제2항제4호에 따른 출연받은 재산의 매각금액 다.「법인세법」제16조제1항제5호 또는 「소득세법」제17조제2항제4호에 해당하는 금액(합병대가 중 주식등으로 받은 부분으로 한정한다)으로서 해당 과세기간 또는 사업연도의 소득금액에 포함된 금액 라.「법인세법」제16조제1항제6호 또는 「소득세법」제17조제2항제6호에 해당하는 금액(분할대가 중 주식으로 받은 부분으로 한정한다)으로서 해당 과세기간 또는 사업연도의 소득금액에 포함된 금액 2. 해당 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금 ⑥ 법 제48조제2항제5호에 따른 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업 연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항제1호에 따라 해당 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 해당 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시 후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시 후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다. 4. 관련 예규 ■ 학교법인의 대학부속병원 운용소득 사후관리 방법 [법규과-267, 2014.03.25.] [요지] 공익법인 등이 인건비, 약재비, 관리비로 지출한 금액 중 정관상 고유목적사업의 수행과 직접 관련된 비용은 직접공익목적사업에 사용한 것이며, 의결권 있는 주식의 100분의 5 초과 취득여부 판정시 출연자 및 그와 특수관계자로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식도 합하여 판정함 ■ 공익법인이 운영하는 병원의 인건비로 지출된 금액이 직접공익목적사업에 사용한 금액 인지 여부 [사전-2017-법령해석재산-1514, 2017.06.02.] [요지] 공익법인이 정관에 기재되어 있는 고유목적사업인 병원 운영을 수행하기 위한 사용인의 인건비는 직접공익목적사업에 사용한 것임 [회신] 위 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 「상속세 및 증여세법 시행령」제12조 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 운영하는 공익법인 등이 정관상 고유목적사업인 병원 운영의 수행과 직접 관련하여 사용인의 인건비로 지출하는 금액은 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것입니다. ■ 공익법인 등 운용소득의 직접공익목적 사용 여부 [재산세과-814, 2010.11.01.] [요지] 공익사업을 영위하는 공익법인 등이 고유목적사업을 수행하기 위한 사용인의 인건비로 지출한 금액에 대하여는 전액 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임 [회신] 「상속세 및 증여세법 시행령」제38조 제2항 본문의 규정에 의하여 공익사업을 영위하는 공익법인 등이 관리비로 지출한 금액 중 정관상 고유목적사업의 수행과 직접 관련된 비용은 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것이며, 고유목적사업을 수행하기 위한 사용인의 인건비로 지출한 금액에 대하여는 전액 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것입니다.