납부지연가산세 감면의 정당한 사유

022.12.22. 국세청 예규를 근거로 하여 2022.12.22.까지 납세의무 성립시기가 도래한 부분의 인지세 납부의무를 이행하지 아니한 데에 ‘`정당한 사유’가 있음 역삼세무서장이 2024.11.25. 청구법인에게 한 2019년 9월 ～ 2023년 12월 기간분 인지세 합계 OOO원(＜표1＞ 참조) 부과처분 중 2022.12.22.까지 납세의무 성립시기가 도래한 부분의 납부지연가산세(수입인지미첨부)를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 1996.12.3. 설립된 부동산신탁업 등을 수행하는 부동산신탁회사로, 2019년부터 2023년까지 관리형 토지신탁 사업을 수행하면서 사업주체가 위탁자(부동산개발사업의 사업시행자)에서 수탁자인 청구법인으로 변경됨에 따라 위탁자(사업시행자)가 시공사 등과 체결한 공사도급 등(공사도급, 감리용역, 설계용역)에 대한 승계계약서(이하 “쟁점승계계약서”라 한다) 총 582건을 작성하였다.나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.8.부터 2024.10.17.까지 청구법인에 대하여 법인세 통합 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 작성한 쟁점승계계약서가 인지세 과세문서에 해당하는 것으로 보아 역삼세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2024.11.25. 아래 ＜표1＞과 같이 2019년 9월～2023년 12월 기간분 인지세 합계 OOO원을 결정·고지하였다.＜표1＞ 인지세 과세처분 내역(단위 : 건, 원)○○○다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.14. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점승계계약서는 인지세 과세대상이 되는 문서에 해당하지 않는다.(가) 쟁점승계계약서는 「건설산업기본법」제22조에 따라 작성하는 도급문서가 아니다.1) 「인지세법」 제3조 제1항 제3호, 같은 법 제2조의3은 열거규정으로 도급 또는 위임에 관한 증서라고 하여 이를 모두 인지세 과세대상으로 규정하지 않고, 시행령에 열거된 도급문서 및 수임계약서만 인지세 과세대상이며, 공사도급계약 등 승계계약서는 「건설산업기본법」 제22조에 따라 작성하는 도급문서에 해당하지 않는다.2) 「건설산업기본법」 제22조에 따라 작성하는 도급문서는 건설공사에 관한 도급계약을 체결함에 따라 작성하는 문서이나, 승계계약은 계약당사자 간의 지위를 이전하는 계약으로, 공사도급계약 등 승계계약은 기체결한 공사ㆍ설계ㆍ감리도급계약상 도급인의 지위를 신탁사로 승계하는 것을 목적으로 하므로 공사도급계약 등 승계계약서는 공사도급 자체를 규율하는 문서가 아니며, 기존 계약당사자를 승계ㆍ변경함에 따라 작성하는 문서라는 점에서, ‘「건설산업기본법」 제22조에 따라 작성하는 도급문서’와는 본질적으로 다른 성격을 가진다.(나) 신탁재산의 관리ㆍ처분ㆍ운용ㆍ개발로 인해 발생하는 손익과 신탁재산에 대한 권리ㆍ의무는 위탁자 혹은 수익자에게 귀속되는데 반해, 수탁자(신탁사)에게 귀속되는 재산은 신탁계약에서 정한 신탁보수에 국한된다.1) 「신탁법」 제2조의 의하면 신탁이란 신탁을 설정하는 자(위탁자)가 신탁을 인수하는 자(수탁자)에게 특정의 재산을 이전하는 등 처분을 하여 수탁자로 하여금 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발 등 신탁목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말하며, 「신탁법」제101조 제1항에 의하면 신탁계약에 따라 수탁자는 신탁재산에 대한 권리·의무의 귀속주체이자 계약당사자로서 지위를 가지지만, 신탁계약이 종료된 후 신탁재산은 수익자에게 귀속되므로, 신탁계약의 종료 후 신탁재산이 수익자에게 귀속된다는 것은 신탁재산의 관리ㆍ처분ㆍ운용ㆍ개발로 인해 발생하는 손익과 신탁재산에 대한 권리ㆍ의무가 수익자에게 귀속됨을 의미한다.2) 「국세기본법」 제14조는 과세의 대상이 되는 소득, 재산, 거래 등의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 그 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여, 실질내용에 따라 과세표준을 산정한다고 규정함으로써, 이른바 ‘실질과세의 원칙’을 천명하고 있으며, 「법인세법」 제5조 제1항, 「소득세법」 제2조의3 제1항은 신탁재산의 실질적인 귀속자가 수익자임을 전제로, 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 수익자가 그 신탁재산을 가진 것으로 본다고 규정한다.3) 반면, 「신탁법」 제27조의 의거 신탁재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 멸실, 훼손, 그 밖의 사유로 수탁자가 얻은 재산은 신탁재산에 속하는 바, 수탁자(신탁사)에게 귀속되는 재산은 신탁계약에서 정한 신탁보수에 국한될 뿐이다.(다) 공사도급계약 등 승계계약서를 작성하더라도 이로 인해 재산권의 실질적인 창설, 이전, 변경이 이루어지지 않으므로, 공사도급계약 등 승계계약서의 작성은 인지세 과세대상에 해당하지 않는다.1) 「인지세법」 제1조 제1항은 재산에 관한 권리 등의 창설ㆍ이전 또는 변경에 관한 계약서나 이를 증명하는 그 밖의 문서를 작성하는 자는 그 문서에 대한 인지세를 납부할 의무가 있다고 규정하므로, 인지세가 과세되는지 여부는 계약서 등 문서의 작성으로 인해 재산권이 창설ㆍ이전 또는 변경되는지를 기준으로 판단하여야 한다.2) 도급은 당사자 일방(수급인)이 어느 일을 완성할 것을 약정하고 상대방(도급인)이 그 일의 결과에 대하여 보수를 지급할 것을 약정함으로써 성립하는 계약이며(「민법」제664조), 건설공사에 관한 도급계약서는 건설공사의 도급인과 수급인 사이에서 발생하는 재산권의 창설, 이전, 변경을 표상하는 문서로서 인지세 과세문서에 해당한다.3) 공사ㆍ설계ㆍ감리의 도급으로 인한 재산권은 위탁자(도급인)와 시공사 등(수급인)이 공사ㆍ설계ㆍ감리도급계약서를 작성한 시점에 이미 창설되었으며, 이후 공사도급계약 등 승계계약서의 작성은 신탁계약상의 목적을 달성하기 위해 도급인의 명의를 위탁자에서 신탁사로 변경하는 외형적인 절차에 지나지 않는다.4) 신탁재산의 실질적인 귀속자는 수익자이며, 신탁사에게 귀속되는 재산은 신탁계약에서 정한 신탁보수에 국한되며, 신탁재산과 관련하여 신탁사에게 귀속되는 재산은 없다.5) 신탁재산에 대한 공사도급계약 등의 승계와 관련하여서도 신탁사에게 실질적으로 귀속되는 소득은 없으며, 재산권의 실질적 이전이나 변경 역시 이루어지지 않아 공사도급계약 등 승계계약서의 작성은 인지세 과세대상에 해당하지 않는다.(라) 공사도급계약 등 승계계약서의 작성은 신탁재산의 포괄적 승계에 따라 계약당사자 간의 명의를 변경하는 절차에 불과하므로, 이를 인지세 과세대상인 재산권의 이전이나 변경으로 볼 수 없다.1) 국세청은 상속인ㆍ합병존속ㆍ신설법인ㆍ사업양수인이 피상속인ㆍ합병소멸법인ㆍ사업양도인이 작성하여 사용하던 문서를, 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계하는 상속인ㆍ합병존속ㆍ신설법인ㆍ사업양수인의 명의로 변경하여 계속 사용하더라도 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다고 해석하였으며(인지세법 기본통칙 1-1…5), 같은 취지의 질의회신 사례도 존재한다(서면-2020-소비-388, 2020.1.23.).2) 권리ㆍ의무가 포괄적으로 승계되는 상속ㆍ합병ㆍ사업양수도의 경우, 피상속인ㆍ합병소멸법인ㆍ사업양도인이 작성하였던 문서의 명의를 상속인ㆍ합병존속ㆍ신설법인ㆍ사업양수인으로 변경하는 것이 불가피하다.3) 위와 같은 국세청 유권해석은 포괄적 승계로 말미암아 발생하는 계약서상의 명의변경을 인지세 과세대상인 재산권의 이전이나 변경으로 보지 않겠다는 데에 그 취지가 있다.4) 공사도급계약 등 승계계약서는 신탁재산에 관한 권리ㆍ의무의 포괄적 승계에 따라 계약당사자의 명의가 변경된다는 측면에서 상속ㆍ합병ㆍ사업양수도와 다르지 않다.5) 따라서 공사도급계약 등 승계계약서의 작성은 신탁재산의 포괄적 승계에 따라 계약당사자 간 명의를 변경하는 절차로서 인지세 과세대상인 재산권의 이전이나 변경에 해당하지 않는다.(바) 공사도급계약 등 승계계약서 작성에 대해 인지세를 납부한다면, 하나의 도급계약에 대해 인지세를 이중으로 부담하는 불합리한 상황이 발생한다.1) 공사ㆍ설계ㆍ감리의 도급으로 인한 재산권은 위탁자(도급인)와 시공사 등(수급인)이 공사ㆍ설계ㆍ감리도급계약서를 작성한 시점에 창설되었으며, 이때 위탁자(도급인)과 시공사(수급인)은 인지세 납부의무를 부담한다.2) 수탁자는 신탁사무의 처리에 관하여 필요한 비용을 신탁재산에서 지출할 수 있는바(「신탁법」 제46조), 일반적으로 신탁재산에 관한 제세공과금 등 신탁사무의 처리에 필요한 제비용은 신탁재산에서 지출하거나 수익자가 부담하게 되므로, 처분청의 주장과 같이 공사도급계약 등 승계계약서 작성에 대해 인지세를 납부해야 한다면, 위탁자·수익자와 시공사 등은 하나의 도급계약에 대해 인지세를 두 번 납부해야 하는 불합리한 상황이 발생한다.3) 신탁계약을 체결하지 않을 경