①이 건 토지를 유예기간(1년) 이내에 해당 용도대로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부②이 건 토지 중 농지처분의무기간(1년)을 부과받은 쟁점토지를 제외한 나머지 토지에 대해서는 농지의 사용으로 보아 달라는 청구주장의 당부

①청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 본인 명의로 농산물 출하·유통 등의 사실이 없고, 청구법인이 주장하는 유채꽃 파종과 이에 소요되는 비용의 발생 및 유채기름 생산을 위한 협의 사실만으로 청구법인이 영농행위를 하였다고 보기 어려움. 또한, 현장사진 등에 의하면 2019년부터 2024년까지 영농행위를 한 흔적 등이 확인되지 아니함②이 건 토지 중 쟁점토지를 제외한 나머지 토지에 대하여 농지처분유예 결정을 한 것은 청구법인 재산의 농지처분에 대한 부담을 일부 완화하려는 취지로 보일 뿐 그 나머지 토지에 대해 적법한 자경농지의 사용으로 인정하였다고 보기는 어려운 점, 현장사진 등에서 외관상 농지로 활용하였다고 볼 만한 사정이 확인되지 않았고, 오히려 이 건 토지 중 일부 토지에 근린생활시설 등 복합용도의 건축물이 건축 중이므로 농지의 사용보다는 다른 용도의 사용으로 보이는 점에서 청구주장을 받아들이기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2019.4.24. 제주특별자치도 제주시 애월읍 OOO 토지 OOO㎡[이하 “이 건 토지”라 하고, 이 건 토지 중 처분청(농지과장)으로부터 농지처분의무기간 1년의 부과를 받은 OOO 토지 666㎡와 같은 리 OOO 토지 703㎡ 합계 OOO㎡를 이하 “쟁점토지”라 한다]를 OOO원에 매매로 취득한 후, 이 건 토지를「지방세특례제한법」(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것, 이하 같다) 제11조 제1항에 따른 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산으로 2019.6.21. 감면을 신청하여 취득세 등을 면제받았다. 나. 처분청은 청구법인이 이 건 토지 취득 후 1년의 유예기간까지 정당한 사유없이 해당 용도로 직접 사용하지 아니하여「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에 따른 추징사유가 발생한 것으로 보아, 기 감면한 취득세 등 합계 OOO원(이하 “이 건 취득세”라 한다)을 2025.7.3. 청구법인에게 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.29. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인이 이 건 토지를 취득한 후 유채꽃을 파종하게 된 것과 처분청이 이 건 취득세를 부과한 각각의 경위는 다음과 같다.(가) 청구법인은 영농(양배추 파종 등)할 목적으로 이 건 토지를 취득하였으나 이후 인근이 암반지대라서 정상적인 경작은 어렵다고 보아 우선 농약과 비료를 뿌려 잡초를 제거한 후 토질이 회복되길 기대하면서 2019년 6월부터 유채꽃을 파종하던 중 2020.10.20. 처분청(농지과장)으로부터 쟁점토지가 자경농지로 이용되지 않는다는 지적(2020년도 농지이용실태조사를 말하며, 이하 “이 건 실태조사”라 한다)을 받았으나, 추가 경지정리(암반제거, 축대축조, 절토·성토 등)에 따른 비용 문제로 우선 경운작업만이라도 하면서 유채꽃 파종을 계속하였다.(나) 한편, 처분청(농정과)는 이 건 실태조사를 근거로, 쟁점토지가 자경에 이용되지 않는다고 보아 2021.7.12. 농지처분의무기간 1년을 부과하였고, 이에 청구법인은 2021.7.29. 비용이 들더라도 본격적인 경지정리(개간, 절토·성토 등)를 위해 6개 필지의 이 건 토지를 쟁점토지 1필지로 합병하였다.(다) 위와 같은 청구법인의 장애요인 해소 노력(경지정리, 유채꽃 파종 등)에도 불구하고, 처분청(농지과장)은 2022.10.21. 합병된 이 건 토지 OOO㎡ 전부에 대하여 자경농지가 아니라는 이유로 농지처분명령을 하였고, 청구법인은 2022.11.2. 이의신청을 하였으며, 2022.11.28. 처분청(농지과장)으로부터 농지처분명령 유예결정까지 받았음에도 다시 제주특별자치도 감사위원회는 이 건 실태조사를 근거로 이 건 토지는 영농목적의 취득이 아니라는 취지의 감사결과를 처분청에 통보하면서 이 건 취득세가 부과되었다. (2) 청구법인이 이 건 토지를 취득 후 유예기간(1년)까지 영농에 직접 사용하지 못한 것에 대하여 다음과 같은 정당한 사유가 있다.(가) 처분청은 이 건 실태조사를 근거로 이 건 취득세를 부과하였으나, 동 실태조사는「지방세특례제한법」상 영농목적의 직접 사용 여부를 판단한 것이 아니라 쟁점토지 취득 후 약 1년 6개월이 경과한 시점에서 농지로 사용되는지 여부를 확인하는 것에 불과하고 이러한 취지에서 살펴보면, 처분청(농지과장)은 이 건 토지 전부(OOO㎡)가 아닌 쟁점토지(1,369㎡)에 대해서만 지적을 하였지 나머지 4개 필지(3,208㎡)에 대해서는 농지로 사용되고 있었다는 사실이 반증된다.(나) 청구법인은 이 건 토지 취득일부터 이 건 실태조사까지 약 1년 6개월 동안 방치한 것이 아니라 장애사실 인지 후 경지정리(돌무더기 제거, 잡초제거, 유채꼿 파종, 이 건 토지를 쟁점토지로 합병 등)를 하면서 유채꽃 자경을 하였는바, 처분청(농지과장)도 이러한 노력을 인정하여 농지처분명령을 유예하는 결정을 하였다.(다) 쟁점토지 인근은 흙이 얇고 바위가 많은 일명 빌레지역(제주방언)으로 불려지는 척박한 곳으로 제대로 농작물을 경작하기가 어려움에도 청구법인은 포크레인 등을 이용하여 일부 암반과 돌무더기를 치우고 축대를 쌓아 성토를 하는 등 경지정리를 하면서, 토질이 양호해지기를 기다리면서 경작이 수월한 유채꽃을 우선 파종하였고 이후 본격적인 경지정리를 위한 계획을 준비 중에 있었다,(라) 위와 같은 장애해소 노력과 이를 인정한 처분청(농지과장)의 농지처분명령유예 등을 종합하면, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 정당한 사유가 있다고 보아 이 건 취득세는 취소되어야 함에도 처분청은 단지 제주특별자치도 감사위원회의 감사결과만을 근거로 이 건 취득세를 부과한 처분은 부당하다. (3) 설령, 정당한 사유를 인정받지 못한더라도 처분청(농지과장)이 이 건 토지 중 쟁점토지(1,369㎡)에 대해서만 농지처분명령을 하였을 뿐 나머지 4필지 토지에 대해서는 영농목적의 농지로 보아 그 처분을 유예하는 결정을 하였으므로 같은 취지로 쟁점토지 이외 나머지 필지만이라도 이 건 취득세를 경정하여야 한다. 나. 처분청 의견(1) 청구법인은 유예기간 내 이 건 토지를 영농목적으로 직접 사용한 것으로 볼 수 있다고 주장하며, 영농비용에 해당하는 OOO원 상당의 유채씨 구매 간이영수증 (2019년 10월, 2020년 10월), 장비대 사용료 전자세금계산서(2020년 5월, 한일건기), 제초제 등 거래자별매출상세내역(2020년 6월~2022년 8월), 경운작업비용(2020년 10월~2022년 10월까지 각 OOO원의 일당), 유채밭 파종 사진 등을 제출하였다.그러나 위 영농행위 입증자료들은 대부분이 이 건 토지 취득 이후인 2020년 4월 이후에 구입하거나 지출한 내역이고, 유예기간 내에 구매한 내역 또한 이 건 토지의 규모(OOO㎡)나 취득가액(OOO원)과 비교해 미미한 수준이며, 농작물을 재배하여 출하하였거나 유통한 사실도 확인되지 않으므로 청구법인이 이 건 토지를 유예기간 내 영농목적(기업적 농업경영)에 직접 사용하였다고 보기 어렵다. (2) 청구법인은 이 건 토지 대부분이 암반지대여서 경지정리(암반제거 및 축대를 쌓아 성토)에 비용발생 등 어려움이 있어 우선 유채꽃 파종을 하는 등 영농목적사업에 사용하기 위해 최대한 진지한 노력을 다하였다고 주장하나,이 건 토지의 상태는 취득 이전부터 존재하였던 사실이고, 경지정리의 비용부분도 2024년 7월 이 건 토지 일부 면적에 허가받은 건축공사(창고, 소매점)의 설계비와 시공비만 OOO원에 이르는 점 등에 비추어, 청구법인의 이 건 토지의 취득은 영농보다는 다른 기업경영(창고업 등)에 있었던 것으로 보이므로 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 3. 심리 및 판단가. 쟁 점① 이 건 토지를 유예기간(1년) 이내에 해당 용도대로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부② 이 건 토지 중 농지처분의무기간(1년)을 부과받은 쟁점토지를 제외한 나머지 토지에 대해서는 농지의 사용으로 보아 달라는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 항공사진(카카오맵, 2019~2024년, 별지1 참조)에 의하면, 이 건 토지상에는 다년생 식물의 재배 흔적은 확인되지 않으나, 청구법인이 제출한 현장사진에 의하면 유채꽃이 파종·식재되어 있는 것으로 나타난다.(나) 등기부등본에 의하면, 청구법인은 이 건 토지를 취득할 당시부터 2021.7.28.까지는 6필지이었고, 2021.7.29. 1필지로 합병되었으며, 이후 2024.8.27.부터 다시 2필지로 분할된 것으로 나타난다.＜표1＞ 이 건 토지의 합병·분할 현황○○○(다) 이 건 토지(쟁점토지 포함)에 대한 농지처분명령 등의 경위는 다음과 같다.1) 처분청(농정과장)은 2020.10.20. 이 건 실태조사를 하였고, 그 결과 2021.7.12. 쟁점토지가 자경농지에 해당하지 않는 것으로 보아 농지처분의무기간 1년(「농지법」제10조에 따라 2021.7.13.~2022.7.12.까지)을 부과하였다.2) 이 건 토지는 2021.7.28. 제주특별자치도 제주시 애월읍 OOO로 합병되었다.3) 처분청(농지과장)은 2022.10.21. 위 농지처분의무기간만료에 따라 청구법인에게 농지처분명령(이 건 토지 OOO㎡에 대하여 처분기간 : 2022.10.27.~2023.4.26.)을 하였다.4) 청구법인은 이에 불복하여, 2022.11.2. 이의신청을 하였고, 처분청(농지과장)은 2022.11.28. 농지처분유예 결정을 하였다.5) 청구법인은 2023.1.25. 처분청(농정과장)에게 농지처분명령대상 농지의 지번합병을 이유로 이의신청을 하였고, 처분청(농정과장)은 농지처분명령대상 농지의 면적을 당초 OOO㎡에서 606㎡로 변경하는 결정을 하였다.6) 처분청(농정과장) 2023.3.27. 쟁점토지 중 OOO 703㎡에 대하여 청구법인에게 농지처분명령을 하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2023.4.20. 이의신청을 하였고, 이후 처분청(농정과장)은 농지처분유예 결정을 하였다.(라) 처분 청(건축과장)은 2024.7.18. 이 건 토지 중 합병된 제주특별자치도 제주시 애월읍 OOO 일부 토지(OOO㎡)상에 건축허가를, 2024.10.16. 착공신고필증을 교부하였다.○○○(마) 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 유예기간까지 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하며 다음의 입증자료를 제출하였다.1) 간이영수증에 의하면, 청구법인은 2019.10.6. 공급자 OOO(대표자 a)로부터 유채씨 20본을 OOO원에 구입하였다.2) 전자세금계산서에 의하면, 청구법인은 2020.5.8. 공급자 OOO로부터 장비대여료로 OOO원을 지급하였다.3) 거래일자별매출상세내역에 의하면, 청구법인은 2020.6.23.부터 2022.8.5.까지 OOO 종합유통센터지점으로부터 농약, 원예자재, 비료 등 영농자재 OOO원을 구입하였다.4) 확인서에 의하면, b는 2022.11.4. 청구법인 요청에 의해 2020년 10월 중순경부터 2022년 10월 26일까지 총 3회에 걸쳐 쟁점토지 등에 경운작업을 하였고, 현장에서 매 OOO원씩 총 OOO원을 작업대금으로 수령하였다고 진술하였다.5) 확인서에 의하면, OOO의 대표자 a(다년생 식물등을 이용한 착유업자)는 2026.6.15. 청구법인(대주주 c)으로부터 2020년부터 거래·상담을 하였으며, 당시 청구법인은 제주도 내 농지에서 재배한 유채를 활용한 사업가능성에 관심을 가지고 유채유 활용방법, 유채유 생산가능성, 착유 관련 사항에 대하여 수차례 협의한 사실이 있었으나, 실제 사업화 단계에서 원료 품질 및 경제성 등의 문제로 계획이 중단 또는 취소된 사실이 있다는 등의 취지로 진술을 하였다.(바) 제주특별자치도 감사위원회는 청구법인 소유 쟁점토지에 대하여 「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에 따른 취득세 추징사유 발생 취지의 감사지적을 처분청에 하였고, 처분청은 2025.7.3. 청구법인에게 이 건 취득세를 다음과 같이 부과하였다.[표2] 이 건 취득세 부과현황○○○(사) 청구법인은 2025.7.29. ① 이 건 취득세 부과처분의 제척기한에 관하여, ② 쟁점토지를 유예기간 내에 해당 용도대로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다는 것에 관하여, ③ 이 건 취득세 가산세 부과처분에 관하여 각각 부당하다고 주장하면서 이 건 심판청구를 제기하였으나, 이후 2026.7.25. 위 ①·③에 관하여는 심판청구를 취하하는 내용의 청구변경신청을 하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 장애사실(암반지대 등)이 있음에도 일부 필지에 다년생 식물인 유채꽃 등을 파종하는 등 영농목적에 직접 사용하기 위하여 진지한 노력을 다하였다고 주장한다.1) 「지방세특례제한법」제11조 제1항에서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다고 규정하면서 제2호에서「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인을 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다.또한, 같은 조 제3항에서 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하면서 제1호에서 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우를 규정하고 있다.2) 「지방세특례제한법」상의 정당한 사유를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 하고(대법원 2023.8.18. 선고 2022두48721 판결, 같은 뜻임), 「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에 따른 농업회사법인의 해당 용도 직접 사용이란「농업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따라 농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하는 것을 의미한다 할 것이다(조심 2021지2342, 2022.9.14. 같은 뜻임).3) 위 규정과 법리 등을 살펴보면, 청구법인은 이 건 토지를 취득한 후 본인 명의로 농산물 출하·유통 등의 사실이 없는 점, 청구법인이 주장하는 유채꽃 파종과 이에 소요되는 비용(2019~2024년까지 경작비용 약 OOO원 등)의 발생 및 유채기름 생산을 위한 협의사실만으로는 청구법인이 위의 기업적 영농행위를 하였다고 보기 어려운 점, 현장사진에 의하면 청구법인이 이 건 토지를 취득한 2019년부터 2024년까지 영농행위를 한 흔적 등이 확인되지 않고 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다 할 것이다.(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 당초에 이 건 토지 전체(OOO㎡)에 대하여 농지처분의무기간 1년을 부과받았으나 이후 이의신청을 거쳐 최종 쟁점토지(OOO㎡)를 제외한 나머지 토지(3,298㎡)에 대해서는 농지처분유예의 결정을 받았으므로 이를 농지의 사용으로 보아 그 해당 부분만이라도 이 건 취득세를 경정하여야 한다고 주장하나,처분청(농지과장)이 이 건 토지 중 쟁점토지를 제외한 나머지 토지에 대하여 농지처분유예 결정을 한 것은 청구법인 재산의 농지처분에 대한 부담을 일부 완화하려는 취지로 보일 뿐 그 나머지 토지에 대하여 적법한 자경농지의 사용으로 인정하였다고 보기는 어려운 점, 현장사진 등 외관상으로도 쟁점토지를 포함한 나머지 토지도 여전히 농지로 활용하였다고 볼 만한 사정이 확인되지 않는 점, 오히려 이 건 토지 중 일부 토지에 근린생활시설 등 복합용도의 건축물이 건축 중으로 농지의 사용보다는 다른 용도의 사용으로 보이는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아 들이기는 어렵다 할 것이다.(다) 따라서,「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에 따라 처분청이 이 건 토지를 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우로 보아, 이 건 토지에 대하여 이 건 취득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제7항과 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지1＞ 이 건 토지 현장사진(2019 ~ 2024년)○○○＜별지2＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2017.12.26. 법률 제15295호로 개정된 것)제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8. "직접 사용"이란 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등의 소유자가 해당 부동산·차량·건설기계·선박·항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다.제11조(농업법인에 대한 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농업법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2019년 12월 31일까지 면제한다. 1. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인2. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제19조에 따른 농업회사법인② 농업법인이 영농ㆍ유통ㆍ가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2020년 12월 31일까지 경감한다. ③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(2) 농지법제10조(농업경영에 이용하지 아니하는 농지 등의 처분) ① 농지 소유자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 되면 그 사유가 발생한 날부터 1년 이내에 해당 농지(제6호의 경우에는 농지 소유 상한을 초과하는 면적에 해당하는 농지를 말한다)를 그 사유가 발생한 날 당시 세대를 같이 하는 세대원이 아닌 자, 그 밖에 농림축산식품부령으로 정하는 자에게 처분하여야 한다. 1. 소유 농지를 자연재해ㆍ농지개량ㆍ질병 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유 없이 자기의 농업경영에 이용하지 아니하거나 이용하지 아니하게 되었다고 시장(구를 두지 아니한 시의 시장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)ㆍ군수 또는 구청장이 인정한 경우② 시장ㆍ군수 또는 구청장은 제1항에 따라 농지의 처분의무가 생긴 농지의 소유자에게 농림축산식품부령으로 정하는 바에 따라 처분 대상 농지, 처분의무 기간 등을 구체적으로 밝혀 그 농지를 처분하여야 함을 알려야 한다.