적격인적분할로 구주가 소멸하고 신주를 취득하는 경우는 ?조세특례제한법? 제38조제2항제2호에 따른‘처분’에 해당하는지 여부

1. 사실관계 ○ 질의법인은 자신이 보유한 B법인 주식을 A법인의 신주와 포괄적 교환을 함으로써, B법인은 A법인의 완전자회사가 되고 질의법인은 A법인의 지주회사가 되었음 ○ 질의법인은 「조세특례제한법」 제38조 에 따른 과세특례를 적용하여 B법인 주식의 양도차익에 대해 과세이연(압축기장충당금 설정)을 받았음 ○ 한편, A법인은 적격분할을 할 예정인바, 이 경우 질의법인이 보유하고 있는 A법인의 주식 일부가 소멸되는 대신 질의법인은 분할대가로 분할신설법인의 주식을 받을 예정임 2. 질의요지 ○ 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환으로 발생한 양도차익에 대해 조세특례제한법 제38조 에 따라 과세이연을 받은 경우로서, 완전모회사(A법인)의 적격분할로 인해 완전자회사(B법인)의 주주가 보유한 완전모회사(A법인) 주식의 일부가 소멸되고 분할신설법인의 주식을 받은 경우, 과세이연이 중단되는지 여부 3. 관련 법령 ○ 조세특례제한법 제38조 【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 ｢상법｣ 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. 1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다. 2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환·이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것 3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것 ② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 ｢법인세법｣ 제52조제2항 에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 해당 사유의 발생 사실을 발생일부터 1개월 이내에 완전자회사의 주주에게 알려야 하며, 완전자회사의 주주는 제1항에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부하여야 한다. 1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우 2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 ③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다. ○ 조세특례제한법 시행령 제35조의2 【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 법인의 과세특례】 ① 내국법인(이하 이 조에서 "완전자회사"라 한다)의 주주인 법인(내국법인 및 ｢법인세법｣ 제91조제1항 에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 보유주식을 법 제38조제1항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "완전모회사"라 한다)에 주식의 포괄적 교환 또는 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)을 하고 과세를 이연받는 경우에는 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 상당하는 금액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 이 경우 손금에 산입하는 금액은 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. 1. 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 완전모회사 주식(법 제38조제1항제2호에 따라 받은 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상인 경우에는 완전모회사의 완전모회사의 주식을 말한다. 이하 이 조에서 "완전모회사등주식"이라 한다)의 가액, 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액(이하 이 조에서 "교환ㆍ이전대가"라 한다)에서 주식의 포괄적 교환등으로 양도한 완전자회사의 주식의 취득가액을 뺀 금액 2. 제1호의 금액과 교환ㆍ이전대가로 받은 완전모회사등주식 외의 금전, 그 밖의 재산가액의 합계액 중 작은 금액 ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 법인이 완전모회사등주식을 처분하는 사업연도에 다음 계산식에 따른 금액을 익금에 산입하되, 자기주식으로 소각되는 경우에는 익금에 산입하지 아니하고 소멸하는 것으로 한다. 이 경우 주식의 포괄적 교환등 외의 다른 방법으로 취득한 완전모회사등주식이 있으면 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다. ⑥ 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에서 "대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주"란 완전자회사의 ｢법인세법 시행령｣ 제43조제3항 에 따른 지배주주등(그와 같은 조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자를 포함한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주를 말한다. 1. ｢법인세법 시행령｣ 제43조제8항제1호 가목의 친족 중 4촌인 혈족 2. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전자회사에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자 ⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다. ⑫ 완전자회사의 주주는 제11항의 기간에 법 제38조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 다음 각 호의 구분에 따라 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 1. 완전자회사의 주주가 거주자등인 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내에 법 제38조제1항에 따라 이연받은 세액(이연받은 세액 중 이미 납부한 부분과 이 조 제3항에 따라 납부한 세액을 제외한다)을 납부. 이 경우 완전모회사등주식을 양도하는 경우에는 그 주식의 취득가액을 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 완전모회사등주식의 시가로 한다. 2. 완전자회사의 주주가 법인인 경우: 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 제1항에 따라 압축기장충당금으로 손금에 산입한 금액 중 제2항에 따라 익금에 산입하고 남은 금액을 익금에 산입 ⑬ 법 제38조제3항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 법 제38조제1항제2호 및 같은 조 제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전모회사 및 제6항에 따른 주주*가 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 * 지배주주 2. 법 제38조제1항제3호 및 같은 조 제2항제1호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 완전자회사가 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 ○ 법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】 ① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다. 나. 해당 주주등이 사망하거나 파산하여 주식등을 처분한 경우 다. 해당 주주등이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할 또는 적격현물출자에 따라 주식등을 처분한 경우 라. 해당 주주등이 ｢조세특례제한법｣ 제38조 ㆍ제38조의2 또는 제121조의30에 따라 주식등을 현물출자 또는 교환ㆍ이전하고 과세를 이연받으면서 주식등을 처분한 경우 마. 해당 주주등이 ｢채무자 회생 및 파산에 관한 법률｣에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식등을 처분하는 경우 바. 해당 주주등이 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제34조제6항제1호 에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 약정 또는 같은 항 제2호에 따른 기업개선계획의 이행을 위한 특별약정에 따라 주식등을 처분하는 경우 사. 해당 주주등이 법령상 의무를 이행하기 위하여 주식등을 처분하는 경우