① 산업단지 준공일 이후 쟁점토지가 종합합산과세대상에 해당하는지 여부② 쟁점토지 중 1공구 토지를 정당한 사유 없이 그 조성공사가 끝난 날부터 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니한 경우인지 여부

「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제5호 나목을 적용하여 쟁점토지를 분리과세대상으로 구분하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단됨. / 토지 취득 이전부터 이미 법령의 규정에 의하여 사용금지 또는 제한된 토지를 취득하고 그 제한 또는 금지가 계속됨으로써 법인의 고유업무에 직접 사용하지 못하게 된 경우까지 정당한 사유로 포함할 수는 없음. 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2014.12.15.부터 2016.10.6.까지 충청남도 천안시 OOO를 포함하여 충청남도 천안시 OOO 일원 토지를 총 23회에 걸쳐 취득하고, 「지방세특례제한법」(2014.11.19. 법률 제12844호로 개정된 것, 이하 같다) 제78조 제1항 및 「충청남도 도세감면 조례」(2015.4.10. 조례 제3981호로 시행된 것, 이하 같다) 제7조의2 규정에 따라 산업단지시행자가 산업단지를 조성하기 위하여 취득하는 토지로서 취득세를 감면 받았다.나. 청구법인은 2015.6.1. 충청남도 천안시 OOO 일원에 대한 산업단지 실시계획인가를 받아 AAA일반산업단지(이하 “쟁점산업단지”)의 시행자로 지정되었으며, 이후 2021.10.5. 충청남도 천안시 공고 OOO에 따라 1공구 토지 180,491.7㎡ 및 단지 외 준용도로 20,435.9㎡에 대한 준공인가를 받았고 2022.12.30. 충청남도 천안시 공고 OOO에 따라 2공구 토지 207,881.4㎡(1공구 토지와 합하여 “쟁점토지”라 한다)에 대한 준공인가를 받았다.다. 처분청은 쟁점토지가 조성공사가 끝난 후 3년 이내에 해당 용도로 직접 사용하지 아니하고 사실상 잡종지 및 조성공사만 끝난 대지상태로 방치되고 있다는 것으로 보아「지방세법」제106조 제1항 제1호의 종합합산과세대상으로 구분하고 「지방세특례제한법」 제78조 제3항 제2호 가목 규정(1공구 토지만 해당)에 따라 2025.3.5. 청구법인에게 2022~2024년도 재산세 등을 아래 ＜표＞와 같이 부과·고지하였다.＜표＞ 청구법인에게 한 부과·고지내역○○○라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.9 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점토지를 직접사용하지 않거나 분양ㆍ임대 계약을 체결하지 않았다면 산업단지 준공인가일 후 5년이 경과한 날까지는 종합합산과세대상이 아닌 분리과세대상에 해당하는 것이다.(가) 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 사목 및 같은 법 시행령 제102조 제7항 제5호 나목에서는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조에 따른 산업단지개발사업의 시행자가 실시계획의 승인을 받아 조성공사에 제공하는 토지 중 준공인가일 이후에도 분양ㆍ임대 계약 체결이 되지 아니한 경우에는 준공인가일 후 5년이 경과한 날과 토지공급완료일 중 먼저 도래하는 날까지 분리과세 대상으로 규정하고 있다.(나) 쟁점산업단지는 2010.5.25. 법률 제10317호로 「수도법」 제7조의2 및 및 같은 법 시행령 제14조의2가 신설된 이후 지정된 산업단지에 해당함에 따라 동 법령의 적용을 받아 쟁점산업단지의 약 63%가 공장설립제한지역으로 화장품 제조업에 사용할 수 없는 상황이었다.상기 문제를 해결하고자 청구법인과 산업단지 지정권자인 처분청은 지속적인 협의를 하여 2014.12.16. 처분청으로부터 본건 사업의 원활한 추진을 위한 행정적 지원을 주요 내용으로 업무협약을 체결하였고, 공장설립제한지역 지정 해제가 되지 아니한 상태로 청구법인은 쟁점산업단지 조성공사에 착수하였다.쟁점토지는 관계법령상 제한으로 인해 산업단지 유치업종에 해당하는 산업용 건축물 취득이 불가능함에도 천안시장으로부터 2021.10.5. 1공구 180,491.7㎡와 2022.12.30. 2공구 207,881.4㎡에 대해 준공인가를 받았다.준공인가일 이후 2024.8.17. 환경부령 제1113호로「수도법 시행규칙」 제2조의3 제2호 나목의 신설 전까지 실시계획 인가 사항에 기재된 유치업종(화장품 제조업만 가능)에 해당하는 공장 설립이 제한되어 청구법인은 조성한 산업용지를 직접 사용하거나 분양ㆍ임대하는 것이 불가능한 상황이었다.(다) 따라서 쟁점토지는 산업단지 조성공사에 제공하는 토지로서 개발사업의 시행자가 직접 사용하거나 분양ㆍ임대 계약이 체결되지 않은 토지이므로 「지방세법 시행령」 제102조 제7항 제5호 나목에 따라 준공인가일 후 5년이 경과한 날까지 분리과세대상으로 구분해야 하는 것이므로 준공인가일 후 5년이 경과하지 아니한 쟁점토지에 대해 처분청이 종합합산과세대상으로 구분하여 재산세 등을 부과한 처분은 부당하다.(2) (쟁점토지 중 1공구 토지) 청구법인은 법령상 장애가 해소된 이후 공장설립승인을 위한 용역 계약을 체결하는 등 쟁점토지를 산업용건축물 부속토지로 사용하기 위한 정상적인 노력을 기울이고 있는바, 감면받은 부동산을 조성공사가 끝난 날부터 3년 내 직접 사용하지 아니한 정당한 사유가 있다.(가)「지방세특례제한법」 제78조 제3항에서는 사업시행자가 조성 후 직접사용하기 위해 보유하는 부동산 중 수도권 외 소재 산업단지에 대해서는 조성이 완료된 후 최초로 납세의무가 성립한 날부터 5년간 재산세의 60%를 경감한다고 규정하면서 1) 정당한 사유 없이 조성공사가 끝난 날로부터 3년 이내 직접 사용하지 않거나 2)직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 등 다른 용도로 사용하는 경우 경감된 세액을 추징한다고 규정하고 있다.(나) 사후관리 규정 중 “정당한 사유”에 대해 명문의 규정은 없으나 대법원(2016.4.28. 선고 2016두32251)은 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득 목적에 비추어 그 용도에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 법령상·사실상의 장애사유 및 그 장애정도, 토지를 그 용도에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여야 한다고 판단하고 있다.(다) 쟁점토지 중 1공구는 2021.10.5. 천안시청으로부터 산업단지 부분 준공인가를 받았으나 준공인가일 이후에도 산업단지 유치업종이 「수도법」에 따른 공장설립 승인구역 내 설치될 수 없음에 따라 「수도법 시행규칙」이 개정된 2024.8.17.까지 관계법령에 따라 건축허가가 불가능한 토지로 청구법인은 법률상 장애가 해소된 2024.8.17. 이후 개정 법령의 요건을 충족하여 공장설립승인을 받고자 2025.4.1. (주)BBB엔지니어링과 환경안전 위탁용역계약을 체결하여 환경 관련 법규 준수, 환경 오염방지, 안전 관리 등을 수행할 예정이다.1공구 토지는 조성공사가 끝나 부분준공 인가를 받았음에도 「수도법」 등 관계법령의 제한으로 인해 인가받은 산업단지 실시계획 상 유치업종 영위가 불가능하였던 점, 청구법인이 처분청과 공장설립 제한을 해결하기 위한 노력을 계속 기울여 환경보전대책을 수립하고 일정 요건을 갖춘 경우 지방자치단체장의 승인을 받아 공장설립이 가능하도록 2024.8.17. 「수도법 시행규칙」 개정을 위해 지속적인 노력을 기울인 점, 「수도법 시행규칙」개정 후 ㈜BBB엔지니어링과 환경안전 위탁용역계약을 체결하여 법령에서 요구하는 환경보전대책을 수립하여 향후 공장설립승인 절차 추진 중에 있는 점 등을 참고하여야 한다.나. 처분청 의견(1) 청구법인이 주장하는「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호는 2020.12.31. 대통령령 제31343호로 일부 개정된 조항으로서 기존 분리과세대상토지를 산업단지개발사업의 시행자 소유토지에서 → 산업단지개발사업에 제공 토지로, 분리과세대상 기간은 산업단지조성공사 착공일부터 조성공사 완료에서 → 산업단지조성공사 착공일부터 분양·임대 완료 시까지(조성공사 완료 후 5년 한도)로 개정하였다.(가) 청구법인은 사업시행자이자 직접사용자로「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호 가목의 적용대상으로 나목을 적용할 이유가 없으므로 준공인가일 후 5년이 경과한 날까지 분리과세대상으로 구분할 수 없다.만약 상기 법령의 개정취지가 분양·임대용 산업단지토지 외에 실수요자이자 사업시행자인 법인들이 산업용건축물을 미착공한 토지까지 산업단지 조성공사 완료 후 최대 5년 이내의 분리과세 기간 혜택을 주려 했다면, 「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호 중 “산업단지조성공사에 제공하는 토지”라는 조문 대신 “산업단지조성공사가 완료된 토지”로, 그리고 가목 “사업시행자가 직접 사용”이라는 조문 대신 “사업시행자가 아직 산업용건축물을 착공하지 않은”이라고 명시하면서 동시에 조성공사 완료 후 최대 5년의 범위 내에서 조성공사 준공일부터 건축물의 착공일까지로 명시하였어야 한다.결국 개정된「지방세법 시행령」제102조 제7항 제5호 규정은