10년의 부과제척기간을 적용한 처분의 당부 등

청구법인이 허위의 회계장부를 작성하여 법인세를 신고한 행위는 법인소득에 대한 적극적인 은닉의도가 있었던 것으로 보아 10년의 부과제척기간을 적용하는 것이 정당하나, 조세일실 사실 등이 없다면 세금계산서 불성실 가산세를 제외한 본세의 제척기간은 5년으로 보는 것이 타당하므로, 쟁점매입처의 0000년 및 0000년 제1기 부가세 경정청구 및 매출세액 환급 여부 등을 재조사 OOO세무서장이 2023.8.1. 등 청구법인에게 한 2017년∼2019년 사업연도 법인세 합계 OOO원, 2017년 제1기∼2019년 제1기 부가가치세 합계 OOO원의 각 부과처분 및 2023.8.25. 청구법인에게 한 2017~2019년 소득금액변동통지 처분은, 2017~2019년 소득금액변동통지 처분에 대한 심판청구는 각하하고, 2017년 제1기∼2019년 제1기 부가가치세 부과처분은 청구법인이 주식회사 A에게 지급한 공사대금 중 처분청이 가공세금계산서 수취 금액으로 본 OOO원에 대하여 주식회사 A이 해당 매출세금계산서 상당액에 대한 부가가치세를 신고·납부하였는지 여부 및 주식회사 A이 경정청구를 통해 해당 매출세액을 환급받은 사실이 있는지 여부를 재조사하여, 주식회사 A이 해당 부가가치세를 신고·납부한 사실이 있고 그 후 경정청구를 통해 매출세액을 환급받은 사실이 나타나지 아니하는 경우 10년의 부과제척기간 적용을 배제(세금계산서불성실가산세 제외)하여 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 OOO 개업하여 경기도 OOO, OOO 등에서 주택신축판매업을 영위하고 있는 법인사업자이고, 청구법인의 2017~2019사업연도 주매입처는 시공업체인 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)이다.나. OOO세무서장은 2021.5.3.~2021.8.20. A에 대한 2017~2018사업연도 법인통합조사를 실시한 결과, A이 청구법인으로부터 지급받은 공사대금 중 일부인 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 즉시 현금으로 출금하여 청구법인 계좌에 재입금한 사실을 확인하였고, 이에 대하여 청구법인의 가공매입세금계산서·가공매입계산서 수취 혐의 및 가공 공사원가 계상 혐의로 청구법인의 관할 세무서장인 처분청에 과세자료를 통보하였다.다. 처분청은 2023.4.12.부터 2023.7.9.까지 청구법인에 대하여 세무조사(대상기간 2017～2019사업연도)를 실시한 결과 청구법인이 A에게 쟁점금액을 공사대금으로 지급한 것처럼 가장한 후 현금으로 즉시 되돌려 받는 방법으로 매입세금계산서 및 매입계산서를 과다수취하고 공사원가를 가공으로 계상한 것으로 보아 ＜별지1＞과 같이 2023.8.1. 2017년∼2019년 사업연도 법인세 합계 OOO원 및 2017년 제1기∼2019년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지(법인세 경정·고지를 이하 “이 건 법인세 부과처분”이라 하고, 부가가치세 경정·고지를 이하 “이 건 부가가치세 부과처분”이라 하며, 이 건 법인세 부과처분과 이 건 부가가치세 부과처분을 합하여 이하 “이 건 법인세·부가가치세 부과처분”이라 한다)하였다.라. 또한, 처분청은 이 건 법인세 부과처분과 관련하여 B를 청구법인의 실제 대표자로 보고 ＜별지1＞과 같이 쟁점금액을 B에 대한 상여로 소득처분하여 2023.8.25. 청구법인에게 2017~2019년 소득금액변동통지(이하 “이 건 소득금액변동통지”라 하고, 이 건 법인세·부가가치세 부과처분과 합하여 이하 “이 건 부과처분”이라 한다)를 하였다.마. 청구법인은 이 건 법인세·부가가치세 부과처분에 불복하여 2023.8.28. 이의신청을 거쳐 2024.1.3. 심판청구(조심 2024인352)를, 이 건 소득금액변동통지에 불복하여 2024.2.28. 심판청구(조심 2024인2064)를 각 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 이 건 소득금액변동통지에 대한 심판청구는 청구기간 내 제기된 적법한 청구이다.처분청은 2023.8.20.경 이 건 소득금액변동통지서를 발송하였으나, 청구법인의 사무실 소재지로 기재된 건물이 아닌 다른 건물 아파트의 경비원이 이를 수령하였고, 소득금액변동통지서를 수령하였던 경비원은 청구법인에 통지서를 전달하지 않고 사직하였다. 이러한 사정으로 청구법인은 위 송달 당시에는 소득금액변동통지 처분의 존재를 알 수 없었다.처분청은 소득금액변동통지 처분에 따른 청구법인의 후속조치가 없자 2023년 12월 초 청구법인 및 청구법인의 세무대리인에 연락을 하였고, 청구법인은 위 시점에 이르러서야 소득금액변동통지 처분이 이루어진 사실을 알고 소득금액변동통지서를 송달받은 사실이 없음을 처분청에 알렸다. 그러자 처분청은 2023.12.8. 청구법인에게 소득금액변동통지서를 전자팩스로 송달하였다.결국, 청구법인은 2023.12.8. 소득금액변동통지서를 전자팩스로 수신함으로써 비로소 소득금액변동통지 처분이 있음을 현실적으로 알게 되었으므로, 이 일자를 기준으로 심판청구 기한을 준수하였는지 여부를 판단해야 한다. 그런데 이 건 심판청구는 2023.12.8.로부터 90일 이내인 2024.2.28. 이루어졌으므로 심판청구 기한 내에 적법하게 이루어졌다.(2) 청구법인이 A에 공사대금을 지급한 후 해당 금액의 전부 또는 일부를 반환받은 것은 청구법인이 A에 금전을 대여한 후 그 대여금을 반환받은 것, 그리고 착오로 송금한 공사대금을 재계산하는 과정에서 반환받은 것이므로 쟁점금액은 공사원가를 가공으로 계상한 금액이 아니다.(가) 청구법인은 A에 공사대금을 지급한 후 이를 반환받는 방법으로 대여금을 반환받았다.1) 청구법인은 2016년 9월부터 2018년 2월까지 경기도 OOO 주상복합건물 등에 관하여 A을 수급인으로 하는 건설공사 도급계약을 체결하였다.A을 실질적으로 설립·운영한 C(실무상 직책은 A 회장)은 청구법인을 실질적으로 운영하는 B와 고향친구로, A은 건설회사 및 시공사의 특성상 수시로 각종 비용이 발생하였고, 자금부족에 시달리는 일이 점차 빈번해지자 대표 사이에 친분이 있는 청구법인에 도움을 요청하였다.청구법인은 몇 차례 A의 요청으로 A의 협력사인 주식회사 D(이하 “D”이라 한다) 및 주식회사 E(이하 “E”이라 한다) 등에 금전을 이체하다가, 이후 법적 분쟁의 가능성 등을 고려하여 서면으로 된 차용증을 작성할 필요성을 느꼈다. 이에 청구법인과 A은 2016.12.15.부터 2018.3.15.까지 5회에 걸쳐 서면으로 차입금에 관한 차용증을 작성하였다. 차용증 기재에 의하면, C은 채무자를 A, 채권자를 청구법인 B 회장으로 하여 5회에 걸쳐 총 OOO원을 차입하는 것으로 되어 있다.＜표1＞ 차용증 기재상 A의 차입금 내역○○○양 당사자는 통상적인 소비대차계약을 체결하였다기보다는, A이 자금을 필요로 할 때마다 청구법인이 A을 금전적으로 지원해주고 나중에 청구법인이 A에 공사비를 지급할 때 정산하는 방식의 계약 또는 협력관계를 맺은 것으로 파악하였다. 이에 따라 청구법인과 A은 매우 간단한 양식의 차용증만을 작성하였고 이자에 대한 약정조차 두지 않았다. 또한, 청구법인은 A에게 차용증에 기재된 각 금액을 한꺼번에 지급하기보다는 A의 협력사 또는 A에게 이체하는 등의 방법으로 A의 필요 및 요청에 따라 나누어서 대여하기로 합의하였다.차입금 변제의 경우, 차용증 기재에 의하면 A은 차입금을 청구법인의 건축공사대금과 추후 정산하는 방법으로 변제하기로 하였고, 이에 따라 A은 청구법인이 2017.2.7.부터 2019.7.30.까지 10회에 걸쳐 A에 기성고에 따른 공사대금을 입금하면 그 금액의 전부 또는 일부를 다시 청구법인에게 입금하는 방법으로 차입금을 순차적으로 변제하였으며, 이와 같이 A이 청구법인에게 상환한 금액은 합계 약 OOO원(이하 “쟁점금액①”이라 한다)이다.＜표2＞ 청구법인의 대여 및 A의 상환 내역○○○청구법인은 2017.2.27. 등 각 일자에 공사대금을 A로 계좌이체하면서 해당 금액을 ‘외상매입금’ 계정에서 차감하여 회계처리하였고, A로부터 차입금의 변제 명목으로 공사대금의 전부 또는 일부를 상환받으면서 해당 금액을 ‘가수금’ 계정으로 회계처리하였다. 구체적인 회계처리 예시는 아래 ＜표3＞과 같다.＜표3＞ 쟁점금액① 회계처리 예시(2017.9.4.)○○○2) 한편, 처분청은 대여금을 B와 C의 개인적인 금전대여에 기한 것으로 보고 있고, B가 이와 같은 취지로 진술한 것은 사실이나, B는 사실상 본인의 1인회사인 청구법인을 운영하면서 본인과 청구법인을 동일하게 취급하여 위와 같이 진술하였을 뿐, 실제로 대여거래는 청구법인과 A 간에 이루어졌다. 각 차용증에 채권자가 “㈜F B 회장님”, 채무자가 “㈜A”로 기재되어 있다는 점에 비추어 보아도 B는 청구법인의 대표자 지위에서 차용증을 작성한 것이고 차용계약상 당사자는 청구법인과 A로 보는 것이 타당하다.3) 청구법인은 A에게 대여금을 실제로 지급하였다.가) 청구법인은 각 차용증에 따른 대여금을 바로 송금하지 않고 아래 ①~④와 같이 다양한 경로로 A에게 직접 또는 A의 거래처 등에게 지급하였다.＜표4＞ 청구법인의 대여금 지급내역○○○① 청구법인이 A의 비용에 대한 대급금으로 A의 거래처 등에 직접 금전을 이체한 유형에 해당하는 OOO원청구법인과 A은 대여금 중 일부를 A의 비용에 대한 대급금의 형태로 지급하기로 합의하였고, 이에 따라 청구법인은 A이 요청하는 금액을 A(또는 A의 협력사인 D 및 E)의 거래처 등에 직접 이체하였다. 이러한 방식으로 청구법인이 A의 비용을 대신 지급한 내역은 ＜별지2＞와 같다. 즉, 청구법인은 A(또는 A의 협력사인 D 및 E)이 거래처에 지급하여야 할 비용 및 벌금, 보상금 등을 대신 지급함으로써 A에게 금전을 대여하여 왔다.② 청구법인