당초 연말정산 시 과다하게 신고된 총급여를 수정하여 제출할 경우 납부세액 환급 가능 여부 등

1.사실관계 ○ 현재 회사에서 근무하는 근로자이며, 2015년부터 회사에서 국세청 및 국민연금 및 건강보험, 고용산재보험공단에 월급여로 신고한 금액 중에 일부 금액(대략 24만원 가량)은 급여가 아니지만, 회 사가 회계 처리를 위해 임의로 급여로 신고했으며, 이렇게 과다하게 신고된 급여로 인해 4대보험 및 주민세 및 소득세가 과다납부 되었음 2.질의내용 ○ (질의1) 세금 책정의 기준이 되는 월 급여액을 높게 신고하여 과 다 납부된 세금 차액을 환급 받을 수 있는지 알고 있음(국민연금 및 건강보험공단에 문의시 먼저 국세청의 정정 이후 정산 요청이 가능하다는 답변을 받았음) ○ (질의2) 질의 1이 가능하다면 정정 방법과 과정, 환급이 어떻게 이 루어지는지 또 정정 가능한 기간이 얼마나 되고 근로자가 준비해야 할 사항이 있는지 알고 싶음 ○ (질의3) 그리고 이미 신고되어 확정된 월 급여액을 번복하여 정정 함으로써 회사나 근로자에게 발생하는 불이익이 있는지 알고 싶음 3.관련법령 ○ 소득세법 제164조 【지급명세서의 제출】 ① 제2조에 따라 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득을 국내에서 지급하는 자(법인, 제127조 제5항에 따라 소득의 지급을 대리하거나 그 지급 권한을 위임 또는 위탁받은 자 및 제150조에 따른 납세조합, 제7조 또는 ｢법인세법｣ 제9조 에 따라 원천징수세액의 납세지를 본점 또는 주사무소의 소재지로 하는 자와 ｢부가가치세법｣ 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지급명세서를 그 지급일 (제131조, 제135조, 제144조의5 또는 제147조를 적용 받는 소득에 대해서는 해당 소득에 대한 과세기간 종료일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 이 속하는 과세기간의 다음 연도 2월 말일 (제3호에 따른 사업소득과 제6호에 따른 기타 소득 중 종교인소득 및 제7호에 따른 봉사료의 경우에는 다음 연도 3월 10일 , 휴업, 폐업 또는 해산한 경우에는 휴업일, 폐업일 또는 해산일이 속하는 달의 다음다음 달 말일)까지 원천징수 관할 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 4. 근로소득 또는 퇴직소득 ○ 소득세법 제81조의11 【지급명세서 등 제출불성실 가산세】 ① 제164조·제164조의2 또는 ｢법인세법｣ 제120조 ·제120조의2에 따른 지급명세서(이하 이 조에서 "지급명세서"라 한다)나 이 법 제164조의3에 따른 간이지급명세서(이하 이 조에서 "간이지급 명세서"라 한다)를 제출하여야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호에서 정하는 금액을 가산세로 해당 과세기간의 종합소득 결정세액에 더하여 납부하여야 한다. 2. 제출된 지급명세서등이 대통령령으로 정하는 불분명한 경우에 해당하거나 제출된 지급명세서등에 기재된 지급금액이 사실과 다른 경우 : 다음 각 목의 구분에 따른 금액 가. 지급명세서의 경우: 불분명하거나 사실과 다른 분의 지급 금액의 100분의 1 . 다만, 일용근로소득에 대한 지급명세서의 경우에는 불분명하거나 사실과 다른 분의 지급금액의 1만분의 25로 한다. ○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하 여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세 표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때