쟁점주택들이 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목에 해당하여 쟁점주택들을 합산배제 적용에서 제외되는 주택으로 보아 종합부동산세 등을 부과한 처분의 당부

쟁점주택들을 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외하여 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨. 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 주택임대업을 영위하는 법인으로 2009.1.8. 설립된 후, 2009.1.15. 부산광역시 금정구 OOO소재 공동주택 19개 호실(이하 “쟁점주택①”이라 한다) 및 부산광역시 금정구 OOO소재 공동주택 19개 호실(이하 “쟁점주택②”라 한다)을 각 취득하였고, 부산광역시 부산진구 OOO소재 오피스텔 2개 호실(이하 “쟁점주택③”이라 하고, 쟁점주택①ㆍ②ㆍ③을 합하여 이하 “쟁점주택들”이라 한다)을 2015.10.28. 취득한 후, 2021.12.8. 장기일반민간임대주택으로 신고하였다.나. 한편, 쟁점주택①ㆍ②는 2009.12.22. 부산광역시 사하구청에 임대사업자등록하였으나, 2021.6.15. 임대사업자등록이 자동말소되었다.다. 처분청은 “2025년 종합부동산세 임대주택 등 합산배제 점검”에 따라 청구법인의 장기일반민간임대주택 등록일이 2020.6.18. 이후인 사실을 확인하고 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목 2)에 따라 쟁점주택들에 대하여 2025.10.15. 청구법인에게 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원(농어촌특별세 OOO원 포함)을 결정·고지하였다.라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.24 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 2009.1.8. 설립되었으며 2009.12.22. 쟁점주택①ㆍ②를 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대주택으로 등록 후 임대하였으나, 해당 임대사업자 등록증이 ‘자동말소’된 이후 2021.12.8. 쟁점주택들을 장기일반민간임대주택으로 등록하여 현재까지 임대해왔다.(가) 청구법인은 2009.12.22. 임대사업 등록하였던 쟁점주택①ㆍ②가 임대사업등록 말소되었다는 사실을 2021.6.15.에야 인지하였고, 지체없이 2021.12.8. 부산광역시 사하구청에 주택임대사업자로 등록한바, 비록 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목에서 “2020.6.18. 이후 조정대상지역에 위치한 임대주택의 경우 종합부동산세 합산배제 임대주택에서 제외되어야 한다”고 규정하고 있으나, 청구법인은 쟁점주택들을 새로이 취득한 것도 아니고, 이른바 부동산 3법이 개정되기 훨씬 이전인 2009년과 2015년에 쟁점주택들을 취득하여 10년이 넘는 기간 동안 임대해 왔음을 고려할 때, 해당규정의 적용은 배제하여야 한다.(나) 청구법인은 임대사업자등록증의 말소를 희망하였거나 신청하였던 것이 아니라 법 개정으로 인하여 청구법인의 의사와 관계없이 ‘자동말소’를 당한 것이고, 2009.12.22. 최초로 등록하였던 임대사업자등록증이 ‘자동말소’되지 않았다면, 청구법인은 종합부동산세를 부담하지 않았을 것이다.(2) 2021.11.22. 보도된 기획재정부 보도참고자료에 따르면 법인을 통한 종합부동산세 부담 회피 방지 등을 위해 법인에 대한 종합부동산세 과세를 강화하였다는 내용과 함께 법인의 투기 목적이 아닌 주택 보유에 대해서는 세 부담 완화방안을 旣 마련하여 시행 중이라고 하였는데, 청구법인은 투기 목적으로 주택을 보유하였거나, 종합부동산세 부담을 회피하기 위하여 법인을 운영해 온 것이 아님에도 불구하고 개정된 세법으로 인하여 법인 운영에 막대한 손실을 가져올 정도의 세 부담을 지게 되었다.(가) 청구법인에 고지된 종합부동산세는 쟁점주택들로 인하여 발생하는 연수입금액의 약 50%에 육박하고, 「종합부동산세법」이 강화되기 10년도 더 이전에 주택을 취득하고 주택임대사업자로 등록하여 까다로운 임대 요건을 준수하며 임대해 왔음에도 불구하고 투기 방지 목적, 종합부동산세 회피목적으로 개정된 「종합부동산세법」으로 인해 연 수천만원에 달하는 종합부동산세를 부담하게 되었다.(나) 처분청은 청구법인의 쟁점주택들이 조정대상지역에 소재하는 임대주택으로서 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호에 따라 합산배제 임대주택에서 제외되는 주택이라는 이유 하나만으로 OOO원이라는 거액의 종합부동산세를 고지하였으나 청구법인은 해당 법이 개정되기 훨씬 이전에 임대주택을 취득하여 임대사업자로 등록하고 임대해왔고, 청구법인이 2009년에 최초로 등록한 임대사업자 등록증이 자동으로 말소되지 않았더라면, 위와 같은 막대한 세금을 부담하지 않을 수 있었다는 사정을 감안하면 이 건 처분은 취소되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 쟁점주택들은 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하지 않으므로 이 건 과세처분은 정당하다.(가) 청구법인은 쟁점주택①ㆍ②에 대해 2009.12.22. 부산광역시 사하구청에 매입임대주택으로 임대사업등록하였으나, 해당 임대사업등록 전체말소를 통한 폐업처리로 인해 2021.6.15. 자동말소되었고, 그 후 쟁점주택들에 대해, 쟁점주택의 조정대상지역 지정일인 2020.12.18. 이후, 2021.12.8. 부산광역시 사하구청에 장기일반민간임대주택(10년)으로 임대사업등록한 사실이 확인된다.(나) 청구법인은 2009년 등록한 임대사업자 등록증이 자동말소되지 않았다면 종합부동산세를 부담하지 않았을 것이고 현재까지 계속해서 임대하고 있으니 합산배제 적용제외는 부당하다는 주장만 하고 있을 뿐, 쟁점주택들이 임대주택 합산배제 임대주택에 해당한다는 관련 근거 법령은 전혀 제시하지 못하고 있고, 임대사업자등록이 자동말소된 경우 실제 임대 중이라도 말소시점부터 합산배제 대상에서 제외되는 것이며(제주지방법원 2024.9.10. 선고 2024구합5289 판결 참고), 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항이 적용되기 위한 임대사업자 요건인 ‘주택임대업 사업자등록을 한 자’의 의미는 「임대주택법」에 따른 사업자등록을 할 것뿐만 아니라, 임대사업자 등록을 유효하게 유지하고 있는 것을 포함하는 것을 의미하며, 등록말소 후 세제혜택을 불인정하고 있다(대법원 2015.08.19. 선고 2015두41685 판결 참고).(2) 법인이 매입임대주택을 종합부동산세 합산배제 적용받기 위해서는 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 가목의 요건을 모두 충족하여야 하고, 같은 호 나목의 요건을 하나라도 미충족할 시에 합산배제에서 제외된다.(가) 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목 2)에 따르면, 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록을 신청한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택의 경우 합산배제 적용 제외되는 주택으로 규정되어 있고, 다수의 국세청 유권해석도 이와 같다.(나) 청구법인은 쟁점주택들의 조정대상지역 공고일인 2020.12.18. 이후 2021.12.8. 장기일반민간매입임대주택으로 임대사업자등록한 것으로 확인되고, 종합부동산세 임대주택 합산배제 적용을 받을 수 없음이 법령에 의해 확인되므로 당초 처분청의 종합부동산세 부과처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점주택들이 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목에 해당하여 쟁점주택들을 종합부동산 합산배제 적용에서 제외되는 주택으로 보아 종합부동산세 및 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다.(가) 청구법인은 2009.1.8. 관할세무서에 부동산임대업으로 사업자 등록하였고, 2011.5.18. 대표자를 a에서 b으로 변경하였으며, 2011.11.23. 사업장을 부산광역시 사하구 OOO로 이전한 후 계속사업 중에 있고, 아래 ＜표1＞의 사업장에 대해 관련 세무신고를 한 사실이 나타난다.＜표1＞ 청구법인 관할세무서 사업자 등록 현황(나) 처분청은 청구법인의 주택임대 사업자 등록일인 2021.12.8. 현재 쟁점주택들의 소재지가 조정지역에 해당하여 종합부동산세 합산배제 적용 대상이 아니라는 이유로 합산배제 적용을 제외하고 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 결정ㆍ고지하였다.(다) 쟁점주택들의 소재지인 부산광역시 금정구·부산진구는 2020.12.18. 아래와 같이 조정대상지역으로 지정된 사실이 확인된다.＜2020.12.17. 국토교통부 보도자료＞(2) 청구법인이 제시한 심