종합소득세부과처분취소[이익배당 기준 사업연도의 직전 사업연도에 법인세를 감면받은 법인으로부터 받은 배당소득이 배당세액공제 대상에서 제외되는지 문제된 사건]

[1] 구 소득세법 제17조 제3항 제4호가 적용되는 배당에 구 소득세법 제56조 제1항의 배당세액공제가 적용되는지 여부(소극) [2] 구 소득세법 제17조 제3항 제4호에 따라 배당세액공제 대상에서 제외되는 배당소득의 범위 [1] 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제1항은 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다고 규정하면서, ‘내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금’(제1호), ‘법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금’(제2호), ‘의제배당’(제3호), ‘법인세법에 따라 배당으로 처분된 금액’(제4호) 등을 배당소득의 하나로 들고 있다. 구 소득세법 제17조 제3항은 본문에서 배당소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액으로 한다고 규정하면서, 단서에서 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 배당소득 중 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 배당을 제외한 분에 대해서는 해당 과세기간의 총수입금액에 그 배당소득의 100분의 11에 해당하는 금액을 더한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 구 소득세법 제17조 제3항 제4호는 같은 항 단서의 적용이 제외되는 배당의 하나로 ‘조세특례제한법 제132조에 따른 최저한세액이 적용되지 아니하는 법인세의 비과세·면제·감면 또는 소득공제(조세특례제한법 외의 법률에 따른 비과세·면제·감면 또는 소득공제를 포함한다)를 받은 법인 중 대통령령으로 정하는 법인으로부터 받은 배당소득이 있는 경우에는 그 배당소득의 금액에 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 산출한 금액’을 들고 있다. 구 소득세법 제56조는, 거주자의 종합소득금액에 같은 법 제17조 제3항 각 호 외의 부분 단서가 적용되는 배당소득금액이 합산되어 있는 경우 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 과세기간의 총수입금액에 더한 금액에 해당하는 금액을 종합소득 산출세액에서 공제하도록 규정하면서(제1항), 이에 따른 공제를 ‘배당세액공제’라 하고 있다(제2항). 이러한 관련 규정의 내용을 고려하면, 구 소득세법 제17조 제3항 제4호가 적용되는 배당에 대하여는, 구 소득세법 제17조 제3항 각 호 외의 부분 단서가 적용될 것을 전제로 하는 구 소득세법 제56조 제1항의 배당세액공제가 적용되지 아니한다. [2] 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제3항 제4호 및 구 소득세법 제17조 제1항, 제3항, 제6항, 제56조 제1항, 제2항, 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조의3 제1항, 제2항의 문언과 체계, 취지 등을 종합적으로 고려하면, 구 소득세법 제17조 제3항 제4호에 따라 배당세액공제 대상에서 제외되는 배당소득은 이익배당 기준 사업연도에 구 소득세법 시행령 제27조의3 제1항 각 호가 규정하는 법인세법 및 조세특례제한법 규정에 의하여 법인세의 비과세·면제·감면 또는 소득공제를 받은 법인으로부터 받은 배당소득을 의미한다고 해석함이 타당하다. 【원고, 피상고인】 원고 1 외 2인 (소송대리인 법무법인 두현 담당변호사 김수경 외 2인) 【피고, 상고인】 제주세무서장 【원심판결】 광주고법 2025. 7. 9. 선고 (제주)2024누1650 판결 【주 문】 상고를 모두 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다. 【이 유】 상고이유를 판단한다. 1. 사안의 개요 가. 주식회사 ○○○(이하 ‘○○○’이라 한다)는 국내외 자회사 지배 등을 주요 사업으로 하는 법인으로, 2009. 3. 24. 본점 소재지를 서울에서 제주도로 이전하였다. ○○○은 본사를 수도권 밖으로 이전하여 사업을 개시하는 경우 법인세를 감면하는 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조의2 제1항, 제2항에 따라 2009년부터 2013년까지 법인세 전액을, 2014년부터 2015년까지 법인세의 50%를 감면받았다. 나. 소외인과 그 배우자 및 자녀들인 원고들(이하 ‘소외인 등’이라 한다)은 ○○○의 주주들로, ○○○은 2017. 3. 31. 정기주주총회에서 2016년도 정기배당으로 11,634,000,000원을, 2017. 8. 1. 이사회에서 기준일을 2017. 7. 1.로 하는 중간배당으로 8,725,500,000원을 각각 주주들에게 배당하기로 결의하였고, 이에 따라 소외인 등은 배당금을 지급받았다(이하 ‘이 사건 배당금’이라 한다). 다. 소외인 등은 2018. 5.경 피고에게 2017년도 귀속 종합소득세를 신고·납부하면서 구 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조의3 제2항 제2호에 따라 2015 및 2016 사업연도를 기준으로 계산한 배당세액공제 제외비율(약 28%)을 적용하여 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제3항 단서에 의하여 총배당금액에 가산하는 금액을 산출하고, 이를 바탕으로 구 소득세법 제56조 제1항에 따라 종합소득산출세액에서 해당 금액을 공제하였다. 라. 피고는 국세청으로부터 2015 사업연도의 소득금액만을 기준으로 배당세액공제 제외비율을 재계산하여 소외인 등의 종합소득세를 경정하라는 시정지시를 받고, 2022. 7. 16. 제외비율을 50%로 재계산하여 원고들에게 2017년 귀속 종합소득세(가산세 포함)를 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마. 원고들은 배당세액공제 대상에서 제외되는 ‘법인세의 감면을 받는 법인’은 이익배당 기준 사업연도에 법인세 감면을 받고 있을 것을 요건으로 하는데, ○○○은 이익배당 기준 사업연도인 2016년에 법인세 감면을 받지 않았으므로, 이 사건 배당금은 배당세액공제 대상에서 제외되는 배당소득으로 볼 수 없다는 등의 이유로 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다. 2. 관련 규정과 법리 가. 구 소득세법 제17조 제1항은 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다고 규정하면서, ‘내국법인으로부터 받는 이익이나 잉여금의 배당 또는 분배금’(제1호), ‘법인으로 보는 단체로부터 받는 배당금 또는 분배금’(제2호), ‘의제배당’(제3호), ‘법인세법에 따라 배당으로 처분된 금액’(제4호) 등을 배당소득의 하나로 들고 있다. 구 소득세법 제17조 제3항은 본문에서 배당소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액으로 한다고 규정하면서, 단서에서 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 배당소득 중 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 배당을 제외한 분에 대해서는 해당 과세기간의 총수입금액에 그 배당소득의 100분의 11에 해당하는 금액을 더한 금액으로 한다고 규정하고 있다. 구 소득세법 제17조 제3항 제4호(이하 ‘이 사건 제외조항’이라 한다)는 같은 항 단서의 적용이 제외되는 배당의 하나로 ‘조세특례제한법 제132조에 따른 최저한세액이 적용되지 아니하는 법인세의 비과세·면제·감면 또는 소득공제(조세특례제한법 외의 법률에 따른 비과세·면제·감면 또는 소득공제를 포함한다)를 받은 법인 중 대통령령으로 정하는 법인으로부터 받은 배당소득이 있는 경우에는 그 배당소득의 금액에 대통령령으로 정하는 율을 곱하여 산출한 금액’을 들고 있다. 구 소득세법 제56조는, 거주자의 종합소득금액에 같은 법 제17조 제3항 각 호 외의 부분 단서가 적용되는 배당소득금액이 합산되어 있는 경우 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 과세기간의 총수입금액에 더한 금액에 해당하는 금액을 종합소득 산출세액에서 공제하도록 규정하면서(제1항), 이에 따른 공제를 ‘배당세액공제’라 하고 있다(제2항). 이러한 관련 규정의 내용을 고려하면, 이 사건 제외조항이 적용되는 배당에 대하여는, 구 소득세법 제17조 제3항 각 호 외의 부분 단서가 적용될 것을 전제로 하는 구 소득세법 제56조 제1항의 배당세액공제가 적용되지 아니한다. 한편 구 소득세법 제17조 제6항의 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제27조의3 제1항은 이 사건 제외조항에서의 ‘대통령령으로 정하는 법인’으로, ‘법인세법 제51조의2 또는 조세특례제한법 제100조의16을 적용받는 법인’(제1호), ‘조세특례제한법 제63조의2·제121조의2·제121조의4·제121조의8 또는 제121조의9의 규정을 적용받는 법인’(제2호)을 들고 있다. 나아가 구 소득세법 시행령 제27조의3 제2항 제2호는, 이 사건 제외조항에서의 ‘대통령령으로 정하는 율’에 관하여 구 소득세법 시행령 제27조의3 제1항 제2호에 해당하는 법인의 경우에는 ‘직전 2개 사업연도의 감면대상소득금액의 합계액 × 감면비율 ÷ 직전 2개 사업연도의 총소득금액의 합계액’을 말한다고 규정하면서, 그 괄호 부분에서 ‘구 소득세법 시행령 제27조의3 제1항 제2호의 규정을 적용받는 사업연도가 1개 사업연도인 경우에는 당해 사업연도의 소득금액을 기준으로 계산한다.’고 규정하고 있다.<