폐업연도 중소기업특별세액감면 적용 여부

국세청 예규는 구조특법 §145 폐지 이후에는 폐업한 연도에 쟁점감면을 적용받을 수 있다 해석하였고 중소기업기본법 및 조특법상 규모확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에도 중소기업 세제혜택의 유예기간 규정을 두고 있어, 명시적 배제 규정이 없는 이상 쟁점감면을 적용하는 것이 타당함 동작세무서장이 2024.12.9. 청구인에게 한 2020년 귀속 종합소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2017.9.1.부터 2020.10.13.까지 ‘A’이라는 상호로 서울특별시 OOO(이하 “쟁점사업장”이라 한다)을 사업장 소재지로 하여 건설업/주택신축판매를 영위하는 개인사업자로, 쟁점사업장과 그 외 3개 사업장의 사업소득에 대하여「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제7조 제1항의 중소기업에 대한 특별세액감면(이하 “쟁점감면”이라 한다) 적용 대상으로 보아 감면세액 OOO원(쟁점사업장에 대한 쟁점감면 적용에 따른 세액은 OOO원으로, 이하 “쟁점감면세액”이라 한다)을 적용하여 2020년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.나. 서울지방국세청장은 2023.10.16.부터 2023.11.3.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 운영하는 쟁점사업장을 2020.10.13. 폐업하여 2020년 과세연도 종료일 현재 계속사업자에 해당하지 않으므로 쟁점감면세액을 부인하고, 2020년 귀속 종합소득세를 경정하도록 처분 지시함에 따라 처분청은 쟁점감면세액을 부인하여 2024.12.9. 청구인에게 2020년 귀속 종합소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 경정·고지(이하 “이 건 처분”이라 한다)하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.4. 이의신청을 거쳐, 2025.7.2 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 조특법 제7조 제1항 및 같은 법 시행령·시행규칙 어디에도 과세연도 중에 폐업한 경우 쟁점감면을 적용하지 못한다는 규정은 없으므로 쟁점사업장에 대한 쟁점감면은 정당하고, 이 법 조문을 적용할 때 유추해석이나 확대해석을 하지 않아야 함에도 처분청은 이를 간과하고 이 건 처분을 하였으므로 취소되어야 한다.(2)처분청의 의견대로 쟁점감면을 통해 중소기업의 재무구조 개선 및 원활한 투자 등을 지원하려는 취지라면, 비록 쟁점사업장은 폐업되었지만, 청구인이 당해연도에 폐업된 쟁점사업장 외 타 사업장에서 동일업종을 영위하고 있어 청구인의 입장에서 감면제도 취지에 부합하는 동종사업을 계속 영위하고 있으므로 쟁점감면제도의 취지에 부합할 뿐만 아니라, 법원의 판례(대법원 2014.10.30. 선고 2014두38927 판결)와 과세관청의 유권해석(기준-2020-법령해석소득-0246, 2020.11.11.)에 의하면 초과인출금에 대한 차입금이자 손금불산입도 사업장별로 판단하지 않고 인별로 하고 있으므로 쟁점감면 역시 인별로 판단함이 타당하다.＜표＞ 청구인의 총사업내역○○○(3)주택신축판매업은 업종 특성상 분양이 완료되면 폐업이 당연한데, 과세연도 중에 폐업하는 경우 쟁점감면을 할 수 없다고 한다면, 납세자가 의도적으로 주택의 양도시기를 과세연도 말 또는 해당 과세연도가 경과된 이후로 지연시켜 쟁점감면을 받는 등 폐업일을 인위적으로 조정함으로써 쟁점감면을 적용받을 수 있어 형평성 측면에서 불공정을 야기할 수 있다.나. 처분청 의견(1)과세연도 종료일 당시 당해 사업을 영위하지 않고 중도 폐업한 자는 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용할 수 없다.중소기업에 대한 특별세액감면제도의 입법 취지는 경쟁력이 취약한 중소기업의 보호·육성을 위해 소득세 및 법인세를 감면해 줌으로써 재무구조개선 및 설비투자 촉진을 지원하기 위함에 있는바, 재무구조개선 및 설비투자를 위해서는 적어도 감면적용의 대상이 되는 과세기간 종료일 당시 당해 사업을 영위하여야 한다.법원에서도 청구인의 주장과 달리 과세연도 중 중도 폐업자의 경우 중소기업에 대한 특별세액감면의 적용을 배제하는 것으로 일관되게 판시(대법원 2006.1.13.선고 2005두685 판결, 대법원 2021.2.4.선고 2020두52047 판결, 대법원 2020.9.24.선고 2020두40518 판결 등 다수, 같은 뜻임)하고 있다.대법원 판례와 같이 계속사업을 영위하지 않는 경우 쟁점감면세액을 적용할 수 없다는 판결은 당초 입법 취지가 변경되지 않았다는 것을 의미하므로 계속사업 요건이 없어졌다는 청구인의 주장은 타당하지 않다.(2)세액감면은 감면 요건을 갖춘 사업장별로 적용하는 것이므로 폐업한 사업장에 대해 감면을 적용할 수 없는바, 동일 업종의 타 사업장을 영위하면서 감면 요건에 해당한다면 해당 사업장별 소득에 대해 감면을 적용할 수 있는 것이지 인별로 감면을 적용할 수는 없다.조특법 제7조 제1항에서도 감면대상에 대해 “중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다.” 라고 규정하고 있는바, 청구인이 타 사업장에서 동일업종을 영위한다고 하여도 인별로 쟁점감면을 적용해야 한다는 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구인이 과세연도 중 쟁점사업장을 폐업함에 따라 기 신고한 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하고 종합소득세를 부과한 처분의 당부나. 관련 법령(1) 조세특례제한법(가) 2002.12.11. 법률 제6762호 일부개정 법률로 개정되기 전의 것제145조(기업합리화적립금의 적립) ① 제5조 내지 제7조, 제7조의2, 제7조의3, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제26조, 제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제37조, 제62조, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제68조, 제94조, 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제11조 및 제12조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 "감면등"이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인을 제외한다)은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.② 제1항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하여야 할 자가 당해 사업연도에 기업합리화적립금을 적립하지 아니한 경우에는 당해 사업연도 후 대통령령이 정하는 이익이 최초로 발생하는 사업연도의 이익금처분 시까지 이를 적립할 수 있다.③ 제2항의 규정에 의하여 기업합리화적립금을 적립하는 경우에는 그 적립금액의 100분의 20에 상당하는 금액을 당해 처분가능이익이 발생하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 당해 금액은 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. 다만, 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 기업합리화적립금은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야 한다.1. 이월결손금의 보전2. 자본에의 전입⑤ 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 거주자 및 내국법인(중소기업기본법에 의한 중소기업인 법인에 한한다)은 공제받은 세액에서 공제받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 차입금의 상환에 사용하여야 한다.제146조(감면세액의 추징) 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 내국인에게 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고 시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다.(나) 2020.12.29., 법률 제17759호로 일부개정되기 전의 것제7조(중소기업에 대한 특별세액감면) ① 중소기업 중 다음 제1호의 감면 업종을 경영하는 기업에 대해서는 2020년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면 비율을 곱하여 계산한 세액상당액(제3호에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권에 있는 경우에는 모든 사업장이 수도권에 있는 것으로 보고 제2호에 따른 감면 비율을 적용한다.1. 감면 업종사. 건설업2. 감면 비율가.대통령령으로 정하는 소기업(이하 이 조