쟁점금액을 대표자 상여로 소득처분하여 소득세를 과세한 처분의 당부 등

가공비용 상당의 법인의 수익은 특별한 사정이 없는 한 사외로 유출된 것으로 보아야 하는 것이고 쟁점금액의 상대계정은 현금이므로, 사외로 유출되지 않았다고 단정하기 어려움 심판청구를 기각한다. 1. 처분개요가. 청구인은 2005.5.10.부터 주식회사 A(이하, “쟁점법인”이라 한다)의 대표자로서, 쟁점법인은 광주광역시 북구 OOO에 사업장을 두고 공동주택의 관리와 청소, 경비등의 업무를 위한 인력공급업을 영위하는 법인사업자이다.나. 북광주세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.9.25.∼2024.10.24. 쟁점법인에 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점법인이 B 및 C 주식회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 2019년 공급가액 OOO원, 2020년 공급가액OOO원 합계 OOO원(이하 “쟁점거래금액”이라 한다)의 사실과 다른 (세금)계산서를 수취(이하 “쟁점거래”라 한다)하여 외주용역비 및 소모품비 계정으로 손금으로 계상하였다고 보아, 쟁점법인에 2019∼2020사업연도 귀속 법인세 OOO원을, 이월결손금 감소와 관련하여 2023사업연도 귀속 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.다. 조사청은 쟁점법인에 대한 법인세를 경정하면서 쟁점거래금액 중 사외로 유출되었다고 본 OOO원(이하 “쟁점소득금액”이라한다)을 대표자 상여로 소득처분하고, 소득금액변동통지(2019년 귀속 OOO원, 2020년 귀속 OOO원, 이하 “쟁점처분”이라 한다)를 하였다.라. 청구인의 주소지 관할 세무서장인 처분청은 청구인에게 대표자 상여로 처분된 쟁점소득금액에 대해 청구인이 종합소득세 수정신고를 하지 않자, 2025.5.13. 청구인에게 2019년 귀속 종합소득세 OOO원, 2020년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.마. 청구인은 쟁점거래에 대해 법인세 손금불산입한 경정처분에 대해서는 인정하나, 쟁점거래로 인하여 쟁점법인의 자금이 사외로 유출되지 않았으므로 대표자 상여 소득처분이 아닌 사내유보로 소득처분하여야 한다는 이유로 2025.8.19. 이의신청을 거쳐 2025.11.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장(1) 쟁점법인은 쟁점거래처로부터 사실과 다른 (세금)계산서를 수취하고 이를 증빙으로 하여 비용을 계상했으므로 법인세법상 손금불산입 대상에 해당된다는 사실은 인정한다.하지만 쟁점법인은 이 사건 쟁점이 된 용역비에 대하여 ‘차변 용역비*** / 대변 현금 *** ’으로 분개하여 그 과세기간별 총액을 손익계산서에 비용으로 계상하여 법인세 신고한 사실이 있으나, 대변과목 현금에서 인출된 것으로 분개한 돈은 실제로는 인출되지 않은 사실이 쟁점법인이 제출한 예금입출금계좌(OOO은행 1005-***-****56 )내역 및 계좌잔액에서 확인되므로, 과소신고한 금액은「법인세법 시행령」제106조 제1항 제1호에 의한 상여처분대상이 아닌 같은 항 제2호에 의한 유보처분 대상에 해당하므로 처분청이 청구인에 대한 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지한 처분은 위법하다.(2) 컴퓨터 회계 프로그램상 차변에 비용 계정을 입력하면 대변에 자동으로 현금 계정이 기록되고, 실제 현금과부족이 생긴 경우 가지급금 및 가수금으로 자동 입력되며, 결산 때 가지급금 인정이자 계상 또는 가수금과 가지급금의 실제 상황을 파악하여 실제 상황으로 결산에 반영된다. 따라서 각각 분개 시 대변에 현금 계정이 입력된 것을 근거로 쟁점소득금액이 사외로 유출되었다고 판단한 처분청의 판단은 잘못된 것이다.(3) 「법인세법 시행령」제106조는 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 하며 “사외에 유출된 것이 분명한 경우”에만 유보 아닌 다른 처분을 할 수 있음을 규정함으로써 상여와 같은 처분에 대하여 엄격하게 규정하고 있으나, 처분청은 이에 대한 명확한 확인의 절차 없이 실질적으로 쟁점소득금액은 법인통장에 그대로 남아있음에도 불구하고 대표자에 대한 상여로 소득처분을 하였다.대법원 2005.5.12. 선고 2003두15300 판결은 상여로 소득처분 되는 부분의 입증책임은 과세관청에 있다고 판시한바, 법인세 과소신고한 금액이 사외로 유출되었고 또한 그 귀속자가 대표자라는 사실을 처분청에서 입증해야 하므로 쟁점처분은 근거과세원칙을 위반하여 위법하다.(4) 쟁점법인의 2018년, 2019년, 2020년말 예금 잔액증명서를 통해서 쟁점소득금액이 사외유출되지 않은 사실은 아래 ＜표1＞과 같이 증명된다.＜표1＞ 쟁점법인 예금잔액증명서를 통한 유보 증명○○○2018년말 OOO원, 2019년말 OOO원, 2020년말 OOO원의 돈이 금융기관에 남아있던 사실이 금융기관이 발부한 예·적금 잔액증명서로 확인되며, 이 돈은 쟁점법인의 자산이다.(5) 2019사업연도 분 손금불산입액이 회사 밖으로 유출되었는지 여부를 검토하기 위하여 2018년도말 예금적금잔액(A)에다 2019년도분 수입을 더하고 2019년도분 지출을 차감하고 쟁점소득금액이 사외유출되지 않았다는 전제하에 쟁점소득금액의 2019년도 분을 더하는 방식으로 계산해 보았을 때, 2019년도 말에 남아 있어야 될 금액 B(OOO원)가, 실제로 남은 예금적금액 A-1(OOO원) 보다 작으므로 쟁점소득금액이 사외유출되지 않은 것이 확인된다.2020사업년도분 손금불산입액이 회사밖으로 유출되었는지 여부를 검토하기 위하여 2019년도말 예금적금잔액(A-1)에 회사의 2020년도분 수입을 더하고 2020년도분 지출을 차감하고 쟁점소득금액이 사외유출되지 않았다는 전제하에 쟁점소득금액의 2020년도분을 더하는 방식으로 계산해 보았을 때, 2020년도말에 남아 있어야 될 금액 C(OOO원)가, 실제로 남은 예금적금액 A-2(OOO원) 보다 작으므로 쟁점소득금액이 사외유출되지 않은 것이 확인된다.(6) 처분청이 쟁점소득금액이 사외유출 되었다고 착오를 일으킨 원인은 DC형퇴직연금은 적금으로서 자산이지만 지급시점에 비용으로 처리되어 재무상태표에 나타나지 않고, 금융기관의 예금적금 잔액증명을 발부 받아야 자산으로 확인되는데, 처분청은 적금 잔액을 자산으로 인식하지 않았기 때문인 것으로 보인다.(7) 대법원 2016.12.15. 선고 2016두47659 판결에 따르면, 조세법률주의는 조세의 종목과 세율 그 밖의 과세요건과 조세의 부과·징수는 절차로 법률로 정하여야 한다는 것을 그 기본 내용으로 하고, 세법은 세무공무원에게 납세의무자 또는 관계인에게 필요에 따라 질문하고 관계서류, 장부 그 밖의 물건을 검사할 수 있는 권한을 부여하고 있으며, 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하고, 다른 목적을 위하여 조사권을 남용해서는 아니된다고 규정하고 있는데 이는 세무조사의 남용이나 오용을 막지 못한다면 납세자의 영업활동 및 사생활의 평온이나 재산권을 침해하고 나아가 과세권의 중립성과 공공성 및 윤리성을 의심받는 결과가 발생할 것이기 때문이다.처분청은 쟁점법인이 분개 과정에서 비용의 상대계정에 현금으로 기재하였더라도 쟁점소득금액이 사외로 유출되었다고 단정하면 안 되고, 최소한 경리실무자에게 현금 전달 과정 등에 대해 문답서를 받는 방법으로 질문조사권을 행사하였어야 했다. 하지만 처분청은 이러한 조사 절차 없이 대표자 상여로 소득처분 하였고 이는 세무조사권 남용에 해당된다.(8) 조사청은 쟁점법인을 조사하면서 조사종결보고서에 쟁점법인의 대표자의 확인서를 첨부하였는데, 해당 확인서는 조사청이 쟁점법인에 대한 세무조사를 하면서 징취한 유일한 문서이다.그런데 위 확인서에는 쟁점법인이 손금산입한 쟁점소득금액이 쟁점법인 밖으로 유출된 사실이나, 유출된 금액이 쟁점법인의 대표자에게 귀속된 사실에 대해서는 전혀 언급이 없다. 따라서 위 확인서를 근거로 조사청이 쟁점법인에게 법인세를 과세할 수는 있지만, 손급불산입액을 대표자에 대한 상여로 보아 소득금액변동통지를 할 수는 없다.나. 처분청 의견(1) 쟁점법인은 사실과 다른 (세금)계산서를 발급받아 손금으로 계상하고 쟁점소득금액을 현금으로 지급한 것으로 회계처리하였다. 처분청은 쟁점소득금액을 손금불산입하고 현금 지급처리한 쟁점법인의 회계처리를 근거로 쟁점소득금액이 사외유출된 것으로 판단해 과세한 것이다. 현금거래의 특성상 그 귀속이 불분명하여 대표자 상여 처분한 것은 일반적으로 인정된 입증책임의 정도 및 분배에 관한 법리(대법원 2006.1.12. 선고 2003두11797 판결, 같은 뜻임)를 비추어 보면 쟁점처분은 적법하