쟁점①·②매입세액을 공통매입세액으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

쟁점①매입세액은 메타버스·블록체인 등 디지털기술을 통해 청구법인이 교육 디지털 플랫폼으로 기능하도록 하고, 이는 청구법인이 제공하는 교육 프로그램의 경쟁력을 강화하여 과·면세 사업 모두에 공통적으로 기여할 것으로 보이는 점, 해당 기술이 어느 사업에 어느 비율로 사용될지 불분명하여 실지귀속을 구분할 수 없으므로 공통매입세액으로 보아 안분함이 타당 OOO세무서장이 2025.6.25. 청구법인에게 한 2024년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 공통매입세액 안분 계산시 C 서비스 패키지 개발은 과세사업으로 보아 관련 매입세액 OOO원을 제외하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. 1. 처분개요가. 청구법인은 2020.7.1. 설립되어 OOO를 본점소재지로 하여 교육컨텐츠 및 교구판매업(과세), 출판업(면세) 등을 영위하는 법인(겸업사업자)으로, 2024년 제2기 과세기간 중 정보통신산업진흥원(NIPA) 등으로부터 국고보조금 OOO원을 지급받아 수행한 연구개발과제(이하 “쟁점연구과제”라 한다)와 관련한 매입세액 OOO원(이하 “쟁점①매입세액”이라 한다) 및 C 서비스 패키지 개발과 관련한 매입세액 5,202,000원(이하 “쟁점②매입세액”이라 한다)을 공제하여 2024년 제2기 부가가치세 환급세액 22,902,980원을 신고하였다.나. 처분청은 2024년 제2기 부가가치세 신고 내역을 검토한 결과, 쟁점①·②매입세액을 공통매입세액으로 보아 공통매입세액 안분 계산시 과세표준에 누락된 면세사업 수입금액 OOO원, 국고보조금 OOO원을 포함하여 과세표준을 재계산하여 2025.6.25. 청구법인에게 2024년 제2기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.15. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 한국인터넷진흥원(KISA), 한국산업기술평가관리원(KEIT), 정보통신산업진흥원(NIPA)으로부터 국고보조금OOO을 수령하였고, 쟁점①매입세액은 위 국고보조금을 재원으로 지출하였다. 사업자가 과세사업을 위해 지출한 매입세액은 국고보조금 또는 면세사업에서 발생한 수입금액 등의 재원의 형태와 무관하게 오로지 매입한 재화나 공급하는 용역이 과세사업에 사용되었는지 여부에 따라 매출세액에서의 공제 여부가 결정되는바(조심 2012중609, 2012.5.31.), 「부가가치세법」 제38조 제1항 제1호에 따라 현재 매출이 발생하는 사업뿐만 아니라 향후 매출이 발생 예정인 사업을 포함하기 때문에 청구법인은 과세사업을 위해 쟁점①매입세액을 지출하였다.(가) 청구법인은 쟁점연구과제를 성공적으로 마치게 되면 다음과 같은 형태로 매출을 발생시킬 계획이며, 이러한 상업화 전략 등을 작성한 사업계획서를 작성하였다. 연구과제 보조금을 지원받기 위해서는 사업계획서, 신청자격에 대한 적정성 확인서, 관련 업무 이력 확인서, 참여 인력 리스트, 본 사업에 대한 원가검토보고서 등을 제출하는데, 담당 정부부처에서 이를 검토하여 해당 사업의 적절성, 실현 가능성, 지속가능성 등을 기준으로 엄격한 평가 절차를 거쳐 청구법인에게 국고보조금이 지급되었다. 따라서 사업계획서에는 연구에 대한 구체적인 절차와 인력 운용방안, 예상투입비용, 각 연구개발기관과의 협업 및 사업화 전략이 현실적이고 구체적으로 작성되었다.1) 한국인터넷진흥원(KISA) 과제의 경우, 기존의 학원 관리 프로그램인 M스위치와 연동된 ‘K-에듀케이션 플랫폼’ 개발이 완료되면 청구법인의 기존 시장인 팩토수학교실 등 1,000개원을 비롯하여 전국 7천개 학원 및 400개 공부방, M스위치 이용고객 등을 대상으로 블록체인 기반 디지털 오픈배지(Open Badge)서비스를 제공하고 월정액의 구독료를 수취하는 형태로 매출을 발생시킬 계획이다.2) 한국산업기술평가관리원(KEIT) 과제의 경우, 학교/학원 및 기관 등을 대상으로 ‘오픈배지 발급 서비스’(Open badge, 블록체인 기반의 개인의 교육 수료, 지식, 자격 등을 증명하는 디지털 증명서)를 제공하고 발급 1건당 수수료를 수취하거나, 지속적인 오픈배지 발행, 관리의 수요가 있는 학교, 기관 등에는 통합 패키지 솔루션을 제공하거나 솔루션을 구축해주고 그에 대한 대가를 수수하는 형태로 매출을 발생시킬 계획이다.3) 정보통신산업진흥원(NIPA) 과제의 경우, 중·고등학교, 대학교 및 대학원에 메타버스 기반으로 학습자료, 학습분석도구, 오픈배지 발급 등을 이용할 수 있는 교육 서비스 패키지를 제공하고 월 구독료를 수취하는 형태로 매출을 발생시킬 계획이다.(나) 위 사업계획서와 같이 쟁점연구과제가 성공했을 경우 발생할 청구법인의 매출은 「부가가치세법」 제26조 제1항에서 열거된 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 해당하지 않아 면세사업이 아니다. 청구법인은 학생, 수강생에게 강의용역을 제공하는 것이 아니라 학교, 학원 등을 대상으로 교육관련 플랫폼에 대한 월 구독료 매출, 발급 수수료 매출, 솔루션 패키지 판매 또는 구축 매출이 발생하는 것이므로 부가가치세가 면제되는 교육용역을 제공한다고 볼 수 없다.교육관련 사업을 영위하는 청구법인은 「부가가치세법」 제25조 제1항 제6호의 교육용역의 공급 또는 제8호의 도서 등의 공급에 따른 매출만 면세사업에 해당한다. 면세사업인 교육용역(제6호)에 해당하려면 「부가가치세법 시행령」제36조 제1항 제1호에 따라 정부의 허가 또는 인가를 받은 학원·강습소 등에서 학생, 수강생을 대상으로 직접 강의용역을 제공하거나 원격교육 플랫폼 운영에 필요한 제반 시스템을 구축 및 유지하면서 파트너 강사와 계약을 통해 해당 플랫폼에서 파트너 강사가 기획·제작한 교육내용을 학원사업자의 책임과 계산에 따라 교육용역을 제공하는 경우이어야 한다[사전-2023-법규부가-0010(법규과-2186), 2023.8.25. 참고].결론적으로, 청구법인이 쟁점연구과제를 통해 향후 발생할 매출은 플랫폼 월 구독료 매출, 발급 수수료 매출, 솔루션 패키지 판매 또는 구축 매출의 형태로서 「부가가치세법」상 면세사업인 교육용역이나 도서 공급 등에 해당하지 아니하므로 과세사업에 해당하며, 기존의 청구법인의 주요 면세사업의 매출과 관련이 없는 신사업에 해당한다. 따라서 청구법인이 쟁점연구과제를 수행하면서 지출한 쟁점①매입세액은 과세사업과 관련된 것이므로 전액 공제되어야 한다.(2) 쟁점②매입세액은 태권도장 및 늘봄학교를 주된 대상으로 한 스마트 태권도 서비스 플랫폼 ‘C’에 관한 것으로 과세사업에 귀속되는 항목이므로 공제대상인 매입세액에 해당된다.‘C 사업계획안에 따르면, ‘C’ 서비스는 PC 본체 및 스크린 등 하드웨어, 태권도 관련 콘텐츠(터치센서를 활용한 게임, 모션캡처를 기반으로 한 품새 콘텐츠 등)와 서비스 웹 관리를 이용할 수 있는 플랫폼 구독 서비스를 태권도 학원 등을 대상으로 제공하는 구조이다. 즉, 정부의 허가 또는 인가를 받은 학원·강습소 등에서 학생, 수강생을 대상으로 직접 강의용역을 제공하거나 원격교육 플랫폼 운영에 필요한 제반 시스템을 구축 및 유지하면서 파트너 강사와 계약을 통해 해당 플랫폼에서 파트너 강사가 기획·제작한 교육내용을 학원사업자의 책임과 계산에 따라 교육용역을 제공하는 형태에 해당하지 않는다.따라서 청구법인의 C 사업은 면세대상 교육용역이 아닌 과세사업에 해당하므로 관련 매입세액은 전액 공제되어야 한다.(3) 처분청은 청구법인이 공부방 및 학원 가맹사업자를 모집하고 해당 사업자들을 통해 교재(면세사업)와 교구(과세사업) 등을 판매한다는 의견이나, 청구법인은 가맹사업자를 모집하는 업을 영위하지 않는다. 청구법인의 모회사인 주식회사 A은 학원가맹 사업을 영위하나 청구법인은 교재 또는 교구 및 교육컨텐츠(프로그램)를 사용하는 교육기관에 판매하는 사업을 영위하고, 모회사의 가맹 학원에 공급하거나 학원 가맹업을 영위하지 않는다.청구법인의 브랜드 중 하나인 ‘OOO’는 온·오프라인 융합형 수학교육으로 교구, 워크북, 수학동화 등의 학습 컨텐츠를 제공한다. 「부가가치세법」에 따라 교재 및 그에 부수되는 재화를 공급하는 경우에는 면세매출로, 교구 단독으로 공급하는 경우에는 과세매출로 분류되며, 주식회사 A의 가맹학원이 아닌 공부방 또는 어린이집 등에 공급되고 있다.(4) 청구법인의 매출은 아래 ＜표1＞과 같이 공급하는 재화에 따라 교재는 면세사업으로, 교구는 과세사업으로 명확하게 구분되며, 쟁점연구과제의 결과물과 ‘C’ 프로그램 패키지는 과세사업 및 면세사업의 공통으로 사용될 수 없다.)))나. 처분청 의견(1) 청구법인은 2020년 개업 이후 매년 아래 ＜표2＞와 같이 정부수탁 연구개발과제를 수행한 것으로 나타나고, 2020년부터 현재까지 수행한 과제들과 관련된 과세 매출(기술료 수입 등)이 발생하지 않았다. 쟁점연구과제에 관한 매출이 발생하지 않는 현재 시점에서 쟁점①·②매입세액이 과세사업에 실지 귀속하였는지 여부는 청구법인